<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

FQ482089.2	1	GATCCAGGTTCATTCCACTAGTATTGTAACAGTTTCAGAAAAATGTATTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19021	GATCCAGGTTCATTCCACTAGTATTGTAACAGTTTCAGAAAAATGTATTC	19070

FQ482089.2	51	TTAGTTTGACATCTTTTTCTAATAGATGAAAAAAGAGTATGGGAAAGTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19071	TTAGTTTGACATCTTTTTCTAATAGATGAAAAAAGAGTATGGGAAAGTGA	19120

FQ482089.2	101	AAAGTACCTTAAGAGTCAAAGCATTAAGATTGCTTAAATCAAGTATATTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19121	AAAGTACCTTAAGAGTCAAAGCATTAAGATTGCTTAAATCAAGTATATTT	19170

FQ482089.2	151	TAAAGTTGAATGCTACAGAAGAGTTCTACTACAATAGCCCACTGAAGCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19171	TAAAGTTGAATGCTACAGAAGAGTTCTACTACAATAGCCCACTGAAGCCT	19220

FQ482089.2	201	AAGCTTGATTCTCTGCCACTGTTCCCTCAGTCTTTCAAATGGTAGATATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19221	AAGCTTGATTCTCTGCCACTGTTCCCTCAGTCTTTCAAATGGTAGATATT	19270

FQ482089.2	251	GGAATGAGTTAGGCAAGGGTAACAACCTCTTCTCTTCAGAAAAGTGTGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19271	GGAATGAGTTAGGCAAGGGTAACAACCTCTTCTCTTCAGAAAAGTGTGAC	19320

FQ482089.2	301	ACTATGCTTCCCTTCACCAGGCCTAGAGAAGTGTGCACTTATCATGGAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19321	ACTATGCTTCCCTTCACCAGGCCTAGAGAAGTGTGCACTTATCATGGAAT	19370

FQ482089.2	351	GAAACGATTCACACAACTGTTTCCTATTTGTGTGCATTTGGATGTTTGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19371	GAAACGATTCACACAACTGTTTCCTATTTGTGTGCATTTGGATGTTTGGA	19420

FQ482089.2	401	GCTGCTGTAAAAGTGATAAATTTACAGCAGCTATACCAAAGAGTTTATTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19421	GCTGCTGTAAAAGTGATAAATTTACAGCAGCTATACCAAAGAGTTTATTA	19470

FQ482089.2	451	CTGAGCCCAGGGCAATAATTTCTTGAAAAGAAGAGTTGACAAATTTATTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19471	CTGAGCCCAGGGCAATAATTTCTTGAAAAGAAGAGTTGACAAATTTATTC	19520

FQ482089.2	501	TAAGTATTCAGTGAGGACTGGAGTCTTTTGAAATAGTTGTTGATAACTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19521	TAAGTATTCAGTGAGGACTGGAGTCTTTTGAAATAGTTGTTGATAACTAA	19570

FQ482089.2	551	TTCCTTGGATATACTGTACTTTCAACTAATAGGTTCTGGGGTGGTCGGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19571	TTCCTTGGATATACTGTACTTTCAACTAATAGGTTCTGGGGTGGTCGGGA	19620

FQ482089.2	601	ATTAAGAGAGAAAAGTAAAATGGCAATCAAAAACTCTAATGAAGCCTCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19621	ATTAAGAGAGAAAAGTAAAATGGCAATCAAAAACTCTAATGAAGCCTCAA	19670

FQ482089.2	651	AAGAATTGGAAATGCGCCTGAGAGATGTATAAAGCAGAAGATTGGTCCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19671	AAGAATTGGAAATGCGCCTGAGAGATGTATAAAGCAGAAGATTGGTCCTC	19720

FQ482089.2	701	TTTAAGGTCCATCCTTAAAACATAACCACTATTATCCATGAAATATTTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19721	TTTAAGGTCCATCCTTAAAACATAACCACTATTATCCATGAAATATTTCA	19770

FQ482089.2	751	TTTCTCTACCCCTTAACCTCTCTTTCTAAGGAACCCAACAGAAGAAAATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19771	TTTCTCTACCCCTTAACCTCTCTTTCTAAGGAACCCAACAGAAGAAAATT	19820

FQ482089.2	801	TAATACGTCTATCTATGTGTTAGGAGAGAAGTGGCCATGTAGTGAGTTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19821	TAATACGTCTATCTATGTGTTAGGAGAGAAGTGGCCATGTAGTGAGTTGG	19870

FQ482089.2	851	GTTAACAATGATTGTATCTGTATATACTGATGGCAAACGTGAAAAGTGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19871	GTTAACAATGATTGTATCTGTATATACTGATGGCAAACGTGAAAAGTGTT	19920

FQ482089.2	901	TAATTTGGAGTAGGAACTGATAACATATTTGGACCTGAATTTCTCCCTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19921	TAATTTGGAGTAGGAACTGATAACATATTTGGACCTGAATTTCTCCCTCA	19970

FQ482089.2	951	ACCACGAGAGAAGTTCAGTTAGATGATTTTTCTCTACCTACAGGAATCCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	19971	ACCACGAGAGAAGTTCAGTTAGATGATTTTTCTCTACCTACAGGAATCCA	20020

FQ482089.2	1001	ACTTCGACGAGTAGCCCTTCCCTTTTCCTAATCTAGAAATTAGATGGTCG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20021	ACTTCGACGAGTAGCCCTTCCCTTTTCCTAATCTAGAAATTAGATGGTCG	20070

FQ482089.2	1051	CCTCACCCGAGATGAGTTGAATTGTATGCTGAGTTAGGGACCAGGATGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20071	CCTCACCCGAGATGAGTTGAATTGTATGCTGAGTTAGGGACCAGGATGGA	20120

FQ482089.2	1101	TCTAGACTGGCGAAAAAGTAGCGTTAGAGAGAGATGGGGGAAAAGGTTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20121	TCTAGACTGGCGAAAAAGTAGCGTTAGAGAGAGATGGGGGAAAAGGTTAG	20170

FQ482089.2	1151	GGAAGTATGGGGAGAGGGCTTGGAGCTACAGCATTAGTGAGGCCTGGGTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20171	GGAAGTATGGGGAGAGGGCTTGGAGCTACAGCATTAGTGAGGCCTGGGTC	20220

FQ482089.2	1201	ATTTCCCCCCTATTCCTCGTGTCTCAGTAGAAGGACAAACTTCAGAGAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20221	ATTTCCCCCCTATTCCTCGTGTCTCAGTAGAAGGACAAACTTCAGAGAGG	20270

FQ482089.2	1251	TCCTCATTGTGTTTCTACCACTGTCGGGGGTCCCACCTTGCGCCCCTTTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20271	TCCTCATTGTGTTTCTACCACTGTCGGGGGTCCCACCTTGCGCCCCTTTC	20320

FQ482089.2	1301	CTGAGCGTGGTCCACAACTCGGTCCCACCCCCGTCTCCATCTTCTCCCGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20321	CTGAGCGTGGTCCACAACTCGGTCCCACCCCCGTCTCCATCTTCTCCCGC	20370

FQ482089.2	1351	CTGATCAGGCGCAGGGGGGCTGGAGAGGGGGGAGAGGAAACGTCGTTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20371	CTGATCAGGCGCAGGGGGGCTGGAGAGGGGGGAGAGGAAACGTCGTTGTT	20420

FQ482089.2	1401	GGCAGGGAGGGAGGGATGCGAGTCCAGGTGAGAAGGTGTGACGTGAAGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20421	GGCAGGGAGGGAGGGATGCGAGTCCAGGTGAGAAGGTGTGACGTGAAGAT	20470

FQ482089.2	1451	GGGATGCCCGCCGCTATGACGCAGCCGAGACCCGCGGTGACGGCGTCAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20471	GGGATGCCCGCCGCTATGACGCAGCCGAGACCCGCGGTGACGGCGTCAGT	20520

FQ482089.2	1501	TTCACCCGGGGAGGCGAGCGGCAGCGGGACGGGGTAACGGCGGGGTAGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20521	TTCACCCGGGGAGGCGAGCGGCAGCGGGACGGGGTAACGGCGGGGTAGCC	20570

FQ482089.2	1551	AAGCAACGCCGGACGCGCTGACGTCGCCGGGGCGGCAAAACGTCCGCCCG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20571	AAGCAACGCCGGACGCGCTGACGTCGCCGGGGCGGCAAAACGTCCGCCCG	20620

FQ482089.2	1601	GGCCTGAAACGGGCGGAGGCAGCTGTGGTTACGTGCGGGGGGCCGGTGAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20621	GGCCTGAAACGGGCGGAGGCAGCTGTGGTTACGTGCGGGGGGCCGGTGAC	20670

FQ482089.2	1651	GCAGTCGCGGGGCGCTAGGACGCGGCGTGCGGAGCCGGCGGGCAGGGGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20671	GCAGTCGCGGGGCGCTAGGACGCGGCGTGCGGAGCCGGCGGGCAGGGGCA	20720

FQ482089.2	1701	GGCCCCAGGGTCCCGGCGCGGCGGCGGGACAGCACCTACCTTCCCGGCTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20721	GGCCCCAGGGTCCCGGCGCGGCGGCGGGACAGCACCTACCTTCCCGGCTT	20770

FQ482089.2	1751	CGGGTCCGGGAGTGCGGGGCGCGGAGCCGCCGGAGCGCTGCCTCCCTCCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20771	CGGGTCCGGGAGTGCGGGGCGCGGAGCCGCCGGAGCGCTGCCTCCCTCCT	20820

FQ482089.2	1801	TCCTCCTCCCCCCGCCCCCGCCCCGCAGCGCGACACACAATACTCGCCGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20821	TCCTCCTCCCCCCGCCCCCGCCCCGCAGCGCGACACACAATACTCGCCGG	20870

FQ482089.2	1851	AAGCGGAAGCCTCGCCGAGAGGCTCGTGTCAGTGGAAGCTGGGGTGTAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20871	AAGCGGAAGCCTCGCCGAGAGGCTCGTGTCAGTGGAAGCTGGGGTGTAGG	20920

FQ482089.2	1901	CGGGCGACAGCGGGAGGGTCTAGCGGCGCCTGCCGAACAAGAAGGCGGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20921	CGGGCGACAGCGGGAGGGTCTAGCGGCGCCTGCCGAACAAGAAGGCGGGG	20970

FQ482089.2	1951	GGCCGGAGGTGAGCACCAGCTGGAGGAGTCAGGGGCAAGAAGAGACCCGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482127.3	20971	GGCCGGAGGTGAGCACCAGCTGGAGGAGTCAGGGGCAAGAAGAGACCCGG	21020

Overview

Query
FQ482089.2 - 199550 bps
Hit
FQ482127.3 - 21020 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link