<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

FQ482094.3	1	GATCATCTGAATTAAACTCGCCCATTCTCATCCATTTTAGTTTGCTGATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51474	GATCATCTGAATTAAACTCGCCCATTCTCATCCATTTTAGTTTGCTGATT	51523

FQ482094.3	51	TCTAGGATGTTGATGTTTATTCTTACTATCTCCTACTTGAACATGTCTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51524	TCTAGGATGTTGATGTTTATTCTTACTATCTCCTACTTGAACATGTCTAA	51573

FQ482094.3	101	TTTTCTTTGATTCGTGGACCTAACATTCCAGGTCCTTATAACTGTATAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51574	TTTTCTTTGATTCGTGGACCTAACATTCCAGGTCCTTATAACTGTATAGT	51623

FQ482094.3	151	TCCACCCCAAGAGAAATTGAAGTATATATTCACTCACACACACAAATGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51624	TCCACCCCAAGAGAAATTGAAGTATATATTCACTCACACACACAAATGTG	51673

FQ482094.3	201	TACACAAGTGTTTGCAGCAGCATTTTTGATAATGGCCAAAAAAGTGAACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51674	TACACAAGTGTTTGCAGCAGCATTTTTGATAATGGCCAAAAAAGTGAACC	51723

FQ482094.3	251	CAAAGTGGTACAGCCACACAATGGCATATTTTTTCACCATAAAAGGAATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51724	CAAAGTGGTACAGCCACACAATGGCATATTTTTTCACCATAAAAGGAATG	51773

FQ482094.3	301	TGGACCCATGTAAGGATTAGAAAGATACAAAGAAGACTCCATAGCAGAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51774	TGGACCCATGTAAGGATTAGAAAGATACAAAGAAGACTCCATAGCAGAAT	51823

FQ482094.3	351	CTAGGTTTACACGAGTAGGCAGAGTTCAGAAGTTCACTGAATTTGAGAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51824	CTAGGTTTACACGAGTAGGCAGAGTTCAGAAGTTCACTGAATTTGAGAAG	51873

FQ482094.3	401	AATAAAGGCTAATACTAAATTTGGACTGCAGAAGGGAAAATGGAAAGGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51874	AATAAAGGCTAATACTAAATTTGGACTGCAGAAGGGAAAATGGAAAGGTA	51923

FQ482094.3	451	CATGGAATCATTGCCCTCTCTGTAACAACCCTGGCTTAAATTTAATTGGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51924	CATGGAATCATTGCCCTCTCTGTAACAACCCTGGCTTAAATTTAATTGGT	51973

FQ482094.3	501	TTTCACAAATTGTTAAGTGAACATAAAATAACTTCCTTTTCCAGTACTAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	51974	TTTCACAAATTGTTAAGTGAACATAAAATAACTTCCTTTTCCAGTACTAG	52023

FQ482094.3	551	GCAGTCTCATTGTGCTTTATTTGCACAAAGGAAATAAGAAAGCCACTTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52024	GCAGTCTCATTGTGCTTTATTTGCACAAAGGAAATAAGAAAGCCACTTAA	52073

FQ482094.3	601	TAATCGAACTTTGTGTATATATGTGATCATTTGTGTGTGCATTCAAGTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52074	TAATCGAACTTTGTGTATATATGTGATCATTTGTGTGTGCATTCAAGTGA	52123

FQ482094.3	651	GGAAATGGACACCTGCAACTAGAATATTGCTTTATCATCCTACAAAGACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52124	GGAAATGGACACCTGCAACTAGAATATTGCTTTATCATCCTACAAAGACA	52173

FQ482094.3	701	AAAGTCCAGAGTCTCCTTCTTGCTTCTGAGACAACTCCATTCTCTACCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52174	AAAGTCCAGAGTCTCCTTCTTGCTTCTGAGACAACTCCATTCTCTACCCA	52223

FQ482094.3	751	GCTAGAGCACTTGGGAGCAAAAGACCTGGTTCACATGACTGACGTGCTCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52224	GCTAGAGCACTTGGGAGCAAAAGACCTGGTTCACATGACTGACGTGCTCC	52273

FQ482094.3	801	ATCACAAGGATATAGCCCTGAGTAGTACAGTCCCTTTCTTCTGTACTGTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52274	ATCACAAGGATATAGCCCTGAGTAGTACAGTCCCTTTCTTCTGTACTGTT	52323

FQ482094.3	851	ATAGGGAGCACAGAGCACACATTTCAAGCTCTGGCAATCCAGATCAGAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52324	ATAGGGAGCACAGAGCACACATTTCAAGCTCTGGCAATCCAGATCAGAAA	52373

FQ482094.3	901	AAATCTGGGAAATTACTGTGGACCAACAGATGTGAATCAAACTCCCTTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52374	AAATCTGGGAAATTACTGTGGACCAACAGATGTGAATCAAACTCCCTTCT	52423

FQ482094.3	951	GAGTTGGTGACTCAATGAGTTGGTTTGTAAAACTCTTTGAATGTAAAACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52424	GAGTTGGTGACTCAATGAGTTGGTTTGTAAAACTCTTTGAATGTAAAACT	52473

FQ482094.3	1001	ATTTGAATGGACATTTTCTTCCATAATTTCAATTTCAACCTGTGTGTATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52474	ATTTGAATGGACATTTTCTTCCATAATTTCAATTTCAACCTGTGTGTATT	52523

FQ482094.3	1051	TGTGTCTAAAATTAGTCACTTTTAGACAGAGTATGATTGTATATTTTTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52524	TGTGTCTAAAATTAGTCACTTTTAGACAGAGTATGATTGTATATTTTTTA	52573

FQ482094.3	1101	AGTCTATGCATCCAATCTATGTACTTTGATTGAATTTAGTCTATTTACAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52574	AGTCTATGCATCCAATCTATGTACTTTGATTGAATTTAGTCTATTTACAT	52623

FQ482094.3	1151	TTGAAATAATTAATGATTGAGAAAGACTTTTACCTTCTTGCTCCTTGATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52624	TTGAAATAATTAATGATTGAGAAAGACTTTTACCTTCTTGCTCCTTGATT	52673

FQ482094.3	1201	TCTGTCTTTAGGATTTTTGTCTTTCATCACTACCTTTCTCTGAATTAATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52674	TCTGTCTTTAGGATTTTTGTCTTTCATCACTACCTTTCTCTGAATTAATT	52723

FQ482094.3	1251	ATCCTTTTATTGTGACATATTGAGATTACTTAATCACTTCCTTTTGTGTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52724	ATCCTTTTATTGTGACATATTGAGATTACTTAATCACTTCCTTTTGTGTA	52773

FQ482094.3	1301	TATTCCATGGATATTTTGTTTGTTCAGAGCATGGAGTAGTATCTAATATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52774	TATTCCATGGATATTTTGTTTGTTCAGAGCATGGAGTAGTATCTAATATC	52823

FQ482094.3	1351	CAAAAGTTTGAACAATGTATTTTGAATTGACAGCAACTTAACTTCAATTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52824	CAAAAGTTTGAACAATGTATTTTGAATTGACAGCAACTTAACTTCAATTG	52873

FQ482094.3	1401	GGTCAAAAGTACTCTACTTATATGCAGCTTTATCTCCTCTCTCTTGTAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52874	GGTCAAAAGTACTCTACTTATATGCAGCTTTATCTCCTCTCTCTTGTAAT	52923

FQ482094.3	1451	TGATGTCAAAAATGGTATCTTTCTATATTGTGCACTAATTGACATGGATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52924	TGATGTCAAAAATGGTATCTTTCTATATTGTGCACTAATTGACATGGATT	52973

FQ482094.3	1501	TATAATTATTTTGAGCATTTGCCTTGTGTAACTATTATAAAATGAAGTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	52974	TATAATTATTTTGAGCATTTGCCTTGTGTAACTATTATAAAATGAAGTTA	53023

FQ482094.3	1551	CAAACAAAAATTACAAATAATACTAGATGGTATATTTTCCCTTATGCTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53024	CAAACAAAAATTACAAATAATACTAGATGGTATATTTTCCCTTATGCTAA	53073

FQ482094.3	1601	TTTTTACTGAATATGTGTATATATTCATATGGCTATGAAATACTTCTAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53074	TTTTTACTGAATATGTGTATATATTCATATGGCTATGAAATACTTCTAGT	53123

FQ482094.3	1651	ATCTTTTCATTGTTAAATATATTAATAATTTTCCCTACCTTAGAGAAAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53124	ATCTTTTCATTGTTAAATATATTAATAATTTTCCCTACCTTAGAGAAAAT	53173

FQ482094.3	1701	AACCAATCATAACACCTATAATTTATTCTTTTGTATTTTATTGACACAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53174	AACCAATCATAACACCTATAATTTATTCTTTTGTATTTTATTGACACAGT	53223

FQ482094.3	1751	TATCAAATTGGCAAATTTTATTCCTTTTAAATATTTGTAGATGGACTAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53224	TATCAAATTGGCAAATTTTATTCCTTTTAAATATTTGTAGATGGACTAAG	53273

FQ482094.3	1801	TCTTAATGGAAGTTCAGATATAATATGGCTCTGCTACTGCTGCTAAGTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53274	TCTTAATGGAAGTTCAGATATAATATGGCTCTGCTACTGCTGCTAAGTCA	53323

FQ482094.3	1851	CTTCAGTCGTGTCCAACTCTGTGTGACCCCAGAGACGGCCTCCTACCAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53324	CTTCAGTCGTGTCCAACTCTGTGTGACCCCAGAGACGGCCTCCTACCAGG	53373

FQ482094.3	1901	CTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGCTTGCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53374	CTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGCTTGCCA	53423

FQ482094.3	1951	TTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482092.6	53424	TTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGT	53473

Overview

Query
FQ482094.3 - 86815 bps
Hit
FQ482092.6 - 53473 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link