<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

FQ790216.2	1	TCCTGACTTCTAAGACTATGTATTATTTTTCTTTATAAAACTTGATATCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229244	TCCTGACTTCTAAGACTATGTATTATTTTTCTTTATAAAACTTGATATCA	229293

FQ790216.2	51	TAAAATATGGCTCCACCATGGCTGGCTCAGTCCTATTCAACAAACTGCTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229294	TAAAATATGGCTCCACCATGGCTGGCTCAGTCCTATTCAACAAACTGCTT	229343

FQ790216.2	101	CTAAAAGATTGGACCTGTCTTCATACCCAGAAGTCAATAAACTAACAGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229344	CTAAAAGATTGGACCTGTCTTCATACCCAGAAGTCAATAAACTAACAGGA	229393

FQ790216.2	151	AAGGTACTGAAAAATGCTGTCATTTGCATGAGGTTACTTCTGTAACTATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229394	AAGGTACTGAAAAATGCTGTCATTTGCATGAGGTTACTTCTGTAACTATG	229443

FQ790216.2	201	AAAGCTTTGACCTCTTACTGGGCGGATATTAAAGTGAGATCCCAGTAACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229444	AAAGCTTTGACCTCTTACTGGGCGGATATTAAAGTGAGATCCCAGTAACA	229493

FQ790216.2	251	CGGCTCAGGAGAGTTTGTCACCCTTTCCTTCAAGACCTAATGGATTAGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229494	CGGCTCAGGAGAGTTTGTCACCCTTTCCTTCAAGACCTAATGGATTAGAC	229543

FQ790216.2	301	TTTTCCACTAAAGTTATACACAAAGAAGAGGATAAAATGCGTGTATAGAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229544	TTTTCCACTAAAGTTATACACAAAGAAGAGGATAAAATGCGTGTATAGAT	229593

FQ790216.2	351	AGTTTGACAAGTAGTATTAAATGAGAGTATTAATTTAAGGTAAACCTAAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229594	AGTTTGACAAGTAGTATTAAATGAGAGTATTAATTTAAGGTAAACCTAAC	229643

FQ790216.2	401	ATATTCAAAGAATGAGAAAAACTTTACAACCAGAAAGACACTATGTTTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229644	ATATTCAAAGAATGAGAAAAACTTTACAACCAGAAAGACACTATGTTTGT	229693

FQ790216.2	451	CTTGGCAGAGAGTATAAAGCTTTAGAGATGGAAATACCAAAGAAATAGAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229694	CTTGGCAGAGAGTATAAAGCTTTAGAGATGGAAATACCAAAGAAATAGAC	229743

FQ790216.2	501	AGATAAATCATTATAACCAGATAGAAAATTTAGACTTACACTAGTTACCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229744	AGATAAATCATTATAACCAGATAGAAAATTTAGACTTACACTAGTTACCC	229793

FQ790216.2	551	ATAAGAAGTTTATGGGAAGCAATGTACTGTACATCTGGATGGAGATTTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229794	ATAAGAAGTTTATGGGAAGCAATGTACTGTACATCTGGATGGAGATTTCA	229843

FQ790216.2	601	TACACTGTTCACTATTGGTATGGAGATAAGTGAATAGATACATTACAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229844	TACACTGTTCACTATTGGTATGGAGATAAGTGAATAGATACATTACAAAA	229893

FQ790216.2	651	AAATATTTTGAACTTATCATGAAATTTTATATCAAAAATATCTTTCTACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229894	AAATATTTTGAACTTATCATGAAATTTTATATCAAAAATATCTTTCTACA	229943

FQ790216.2	701	GATGTGAGATCTAAATGTAAAAGCAAAACAAACAAAAAAGAGAGAGATGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229944	GATGTGAGATCTAAATGTAAAAGCAAAACAAACAAAAAAGAGAGAGATGA	229993

FQ790216.2	751	ACTACTACAACTACATTCAATGAGCTAGATAGGAAGATCTCAAACATAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	229994	ACTACTACAACTACATTCAATGAGCTAGATAGGAAGATCTCAAACATAAT	230043

FQ790216.2	801	GGTGAACAAAAAACAAAACAACCACAACAAAGCAGACATAAAAGAGTCCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230044	GGTGAACAAAAAACAAAACAACCACAACAAAGCAGACATAAAAGAGTCCA	230093

FQ790216.2	851	TGTATATGAAATTAAAAAACAAGCACGACGAAGCAGCCTCTCAATCTACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230094	TGTATATGAAATTAAAAAACAAGCACGACGAAGCAGCCTCTCAATCTACT	230143

FQ790216.2	901	CTGTCAAACCCTCATTTCCTCCAAACAGTGCTAGCGGGACTGGACCACTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230144	CTGTCAAACCCTCATTTCCTCCAAACAGTGCTAGCGGGACTGGACCACTA	230193

FQ790216.2	951	ACATTTCCAGTTAAGCCTCTGTCCTTCACAGTAGCCAGCTGGGATTCTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230194	ACATTTCCAGTTAAGCCTCTGTCCTTCACAGTAGCCAGCTGGGATTCTCA	230243

FQ790216.2	1001	TCTCTGGGAGTAATGGTACATTTTGCTAATCACGGTGCTTTACCTCAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230244	TCTCTGGGAGTAATGGTACATTTTGCTAATCACGGTGCTTTACCTCAAAA	230293

FQ790216.2	1051	TATGTGAGGAGAGACATAGAGGGAAGTAAATGATATATTTTTATGATAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230294	TATGTGAGGAGAGACATAGAGGGAAGTAAATGATATATTTTTATGATAGA	230343

FQ790216.2	1101	TATTTATGGAAATCATTTATTTTTAAAGTACATCTTAATAAATGCATAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230344	TATTTATGGAAATCATTTATTTTTAAAGTACATCTTAATAAATGCATAAA	230393

FQ790216.2	1151	TAGATTAAGATGACTTGAGGTTTAAATTCAGTGCCTAGGATGTTGACACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230394	TAGATTAAGATGACTTGAGGTTTAAATTCAGTGCCTAGGATGTTGACACC	230443

FQ790216.2	1201	TCCAAGGATACCTACTTGTTGCCTTTTGTTCACCATCCTCCTCCCCTAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230444	TCCAAGGATACCTACTTGTTGCCTTTTGTTCACCATCCTCCTCCCCTAAT	230493

FQ790216.2	1251	CACATACAGAACACTTACATTTCCCTTACAGTGATCTGTATTTTCTGATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230494	CACATACAGAACACTTACATTTCCCTTACAGTGATCTGTATTTTCTGATA	230543

FQ790216.2	1301	ATTACTCACCTATCACCTTTAGCTCCAAAACGGCTTCTTCGAAATCAGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230544	ATTACTCACCTATCACCTTTAGCTCCAAAACGGCTTCTTCGAAATCAGTT	230593

FQ790216.2	1351	CCTTTTTTAAAAAAGCACTTGTACATTCCATTGTCTGAGACCCGGAGGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230594	CCTTTTTTAAAAAAGCACTTGTACATTCCATTGTCTGAGACCCGGAGGCT	230643

FQ790216.2	1401	GTGGATTCTCACAGCTACTCTTCCCTCGGTGATGTAGTCTTTCACCAACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230644	GTGGATTCTCACAGCTACTCTTCCCTCGGTGATGTAGTCTTTCACCAACT	230693

FQ790216.2	1451	CGGCTCTCCCTTTGAAATCTACTAGTTGTTCTCCCACCTGCTCCATTCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230694	CGGCTCTCCCTTTGAAATCTACTAGTTGTTCTCCCACCTGCTCCATTCCA	230743

FQ790216.2	1501	TTCTGATACACAAAGACAGCCTCTGAGAACTGATTGCGAAACCACCGGAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230744	TTCTGATACACAAAGACAGCCTCTGAGAACTGATTGCGAAACCACCGGAT	230793

FQ790216.2	1551	CTCCATATTCTCCACATTCATGGCTGGGTACACACGGCAGGGCAGCACTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230794	CTCCATATTCTCCACATTCATGGCTGGGTACACACGGCAGGGCAGCACTG	230843

FQ790216.2	1601	TGTCTGCACCCAGCATGGCCACGATGGGTTCTGAGGGGCCAGTCACTGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230844	TGTCTGCACCCAGCATGGCCACGATGGGTTCTGAGGGGCCAGTCACTGAA	230893

FQ790216.2	1651	AAGGAATCTGTGGAATGGAGTCACAAGTGAAAAGAATATTGCAATACCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230894	AAGGAATCTGTGGAATGGAGTCACAAGTGAAAAGAATATTGCAATACCCT	230943

FQ790216.2	1701	GCCTGTGCCTTTTAGAGCACAGCATCATCGCAGGTCCCAGAGACCCATGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230944	GCCTGTGCCTTTTAGAGCACAGCATCATCGCAGGTCCCAGAGACCCATGG	230993

FQ790216.2	1751	GCATTCTCTCTCTCATTAACACAGCAATAATTTGTCACACATATTCAGGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	230994	GCATTCTCTCTCTCATTAACACAGCAATAATTTGTCACACATATTCAGGC	231043

FQ790216.2	1801	TGAAGATGGCAGTGAACAAGACAAGGAAGATTTCCACCCTTGTGGAGCTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	231044	TGAAGATGGCAGTGAACAAGACAAGGAAGATTTCCACCCTTGTGGAGCTC	231093

FQ790216.2	1851	ACAGTCAACAGAGCGATTGTGTATTAAACAGATTATTTTTAAATTGCAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	231094	ACAGTCAACAGAGCGATTGTGTATTAAACAGATTATTTTTAAATTGCAAT	231143

FQ790216.2	1901	GGTAGTAATGGAGGAAGGTGAAGGAGTGCTGGAAAATCATGAAGCTAGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	231144	GGTAGTAATGGAGGAAGGTGAAGGAGTGCTGGAAAATCATGAAGCTAGAG	231193

FQ790216.2	1951	TTTTGGCAGATCTTGGGCATCAGAAATGCGTTCCTCCAGAAATTGAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FQ482091.6	231194	TTTTGGCAGATCTTGGGCATCAGAAATGCGTTCCTCCAGAAATTGAGATC	231243

Overview

Query
FQ790216.2 - 17997 bps
Hit
FQ482091.6 - 231243 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link