<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 3043 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  CU929496.7	101123	GAATTCTGGAATACAGGTCATTTCAAGCATTATTTCACTGTACAAGCAAT	101074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	122758	GAATTCTGGAATACAGGTCATTTCAAGCATTATTTCACTGTACAAGCAAT	122807

C  CU929496.7	101073	CATACATCTATGTAAAAACTGTAAAAAAAAAAAAAAAATTTGTGAAAATT	101024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	122808	CATACATCTATGTAAAAACTGTAAAAAAAAAAAAAAAATTTGTGAAAATT	122857

C  CU929496.7	101023	TGGTACTGCCAATATTTTTAGTAGAGTCTACATACAAGTAAACAAAACAT	100974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	122858	TGGTACTGCCAATATTTTTAGTAGAGTCTACATACAAGTAAACAAAACAT	122907

C  CU929496.7	100973	AACTAGATACAAAGAAAGATTAAAGAGCGTGTAACCTATTTGTGGCTTGG	100924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	122908	AACTAGATACAAAGAAAGATTAAAGAGCGTGTAACCTATTTGTGGCTTGG	122957

C  CU929496.7	100923	CAGGTGTGGTGTTCGGTACAGATGTGGCGTCAGTTTGGCTTTGAGGTAGC	100874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	122958	CAGGTGTGGTGTTCGGTACAGATGTGGCGTCAGTTTGGCTTTGAGGTAGC	123007

C  CU929496.7	100873	TGATTCTGGATTAGAGATGGCTGAGGCTGCACTGCCTCTGGTTTGCCTGC	100824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123008	TGATTCTGGATTAGAGATGGCTGAGGCTGCACTGCCTCTGGTTTGCCTGC	123057

C  CU929496.7	100823	ACTGTCATCTTTTACCACGACTGGCTCTTTATTTTCCCTGTTCAAAAGCT	100774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123058	ACTGTCATCTTTTACCACGACTGGCTCTTTATTTTCCCTGTTCAAAAGCT	123107

C  CU929496.7	100773	GAAGAAGGAACACAAATGTGATTAATTGTATCCATGACCGTGATTCATGA	100724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123108	GAAGAAGGAACACAAATGTGATTAATTGTATCCATGACCGTGATTCATGA	123157

C  CU929496.7	100723	GCAGACCTAAATAAAGGCCAAAACAAGGTAGTGGTGAATGCGCTGTCGTC	100674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123158	GCAGACCTAAATAAAGGCCAAAACAAGGTAGTGGTGAATGCGCTGTCGTC	123207

C  CU929496.7	100673	ATGACTAGTGCAGCTGATGTAGGAGAAATTTTCATGGCAGTAAATCCTCA	100624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123208	ATGACTAGTGCAGCTGATGTAGGAGAAATTTTCATGGCAGTAAATCCTCA	123257

C  CU929496.7	100623	TTACCTTTAGTGTCTGGTTTGAGGCCGGCCTTGACATAGTTTTACGTGCA	100574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123258	TTACCTTTAGTGTCTGGTTTGAGGCCGGCCTTGACATAGTTTTACGTGCA	123307

C  CU929496.7	100573	CGATGTACTGTTGGTGGGGGTGTTTTTGAAATGATGCCATTTTTAGTCTC	100524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123308	CGATGTACTGTTGGTGGGGGTGTTTTTGAAATGATGCCATTTTTAGTCTC	123357

C  CU929496.7	100523	TGTTTCTGCTCGTCTCTCTGTTAGACTTGGTCCTTGGCTTGCACCACTGT	100474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123358	TGTTTCTGCTCGTCTCTCTGTTAGACTTGGTCCTTGGCTTGCACCACTGT	123407

C  CU929496.7	100473	TTGAAGAACCCTGGTCTAGAGATTGCAACACTGAAGGCGGTGAGCTTTTA	100424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123408	TTGAAGAACCCTGGTCTAGAGATTGCAACACTGAAGGCGGTGAGCTTTTA	123457

C  CU929496.7	100423	GTCCCATGCCCCAATGTGGTACCCCCAGTGGGGGACCAGTTAGTCCTGTG	100374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123458	GTCCCATGCCCCAATGTGGTACCCCCAGTGGGGGACCAGTTAGTCCTGTG	123507

C  CU929496.7	100373	AGGGGCTGACACTGTATCTTCCTTTACTTTGCTTAGAATATATCCATTAC	100324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123508	AGGGGCTGACACTGTATCTTCCTTTACTTTGCTTAGAATATATCCATTAC	123557

C  CU929496.7	100323	TGCCTACTTTTGAGCCATGCGGTGGCTCAGTTTCTGATAGCCCATTCTCC	100274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123558	TGCCTACTTTTGAGCCATGCGGTGGCTCAGTTTCTGATAGCCCATTCTCC	123607

C  CU929496.7	100273	ATGGTTGAGGGTCGTGCTGGTGACCCTTGTGTAGAGAGGTTCTGTTCATT	100224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123608	ATGGTTGAGGGTCGTGCTGGTGACCCTTGTGTAGAGAGGTTCTGTTCATT	123657

C  CU929496.7	100223	TCTCTTTGTGTCCATATTTTCATAGGTCCCATTCTGCTCAATGGCCTCTC	100174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123658	TCTCTTTGTGTCCATATTTTCATAGGTCCCATTCTGCTCAATGGCCTCTC	123707

C  CU929496.7	100173	TAAGAGGGCCTGTTCGCCCATCCTGGTGATCATCATCTCCTCCTATGTGG	100124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123708	TAAGAGGGCCTGTTCGCCCATCCTGGTGATCATCATCTCCTCCTATGTGG	123757

C  CU929496.7	100123	AAATAACATTAACAAAAAAAAAAGATTACTTAATTTCACAACCTCTAAAT	100074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123758	AAATAACATTAACAAAAAAAAAAGATTACTTAATTTCACAACCTCTAAAT	123807

C  CU929496.7	100073	TTGCAGGATTGGTTTCAACAGAAGTTGGCACATCATTTAGGCCAAGGGTG	100024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123808	TTGCAGGATTGGTTTCAACAGAAGTTGGCACATCATTTAGGCCAAGGGTG	123857

C  CU929496.7	100023	TCAAACTTGGTTCCTGGAGGGCTGCAGCCCTGCACAGTTTAGTTCCAACC	99974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123858	TCAAACTTGGTTCCTGGAGGGCTGCAGCCCTGCACAGTTTAGTTCCAACC	123907

C  CU929496.7	99973	CTGCTCCAACACACTTAAGCTGCGGGTACACTTGACTTTTCTCCCCATAG	99924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123908	CTGCTCCAACACACTTAAGCTGCGGGTACACTTGACTTTTCTCCCCATAG	123957

C  CU929496.7	99923	ACTTCCATTCATACCCACGCAAATGCGTCAGACCAGAAACACAGGGTCAT	99874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	123958	ACTTCCATTCATACCCACGCAAATGCGTCAGACCAGAAACACAGGGTCAT	124007

C  CU929496.7	99873	GCGTTAAGCTTGGTGAACTCTGACCTGCGAAATTGTATAACTTGACTGCG	99824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124008	GCGTTAAGCTTGGTGAACTCTGACCTGCGAAATTGTATAACTTGACTGCG	124057

C  CU929496.7	99823	TGAGACTAATCGAGGATCAAAACATGACCTTTCTGGACAGAAATTTAAAA	99774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124058	TGAGACTAATCGAGGATCAAAACATGACCTTTCTGGACAGAAATTTAAAA	124107

C  CU929496.7	99773	CATGGAGCAATCGCTCGCTTTTTTTAATGTCTAATAATCTTGTTTAATCC	99724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124108	CATGGAGCAATCGCTCGCTTTTTTTAATGTCTAATAATCTTGTTTAATCC	124157

C  CU929496.7	99723	CGCCCCTTTTCGCAGCGTCGTACAACAGAATTTCACACACACAAACTCTA	99674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124158	CGCCCCTTTTCGCAGCGTCGTACAACAGAATTTCACACACACAAACTCTA	124207

C  CU929496.7	99673	GTGTGACTGCAGCCTTACCTGTAGGTTTCAAACAAACCTGAGGACTCAAT	99624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124208	GTGTGACTGCAGCCTTACCTGTAGGTTTCAAACAAACCTGAGGACTCAAT	124257

C  CU929496.7	99623	TACTTTATTCAGGTGTGTTTAATTAGGGTTTGACCTAAGCTGTTTGACAC	99574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124258	TACTTTATTCAGGTGTGTTTAATTAGGGTTTGACCTAAGCTGTTTGACAC	124307

C  CU929496.7	99573	CTCTGATTGAAGCTGCGGTCACTCTGGACTTTTCTCTCCATAGACTTTTA	99524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124308	CTCTGATTGAAGCTGCGGTCACTCTGGACTTTTCTCTCCATAGACTTTTA	124357

C  CU929496.7	99523	TTCATATGCACATGAATGCATTAGACCGGAAACGCAAGCTTGTGCGACAA	99474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124358	TTCATATGCACATGAATGCATTAGACCGGAAACGCAAGCTTGTGCGACAA	124407

C  CU929496.7	99473	GTTTCACAGTTTGCTGCGTTGCAAAGTTCAAGCTTGGTGAACTCTAACCT	99424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124408	GTTTCACAGTTTGCTGCGTTGCAAAGTTCAAGCTTGGTGAACTCTAACCT	124457

C  CU929496.7	99423	GCAAAATTGCATGACTTGACTGCGTAAGACCAATCGAGGATCCAAACATG	99374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124458	GCAAAATTGCATGACTTGACTGCGTAAGACCAATCGAGGATCCAAACATG	124507

C  CU929496.7	99373	ACCTCTCTGGACAGAAATTTAAAATATGGACCAATCGCTTGCTTTTTTAA	99324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124508	ACCTCTCTGGACAGAAATTTAAAATATGGACCAATCGCTTGCTTTTTTAA	124557

C  CU929496.7	99323	TTGTCTAATCTTCCTGTTTAATTCCGCCCCTTTTCAAAGTGCCGTGCAAC	99274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124558	TTGTCTAATCTTCCTGTTTAATTCCGCCCCTTTTCAAAGTGCCGTGCAAC	124607

C  CU929496.7	99273	AAAATTCCGCATTCTCAAACTCTAGTGTGACCGCAGCTTGAGGCAAAAAC	99224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124608	AAAATTCCGCATTCTCAAACTCTAGTGTGACCGCAGCTTGAGGCAAAAAC	124657

C  CU929496.7	99223	AAAACATATGCATGCTAAGAATGTACAAGTAATGCTGAGTTCAGACTGAA	99174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124658	AAAACATATGCATGCTAAGAATGTACAAGTAATGCTGAGTTCAGACTGAA	124707

C  CU929496.7	99173	TGATTTTAGCCCGATTTTGACTCACCGACAGCTTTTGAGAAAATCGCAGA	99124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124708	TGATTTTAGCCCGATTTTGACTCACCGACAGCTTTTGAGAAAATCGCAGA	124757

C  CU929496.7	99123	CAGATGCCTGAAATCATAGGCAAGTTGGTGCTCGTTCACGTGAGTAACAA	99074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124758	CAGATGCCTGAAATCATAGGCAAGTTGGTGCTCGTTCACGTGAGTAACAA	124807

C  CU929496.7	99073	TCACACCGAGTGAGCTATTAAAGACGTGATCTGAGAGAATCGCAGATGAG	99024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124808	TCACACCGAGTGAGCTATTAAAGACGTGATCTGAGAGAATCGCAGATGAG	124857

C  CU929496.7	99023	TCGCTGACACCCGTGAGATATTTGGCATGCTAAATATCTGGACCTGTTGC	98974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124858	TCGCTGACACCCGTGAGATATTTGGCATGCTAAATATCTGGACCTGTTGC	124907

C  CU929496.7	98973	CAATTCAAAATCATGTCATGTGAATTATGTTGATTGAAAATATCACCTAC	98924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124908	CAATTCAAAATCATGTCATGTGAATTATGTTGATTGAAAATATCACCTAC	124957

C  CU929496.7	98923	AGCCAATGATAAGCAGCATCCGCTAGTGAGGGTATCTGCAATCCAGCGGG	98874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	124958	AGCCAATGATAAGCAGCATCCGCTAGTGAGGGTATCTGCAATCCAGCGGG	125007

C  CU929496.7	98873	AGGTTGGGGGAGATGTTAAAAGTGCTTATTTCTAATCTATTTGGACCCAA	98824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125008	AGGTTGGGGGAGATGTTAAAAGTGCTTATTTCTAATCTATTTGGACCCAA	125057

C  CU929496.7	98823	GAAATGGAGGAAAAACTAGTGGAAATTTGGCAGGAACCTCCATGTCTGTT	98774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125058	GAAATGGAGGAAAAACTAGTGGAAATTTGGCAGGAACCTCCATGTCTGTT	125107

C  CU929496.7	98773	TGAAAACACAGGTGTGCAAAATAGCCCACTAAAACTTCTTTCTCATTATG	98724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125108	TGAAAACACAGGTGTGCAAAATAGCCCACTAAAACTTCTTTCTCATTATG	125157

C  CU929496.7	98723	TAGTTAATAACAAAAGATATACTGTGTGACCTTGCGTTGTTTCCATGTCA	98674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125158	TAGTTAATAACAAAAGATATACTGTGTGACCTTGCGTTGTTTCCATGTCA	125207

C  CU929496.7	98673	CTTCTCGCATGTGTTTGGTTGTGAGACGTAGTTTAAGAACCGAGACAAAG	98624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125208	CTTCTCGCATGTGTTTGGTTGTGAGACGTAGTTTAAGAACCGAGACAAAG	125257

C  CU929496.7	98623	TTGTCGGCGATTCTTCCTATACTTTGAAAATCATGCAGTCTAAACCTGGC	98574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125258	TTGTCGGCGATTCTTCCTATACTTTGAAAATCATGCAGTCTAAACCTGGC	125307

C  CU929496.7	98573	ACAAGGCTCTTAAATGAGAAGTAAACAATGAAAGAGAGAAAGACATTTTT	98524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125308	ACAAGGCTCTTAAATGAGAAGTAAACAATGAAAGAGAGAAAGACATTTTT	125357

C  CU929496.7	98523	TATACTTTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATAT	98474
			|||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125358	TATACTTTGTGTGTG--TATATATATATATATATATATATATATATATAT	125405

C  CU929496.7	98473	ATATATATATATATATATATATATATATATATTTATTTATTTAATAACTC	98424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125406	ATATATATATATATATATATATATATATATATTTATTTATTTAATAACTC	125455

C  CU929496.7	98423	AGTAAATTCTTCTAAAAAAAAATGCATTATTTAAACTGTATACAGTAGCT	98374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125456	AGTAAATTCTTCTAAAAAAAAATGCATTATTTAAACTGTATACAGTAGCT	125505

C  CU929496.7	98373	CTTTCATTCATAAATCTATATGTAGGGCTACGGTTTAGATCAGATAAAAT	98324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125506	CTTTCATTCATAAATCTATATGTAGGGCTACGGTTTAGATCAGATAAAAT	125555

C  CU929496.7	98323	ATTTTGTAATATTGCTTTGCACCCCTAAATTTAATTAAAAAGAATTAATA	98274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125556	ATTTTGTAATATTGCTTTGCACCCCTAAATTTAATTAAAAAGAATTAATA	125605

C  CU929496.7	98273	AAAAACAACAATAAATAACTTGGATATATTAACCTACAAGACATTAAGAA	98224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125606	AAAAACAACAATAAATAACTTGGATATATTAACCTACAAGACATTAAGAA	125655

C  CU929496.7	98223	GCTAACCAAAATGCAGAAATTAAATAAAAGTCAAGATCAGCATAAAAAAT	98174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125656	GCTAACCAAAATGCAGAAATTAAATAAAAGTCAAGATCAGCATAAAAAAT	125705

C  CU929496.7	98173	GCTTAATAACAATTTTTGTGTTTACCTTCTTCTTGATCACTGCGAGACTC	98124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125706	GCTTAATAACAATTTTTGTGTTTACCTTCTTCTTGATCACTGCGAGACTC	125755

C  CU929496.7	98123	TTTTGTCCCCTCGGACTTCATGGTTTCCCTCTTGCCTGAATTC	98081
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125756	TTTTGTCCCCTCGGACTTCATGGTTTCCCTCTTGCCTGAATTC	125798

Compact alignment

skip 2600 bps 100% identity alignment

C  CU929496.7	98523	TATACTTTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATAT	98474
			|||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU972453.9	125358	TATACTTTGTGTGTG--TATATATATATATATATATATATATATATATAT	125405

skip 393 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU929496.7 - 101123 bps
Hit
CU972453.9 - 125798 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 3043 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11000304398081101123-11227581257981
Short-link