<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU856252.3	1	GATCATCCTTCAATGTGCAGCTTCTAGTATATGGTCAATAAGACCACATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	44715	GATCATCCTTCAATGTGCAGCTTCTAGTATATGGTCAATAAGACCACATA	44764

CU856252.3	51	TAAAACACATTTTTTTAAACAGAAAAGGTACACGAAACACAGCAGGAAAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	44765	TAAAACACATTTTTTTAAACAGAAAAGGTACACGAAACACAGCAGGAAAC	44814

CU856252.3	101	TGTTCGTACTTGAGAAGGAGAACTCCACTTCTCCTTCTGTACCATACAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	44815	TGTTCGTACTTGAGAAGGAGAACTCCACTTCTCCTTCTGTACCATACAAC	44864

CU856252.3	151	TTGATGCACCGACAAAGTGGACAAAGATCATTGAAGAAACAGCGGTCCAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	44865	TTGATGCACCGACAAAGTGGACAAAGATCATTGAAGAAACAGCGGTCCAC	44914

CU856252.3	201	TACTGAGCTTCTCCCTTGTCTCATCATGGTGACATTCTGCTAACAATTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	44915	TACTGAGCTTCTCCCTTGTCTCATCATGGTGACATTCTGCTAACAATTTA	44964

CU856252.3	251	ACCAGCTTCAATGGCAATAGCTTAGTAGACAATGCCTTGGGAGACCCACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	44965	ACCAGCTTCAATGGCAATAGCTTAGTAGACAATGCCTTGGGAGACCCACA	45014

CU856252.3	301	AAACTGCAGGAACCCAAATACCAAGAGCCTTTGAATAACAAAATTATCCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45015	AAACTGCAGGAACCCAAATACCAAGAGCCTTTGAATAACAAAATTATCCC	45064

CU856252.3	351	TGCTTCCAATGAAAAATTTGAAACTATACTTTCCTGAATTTAATATATGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45065	TGCTTCCAATGAAAAATTTGAAACTATACTTTCCTGAATTTAATATATGA	45114

CU856252.3	401	AGATCTGTAGACTTCCAAGCAACATTCATCATGTTCTACAATCCCTTCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45115	AGATCTGTAGACTTCCAAGCAACATTCATCATGTTCTACAATCCCTTCAA	45164

CU856252.3	451	ATTAATAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGTTACGTGCCACAGCCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45165	ATTAATAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGTTACGTGCCACAGCCTA	45214

CU856252.3	501	ATATAAGACATTGGTTCCACTTTATACACGTCTGAATCCAGACATTAGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45215	ATATAAGACATTGGTTCCACTTTATACACGTCTGAATCCAGACATTAGTT	45264

CU856252.3	551	TGGTCCTCTAAAGTTGTCAAACAACACTCTTAAAGATCACAGCAAGATTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45265	TGGTCCTCTAAAGTTGTCAAACAACACTCTTAAAGATCACAGCAAGATTT	45314

CU856252.3	601	CCTTATCCGTGAAACAAAACATTCCAGACAACCACCTACTTGATGATGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45315	CCTTATCCGTGAAACAAAACATTCCAGACAACCACCTACTTGATGATGAT	45364

CU856252.3	651	GAACAAGATTTTCATAAGCAGTGAGGGAATGATAATTAAATCAGGTAAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45365	GAACAAGATTTTCATAAGCAGTGAGGGAATGATAATTAAATCAGGTAAAA	45414

CU856252.3	701	CCACTGTAACAGGAATGAGAGAGCAGAAGTCTACAAGAAGCACTCCTTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45415	CCACTGTAACAGGAATGAGAGAGCAGAAGTCTACAAGAAGCACTCCTTAT	45464

CU856252.3	751	AAGGATTCAAACATGCTCAAAGTAAGCAGACACCAACAGTAGTTATAGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45465	AAGGATTCAAACATGCTCAAAGTAAGCAGACACCAACAGTAGTTATAGAC	45514

CU856252.3	801	ATATTGCATTCACTACTGTAGTACTGTTTAAACTTTAAACAAAAGTGTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45515	ATATTGCATTCACTACTGTAGTACTGTTTAAACTTTAAACAAAAGTGTTA	45564

CU856252.3	851	CCTTTTTATTTTAAGATTTTAGATGAGACAAAACATCTTTTTAAGGCAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45565	CCTTTTTATTTTAAGATTTTAGATGAGACAAAACATCTTTTTAAGGCAAT	45614

CU856252.3	901	ATGCACCTCCCCTTCGACAGTTCAAAGTTATAGATGATAAGATGGTTCAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45615	ATGCACCTCCCCTTCGACAGTTCAAAGTTATAGATGATAAGATGGTTCAC	45664

CU856252.3	951	ACATTTCAACAATTACAAATGAATTGAAGGAAATAGACTTCAAGCACTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45665	ACATTTCAACAATTACAAATGAATTGAAGGAAATAGACTTCAAGCACTAA	45714

CU856252.3	1001	AGATATTGGTGGAAAGGATAATATTCAATCAAGTACGACAGGATTATAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45715	AGATATTGGTGGAAAGGATAATATTCAATCAAGTACGACAGGATTATAAT	45764

CU856252.3	1051	CAAAGGATTTTCACTAATTAGGACAAATACAAGAACACTCAAACAATGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45765	CAAAGGATTTTCACTAATTAGGACAAATACAAGAACACTCAAACAATGAA	45814

CU856252.3	1101	AGAGTAATAGTAACCAAGTTGTTAACCAATCTACTTGTAGTGATAGAACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45815	AGAGTAATAGTAACCAAGTTGTTAACCAATCTACTTGTAGTGATAGAACA	45864

CU856252.3	1151	AAATCCATTATGTATGGTAATGGTCAAAAGTCATTACATAATGATATTTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45865	AAATCCATTATGTATGGTAATGGTCAAAAGTCATTACATAATGATATTTG	45914

CU856252.3	1201	CTATTTTGTTGCACTTTTATCATCTCAATTCTATTCACACTATCAGATTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45915	CTATTTTGTTGCACTTTTATCATCTCAATTCTATTCACACTATCAGATTC	45964

CU856252.3	1251	TTAGAAATTAGAATATCAGTAAATTCAGCTATGTTCCGGTAAAAAGAATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	45965	TTAGAAATTAGAATATCAGTAAATTCAGCTATGTTCCGGTAAAAAGAATG	46014

CU856252.3	1301	TGAATTTAGCAGAAAGGTACCGCTTAAAAAATCATACTCATACTTAAACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46015	TGAATTTAGCAGAAAGGTACCGCTTAAAAAATCATACTCATACTTAAACA	46064

CU856252.3	1351	CTGAAGGACATTCAGAAATGGTTGCACTAACAAATTATCGGGAATGAATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46065	CTGAAGGACATTCAGAAATGGTTGCACTAACAAATTATCGGGAATGAATT	46114

CU856252.3	1401	ACAAAATTTGAACCCCTTCTAACTTTGGACTGCCAAAGTCAATACCCAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46115	ACAAAATTTGAACCCCTTCTAACTTTGGACTGCCAAAGTCAATACCCAAT	46164

CU856252.3	1451	ATCTTTAAGTCTTGAGAAGTAACACAGGAAAAACTAGCTACCTCATAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46165	ATCTTTAAGTCTTGAGAAGTAACACAGGAAAAACTAGCTACCTCATAGGA	46214

CU856252.3	1501	TTCCAAATGAATATATGTTGTATCAACTATTACTCTGCAGGGAATAACAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46215	TTCCAAATGAATATATGTTGTATCAACTATTACTCTGCAGGGAATAACAC	46264

CU856252.3	1551	TCTTGTCAATCAAAACTGAACAATTCTCATAAAGACCTTCCTTAGGTGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46265	TCTTGTCAATCAAAACTGAACAATTCTCATAAAGACCTTCCTTAGGTGCA	46314

CU856252.3	1601	AGATTCAACAAACAAGACTTTGGAGCAGACAGCCTATTTCTCTCACTAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46315	AGATTCAACAAACAAGACTTTGGAGCAGACAGCCTATTTCTCTCACTAGT	46364

CU856252.3	1651	AAACCTTTCTTGGTCTTCCATCATTAAAATAAGACGATGGTTCCGACCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46365	AAACCTTTCTTGGTCTTCCATCATTAAAATAAGACGATGGTTCCGACCTA	46414

CU856252.3	1701	ATAGCTCTGACACATATTTCATGTCTCCCTTGTGAAGGGCATACCTAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46415	ATAGCTCTGACACATATTTCATGTCTCCCTTGTGAAGGGCATACCTAACA	46464

CU856252.3	1751	CGAGTAGATGATACTTGCCCTCTCTCTTTACCGTCTTTAGAGTTCAAGTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46465	CGAGTAGATGATACTTGCCCTCTCTCTTTACCGTCTTTAGAGTTCAAGTC	46514

CU856252.3	1801	TCCAGAAATTTGATTTGTGTCCATGACAGAATTGATTATATAAGCCTCTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46515	TCCAGAAATTTGATTTGTGTCCATGACAGAATTGATTATATAAGCCTCTA	46564

CU856252.3	1851	ATCCATACTCCTCACAGAGCTTCACAAGGTCTGATGCATCACCAGCAGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46565	ATCCATACTCCTCACAGAGCTTCACAAGGTCTGATGCATCACCAGCAGCT	46614

CU856252.3	1901	CTATATCCAAAACGATAATTCTCGCCTGAGGTCATCAAGACATCATCATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46615	CTATATCCAAAACGATAATTCTCGCCTGAGGTCATCAAGACATCATCATC	46664

CU856252.3	1951	TTTTTTATCTTTTATTAGTTTATATTGGAATCTCTATATCAAGTTAGGAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU929467.5	46665	TTTTTTATCTTTTATTAGTTTATATTGGAATCTCTATATCAAGTTAGGAT	46714

Overview

Query
CU856252.3 - 143367 bps
Hit
CU929467.5 - 46714 bps
Total alignments
17
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001926200012000144715467141
286.543457513310133851-1135321021
388.872595436358464126-1135319091
493.8511314633093332381532154661
595.4748763369634551532654121
689.0535767863425641021541360971
789.3429359533257338511552961191
890.471081693415034318-1718873551
996.067038625818159042-114416152781
1096.287078595818459042-119670205281
1189.581642903309933388-135640359461
1289.891813076337063676-135640359461
1378.89351096400264110-136594367021
1485.733007403310133840136594373501
1588.233727436337264114136594373491
1687.08641173309433210-137237373521
1785.37621226336063481-137237373591
Short-link