<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU302430.14	178441	GATCCTGGGTTCTGTAGAAAGCAGGCTGAGCAGCCATGAGGAGCAAGCCA	178392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66345	GATCCTGGGTTCTGTAGAAAGCAGGCTGAGCAGCCATGAGGAGCAAGCCA	66394

C  CU302430.14	178391	GTATGAAGCATACCTCCATGGCCTCTTTATCAGCTCCTGCCTCCAGGTTC	178342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66395	GTATGAAGCATACCTCCATGGCCTCTTTATCAGCTCCTGCCTCCAGGTTC	66444

C  CU302430.14	178341	CTGCCTGTTTGAGGTCCTGCTTTGGCTTCCCTCAGTGGACAGTGTAACTC	178292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66445	CTGCCTGTTTGAGGTCCTGCTTTGGCTTCCCTCAGTGGACAGTGTAACTC	66494

C  CU302430.14	178291	AGGACCTGTAAGCCCAAAAAGTCCTTCCGAAGTTTCTTTTGGTCATGATA	178242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66495	AGGACCTGTAAGCCCAAAAAGTCCTTCCGAAGTTTCTTTTGGTCATGATA	66544

C  CU302430.14	178241	TTTCATCACAGTAATAGTAACCTGACTAAGACATGGACTGATCTCAAAAG	178192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66545	TTTCATCACAGTAATAGTAACCTGACTAAGACATGGACTGATCTCAAAAG	66594

C  CU302430.14	178191	CATTCATGCAGTGTCTTAGAATCCATAGCTATGGTAAGATGGTTGGAAGT	178142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66595	CATTCATGCAGTGTCTTAGAATCCATAGCTATGGTAAGATGGTTGGAAGT	66644

C  CU302430.14	178141	CTTTCTTACCTGGGAGAAAGGTAAGAGGAGCAGAGTCCTCTTAAGTTTAG	178092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66645	CTTTCTTACCTGGGAGAAAGGTAAGAGGAGCAGAGTCCTCTTAAGTTTAG	66694

C  CU302430.14	178091	GCCCGGTGATCTCCTGGATCACCCCAACCCAAGGGTAGGAGGAGAGCCTT	178042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66695	GCCCGGTGATCTCCTGGATCACCCCAACCCAAGGGTAGGAGGAGAGCCTT	66744

C  CU302430.14	178041	ATATACACTAAGTAGCTAGGGCGGGAAGTCTGGACAGTCATGGTTGCAGT	177992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66745	ATATACACTAAGTAGCTAGGGCGGGAAGTCTGGACAGTCATGGTTGCAGT	66794

C  CU302430.14	177991	TCTCGATTTACAGATGTGCACACAGGTAGTGAACACGGAGTCTAGTTCAG	177942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66795	TCTCGATTTACAGATGTGCACACAGGTAGTGAACACGGAGTCTAGTTCAG	66844

C  CU302430.14	177941	AACGATGCCATGCAAACCATTAAGTCCTGGGCTACAGAATACTGCCCTGT	177892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66845	AACGATGCCATGCAAACCATTAAGTCCTGGGCTACAGAATACTGCCCTGT	66894

C  CU302430.14	177891	GTCAGAGTGTGCATCGTGAAAACATAGGTTGGGGGCTTGAGAGACAGCTC	177842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66895	GTCAGAGTGTGCATCGTGAAAACATAGGTTGGGGGCTTGAGAGACAGCTC	66944

C  CU302430.14	177841	AGCATACCTAAGAATGCCTGCTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTTGATTC	177792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66945	AGCATACCTAAGAATGCCTGCTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTTGATTC	66994

C  CU302430.14	177791	CCAGCACCCCTATGGCAACTCACAACTGCCTCTAATTCCAGTCCCAAGAC	177742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	66995	CCAGCACCCCTATGGCAACTCACAACTGCCTCTAATTCCAGTCCCAAGAC	67044

C  CU302430.14	177741	AGCCTATGCACTATTGTCTCTGTAGACACCAGGCACACAGGTGACCTGAC	177692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67045	AGCCTATGCACTATTGTCTCTGTAGACACCAGGCACACAGGTGACCTGAC	67094

C  CU302430.14	177691	ATACATTTAGACAAAACACCCATACACATAAAACAAAAGAAAAGACAAGA	177642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67095	ATACATTTAGACAAAACACCCATACACATAAAACAAAAGAAAAGACAAGA	67144

C  CU302430.14	177641	AAATACAATATTCGTCTCAAACCAGAAGGCCATTGTACCTCCCTTCCCAA	177592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67145	AAATACAATATTCGTCTCAAACCAGAAGGCCATTGTACCTCCCTTCCCAA	67194

C  CU302430.14	177591	ACCATGGGCTTATAGTGAAGAAACGTGTTTTCCTCACCTACTCTGCATGG	177542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67195	ACCATGGGCTTATAGTGAAGAAACGTGTTTTCCTCACCTACTCTGCATGG	67244

C  CU302430.14	177541	GAACTAAGATCTTGGGAAGGGGAATTGAGGCCCTATGGAGAAGCCAAAAT	177492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67245	GAACTAAGATCTTGGGAAGGGGAATTGAGGCCCTATGGAGAAGCCAAAAT	67294

C  CU302430.14	177491	GCTTCAGGTCCCCAGCAGGGGGCAGCACGTACCTGCCCATGGCACCCGGG	177442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67295	GCTTCAGGTCCCCAGCAGGGGGCAGCACGTACCTGCCCATGGCACCCGGG	67344

C  CU302430.14	177441	ACCCACACCCTCCACTTAGCTACCTTAAGGAGAAGGCCTCACCACAGCTC	177392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67345	ACCCACACCCTCCACTTAGCTACCTTAAGGAGAAGGCCTCACCACAGCTC	67394

C  CU302430.14	177391	ACTGGTGGCCAGATGACCCAATGAGGCCTTCCCAAGTGGTGTGGTTATCC	177342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67395	ACTGGTGGCCAGATGACCCAATGAGGCCTTCCCAAGTGGTGTGGTTATCC	67444

C  CU302430.14	177341	TGGTGGCTGAGAGAGTAGCTTGGGAGGGAGCAAGCGCTGGAAGTGCTCCA	177292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67445	TGGTGGCTGAGAGAGTAGCTTGGGAGGGAGCAAGCGCTGGAAGTGCTCCA	67494

C  CU302430.14	177291	AGCCAGCCTTCTTAACAATGAGACATTGCTTCTCCAACAGTCATGTGTCA	177242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67495	AGCCAGCCTTCTTAACAATGAGACATTGCTTCTCCAACAGTCATGTGTCA	67544

C  CU302430.14	177241	CTTCACAGTGAGAAGCAACTAGACAGTACATCAACCTGTTACAGAACAGA	177192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67545	CTTCACAGTGAGAAGCAACTAGACAGTACATCAACCTGTTACAGAACAGA	67594

C  CU302430.14	177191	GCCCCTCACAGACACAAGGAGGGAAAAAATGCATTAGTTTCAAAGATGGG	177142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67595	GCCCCTCACAGACACAAGGAGGGAAAAAATGCATTAGTTTCAAAGATGGG	67644

C  CU302430.14	177141	GTCAAGGGCTAGAAAAGATGGCCCAGCGGTTAAGAGCAGGTGTTGCTCTC	177092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67645	GTCAAGGGCTAGAAAAGATGGCCCAGCGGTTAAGAGCAGGTGTTGCTCTC	67694

C  CU302430.14	177091	ACAGAGGACGGCTTCCATTTCCAGCACCTACAGTGTGGTTCACAGCCGTC	177042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67695	ACAGAGGACGGCTTCCATTTCCAGCACCTACAGTGTGGTTCACAGCCGTC	67744

C  CU302430.14	177041	TGGAACTCAAGTTCCGGAGAAGGATCTGATGCCCTTTTGTGACTTCCATG	176992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67745	TGGAACTCAAGTTCCGGAGAAGGATCTGATGCCCTTTTGTGACTTCCATG	67794

C  CU302430.14	176991	GGCACCAGGCATACACAGGGTGCACATGTAAACAGGCAGGCAAAACATTT	176942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67795	GGCACCAGGCATACACAGGGTGCACATGTAAACAGGCAGGCAAAACATTT	67844

C  CU302430.14	176941	CTTATTTAAAAAATAAAAAAGAAAAAAAAAAAACAAAACCAACCCTAAAC	176892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67845	CTTATTTAAAAAATAAAAAAGAAAAAAAAAAAACAAAACCAACCCTAAAC	67894

C  CU302430.14	176891	CTAAGAAAGATTGTGGTAGCGAGATTGCTCAGTGGATAAAGGCCTTTGCC	176842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67895	CTAAGAAAGATTGTGGTAGCGAGATTGCTCAGTGGATAAAGGCCTTTGCC	67944

C  CU302430.14	176841	ACCAAAACCGATTGATGACCTGGCTTCTGTTCTTGGGACCCATATGGTGG	176792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67945	ACCAAAACCGATTGATGACCTGGCTTCTGTTCTTGGGACCCATATGGTGG	67994

C  CU302430.14	176791	AAAGAGGGCCCACTCCCACAGGTTCTCTTCTGACCTCCACATATATGCTC	176742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	67995	AAAGAGGGCCCACTCCCACAGGTTCTCTTCTGACCTCCACATATATGCTC	68044

C  CU302430.14	176741	TGGCATGCATGCCTGGGTAGACATTTGTACAAATAAGCATACAAAAATTG	176692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	68045	TGGCATGCATGCCTGGGTAGACATTTGTACAAATAAGCATACAAAAATTG	68094

C  CU302430.14	176691	GGAGAGAATAAAAGGACCGGGAGGATGGATGGTGAGGCTGAGCCCACGTC	176642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	68095	GGAGAGAATAAAAGGACCGGGAGGATGGATGGTGAGGCTGAGCCCACGTC	68144

C  CU302430.14	176641	ACGCGTGGCATGCTACAATTTAGGCCTCTCTTCCAGGTGCTTTTTCATCT	176592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	68145	ACGCGTGGCATGCTACAATTTAGGCCTCTCTTCCAGGTGCTTTTTCATCT	68194

C  CU302430.14	176591	CCTGTGGGTCTGTAAAGTACAAACTCTGGCATAAAGGCACCCATGTGACC	176542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	68195	CCTGTGGGTCTGTAAAGTACAAACTCTGGCATAAAGGCACCCATGTGACC	68244

C  CU302430.14	176541	CGCTGTTACAGGTAACACCACTTGTGCCCGTGAACAACATCTCCTGTGAC	176492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	68245	CGCTGTTACAGGTAACACCACTTGTGCCCGTGAACAACATCTCCTGTGAC	68294

C  CU302430.14	176491	TCACACTTTGTAGATTCTCAATAAATGTGTTAAGTAGGCTGATTGTGGTG	176442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU694282.6	68295	TCACACTTTGTAGATTCTCAATAAATGTGTTAAGTAGGCTGATTGTGGTG	68344

Overview

Query
CU302430.14 - 178441 bps
Hit
CU694282.6 - 68344 bps
Total alignments
34
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019952000176442178441-166345683441
290.7612918571174713581543256151
392.51492051638141640181543356321
490.951411991043161045141543456321
593.171211621502371503981579759571
695.361261519756697716-1580259521
79412315097307974561789880471
891.72125170125557125726-1790480721
991.721261691635271636951790480721
1092.58123176147147147322116813169871
1192.68123164167108167271116821169841
1291.62125179150220150398-121952221301
1389.83145227167108167334121952221771
1493.97130169168762168930121952221171
1590.55120180150225150404-122870230491
1692.951201579756897724122884230391
1797.23129145168786168930122898230411
1893.381311657117471338139582397471
1989.78124184163520163703139583397681
2092.31153209163814164022139583397901
2190.71129182125551125732-139584397661
2289.84125185174021174205-139584397701
2397178200104316104515139584397831
2491.3132185158438158622139585397681
2593.82141175163815163989140399405761
2690.43130189158434158622158017582041
2789.37123186163518163703158017582041
2892.721271647117571338158019581831
2995.43150176163814163989158019581931
3090.16126182125551125732-158020582021
3189.3122185174021174205-158020582061
3295.5169200104316104515158020582191
3393.83123160167108167267-158245584061
3491.281231707117671345-164843650141
Short-link