<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974472.7	1	GATCTAAGGGAGATAAAGGGGATGAGAGTTGGCTGCTCTGTCAGAGGTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	124611	GATCTAAGGGAGATAAAGGGGATGAGAGTTGGCTGCTCTGTCAGAGGTCA	124660

CR974472.7	51	TGGAGACTGTCTTCAGAGGGCCTAGATTAGAAGTAGCATGAACTGAGAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	124661	TGGAGACTGTCTTCAGAGGGCCTAGATTAGAAGTAGCATGAACTGAGAAT	124710

CR974472.7	101	GATAAAGTGATACTAGCAGGGCTCTCATGACCCTGAGCCCAGACATCTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	124711	GATAAAGTGATACTAGCAGGGCTCTCATGACCCTGAGCCCAGACATCTGC	124760

CR974472.7	151	TCACTATCCCCCATGACACCAGCAGGATCCCTCCATTAACCTCCAACCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	124761	TCACTATCCCCCATGACACCAGCAGGATCCCTCCATTAACCTCCAACCTT	124810

CR974472.7	201	AGGTATAGCACAGTTTTCCTCAAATGCAGGGTAGACTAAAAGACAGAGAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	124811	AGGTATAGCACAGTTTTCCTCAAATGCAGGGTAGACTAAAAGACAGAGAC	124860

CR974472.7	251	TCTCTACCCTGTGAATTCAATGATCATAATCCACAGTTCTTTGTGAGGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	124861	TCTCTACCCTGTGAATTCAATGATCATAATCCACAGTTCTTTGTGAGGAG	124910

CR974472.7	301	CCAGGCATCCTGCTCCTTGTCCCCAGCTTGGGTCTTATGCAGATGTAGAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	124911	CCAGGCATCCTGCTCCTTGTCCCCAGCTTGGGTCTTATGCAGATGTAGAC	124960

CR974472.7	351	TCACCTTGTCACATCCATGACCACACACCCATTGTTCCTTGGTTCTGATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	124961	TCACCTTGTCACATCCATGACCACACACCCATTGTTCCTTGGTTCTGATG	125010

CR974472.7	401	TGGTATTGGTGCCTAATTGTGGTGCCCAAGTTTGGTGTTGTGGCATGGGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125011	TGGTATTGGTGCCTAATTGTGGTGCCCAAGTTTGGTGTTGTGGCATGGGG	125060

CR974472.7	451	CAGCTCCCTTGGCTGGGTAGCTGTGGCCTGGGCATGACTTGGAGATAGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125061	CAGCTCCCTTGGCTGGGTAGCTGTGGCCTGGGCATGACTTGGAGATAGGA	125110

CR974472.7	501	AGCAGCTGGAATGCTGGATGAGGAGGACTTCCTGTTCCTGAGATGTCCCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125111	AGCAGCTGGAATGCTGGATGAGGAGGACTTCCTGTTCCTGAGATGTCCCC	125160

CR974472.7	551	TCCCTTCTGACTACCTCACAGTGTAAGATCTTCTGTGCCTCAGATTTCTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125161	TCCCTTCTGACTACCTCACAGTGTAAGATCTTCTGTGCCTCAGATTTCTT	125210

CR974472.7	601	CGCTTACCCAAAACTTGGTGCTGTACCCCATGTATGCAGGGGACTCTAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125211	CGCTTACCCAAAACTTGGTGCTGTACCCCATGTATGCAGGGGACTCTAGA	125260

CR974472.7	651	ACTGGTCAAGGTCTCTTGTCTTGAAGTAAGTAGGATGTCCCTCTTGTATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125261	ACTGGTCAAGGTCTCTTGTCTTGAAGTAAGTAGGATGTCCCTCTTGTATT	125310

CR974472.7	701	CACGAAAGGGACAATCCCCGCTATATTCCTGCTCCAGGTCTACCTTTAGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125311	CACGAAAGGGACAATCCCCGCTATATTCCTGCTCCAGGTCTACCTTTAGC	125360

CR974472.7	751	AGCCACAGCCTGCTCCTGAGATTTAGTCCTCAGTAACTGTTGGGGAGTCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125361	AGCCACAGCCTGCTCCTGAGATTTAGTCCTCAGTAACTGTTGGGGAGTCT	125410

CR974472.7	801	GTCATCAGCCTGGCCCTGTTCCAGGCTCTGGGATCCAGCAAAAGAAAGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125411	GTCATCAGCCTGGCCCTGTTCCAGGCTCTGGGATCCAGCAAAAGAAAGTA	125460

CR974472.7	851	GACAAAATTGTGTTCTTGGGTTTGGAGAGTTGAATTTGTGGCTACTATAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125461	GACAAAATTGTGTTCTTGGGTTTGGAGAGTTGAATTTGTGGCTACTATAG	125510

CR974472.7	901	CTTGTTGAGATAGCAGTGTTCCCAGGTTCAGTTCCAAGCACTTGTGGGTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125511	CTTGTTGAGATAGCAGTGTTCCCAGGTTCAGTTCCAAGCACTTGTGGGTG	125560

CR974472.7	951	GCTCACAAACACCTGTTGCTCCAGCTCCAGGGATATCCAGTATGTCAGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125561	GCTCACAAACACCTGTTGCTCCAGCTCCAGGGATATCCAGTATGTCAGGT	125610

CR974472.7	1001	GTTATTGTGTACATCCTCATGCATATATTGACATACATATAAAAAAGAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125611	GTTATTGTGTACATCCTCATGCATATATTGACATACATATAAAAAAGAAT	125660

CR974472.7	1051	AAAAATTAATCTTAAAACAGAGTGGGTTCACAATCAAGTTTTCTGTTATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125661	AAAAATTAATCTTAAAACAGAGTGGGTTCACAATCAAGTTTTCTGTTATT	125710

CR974472.7	1101	TGTGAAATTTACAGATATGCTCTGTGATAGTTTGAGTGAGAAATGCCACG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125711	TGTGAAATTTACAGATATGCTCTGTGATAGTTTGAGTGAGAAATGCCACG	125760

CR974472.7	1151	TCTAGGCTCAATTTTTTTGAACACCTGTTCTCAAGTTGGTGTCATCTTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125761	TCTAGGCTCAATTTTTTTGAACACCTGTTCTCAAGTTGGTGTCATCTTTA	125810

CR974472.7	1201	GGGGACATTCTAGGTCATTATGACTGAAGTCCAGCTGGATTTAGTGTCCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125811	GGGGACATTCTAGGTCATTATGACTGAAGTCCAGCTGGATTTAGTGTCCC	125860

CR974472.7	1251	GAAAATCTTTCCCCACAGCATACACAGTGAGGCCCCAGTTCTTTTCCCAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125861	GAAAATCTTTCCCCACAGCATACACAGTGAGGCCCCAGTTCTTTTCCCAG	125910

CR974472.7	1301	TTCTTGTCTCTTCAGTTGACTTATTTTGGATGAATGGACAAGCCTAGTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125911	TTCTTGTCTCTTCAGTTGACTTATTTTGGATGAATGGACAAGCCTAGTTT	125960

CR974472.7	1351	CTTTAGGGCTGTCAGACAGCAAACTTTCTTTGACCTTAACAACCAGGATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	125961	CTTTAGGGCTGTCAGACAGCAAACTTTCTTTGACCTTAACAACCAGGATG	126010

CR974472.7	1401	ACAATACTACAGAGACTCCTGCAGTCCAGGGCCTCCAAAGACCTCATGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126011	ACAATACTACAGAGACTCCTGCAGTCCAGGGCCTCCAAAGACCTCATGGG	126060

CR974472.7	1451	ACTGAAGTGGAATTTTCTGGATATGTCATATGATGCAGACTCATCTGGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126061	ACTGAAGTGGAATTTTCTGGATATGTCATATGATGCAGACTCATCTGGTG	126110

CR974472.7	1501	TTTTGCCAAGGCAAGAACTGTGGCAGGACACGTGATGTTTGGAAAGAGTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126111	TTTTGCCAAGGCAAGAACTGTGGCAGGACACGTGATGTTTGGAAAGAGTA	126160

CR974472.7	1551	TAAACAGACTCAATGGATAGTGGTGCTGCACTTGCATAGGTAGCTTTGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126161	TAAACAGACTCAATGGATAGTGGTGCTGCACTTGCATAGGTAGCTTTGCA	126210

CR974472.7	1601	ATACTTCGTTGGTATTGTTTCTTCATCTTTGCTGATCTTTGCTTTGTTGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126211	ATACTTCGTTGGTATTGTTTCTTCATCTTTGCTGATCTTTGCTTTGTTGA	126260

CR974472.7	1651	GAGAGGCATGGCAGGTGAGGGGGAGGGCTAGGAGGAAAGGAGGTAAGGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126261	GAGAGGCATGGCAGGTGAGGGGGAGGGCTAGGAGGAAAGGAGGTAAGGGA	126310

CR974472.7	1701	AACTGTAGTGGGGATATATTATAGGAGAGAATAAATTAATGAATGAATAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126311	AACTGTAGTGGGGATATATTATAGGAGAGAATAAATTAATGAATGAATAA	126360

CR974472.7	1751	ATGTAGTAGATGGCACAATATATCTTTTTTCTAATAAATACTTTATGTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126361	ATGTAGTAGATGGCACAATATATCTTTTTTCTAATAAATACTTTATGTGG	126410

CR974472.7	1801	GAAAAAGATTATGACATTTTAGGAAAGTGATTGAAACAATCATTCTGAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126411	GAAAAAGATTATGACATTTTAGGAAAGTGATTGAAACAATCATTCTGAGT	126460

CR974472.7	1851	GAAGGAATCCAAACCCAGAAAATGTGAATATTGCATGTTTCCTTCATTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126461	GAAGGAATCCAAACCCAGAAAATGTGAATATTGCATGTTTCCTTCATTTG	126510

CR974472.7	1901	TGGACGTTAGCTTTGATGATTGATGTATGTGGGTTTCATTTTTAATACCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126511	TGGACGTTAGCTTTGATGATTGATGTATGTGGGTTTCATTTTTAATACCT	126560

CR974472.7	1951	GCAGAGCTTAGGTAGCTAGGGAGGGGATGGGTGGGGGTAGGCCCCAGGCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU634016.7	126561	GCAGAGCTTAGGTAGCTAGGGAGGGGATGGGTGGGGGTAGGCCCCAGGCA	126610

Overview

Query
CR974472.7 - 192085 bps
Hit
CU634016.7 - 126610 bps
Total alignments
284
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198720001200011246111266101
284.77190360507235108215839431
390.2265925127351364193210231
487.6845575851470522271107018241
593.11435952265523231188619431
690.0324836152788531481209324531
796.08155518111866761884861260044111
896.1315351787175398177184-1260743881
993.25122163172253172415-1260827701
1096.62304635211501461536661260861301
1186.23174931922189325084-1261058071
1295.09905108012097131761261936981
1393.3751064968890695381261932671
1481.19264639144171144809-1262032571
1590.5333247571456719301262530991
1692.4766187820205210821266235371
1789.49654989161670162658-1266936571
1893.16262434527469078141-1267961301
1989.24526812115147115958-1270035171
2088.212594093565436062-1273331391
2178.57214693181957182649-1283235311
2285.959818769887700731325634401
2390.875337651433751441391331840841
2488.47112218643202633889-1423961301
2588.94259425140540140964-1570661301
2681.23808220053317555161612983341
2779.291504189379494211-1906494881
2885.47265510288532936219523100591
2986.61553165582856143-110381106711
3087.28154293115733116025-110389106711
3183.7106236176861177096-110445106711
3287.17131237162399162635-110446106711
3384.91142341217012403110447106711
3482.68992346896369196110447106711
3586.68126234186767187000110447106711
3685.651182327152271753110448106701
3784.651002132025820470110470106711
3885.151462773565435930-119345196201
3986.42363649115147115795-119345199921
4085.13401792161670162461-119345201311
4180.05233661181957182617-119345200061
4283.533156752040821082119345200121
4385.62497933150399151331119345202691
4485.51494933186938187870119345202691
4585.9500930175991176920-119348202691
4684.614168331234413176119348201721
4785.734839162390024815-119359202691
4883.774339207702577944-119359202701
4993361472143381143852119799202691
5085.652454532462325075120270207221
5189.132914475568656132120270207201
5287.54223368115591115958120270206381
5387.19262443144367144809120276207201
5484.732224367145671891-120277207151
5584.39233470186666187135-120277207501
5687.1472138172266172403120581207201
5783.28168357144240144596-121100214581
5881.461483562449724852-121108214631
5984.282254533990240354127360278041
6096.3911084115441261130645307521
6182.493638934220943101130764316541
6281.95223953754319748571131660370151
6387.35379653186676187328137161378001
6491.183869162668162736-137165372321
6585.772745093565436162-137168376871
6696.75596377756578201-137168378031
6787.57384645150148150792137168378031
6887.053636291209212720137172377891
6986.813566256888969513137176377891
7088.463866272017220798137177378001
7187.433586075552656132-137178377741
7283.6962151172253172403-137178373181
7387.5344572162071162642-137233378001
7488.99344528176544177071-137263377891
7586.0968412552380825062-138613398481
7689.83436659144140144798-138613392611
7784.2253310847692678009-138792398561
7885.79445841161675162515-138792396141
7986.6516917175892176808-138954398561
8084.593637211245613176138954396601
8183.952685602052321082138954395011
8285.94500917150514151430138954398561
8386.16496903187053187955138954398421
8488.991302106986470073139199394071
8590.71396575143375143949139285398551
8687.67512127682888139862399821
8786.61266499175398175896-140012405261
8892.4892133187965188097140012401441
8986.693193143947144139140014402221
9090.23285012317623676-140156406551
9189.13124967630776802-140156406501
9288.131632773361233888-140377406541
9385.49160131962189325088-140762439461
9486.0525745009150144155152140764457681
9584.128271801186686188486140770425511
9680.9248670144140144809-140779414431
9783.2153140172264172403-140779409211
9886.04891755235552529140781409591
9979.13923067146271767140790410861
10085.67248049267320478129-140855457681
10184.28408847161669162515-140958418031
10283.33988881228913176140958418431
10388.8940645254752610140962410241
10485.417921570175398176967-140966425281
10581.652807162036721082140969416821
10691.1518756143381144136141469422211
10787.29100718313206033890-142381442361
10887.38435836140129140964-143845447081
10988.7871912163084132056-144266454871
11081.221604005068351082146148465411
11182.19661485127151418146528466731
11285.344488495147052318146657474951
11387.041232165280453019148066482811
11481.3645811985320054397148294495001
11585.031593112477425084-149529498421
11690.722052975583656132-149541498421
11790.351722565235552610149543498011
11886.531632917145671746149546498421
11990.11171252162407162658-149590498421
12091.36158218115741115958-149623498421
12187.771181883587536062-149656498431
12288.241222145441254625149849500691
12384.353066185482555442150299509051
12493.44431456907251978208-152102578001
12597.716181788175398177185-152104538861
12695.475596626887769538152104527651
12796.091011281795918086152106522331
12895.9849195878150146156023152106579871
12997.3416191804186683188486152106539091
13086.27174431922189325084-152107553051
13197.5998610801209713176152117531961
13289.674086095552456132-152118527271
13381.19264639144171144809-152118527551
13496.69130151172253172403-152118522681
13591.163404757145671930152123525971
13694.767218782020521082152160530351
13790.71690989161670162658-152167531551
13890.21549811115148115958-152198530141
13990.422864093565436062-152231526371
14078.42205693181957182649-152330530291
14185.95991876988770073152754529381
14291.27541765143375144139152816535821
14389.11230937783010433881-153745575591
14487.84501878140087140964-155204560751
145872845002968130180-157526580251
1468138210923389234983166782678911
14787.4598316863724238927167883695951
14878.322277893932240110169591703791
14985.52625164074641261172353728831
15078.96198163634220948571172895792271
15185.192074064319743602173805742091
15278.62102290132616132905-174985752741
15383.281543344857248905179420797601
15483.6382917854889850682179775815951
15571.891081176168824169999181156823501
15692.733093995068451082181766821641
15789.04971465127351418182153822981
15875.7237172170159170330182518826901
15983.64561105108551194182715828241
1609042685119751264182864829331
16186.782204235188452306182962833921
16285.263256205552456143-183838844611
16385.133646932438925081-183841845331
16481.82276647186686187332183841844891
16580.1245650176529177178-183842844891
16683.9163141172264172404-183848839901
16780.972566386889169528183849844891
16883.512254707145671925183854843261
16981.262626321210412735183855844891
17081.212425952020820802183894844891
17183.3302642162017162658-183898845321
17284.78310597115358115954-183935845321
17391.333465380853853185253852981
17483.1646010755385654930185320864001
17587.258814927652913186404865521
17688.671662545515555408186759870141
17797.63148169172253172421-187013871811
17895.25576666887369538187013876781
17997.416281811186676188486187013888221
18084.5894218792321125089-187014888941
18196.9115801791175398177188-187015887991
18296.9616631878150144152021187017888961
18396.121011291795818086187018871461
18490.52128318697633578203-187019888961
18589.544076115552456134-187029876401
18691.373434757145671930187036875101
18797.8699110731210413176187037881091
18895.447408782020521082187073879481
18990.91697989161670162658-187080880681
19090.09548812115147115958-187111879281
19190.172834093565436062-187144875501
19285.951001876988770073187667878511
19390.74531765143375144139187729884951
19498.16877982152022153003-188899898761
19595.197909827535376334188899898761
19687.395429732223623208188902898761
19788.35779713267233642188902898751
19885.253546995645157149190349910601
19979.061414189379494211-190609910331
20078.1899329178258178586190617909461
20185.943664149453149516-190833908961
20286.911953322885329184191068914031
20391.3991382922529362191407915441
20490.971051445108651229-193013931561
20589.412143224756347884196520968401
20685.721763424823048571197174975161
20783.943357174857249288197699984201
20883.472725625012150682199239998071
20984.0371143512735141511003491004921
21085.533376526665274111013531014281
21182.153941009527965380411014561024751
2127652203716697187111027651029641
21389.44961422773291411031181032591
21484.18951972430824504-11033471035421
21588.52184304688646916711074881077921
21697.5253280714467172511075121077921
21789.49182283176890177172-11075171077921
21891.6720227615015715043211075171077921
21991.6199145172256172400-11075211076631
22091.8519927218670018697111075231077921
22187.98143237202052044111075601077921
22293.7548643608036143-11078071078701
22381.13631597797978137-11078621080201
22491.972252993565435952-11080551083531
22591.522863895552455912-11080551084431
22692.79621814161670162483-11080551088721
22792.7711711548175398176945-11080551096041
22893.24669858123191317611080551089131
22993.26541696203862108111080551087511
23091.1307427691126953811080551084811
23192.373745517915037715555511080551132281
23292.811189157118691618848611080551096271
23379.71234681181957182637-11080571087461
23491.76382154567251977974-11080601134921
23592.57502666115147115812-11080601087321
23683.11207443144140144582-11080601085091
23787.36169729492189324841-11080641110231
23885.65106210698647007311084401086551
23991.2953475514338214413611085401092961
24088.8248441322975033881-11094621136491
24189524880140085140964-11109221117941
24280.77421062938029485-11138581139611
24388.7387142115147115288-11139831141241
24486.632915197692477442-11139861145011
24587.25301520175888176407-11139861145031
24687.81195321128571317711139861143051
24787.9230451414343614394911139861144981
24887.0629852015091515143411139861145031
24986.2928652018745418797311139861145031
25085.972745172379624312-11139911145031
25189.93273416176773177188-11146861150921
25290.66284409688766928411146861150921
25391.59293407120851249111146891150921
25485.333475115956116030-11146931147671
25596.83362413714437185511146941151031
25689.62171263523485261011146961149551
25792.1775117179701808611147001148141
25892.8830339315015715054911147001150921
25992.3729639518669418708811147001150921
26090.612773955573856132-11147011150941
26192.62108151172253172403-11147011148491
26289.43232354202052055811147431150921
26388.67220349162310162658-11147501150931
26488.61202316115643115958-11147791150941
26586.33496692308523753-11151451158081
26685.253336697621176879-11151451158081
26785.5533966915147715214511151451158081
26888.978213614400414413911151531152881
26981.2711172756441194687411159551187031
27077.2762508496485213-11160921163411
27177.789278132628132905-11161081163851
27289.473695637763178193-11187311193001
27389.24380579120961267411187311193061
27488.89374579688896946711187311193061
27588.75310482714497193011187311192101
27690.0939557615015715073211187321193061
27789.7438857818669418727111187321193061
27888.383605705556356132-11187331193001
27987.9287151172253172403-11187331188811
28090.04363537202052074111187751193061
28188325531162128162658-11187821193061
28288.52314497115462115958-11188111193061
28389.932794093565436062-11188441192501
28482.79437993475634855511200431210181
Short-link