<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU467496.5	1	GATCAGGACAAACTTGGGGCCAGCTTTGTGTACACAGAGACCCTGTTATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30041	GATCAGGACAAACTTGGGGCCAGCTTTGTGTACACAGAGACCCTGTTATA	30090

CU467496.5	51	AAGAACAGGGCTTGGCAACTCCCCTCCCCCCCAAATACTACCCAAAAGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30091	AAGAACAGGGCTTGGCAACTCCCCTCCCCCCCAAATACTACCCAAAAGTT	30140

CU467496.5	101	CATGCTGTTCGAGGCTAAATAGATCCTTTTCTTTTCCAACCTCAACTCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30141	CATGCTGTTCGAGGCTAAATAGATCCTTTTCTTTTCCAACCTCAACTCAA	30190

CU467496.5	151	ATGCTAGTTCATCTGACAGTATTCGACATTCTCACTTGGCAAATAGGAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30191	ATGCTAGTTCATCTGACAGTATTCGACATTCTCACTTGGCAAATAGGAAT	30240

CU467496.5	201	ACTTCTGTATTTGCATGACAGAGAAACAAAAGCACTTAAGAGTCTGTAGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30241	ACTTCTGTATTTGCATGACAGAGAAACAAAAGCACTTAAGAGTCTGTAGT	30290

CU467496.5	251	CTGGTGTCTAACAAGAAAAGGTTGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30291	CTGGTGTCTAACAAGAAAAGGTTGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTA	30340

CU467496.5	301	AGAGCACCCGACTGCTCTTCCGAAGGTCAGGAGTTCAAATCCCAGCAACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30341	AGAGCACCCGACTGCTCTTCCGAAGGTCAGGAGTTCAAATCCCAGCAACC	30390

CU467496.5	351	ACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGAGATCTGACTCCCTCTTCTGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30391	ACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGAGATCTGACTCCCTCTTCTGGA	30440

CU467496.5	401	GTGTCTGAGGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30441	GTGTCTGAGGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATAA	30490

CU467496.5	451	ATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGGTTGGGAGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30491	ATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGGTTGGGAGTT	30540

CU467496.5	501	ATCTTGACCATGTTAAAGTTACAGGCTTAGTACCCCAGAAAGGGAAGACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30541	ATCTTGACCATGTTAAAGTTACAGGCTTAGTACCCCAGAAAGGGAAGACT	30590

CU467496.5	551	TTAAAAAGGCAAGCAGAAATGAGACGAGGAGGATGGGCCCTGAAACGTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30591	TTAAAAAGGCAAGCAGAAATGAGACGAGGAGGATGGGCCCTGAAACGTGG	30640

CU467496.5	601	TGGCTAGCTGGACAACTTAGGCCGGCAAGGCCTAACTGACCGGGGAACAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30641	TGGCTAGCTGGACAACTTAGGCCGGCAAGGCCTAACTGACCGGGGAACAA	30690

CU467496.5	651	GAGAGGAAACAAGCCAGGGTCACTAGGCTGAAGCTTGCATGATAAATCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30691	GAGAGGAAACAAGCCAGGGTCACTAGGCTGAAGCTTGCATGATAAATCCC	30740

CU467496.5	701	GACCTCTAGGATTAACAGCTGACTGTAGAGGTGCACATGTGTGTAAGCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30741	GACCTCTAGGATTAACAGCTGACTGTAGAGGTGCACATGTGTGTAAGCAC	30790

CU467496.5	751	AGGGAAATGCTTATTACACGGATGACTCGCCAGGTTAGGGATGTACCTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30791	AGGGAAATGCTTATTACACGGATGACTCGCCAGGTTAGGGATGTACCTCA	30840

CU467496.5	801	GTGATACCTGGCACCAAGGGGCATGTTTGGAAAGCAGGTCTTTGTGGACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30841	GTGATACCTGGCACCAAGGGGCATGTTTGGAAAGCAGGTCTTTGTGGACA	30890

CU467496.5	851	TGTTGAGTGTTAGCAGCCCTATGAACACTACCATCAGGCAGTTGGACTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30891	TGTTGAGTGTTAGCAGCCCTATGAACACTACCATCAGGCAGTTGGACTGT	30940

CU467496.5	901	AAGGTCTATAGACAGACTGGATAGTTGCTCAGAGAGTTATCAAGGTGTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30941	AAGGTCTATAGACAGACTGGATAGTTGCTCAGAGAGTTATCAAGGTGTAA	30990

CU467496.5	951	CAAGGGATATCTTCCTCGAAGCGGAGGCTCTCTCCAGCAAGGGCTCAGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	30991	CAAGGGATATCTTCCTCGAAGCGGAGGCTCTCTCCAGCAAGGGCTCAGGT	31040

CU467496.5	1001	AACAAGAGACAAGGCCTAAGACCTTATCTATGATCCTCCACAGTACAAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31041	AACAAGAGACAAGGCCTAAGACCTTATCTATGATCCTCCACAGTACAAGA	31090

CU467496.5	1051	GTGAAGGCTCCTGTTAAAACATGGAAGAGACCCCACAGACGAAATGAATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31091	GTGAAGGCTCCTGTTAAAACATGGAAGAGACCCCACAGACGAAATGAATG	31140

CU467496.5	1101	AAGATTTAAGTGGAAGTCACAGGCATGACCAACAGATGGCACCAAAAATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31141	AAGATTTAAGTGGAAGTCACAGGCATGACCAACAGATGGCACCAAAAATC	31190

CU467496.5	1151	CCAGTCTCAGGTAAGTTCCTCAGTGTGTGCCAGCGCAGCGAGCGGCCCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31191	CCAGTCTCAGGTAAGTTCCTCAGTGTGTGCCAGCGCAGCGAGCGGCCCCT	31240

CU467496.5	1201	CAGTCAGACCAGCTTTCTACTGCTGGGAAAGCTGTTTTATCTACAAAATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31241	CAGTCAGACCAGCTTTCTACTGCTGGGAAAGCTGTTTTATCTACAAAATC	31290

CU467496.5	1251	CCTGTTCTAATGCAGTGAAATCAACCTCCACCTGCTGCTTCAACCTCAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31291	CCTGTTCTAATGCAGTGAAATCAACCTCCACCTGCTGCTTCAACCTCAGT	31340

CU467496.5	1301	AGCTGCAGCTATACACAGACAGCGGTCTCCTCGCCCACTTTCCGAGCATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31341	AGCTGCAGCTATACACAGACAGCGGTCTCCTCGCCCACTTTCCGAGCATA	31390

CU467496.5	1351	GCAGTAAGTAAGCCCTTGTAAGCCCAGTATAGAGGGTATAGATTCTGGAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31391	GCAGTAAGTAAGCCCTTGTAAGCCCAGTATAGAGGGTATAGATTCTGGAG	31440

CU467496.5	1401	CCAGGCTGCCTTGTCAAATCCTATACCTCCGTTGACTATGCTGACTTGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31441	CCAGGCTGCCTTGTCAAATCCTATACCTCCGTTGACTATGCTGACTTGGG	31490

CU467496.5	1451	GCAAACTGCTTAGCTAGCTCTTGAGCCTCCCTCCCCCTCTAGCACCCCTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31491	GCAAACTGCTTAGCTAGCTCTTGAGCCTCCCTCCCCCTCTAGCACCCCTC	31540

CU467496.5	1501	CCTCCAGTCTACTGAGAGGTTATTACAATACACACCTTGTCTAAGGTTAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31541	CCTCCAGTCTACTGAGAGGTTATTACAATACACACCTTGTCTAAGGTTAC	31590

CU467496.5	1551	CATGACAACCAAATTGTTTCTGGCACTGTGCTTGGCACACACTAATTGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31591	CATGACAACCAAATTGTTTCTGGCACTGTGCTTGGCACACACTAATTGTT	31640

CU467496.5	1601	CCTTGTGAACTATCAGGAGATGCCTGCTTTATAGAGCTGCCACTGGCCAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31641	CCTTGTGAACTATCAGGAGATGCCTGCTTTATAGAGCTGCCACTGGCCAT	31690

CU467496.5	1651	GTGGGTGAGCACTCATCTTCCATTTTTTTCCTGCTTTAGCTTGACTTTAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31691	GTGGGTGAGCACTCATCTTCCATTTTTTTCCTGCTTTAGCTTGACTTTAC	31740

CU467496.5	1701	TCAAGCCATTTCTTCTACCATTTCTAGCCCCCTCTTTTCTGATCACAGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31741	TCAAGCCATTTCTTCTACCATTTCTAGCCCCCTCTTTTCTGATCACAGAA	31790

CU467496.5	1751	AGCTGTCTTACTCCAGCCACATCTTGTGTCTAACTAACGTGCTGTCTTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31791	AGCTGTCTTACTCCAGCCACATCTTGTGTCTAACTAACGTGCTGTCTTGT	31840

CU467496.5	1801	GTACACAGAGAATAGGCTGGCAGTGCTAGAGACCCACACCATGGCCTCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31841	GTACACAGAGAATAGGCTGGCAGTGCTAGAGACCCACACCATGGCCTCCT	31890

CU467496.5	1851	AGGCACTTATCCTTCAAGCCAACCTGCTCTTTGGTCCCGCTAAACCAGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31891	AGGCACTTATCCTTCAAGCCAACCTGCTCTTTGGTCCCGCTAAACCAGTA	31940

CU467496.5	1901	GTTCTAACCAGCTCTGGCACTTGTCCTGGGAGTTTTTCCATCTAAACCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31941	GTTCTAACCAGCTCTGGCACTTGTCCTGGGAGTTTTTCCATCTAAACCAT	31990

CU467496.5	1951	GAGGGCTGGACTGGGATGTAAGAGACAGCAGGCACCAGCTCCTTCCCAGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU633441.6	31991	GAGGGCTGGACTGGGATGTAAGAGACAGCAGGCACCAGCTCCTTCCCAGT	32040

Overview

Query
CU467496.5 - 168574 bps
Hit
CU633441.6 - 32040 bps
Total alignments
30
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001995200012000130041320401
296.031111261593216057-111567116921
395.241081267662176746111567116921
494.571081299877698904111567116951
589.71081675495955125119278194421
688.62106167138038138204119278194441
789.441171809875198930-119281194601
892.071191631590316065119281194441
991.561071514273842888119282194351
1091.031091562428924444-119289194441
1192.961091447661476757-119301194421
1292.031191625496255123120077202391
1391.311131591610716265120084202441
1490.67107150138056138205120095202441
1592.911101417661676756-120099202391
1687.86185302116566116867125732260441
1794.611331661590216067-126855270211
18941171497661076758126855270041
1993.171201594273842896-126857270171
2092.25113155138050138204-126857270111
2193.511181522428924440126857270101
2291.79105146165655165800126858270031
2391.971141645496255125-126859270201
2492.671091501610716256-126864270131
2593.881121471769517841-126864270101
2692.4113156157595157750-126864270211
2795.571301579877598931126864270211
2887.24105182162269162450-129704298911
2995.981511735530355475130315304881
3093.921471815899559175130315304951
Short-link