<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU462974.3	1	AAGCTTATTAGATCAAGGTAGTATCACACACATTTTACCAATAGGTTCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	68788	AAGCTTATTAGATCAAGGTAGTATCACACACATTTTACCAATAGGTTCTT	68837

CU462974.3	51	TTCATTAAAGATTCATAACATAAGTATATGTGCAAAGTTACAATATCACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	68838	TTCATTAAAGATTCATAACATAAGTATATGTGCAAAGTTACAATATCACA	68887

CU462974.3	101	ATGAGATATAAATCTATAATAATACAATCAAATTAACCTCAAACACCTCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	68888	ATGAGATATAAATCTATAATAATACAATCAAATTAACCTCAAACACCTCC	68937

CU462974.3	151	TCAATGATCTAACACATTTAGTTTCAATAACCAAAAATAAATAAATTTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	68938	TCAATGATCTAACACATTTAGTTTCAATAACCAAAAATAAATAAATTTTA	68987

CU462974.3	201	CCTGGAGATGGAGGCACTGCTGAGGCGACTGCTGCTGCTGCATTGCTGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	68988	CCTGGAGATGGAGGCACTGCTGAGGCGACTGCTGCTGCTGCATTGCTGGC	69037

CU462974.3	251	GATGAGCGAGAGGGTCGCGAGGGCAGTGATGCTGCTACGAGACTGGCGGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69038	GATGAGCGAGAGGGTCGCGAGGGCAGTGATGCTGCTACGAGACTGGCGGC	69087

CU462974.3	301	GGAGAGGGTTGCAAGGGCAGTGCTGCTGCTGCTGCGAGAGCTGGCAGCGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69088	GGAGAGGGTTGCAAGGGCAGTGCTGCTGCTGCTGCGAGAGCTGGCAGCGG	69137

CU462974.3	351	AGAGGGTCGCGAGGGCAGCAGGAGCTGGTGGCGGAGAGGGTCGCGAGGGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69138	AGAGGGTCGCGAGGGCAGCAGGAGCTGGTGGCGGAGAGGGTCGCGAGGGC	69187

CU462974.3	401	AGCAGGAGCTGGCGGCGGAGAGGGTCGCGAGGGCAGCAGGAGCTGGCGGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69188	AGCAGGAGCTGGCGGCGGAGAGGGTCGCGAGGGCAGCAGGAGCTGGCGGC	69237

CU462974.3	451	GGAGAGGGTCGCGAGGGCAGCAGGAGTTGGCGGCAGAGAGGATCGCGATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69238	GGAGAGGGTCGCGAGGGCAGCAGGAGTTGGCGGCAGAGAGGATCGCGATG	69287

CU462974.3	501	AGCGAGAGGGTTGCGAGGGCAGTGAGAAAGAAAGAGAGACGGTCGCGAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69288	AGCGAGAGGGTTGCGAGGGCAGTGAGAAAGAAAGAGAGACGGTCGCGAGG	69337

CU462974.3	551	GCAGTGAGAAAGAGAGAGAGGCGGTCGCGAGCAGTGAGAAAGAGAGAGAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69338	GCAGTGAGAAAGAGAGAGAGGCGGTCGCGAGCAGTGAGAAAGAGAGAGAG	69387

CU462974.3	601	CCCGCGCAGTCGTGACAAAATTTTAAGAGAGAGGGAAGAAAGAGTTATTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69388	CCCGCGCAGTCGTGACAAAATTTTAAGAGAGAGGGAAGAAAGAGTTATTT	69437

CU462974.3	651	TAATTTTGGCTAGGTTTTTGGTGTTGTTTAAGAGACCTCATGAGGTCTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69438	TAATTTTGGCTAGGTTTTTGGTGTTGTTTAAGAGACCTCATGAGGTCTCT	69487

CU462974.3	701	ACATTTTTAAATATTTTAAATTATTATTTTTAATTTAACAAGTAGAGACC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69488	ACATTTTTAAATATTTTAAATTATTATTTTTAATTTAACAAGTAGAGACC	69537

CU462974.3	751	TCATGAGGTCTCAACTTGTTAAATTAAAAATGATAATTTAATTGAATTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69538	TCATGAGGTCTCAACTTGTTAAATTAAAAATGATAATTTAATTGAATTGA	69587

CU462974.3	801	ATAGTTAAAAAATTAGAGACGTCATGAGGTCTCCAATTTTATGAGAATTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69588	ATAGTTAAAAAATTAGAGACGTCATGAGGTCTCCAATTTTATGAGAATTA	69637

CU462974.3	851	AATTAAAAAATTAAAATTTTTAAATAAGTCAGATAAAAAATTATTCATTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69638	AATTAAAAAATTAAAATTTTTAAATAAGTCAGATAAAAAATTATTCATTA	69687

CU462974.3	901	TATTGACCTCACGAGGTCTCTTCCACATTAAAAAAAATTAAAAGATATTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69688	TATTGACCTCACGAGGTCTCTTCCACATTAAAAAAAATTAAAAGATATTA	69737

CU462974.3	951	ATTTAAATAGCGACCTCATGAGGTCTCTTATTATTGACCTATTTTTGAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69738	ATTTAAATAGCGACCTCATGAGGTCTCTTATTATTGACCTATTTTTGAGG	69787

CU462974.3	1001	TCTCCATTTTTAGGTCTCTTTGTGGCCTTTTTTTAGTAGTGCCTTCCCAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69788	TCTCCATTTTTAGGTCTCTTTGTGGCCTTTTTTTAGTAGTGCCTTCCCAA	69837

CU462974.3	1051	CCTGCCCTTGATTTGACTCATCTGGTCCTTCACCCATGGTGAAAACATCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69838	CCTGCCCTTGATTTGACTCATCTGGTCCTTCACCCATGGTGAAAACATCA	69887

CU462974.3	1101	AGCCATCCCATGGTCACACGCTCCAAAACAAATAGTCTCAAACCCAAGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69888	AGCCATCCCATGGTCACACGCTCCAAAACAAATAGTCTCAAACCCAAGCA	69937

CU462974.3	1151	GTTTAGTATCATTGTTCAACTCTCCTCGTCCTTTGTTCCTCGTACATACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69938	GTTTAGTATCATTGTTCAACTCTCCTCGTCCTTTGTTCCTCGTACATACA	69987

CU462974.3	1201	AACAAACACGTCCTCACCCTCATTGGAAAAAATCTATGCAAGCTGAATTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	69988	AACAAACACGTCCTCACCCTCATTGGAAAAAATCTATGCAAGCTGAATTT	70037

CU462974.3	1251	GATGCACTTCCTAGGAAACTTACATGGGATTTGGTTCCAGTTACTCCTTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70038	GATGCACTTCCTAGGAAACTTACATGGGATTTGGTTCCAGTTACTCCTTC	70087

CU462974.3	1301	GATGAATGTGGTTGAGTGTAAGTTGGTGTGTCGTATAAAACATAAATCTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70088	GATGAATGTGGTTGAGTGTAAGTTGGTGTGTCGTATAAAACATAAATCTA	70137

CU462974.3	1351	GATGATTCCATTGACAGATATAAAGCTCGTCTCATTGAAAAGGGATTGAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70138	GATGATTCCATTGACAGATATAAAGCTCGTCTCATTGAAAAGGGATTGAC	70187

CU462974.3	1401	ACCGCATCCAGGCTTAGACTTCTTTAACACATTCATTCCGGTAGTCAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70188	ACCGCATCCAGGCTTAGACTTCTTTAACACATTCATTCCGGTAGTCAAAT	70237

CU462974.3	1451	TTGTTACTATTTGGTTGGTGCTTACCTTTGCAACGCAGTACAATTGACAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70238	TTGTTACTATTTGGTTGGTGCTTACCTTTGCAACGCAGTACAATTGACAA	70287

CU462974.3	1501	ATCCATCAGATTGATGTCAAAAATGTATTCTTACAAGGAAGCCTTGAGGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70288	ATCCATCAGATTGATGTCAAAAATGTATTCTTACAAGGAAGCCTTGAGGA	70337

CU462974.3	1551	AGAAGTTTATATGATGCAACCATTGTGCTTTGAAGATCAAATTCTCTCCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70338	AGAAGTTTATATGATGCAACCATTGTGCTTTGAAGATCAAATTCTCTCCA	70387

CU462974.3	1601	CCCATGTATGTAAGTTGAATAAAGCAATCTATTGCTTGAAACCAGCCCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70388	CCCATGTATGTAAGTTGAATAAAGCAATCTATTGCTTGAAACCAGCCCCC	70437

CU462974.3	1651	GAGCTTGGTACAATGAGCTCAAAAGATATTTGCTAATTGTTGGATTTTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70438	GAGCTTGGTACAATGAGCTCAAAAGATATTTGCTAATTGTTGGATTTTTC	70487

CU462974.3	1701	AAGTCTCAATCGATTCTTCTATATTTATTTTACATAATTTTGAATTCACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70488	AAGTCTCAATCGATTCTTCTATATTTATTTTACATAATTTTGAATTCACT	70537

CU462974.3	1751	TTTTATCTTCTTATCTCTGTGGATGATATAAGAACCAATAAAAATCAGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70538	TTTTATCTTCTTATCTCTGTGGATGATATAAGAACCAATAAAAATCAGAT	70587

CU462974.3	1801	TCGTGGGTTACGTCATATAATTGATGGTCTTTCCACTCATTTCTTCTTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70588	TCGTGGGTTACGTCATATAATTGATGGTCTTTCCACTCATTTCTTCTTGA	70637

CU462974.3	1851	ACGACATTGGACAACTTTATTTTTTTTTGGGTTTTGAGGTTATCTCTTCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70638	ACGACATTGGACAACTTTATTTTTTTTTGGGTTTTGAGGTTATCTCTTCT	70687

CU462974.3	1901	ATCGCTGGTCTTTTTTTGTTCCAGCACAAGTATATTATGGATACTTTAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70688	ATCGCTGGTCTTTTTTTGTTCCAGCACAAGTATATTATGGATACTTTAGA	70737

CU462974.3	1951	TGATGCTGGCATGCTACATAGTAAAGGAGCTCCTACACCTATGACCTCAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571307.4	70738	TGATGCTGGCATGCTACATAGTAAAGGAGCTCCTACACCTATGACCTCAA	70787

Overview

Query
CU462974.3 - 122627 bps
Hit
CU571307.4 - 70787 bps
Total alignments
10
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001967200012000168788707871
277.38431671470314869128743289101
381.643519721505116022129088300731
479.461154039573896140136996374041
577.571435919389994489137417380001
676.625652144113525115668140682428201
779.58129381118740119120145888462741
878.294671610102292103901-154722563421
987.5594229372600169125693571
1087.3495233338570169159693871
Short-link