<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU280045.2	1	GATCATGATATTCCTTTCATTTTGATATAAGTATATAATAACCTAAGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89344	GATCATGATATTCCTTTCATTTTGATATAAGTATATAATAACCTAAGAAA	89393

CU280045.2	51	TTTCGTATTTAACATAGTTTTAATTATGGAAATATACTTACTATATTATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89394	TTTCGTATTTAACATAGTTTTAATTATGGAAATATACTTACTATATTATT	89443

CU280045.2	101	ACTAGCTCGATGACAATTAGGGTAAACCCTCGTGTATACAATTTTGGAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89444	ACTAGCTCGATGACAATTAGGGTAAACCCTCGTGTATACAATTTTGGAAA	89493

CU280045.2	151	AATAAAATTGGACAAATAAAAGAAAATTTCTATCAAACTTATATGCAAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89494	AATAAAATTGGACAAATAAAAGAAAATTTCTATCAAACTTATATGCAAGA	89543

CU280045.2	201	AATATTATTTTATCAAAGTCCATGCCACCTTCCTTTGTTTTCCCTTTTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89544	AATATTATTTTATCAAAGTCCATGCCACCTTCCTTTGTTTTCCCTTTTTC	89593

CU280045.2	251	AATTATAATTTGGTAAAAGATTATACAATATAAACATTCCAACTCATTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89594	AATTATAATTTGGTAAAAGATTATACAATATAAACATTCCAACTCATTTT	89643

CU280045.2	301	AAAACTGATTGTCGTGTTCGAATGAGGCCTTACATAGCTTAATTCTAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89644	AAAACTGATTGTCGTGTTCGAATGAGGCCTTACATAGCTTAATTCTAAAA	89693

CU280045.2	351	TAATCAAATTTCAATATTAATATTGAATATCGGACTGAGAAAGGTCATGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89694	TAATCAAATTTCAATATTAATATTGAATATCGGACTGAGAAAGGTCATGT	89743

CU280045.2	401	TTCATGCATATATTTACAAAATGACAATATATCTTGTCATGACATACGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89744	TTCATGCATATATTTACAAAATGACAATATATCTTGTCATGACATACGAA	89793

CU280045.2	451	GAGAATATGGATTTGAATAAGATCATATCTGGTCAAAATTCCAAAACAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89794	GAGAATATGGATTTGAATAAGATCATATCTGGTCAAAATTCCAAAACAAG	89843

CU280045.2	501	GAAAAATATAATCAACCAAATTCATCTAATAATGATGCAAGAGGATTTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89844	GAAAAATATAATCAACCAAATTCATCTAATAATGATGCAAGAGGATTTAT	89893

CU280045.2	551	GATCGGAGGATAGAGGGTGAGTCACGATTTGAACTTTATGGGTTCAGAGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89894	GATCGGAGGATAGAGGGTGAGTCACGATTTGAACTTTATGGGTTCAGAGT	89943

CU280045.2	601	CTTTGTTTTGTAAAGTTATCAATCTGTATATTAGTAATTTATATACACCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89944	CTTTGTTTTGTAAAGTTATCAATCTGTATATTAGTAATTTATATACACCT	89993

CU280045.2	651	ATACAACGAGCTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTTCTAATACAAATATAAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	89994	ATACAACGAGCTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTTCTAATACAAATATAAAAT	90043

CU280045.2	701	TTAGATCAAAATTATTATCGAGTTCTATCTAAAATTCCTGCAATGCCAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90044	TTAGATCAAAATTATTATCGAGTTCTATCTAAAATTCCTGCAATGCCAAG	90093

CU280045.2	751	TGGCATGAAGAGTGACCTCACTCTCGTTATAGTTTGTGATAGATAAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90094	TGGCATGAAGAGTGACCTCACTCTCGTTATAGTTTGTGATAGATAAAAAA	90143

CU280045.2	801	GCATTATCATGTGACAATTTACATTATCTTTTTGTACAATATAAAATATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90144	GCATTATCATGTGACAATTTACATTATCTTTTTGTACAATATAAAATATT	90193

CU280045.2	851	ATAGTTCAGACGATAATAACAACGCATCGATATATAGATTAATTATTAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90194	ATAGTTCAGACGATAATAACAACGCATCGATATATAGATTAATTATTAAA	90243

CU280045.2	901	TTACAAAAAGTGAATAGTTTAGGAAAACTTTTAGTATATCAACTCTGATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90244	TTACAAAAAGTGAATAGTTTAGGAAAACTTTTAGTATATCAACTCTGATT	90293

CU280045.2	951	TATATTATTACTTAATAAGATTTTGTTTGCATTGTTTGTTAAAGATATAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90294	TATATTATTACTTAATAAGATTTTGTTTGCATTGTTTGTTAAAGATATAC	90343

CU280045.2	1001	CTAAAGGCTAAAGGGAATAAAATCAAGTTTGAGATCAAGCTAATAATAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90344	CTAAAGGCTAAAGGGAATAAAATCAAGTTTGAGATCAAGCTAATAATAAT	90393

CU280045.2	1051	AATTAATGAAGTTTATTATTCAAATTTGTCATAAATTTGATTGAGAAGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90394	AATTAATGAAGTTTATTATTCAAATTTGTCATAAATTTGATTGAGAAGAT	90443

CU280045.2	1101	CTTCTGGTTGAGTATCTTCAATAATGTGAAGTCTCTATTCATTACATGTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90444	CTTCTGGTTGAGTATCTTCAATAATGTGAAGTCTCTATTCATTACATGTG	90493

CU280045.2	1151	CCTTTATTTACTAAGTATTATCATATGCACAACTTTGTCACATGCTAACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90494	CCTTTATTTACTAAGTATTATCATATGCACAACTTTGTCACATGCTAACA	90543

CU280045.2	1201	TGCATGAAGCTAAAAAAGTACTTTAAATTTATCTATTTTTAAGATATGGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90544	TGCATGAAGCTAAAAAAGTACTTTAAATTTATCTATTTTTAAGATATGGT	90593

CU280045.2	1251	CCCTTTTTTATACATGGTCTCCATCTACCCCTTATCTCATCATCCACAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90594	CCCTTTTTTATACATGGTCTCCATCTACCCCTTATCTCATCATCCACAAC	90643

CU280045.2	1301	AATATGATACAAAAAAATAAAATAAATTGTAAGTGATATTAGAGGAATAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90644	AATATGATACAAAAAAATAAAATAAATTGTAAGTGATATTAGAGGAATAA	90693

CU280045.2	1351	GATATAAGATTGTGTATAGGATTTCTTATTTTGTATTGTAATAGATATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90694	GATATAAGATTGTGTATAGGATTTCTTATTTTGTATTGTAATAGATATAT	90743

CU280045.2	1401	ATATATATACTATTATATATACAAACAATAAATATATGAAATGTAGTTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90744	ATATATATACTATTATATATACAAACAATAAATATATGAAATGTAGTTGG	90793

CU280045.2	1451	ATAAGAAGATGAAATTTTAAATGAACAACGACTGTGAAGATGACTCGCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90794	ATAAGAAGATGAAATTTTAAATGAACAACGACTGTGAAGATGACTCGCTT	90843

CU280045.2	1501	GCTGGTAATGATCCATTTCATTATTATTAAAAGATATTAGTGTTAATACC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90844	GCTGGTAATGATCCATTTCATTATTATTAAAAGATATTAGTGTTAATACC	90893

CU280045.2	1551	CAAAGTCTTACTAATGATAGATAAATTCCGCTAAACACTCATCAATTAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90894	CAAAGTCTTACTAATGATAGATAAATTCCGCTAAACACTCATCAATTAAG	90943

CU280045.2	1601	AACAAGATGTCCAATTATTTTATACATTATATTTTCCATAACCCTAGATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90944	AACAAGATGTCCAATTATTTTATACATTATATTTTCCATAACCCTAGATG	90993

CU280045.2	1651	ATAGAGAAATTTTAACCACTCATACTTTAATTACACAAGATAGAATTCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	90994	ATAGAGAAATTTTAACCACTCATACTTTAATTACACAAGATAGAATTCAT	91043

CU280045.2	1701	AAACAAGCATGCAATTACACTAAGAAAAGAGTTAACATGTAAACCAAGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	91044	AAACAAGCATGCAATTACACTAAGAAAAGAGTTAACATGTAAACCAAGAA	91093

CU280045.2	1751	GATTCATTTTTTGTTCTTTTATCATGTTTTCTCCCATCTTTAATGAATCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	91094	GATTCATTTTTTGTTCTTTTATCATGTTTTCTCCCATCTTTAATGAATCC	91143

CU280045.2	1801	AATATGAAATAGGATCCAACTTCGCAATATCTAATCAATTATCTTTAAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	91144	AATATGAAATAGGATCCAACTTCGCAATATCTAATCAATTATCTTTAAAT	91193

CU280045.2	1851	ATCTGCATAACTCTTATATAGACAAACCAGTCATCAACGTGACTAGTTCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	91194	ATCTGCATAACTCTTATATAGACAAACCAGTCATCAACGTGACTAGTTCT	91243

CU280045.2	1901	TCCAAAAGACCTACCAAGGACATGATTCTTTTGCATCGTTTATTAATCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	91244	TCCAAAAGACCTACCAAGGACATGATTCTTTTGCATCGTTTATTAATCAT	91293

CU280045.2	1951	CAAAATATTTAAAAATCATTATCGAGACCTACTAAGGATTTAATTCTTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468639.4	91294	CAAAATATTTAAAAATCATTATCGAGACCTACTAAGGATTTAATTCTTTT	91343

Overview

Query
CU280045.2 - 126391 bps
Hit
CU468639.4 - 91343 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001829200012000189344913431
Short-link