<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU302232.4	1	AAGCTTGGCATAGTCCTCTACCAAATTTGTAGTCTTGACCGCCAAAAAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	27897	AAGCTTGGCATAGTCCTCTACCAAATTTGTAGTCTTGACCGCCAAAAAGC	27946

CU302232.4	51	AAGAAAACTTAGTCATCCGATCAACTATCAGCCAAATTGAGTCATGATGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	27947	AAGAAAACTTAGTCATCCGATCAACTATCAGCCAAATTGAGTCATGATGT	27996

CU302232.4	101	CTGCTATTACGAGGTAACCCTGTGATGAAATAAATATTGATCACATCCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	27997	CTGCTATTACGAGGTAACCCTGTGATGAAATAAATATTGATCACATCCCA	28046

CU302232.4	151	CTTCCAAGTAGGAATATCGATCTCTGGAGTCATACATCCTGGTTTCGAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28047	CTTCCAAGTAGGAATATCGATCTCTGGAGTCATACATCCTGGTTTCGAAT	28096

CU302232.4	201	GTTTTACCTTCACTTGCTGGCAATTGGGCACTTACTCACAAAGTTTGCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28097	GTTTTACCTTCACTTGCTGGCAATTGGGCACTTACTCACAAAGTTTGCTA	28146

CU302232.4	251	TATCCTTCTTTATGACATTCCACCAATGGGCTTCTGCAAGAATATGCTGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28147	TATCCTTCTTTATGACATTCCACCAATGGGCTTCTGCAAGAATATGCTGC	28196

CU302232.4	301	CTCAACTCACCCGCATCAGGAACACACAATCTACCCTGGTAGCGAAGTAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28197	CTCAACTCACCCGCATCAGGAACACACAATCTACCCTGGTAGCGAAGTAC	28246

CU302232.4	351	ACCATCTATCCCTTGGGAGAAAACCTCCACTCTCTGATTAGGGGCTGCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28247	ACCATCTATCCCTTGGGAGAAAACCTCCACTCTCTGATTAGGGGCTGCAT	28296

CU302232.4	401	TCTCAAGTTCAAGCAAAATTGGATCAATGTCTTGTTTTTTCTTATAGTCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28297	TCTCAAGTTCAAGCAAAATTGGATCAATGTCTTGTTTTTTCTTATAGTCC	28346

CU302232.4	451	ACTACCAAAGAAGGCTCTTCCCCAATTCTAAATTGTTACACCATTGTCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28347	ACTACCAAAGAAGGCTCTTCCCCAATTCTAAATTGTTACACCATTGTCTG	28396

CU302232.4	501	ATATGCTCATAAGGTGAAATTTTAAGCGAGAAAGCCTGTGAACATCCTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28397	ATATGCTCATAAGGTGAAATTTTAAGCGAGAAAGCCTGTGAACATCCTTC	28446

CU302232.4	551	ACTAGATCCTTCCTTTCTTCCTCGACATGGGCTACACTACCCATAGATAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28447	ACTAGATCCTTCCTTTCTTCCTCGACATGGGCTACACTACCCATAGATAA	28496

CU302232.4	601	TCTACTAAGAGAATCTGTTACTACATTTGCCTTACCAGGATGGTAATGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28497	TCTACTAAGAGAATCTGTTACTACATTTGCCTTACCAGGATGGTAATGCA	28546

CU302232.4	651	CACTCATATCATAATCCTTAAGGAACTCAAGCCTCCTTTGGCGAAGATTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28547	CACTCATATCATAATCCTTAAGGAACTCAAGCCTCCTTTGGCGAAGATTC	28596

CU302232.4	701	AACTCCTTCTGGGTTAACACATACTGATGGCTCTTATGATCAGTGAACAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28597	AACTCCTTCTGGGTTAACACATACTGATGGCTCTTATGATCAGTGAACAC	28646

CU302232.4	751	ATCTACATGAACACCATACAAGTAGTGGCTCCATATCTTGAGTGCAAACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28647	ATCTACATGAACACCATACAAGTAGTGGCTCCATATCTTGAGTGCAAACA	28696

CU302232.4	801	CAACTGCTGCAAACTCGAGGTAATGAGTTGGATAGTTCTTCTCATGCACC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28697	CAACTGCTGCAAACTCGAGGTAATGAGTTGGATAGTTCTTCTCATGCACC	28746

CU302232.4	851	TTAATATATCTAGAGGAATACACTATAACCTTATATTGTGGCATCAACAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28747	TTAATATATCTAGAGGAATACACTATAACCTTATATTGTGGCATCAACAC	28796

CU302232.4	901	ACAACCTAGGCCAACTCTGGATGCATCATAATAGATCACATAACCATATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28797	ACAACCTAGGCCAACTCTGGATGCATCATAATAGATCACATAACCATATG	28846

CU302232.4	951	AACCCTCTAGTAGAGTCAAAACAAGAGTTGTAGTCAATTTAGTTATCAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28847	AACCCTCTAGTAGAGTCAAAACAAGAGTTGTAGTCAATTTAGTTATCAAT	28896

CU302232.4	1001	TCTACGAAGCTTTTCTCACAATCATCTCACCATTGGAACATGACCATCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28897	TCTACGAAGCTTTTCTCACAATCATCTCACCATTGGAACATGACCATCTT	28946

CU302232.4	1051	CTGAGTCAACCTAGTCAATGCTGAGGCTATGGATGAAAATCCTTCCACAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28947	CTGAGTCAACCTAGTCAATGCTGAGGCTATGGATGAAAATCCTTCCACAA	28996

CU302232.4	1101	ACCTTCTATAATAACCCTCTAGACCTAAGAAAATTATGATATCTGTAGGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	28997	ACCTTCTATAATAACCCTCTAGACCTAAGAAAATTATGATATCTGTAGGT	29046

CU302232.4	1151	GAGGTAGGTCTGGGCCATTGTTTCACTGCTTCTATCTTCTGCGAATCCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29047	GAGGTAGGTCTGGGCCATTGTTTCACTGCTTCTATCTTCTGCGAATCCAC	29096

CU302232.4	1201	TCGAATCCCTTTGCTAGATACAATGTGACCAAGAAAAGCAACAGATTGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29097	TCGAATCCCTTTGCTAGATACAATGTGACCAAGAAAAGCAACAGATTGCA	29146

CU302232.4	1251	ACCAGAACTCACATTTACTAAACTTAGCGAATAACTGGCGATCCTTGAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29147	ACCAGAACTCACATTTACTAAACTTAGCGAATAACTGGCGATCCTTGAGA	29196

CU302232.4	1301	GTCTACAGAATGACTCTCAAATGACTTGCATGTTCTTCCTCACTCCTAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29197	GTCTACAGAATGACTCTCAAATGACTTGCATGTTCTTCCTCACTCCTAGA	29246

CU302232.4	1351	GTAAATAAGGATATCACAAACAAAGACGATAACGAATAAGTTCAAGTACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29247	GTAAATAAGGATATCACAAACAAAGACGATAACGAATAAGTTCAAGTACT	29296

CU302232.4	1401	GTTTGAACACTTTGTTCATCAAATCCATGAAAGTTGTAGGAGTATTGTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29297	GTTTGAACACTTTGTTCATCAAATCCATGAAAGTTGTAGGAGTATTGTAA	29346

CU302232.4	1451	GTCCAAATGACATAATTGCAAATTCATAATGACCATACCGAGTTTTGAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29347	GTCCAAATGACATAATTGCAAATTCATAATGACCATACCGAGTTTTGAAG	29396

CU302232.4	1501	GTTGTTTTTGGATTTTCACTATCTCTGACTTTGAGCTGATGATAACCCGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29397	GTTGTTTTTGGATTTTCACTATCTCTGACTTTGAGCTGATGATAACCCGA	29446

CU302232.4	1551	TCAGAGGTCTATCTTTGATAAGTGACTAGCACCCTGATTTGGTCAAACAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29447	TCAGAGGTCTATCTTTGATAAGTGACTAGCACCCTGATTTGGTCAAACAA	29496

CU302232.4	1601	GTCATCAATTCTAGGGCTGGGATACTTATTATTGATTGTGACCTTGTTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29497	GTCATCAATTCTAGGGCTGGGATACTTATTATTGATTGTGACCTTGTTCA	29546

CU302232.4	1651	ACTGTCTATAGTTAATGTATCTGAGAGAACCATCGTTGTTCCTTACAAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29547	ACTGTCTATAGTTAATGTATCTGAGAGAACCATCGTTGTTCCTTACAAAC	29596

CU302232.4	1701	AACACTAGTGCACCCCATAGTGAAATACTAGGTCTGAAGAAGCCCTTATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29597	AACACTAGTGCACCCCATAGTGAAATACTAGGTCTGAAGAAGCCCTTATA	29646

CU302232.4	1751	AGGTATTTCAACTTCTCTTTCAATTACTTAAGCTCTGTTGGAGCCATTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29647	AGGTATTTCAACTTCTCTTTCAATTACTTAAGCTCTGTTGGAGCCATTCT	29696

CU302232.4	1801	ATAAAGTGGAACTGAAATAGTTTGGGTATCTTGAAGGAGATCAATTTTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29697	ATAAAGTGGAACTGAAATAGTTTGGGTATCTTGAAGGAGATCAATTTTAA	29746

CU302232.4	1851	AATCGATTTCCCTTTCGGGAGGGACTCTGGGAAGATCTTTTGGAAATATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29747	AATCGATTTCCCTTTCGGGAGGGACTCTGGGAAGATCTTTTGGAAATATT	29796

CU302232.4	1901	TTTGGAAACTCACAAACTACTAGAACTGACTCAAGAGTTGGGGTTTCAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29797	TTTGGAAACTCACAAACTACTAGAACTGACTCAAGAGTTGGGGTTTCAAG	29846

CU302232.4	1951	GCTGGAATCCTTAACCCGAACTAGATGATAGAGATAACCCTTAGATATCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468017.6	29847	GCTGGAATCCTTAACCCGAACTAGATGATAGAGATAACCCTTAGATATCA	29896

Overview

Query
CU302232.4 - 118288 bps
Hit
CU468017.6 - 29896 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001962200012000127897298961
275.811999327447475405112210431
388.82460742453152721518959391
473.811036553092831582-129248298961
Short-link