<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU467498.4	1	GATCTGTGCTCCTGATGGCTGTTTATCCCTGACCCAGGCCTTGCAGCTCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	40970	GATCTGTGCTCCTGATGGCTGTTTATCCCTGACCCAGGCCTTGCAGCTCC	41019

CU467498.4	51	CAGGACAGAGGCCCCACTCTTCACATCTCCTGTCCCCTTTTGTCCCTTGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41020	CAGGACAGAGGCCCCACTCTTCACATCTCCTGTCCCCTTTTGTCCCTTGC	41069

CU467498.4	101	CTTTTGTCTGGCACTTCTGAGCCAGTCTGCTGTCATATGCTTTTTTACAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41070	CTTTTGTCTGGCACTTCTGAGCCAGTCTGCTGTCATATGCTTTTTTACAT	41119

CU467498.4	151	TTTTCTCAAATAAACAAATAATGAAAGTCATCTGCTTCATAGAGTTTCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41120	TTTTCTCAAATAAACAAATAATGAAAGTCATCTGCTTCATAGAGTTTCAA	41169

CU467498.4	201	GCAGAAGAAACAGTAAAAAGAAAGACAGGACCCACTATAAGACACTGTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41170	GCAGAAGAAACAGTAAAAAGAAAGACAGGACCCACTATAAGACACTGTTC	41219

CU467498.4	251	ATGCATAATTGTAGATGCCAGCAGCTACATGAACTGGGCTCCTGAAAGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41220	ATGCATAATTGTAGATGCCAGCAGCTACATGAACTGGGCTCCTGAAAGGA	41269

CU467498.4	301	AAGCTGGGGCTGTATGGGTGGGGGGGGGGTGGCGAGAGAAGAATGAGACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41270	AAGCTGGGGCTGTATGGGTGGGGGGGGGGTGGCGAGAGAAGAATGAGACC	41319

CU467498.4	351	AAGACAAAGTTTCTGATGAAGGTCCAATGTTTACATTTTGAATCTGAACC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41320	AAGACAAAGTTTCTGATGAAGGTCCAATGTTTACATTTTGAATCTGAACC	41369

CU467498.4	401	TAAAGCGGCGGGGGACCCATCCCCTACTATGCCAGGTTCTCCTGGCTTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41370	TAAAGCGGCGGGGGACCCATCCCCTACTATGCCAGGTTCTCCTGGCTTGT	41419

CU467498.4	451	CAGAATCTCCTCAGGAAAACAAACTCAGCCTCTCAGCAGATGTGGCAGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41420	CAGAATCTCCTCAGGAAAACAAACTCAGCCTCTCAGCAGATGTGGCAGGA	41469

CU467498.4	501	CAATAGATGTTCCCTACGTCAGAAGACTCCACCCTATGTGGGCTAGCAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41470	CAATAGATGTTCCCTACGTCAGAAGACTCCACCCTATGTGGGCTAGCAGG	41519

CU467498.4	551	CTGTGGCATGAACAAGGTCTAAATCAGCCTGCTCAAGGCTGGGAGAAGGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41520	CTGTGGCATGAACAAGGTCTAAATCAGCCTGCTCAAGGCTGGGAGAAGGC	41569

CU467498.4	601	ACACATAATAAGCATGGGAGTTATTGTATAAGAAATAAATTCAGTTTTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41570	ACACATAATAAGCATGGGAGTTATTGTATAAGAAATAAATTCAGTTTTAA	41619

CU467498.4	651	TTCATTAATTGTCAATTAGAGTATTTTTACAAGTTGGATTAAATTTGAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41620	TTCATTAATTGTCAATTAGAGTATTTTTACAAGTTGGATTAAATTTGAGA	41669

CU467498.4	701	ATACCACCTATAATCATTACAGACAGAGTCATTGAAGCACACAAGAATCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41670	ATACCACCTATAATCATTACAGACAGAGTCATTGAAGCACACAAGAATCC	41719

CU467498.4	751	CTTCTCCCTTCACTTACACCATCTGTGAGAATCTGTTAGATGAGAAAGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41720	CTTCTCCCTTCACTTACACCATCTGTGAGAATCTGTTAGATGAGAAAGAT	41769

CU467498.4	801	GTTGCTGTGGGCCTTGTCGATATCTATATGAGAACACAGTCAGGGCCATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41770	GTTGCTGTGGGCCTTGTCGATATCTATATGAGAACACAGTCAGGGCCATG	41819

CU467498.4	851	CTCCAAATCCCACAGGCTCTGTCCTTTGCTCTGTGGAGCAGCAGGATGGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41820	CTCCAAATCCCACAGGCTCTGTCCTTTGCTCTGTGGAGCAGCAGGATGGG	41869

CU467498.4	901	AAGAGAAAGGTACCTGCTCAAGAATCTGGACAATTCTGCCATGGAGTTCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41870	AAGAGAAAGGTACCTGCTCAAGAATCTGGACAATTCTGCCATGGAGTTCC	41919

CU467498.4	951	ACGTGATGAGCCAGTCTGCAGACACCTGAGGCTTTGCTCTGGCCTGCACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41920	ACGTGATGAGCCAGTCTGCAGACACCTGAGGCTTTGCTCTGGCCTGCACA	41969

CU467498.4	1001	CACAAGGACATACATTAAACAAAGAAAAACAAAAGAAAAAAAAAGGCATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	41970	CACAAGGACATACATTAAACAAAGAAAAACAAAAGAAAAAAAAAGGCATG	42019

CU467498.4	1051	AACTGTAACAATTCAGGAACAATGAAACAAACTAGCTAAGCAAAATGATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42020	AACTGTAACAATTCAGGAACAATGAAACAAACTAGCTAAGCAAAATGATG	42069

CU467498.4	1101	AGTCAAAGGTGGATATGCTAGTAGGCAATTTCCTGAGGGGAATACATGTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42070	AGTCAAAGGTGGATATGCTAGTAGGCAATTTCCTGAGGGGAATACATGTC	42119

CU467498.4	1151	CTATAGAAATTATATGGGACGTAACCCTTGAGTAGCAGGGAGATGGCTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42120	CTATAGAAATTATATGGGACGTAACCCTTGAGTAGCAGGGAGATGGCTCA	42169

CU467498.4	1201	GGCCATGGAAGCTGATGCAGGTAGTTTTCCTACTCCACTTTAAGCTCTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42170	GGCCATGGAAGCTGATGCAGGTAGTTTTCCTACTCCACTTTAAGCTCTTT	42219

CU467498.4	1251	AAGGGTGGAACACACTACTAGTCCTCACCCAGATTACCTTGGGTCCATGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42220	AAGGGTGGAACACACTACTAGTCCTCACCCAGATTACCTTGGGTCCATGG	42269

CU467498.4	1301	ATAAAAATCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42270	ATAAAAATCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	42319

CU467498.4	1351	ACACACGACTTTATCTTAAAATGTCTTTGCTAACTCACTGACTGGGCATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42320	ACACACGACTTTATCTTAAAATGTCTTTGCTAACTCACTGACTGGGCATT	42369

CU467498.4	1401	CCTAAACCTCCCCTGCCACTCCAGGCCAGTTGCCAGTCCAACCAAAACCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42370	CCTAAACCTCCCCTGCCACTCCAGGCCAGTTGCCAGTCCAACCAAAACCT	42419

CU467498.4	1451	CACGTGGGTCATTGGCTTTATCTCCTGTTACTACTGCTTCCTCTTTTTCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42420	CACGTGGGTCATTGGCTTTATCTCCTGTTACTACTGCTTCCTCTTTTTCC	42469

CU467498.4	1501	CCAGTTCTCCCCATTCTCCCTGAATCCTCCCACACAACTCTAAGTGTCCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42470	CCAGTTCTCCCCATTCTCCCTGAATCCTCCCACACAACTCTAAGTGTCCT	42519

CU467498.4	1551	GCCCCTCACTCAAACATTGGTCACTGGTATCTTTATTGATTGATCAAGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42520	GCCCCTCACTCAAACATTGGTCACTGGTATCTTTATTGATTGATCAAGAA	42569

CU467498.4	1601	CCAATTGGGGAACAGGACCTTAGCATCAGCCCCACCTTCTATATCTCACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42570	CCAATTGGGGAACAGGACCTTAGCATCAGCCCCACCTTCTATATCTCACC	42619

CU467498.4	1651	TTTCCTGTCTAATAATAATAATAGTAATAATAATCTCTCTCCCAGACATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42620	TTTCCTGTCTAATAATAATAATAGTAATAATAATCTCTCTCCCAGACATA	42669

CU467498.4	1701	AATTGAACAAAACTATAACAATTATGTAAATTACAATATATGATATATAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42670	AATTGAACAAAACTATAACAATTATGTAAATTACAATATATGATATATAA	42719

CU467498.4	1751	TTTTAATTTCCAGTCCATAATATTTGTCAATTAGAAAAAAGTACTCTACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42720	TTTTAATTTCCAGTCCATAATATTTGTCAATTAGAAAAAAGTACTCTACT	42769

CU467498.4	1801	ATCATTTGTAACTTAAAGAATTATGGTTCTATCCCTGGATTGTTTAGATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42770	ATCATTTGTAACTTAAAGAATTATGGTTCTATCCCTGGATTGTTTAGATT	42819

CU467498.4	1851	TTAGTCTGTAAAGCCATCTGAAAACCATATCTTCCACTCTATAACCTCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42820	TTAGTCTGTAAAGCCATCTGAAAACCATATCTTCCACTCTATAACCTCTC	42869

CU467498.4	1901	TCTCAGTGTTAAAAAACTTGAGTGATTATGAGAGTATAACTAATCTTCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42870	TCTCAGTGTTAAAAAACTTGAGTGATTATGAGAGTATAACTAATCTTCAA	42919

CU467498.4	1951	TCCTGTTAGCAGTCCAAGAAAAACGTATACATTACCTGGGTATGCAGGAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467495.3	42920	TCCTGTTAGCAGTCCAAGAAAAACGTATACATTACCTGGGTATGCAGGAA	42969

Overview

Query
CU467498.4 - 20047 bps
Hit
CU467495.3 - 42969 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001977200012000140970429691
297.5338086878766129130292091
387.242333871811718503139050394331
Short-link