<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU468014.15	1	GAATTCTGATTTTTTTCCCTCTCTAGTGGTTTCCTGGAAGACCCCACTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62037	GAATTCTGATTTTTTTCCCTCTCTAGTGGTTTCCTGGAAGACCCCACTTG	62086

CU468014.15	51	CAAGGCTGCTTTTGCATTACCTAAATCTGAGCTCACTCAATATGAATGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62087	CAAGGCTGCTTTTGCATTACCTAAATCTGAGCTCACTCAATATGAATGAA	62136

CU468014.15	101	CAGCTTCATTCTTCAGATGCCTGGGGCAGGGGAAGAAAACAAAAACACAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62137	CAGCTTCATTCTTCAGATGCCTGGGGCAGGGGAAGAAAACAAAAACACAA	62186

CU468014.15	151	ATGCAATTGTCTAATGGGACCTGTCTCTTAAGAAGTGGATAGAAGTTATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62187	ATGCAATTGTCTAATGGGACCTGTCTCTTAAGAAGTGGATAGAAGTTATA	62236

CU468014.15	201	ATAAACAGGAGGTCAAGGAAAGTGCTTAGGAATGAAAGGTAGAGAACAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62237	ATAAACAGGAGGTCAAGGAAAGTGCTTAGGAATGAAAGGTAGAGAACAAG	62286

CU468014.15	251	ATGTCTGTAGCAAGCTTTGCAGAGCTCTGGCATGCTCCTTGAGATCTAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62287	ATGTCTGTAGCAAGCTTTGCAGAGCTCTGGCATGCTCCTTGAGATCTAGG	62336

CU468014.15	301	AAGTCATGCACATGTAAGATCTTTACCATTCCATGGCTATATGCATGCTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62337	AAGTCATGCACATGTAAGATCTTTACCATTCCATGGCTATATGCATGCTA	62386

CU468014.15	351	AGAAAAATCTAAGGGCCCCAAAATTGTATTCCTGGCTAACATGAGGTTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62387	AGAAAAATCTAAGGGCCCCAAAATTGTATTCCTGGCTAACATGAGGTTTT	62436

CU468014.15	401	GTGGGAAGTTTGGACCAAGATAGAGTTGCAAAAGTGCCTGTTTGAGTGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62437	GTGGGAAGTTTGGACCAAGATAGAGTTGCAAAAGTGCCTGTTTGAGTGTT	62486

CU468014.15	451	GAAAGTTGTTTAAAATCTGCAGAAGTCCTCAGCAGATGCTGAGCAACCCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62487	GAAAGTTGTTTAAAATCTGCAGAAGTCCTCAGCAGATGCTGAGCAACCCA	62536

CU468014.15	501	GTCATTGTAGCTTTCCAGTTACTAGCAGACCATTCAGCAAATCAAGTCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62537	GTCATTGTAGCTTTCCAGTTACTAGCAGACCATTCAGCAAATCAAGTCAA	62586

CU468014.15	551	GCCTTTGACTGCCAAATGAGAGAGATACACGCTTTCCAGAACTCATTCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62587	GCCTTTGACTGCCAAATGAGAGAGATACACGCTTTCCAGAACTCATTCAA	62636

CU468014.15	601	AAAAGTTGCTAAACCAACAAAATGCCTTGGTAGCAATGACAATCATACAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62637	AAAAGTTGCTAAACCAACAAAATGCCTTGGTAGCAATGACAATCATACAG	62686

CU468014.15	651	AGGTGGCAGAATATGATTGGGAGAATTTCTGACCCACCCCCCAATATTAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62687	AGGTGGCAGAATATGATTGGGAGAATTTCTGACCCACCCCCCAATATTAA	62736

CU468014.15	701	CACACACACACACACACACACACACACACACATCAATTAAGAAAAGATGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62737	CACACACACACACACACACACACACACACACATCAATTAAGAAAAGATGA	62786

CU468014.15	751	GAAAGTGACCAAAGGAACGCTCAACTTTCTGACTTACTATATAAAGGTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62787	GAAAGTGACCAAAGGAACGCTCAACTTTCTGACTTACTATATAAAGGTTT	62836

CU468014.15	801	TACATTGGAGAGCTTAAAAAGTTCTTTGAAAAGAAAGTTATATCTAAAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62837	TACATTGGAGAGCTTAAAAAGTTCTTTGAAAAGAAAGTTATATCTAAAGA	62886

CU468014.15	851	ATTAAAGAAAGAATATACATGCCATCTTATTACCTAGAAAATATCACTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62887	ATTAAAGAAAGAATATACATGCCATCTTATTACCTAGAAAATATCACTGA	62936

CU468014.15	901	AGAAATAAAAATATAAAGAGCAAGTTGAAAATTATAAGGGAAATTAATAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62937	AGAAATAAAAATATAAAGAGCAAGTTGAAAATTATAAGGGAAATTAATAA	62986

CU468014.15	951	TCACTACACACACTCAGAATCTTAGATTATGAAGATAAAGAAGAGCCAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	62987	TCACTACACACACTCAGAATCTTAGATTATGAAGATAAAGAAGAGCCAGG	63036

CU468014.15	1001	AAGGAAATCAATTGACATTGCCCAGTCTGAGGGATGAAAGGAAAAGAGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63037	AAGGAAATCAATTGACATTGCCCAGTCTGAGGGATGAAAGGAAAAGAGAG	63086

CU468014.15	1051	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCCTCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63087	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCCTCCA	63136

CU468014.15	1101	TGAGCTAGAACCTCAACCAAAGTATTCACAGGAAAACTATGTACCAAGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63137	TGAGCTAGAACCTCAACCAAAGTATTCACAGGAAAACTATGTACCAAGAT	63186

CU468014.15	1151	GCATATGATAGAAGTCCCAGATGGCAAGAAAGAAGCAAAATGATATCTAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63187	GCATATGATAGAAGTCCCAGATGGCAAGAAAGAAGCAAAATGATATCTAG	63236

CU468014.15	1201	ACCAGAGGTTCTCAACCTTTCTAATGTTACAAGCCTTTAATACAAGCCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63237	ACCAGAGGTTCTCAACCTTTCTAATGTTACAAGCCTTTAATACAAGCCTC	63286

CU468014.15	1251	ATGCTGTGGTGACCACCCCCCATCATAAAATTAATTTGTTGCTACTTCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63287	ATGCTGTGGTGACCACCCCCCATCATAAAATTAATTTGTTGCTACTTCAT	63336

CU468014.15	1301	AACTGTTATTTTGCTACTATTATAAATCACAATATAAACATTTTGGAGAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63337	AACTGTTATTTTGCTACTATTATAAATCACAATATAAACATTTTGGAGAT	63386

CU468014.15	1351	TAGATATTTGCTAAAGGGGCCGCAACCCTCAGAATGAAAACCACTTATAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63387	TAGATATTTGCTAAAGGGGCCGCAACCCTCAGAATGAAAACCACTTATAA	63436

CU468014.15	1401	AGGAATAGTTAAGATACTTCTCATATTTATTAACAATCATTAATCTGCAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63437	AGGAATAGTTAAGATACTTCTCATATTTATTAACAATCATTAATCTGCAC	63486

CU468014.15	1451	TCCACTTCCTGAGCCATAGCTCTGTCTGTCTTCTGGGAGGTCTGCTGCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63487	TCCACTTCCTGAGCCATAGCTCTGTCTGTCTTCTGGGAGGTCTGCTGCCA	63536

CU468014.15	1501	CCCAGGACAATCAAATAAGATACCCATGCCTCAATGCCCTGCCTGCTGCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63537	CCCAGGACAATCAAATAAGATACCCATGCCTCAATGCCCTGCCTGCTGCA	63586

CU468014.15	1551	CCCCTGGCAAGCTCAGCAGTCATGAGATCTGCCCTGTCATGTCTGTGCGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63587	CCCCTGGCAAGCTCAGCAGTCATGAGATCTGCCCTGTCATGTCTGTGCGC	63636

CU468014.15	1601	CATCTTCGGGTCCACACCTCTACCTTCAAATCTCTGCTCTGCGCTCCACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63637	CATCTTCGGGTCCACACCTCTACCTTCAAATCTCTGCTCTGCGCTCCACA	63686

CU468014.15	1651	CTCCAGCCTGCCTCCTGGGATCCCTGCTGCCATTTGGGACAACCAGTCCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63687	CTCCAGCCTGCCTCCTGGGATCCCTGCTGCCATTTGGGACAACCAGTCCC	63736

CU468014.15	1701	AAAGACCTGCTACTCCCAAGGACTACCAGACCAGCCAACACCAGAGACAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63737	AAAGACCTGCTACTCCCAAGGACTACCAGACCAGCCAACACCAGAGACAA	63786

CU468014.15	1751	CCAGATAGCTAAAAGCAGACACAAGAACACAAAGAACAAAAACCAGTGCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63787	CCAGATAGCTAAAAGCAGACACAAGAACACAAAGAACAAAAACCAGTGCA	63836

CU468014.15	1801	ATATGGAACCACCAGAACACACATGAAGAGCAGAACTATGACATTAAATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63837	ATATGGAACCACCAGAACACACATGAAGAGCAGAACTATGACATTAAATA	63886

CU468014.15	1851	TCATCTAAAAATGAAGATGATAGAGGCATTTAAAAAATAAATAAATCCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63887	TCATCTAAAAATGAAGATGATAGAGGCATTTAAAAAATAAATAAATCCCT	63936

CU468014.15	1901	TAAAGAAATACAGGAAAATATAATAAAACAGGTGAGGAAAATTAATAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63937	TAAAGAAATACAGGAAAATATAATAAAACAGGTGAGGAAAATTAATAAAA	63986

CU468014.15	1951	CTGGAAATAGAAGCAATAAAGAAAGCACAAATGGAGGCAACCCTTGAAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467017.8	63987	CTGGAAATAGAAGCAATAAAGAAAGCACAAATGGAGGCAACCCTTGAAAT	64036

Overview

Query
CU468014.15 - 133561 bps
Hit
CU467017.8 - 64036 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link