<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU469081.1	1	GGCGACCGCGACCCCCGCGCCCGCTCCCAGGCTGATGCAACCGCCGCTCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	145968	GGCGACCGCGACCCCCGCGCCCGCTCCCAGGCTGATGCAACCGCCGCTCC	146017

CU469081.1	51	CGCAGGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCGCTGGGCCGGGGCCGCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146018	CGCAGGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCGCTGGGCCGGGGCCGCCC	146067

CU469081.1	101	GCCGGGGGGCGGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTGCCCCCCCCCCACCGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146068	GCCGGGGGGCGGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTGCCCCCCCCCCACCGC	146117

CU469081.1	151	GGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGCGGCATGCCGGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146118	GGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGCGGCATGCCGGGA	146167

CU469081.1	201	CTCGTAGTCTGCCCCCCCCCACCGCGGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146168	CTCGTAGTCTGCCCCCCCCCACCGCGGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTC	146217

CU469081.1	251	CCACCCGCCGCGCGGCATGCCGGGACTCGTAGTCTGCCCCCCCCACCGCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146218	CCACCCGCCGCGCGGCATGCCGGGACTCGTAGTCTGCCCCCCCCACCGCG	146267

CU469081.1	301	GGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGCGGCATGCCGGGAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146268	GGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGCGGCATGCCGGGAC	146317

CU469081.1	351	TCGTAGTCTGCCCCCCCACCGCGAGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146318	TCGTAGTCTGCCCCCCCACCGCGAGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCA	146367

CU469081.1	401	CCCGCCGCGGGGCACGCCGGGACTTGTAGTCTCCCACCCGCCGTGTGGCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146368	CCCGCCGCGGGGCACGCCGGGACTTGTAGTCTCCCACCCGCCGTGTGGCA	146417

CU469081.1	451	CGCCGGGACCCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGTGGCATGCCGGGACTCGTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146418	CGCCGGGACCCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGTGGCATGCCGGGACTCGTA	146467

CU469081.1	501	GTCTGCCCCCCCCACCGCGAGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCACCCG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146468	GTCTGCCCCCCCCACCGCGAGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCACCCG	146517

CU469081.1	551	CCGCGGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGGGGCACGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146518	CCGCGGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGGGGCACGCC	146567

CU469081.1	601	GGGACTCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146568	GGGACTCGTAGTCTCCCACCCGCCGCGGGGCACGCCGGGACTCGTAGTCG	146617

CU469081.1	651	GAACCTCCCGCCGCATAGCATGATGGGAGTCGTCGTCTTCCCCCCCGTCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146618	GAACCTCCCGCCGCATAGCATGATGGGAGTCGTCGTCTTCCCCCCCGTCG	146667

CU469081.1	701	CGTTGCACGCCGGGACTCGTAGTCGGCCTCCCGGTTTGAGGCCACAACGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146668	CGTTGCACGCCGGGACTCGTAGTCGGCCTCCCGGTTTGAGGCCACAACGT	146717

CU469081.1	751	AGCGGGGGGCGGACTTTTTTTTCCTTTATTTTTTTAAACGGTGTTTAATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146718	AGCGGGGGGCGGACTTTTTTTTCCTTTATTTTTTTAAACGGTGTTTAATC	146767

CU469081.1	801	ATTGTGGCGTTTCATTCAATCGTACTTATTGGGCGCTTACGGTGTGCAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146768	ATTGTGGCGTTTCATTCAATCGTACTTATTGGGCGCTTACGGTGTGCAGA	146817

CU469081.1	851	GCCCCGGACTAAGCGCTTGGGAGAGAAGCAGCGTGGCTGGGTGGAAAGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146818	GCCCCGGACTAAGCGCTTGGGAGAGAAGCAGCGTGGCTGGGTGGAAAGAG	146867

CU469081.1	901	CCCGGGCTGGGGAATCATTCAGTCAATAGTATTTATTGAGCGCTTCCTCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146868	CCCGGGCTGGGGAATCATTCAGTCAATAGTATTTATTGAGCGCTTCCTCG	146917

CU469081.1	951	GTGCAGAGCACTGGACTGAGCGCTTGGAGTGGACGAATCGGTAACAGATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146918	GTGCAGAGCACTGGACTGAGCGCTTGGAGTGGACGAATCGGTAACAGATA	146967

CU469081.1	1001	GAATCAGAAGATCATGGGTTCGAATCCCCCCTCCGCCGCTTATCAGCTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	146968	GAATCAGAAGATCATGGGTTCGAATCCCCCCTCCGCCGCTTATCAGCTGG	147017

CU469081.1	1051	GTGACTCTGGGCAAGTCACTTCGCTTCTCTGGGCCTCAGTGACCTCATCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147018	GTGACTCTGGGCAAGTCACTTCGCTTCTCTGGGCCTCAGTGACCTCATCT	147067

CU469081.1	1101	GGAAGAGGGGGATGAAGACTGGGAGCCCCACGGGGGACAACCTGATGACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147068	GGAAGAGGGGGATGAAGACTGGGAGCCCCACGGGGGACAACCTGATGACC	147117

CU469081.1	1151	CTGTATCCACCCCAGTGCTTAGAACAGTGCTTGGCACATCGGAAGCCCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147118	CTGTATCCACCCCAGTGCTTAGAACAGTGCTTGGCACATCGGAAGCCCTT	147167

CU469081.1	1201	AACTAATGTCATCATTAGGATCATTATTATTGCAACAGTAAACAGTGACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147168	AACTAATGTCATCATTAGGATCATTATTATTGCAACAGTAAACAGTGACA	147217

CU469081.1	1251	TTCCCTGCCCACAACGAGCTCCCAGTTTAGAGGGTATCTGTGGTGCTTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147218	TTCCCTGCCCACAACGAGCTCCCAGTTTAGAGGGTATCTGTGGTGCTTCT	147267

CU469081.1	1301	CAAGCACATACTATAAGCCAAACACTGTCCTAAACCCTGGGGTAGAGGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147268	CAAGCACATACTATAAGCCAAACACTGTCCTAAACCCTGGGGTAGAGGCA	147317

CU469081.1	1351	AAGTGATCGGGGTGGACCCCAGTCCCTGTCCCGCCTAGGACTCACCGTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147318	AAGTGATCGGGGTGGACCCCAGTCCCTGTCCCGCCTAGGACTCACCGTCT	147367

CU469081.1	1401	CCATCCCCATTTTACGGAGGAGGGAACCGAGGCCCAGAGAAGTGAAGTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147368	CCATCCCCATTTTACGGAGGAGGGAACCGAGGCCCAGAGAAGTGAAGTGA	147417

CU469081.1	1451	TTTGCCCAAGGTCACACGGCGGACAAATGGCAGAGCCAGGATTGGAACCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147418	TTTGCCCAAGGTCACACGGCGGACAAATGGCAGAGCCAGGATTGGAACCC	147467

CU469081.1	1501	AGGTCCTTCTCCCAGGCCTTTGCTCCATCCAGGCGGCCACGTTGGACCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147468	AGGTCCTTCTCCCAGGCCTTTGCTCCATCCAGGCGGCCACGTTGGACCCA	147517

CU469081.1	1551	GTCCTTGTCCCACGTGGGGCTCACAGTCTTCATCCCCATTTTACAGACGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147518	GTCCTTGTCCCACGTGGGGCTCACAGTCTTCATCCCCATTTTACAGACGA	147567

CU469081.1	1601	GGTCAGTGAGGCCCCGAGAAGTGAAGTGACTTGCCCAAGGTCACCCAGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147568	GGTCAGTGAGGCCCCGAGAAGTGAAGTGACTTGCCCAAGGTCACCCAGCA	147617

CU469081.1	1651	GACAGGTGGTGGAGGCAGGATTAGAACCCATGACGTCTGACTCCCCTGCG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147618	GACAGGTGGTGGAGGCAGGATTAGAACCCATGACGTCTGACTCCCCTGCG	147667

CU469081.1	1701	CATAGCTCTTTCCACCAAGCCACACTGCTCCTCTAATAATGACGGTATTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147668	CATAGCTCTTTCCACCAAGCCACACTGCTCCTCTAATAATGACGGTATTA	147717

CU469081.1	1751	AGCGCTTACTATGTGCCGAGCACCGTTCTAAGCGCTAGGGTAGATACAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147718	AGCGCTTACTATGTGCCGAGCACCGTTCTAAGCGCTAGGGTAGATACAAG	147767

CU469081.1	1801	GTGATCAGGTTGTCCCACGTGGGGATCACAAGTCTTTATCCCCATGTTAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147768	GTGATCAGGTTGTCCCACGTGGGGATCACAAGTCTTTATCCCCATGTTAC	147817

CU469081.1	1851	GGACGAGGGAGCCGAGGCCCAGAGAAGCGAAGTGACTCGCCCAAAGTCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147818	GGACGAGGGAGCCGAGGCCCAGAGAAGCGAAGTGACTCGCCCAAAGTCAC	147867

CU469081.1	1901	ACAGCTGATAAGTGGCGGAGGCGGGATTCGAAACCATGATCTTGTGATTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147868	ACAGCTGATAAGTGGCGGAGGCGGGATTCGAAACCATGATCTTGTGATTC	147917

CU469081.1	1951	CCCAGCCCGGGCTCTTTCCACTGAGCCCCGCTGCTTCTCTAAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU467016.2	147918	CCCAGCCCGGGCTCTTTCCACTGAGCCCCGCTGCTTCTCTAAACAAGCTT	147967

Overview

Query
CU469081.1 - 6112 bps
Hit
CU467016.2 - 147967 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195020001200011459681479671
289.43168246322234671646867131
389.216724922542502-111309115581
490.4818025232163467-113697139481
590.6117624532203464-142926431701
690.8718325232163467144553448041
790.9517624432173460-152529527711
889.6817425232163467195346955971
990.231792564611486611026561029111
1089.451742564611486611058871061421
1190.1617825432143467-11058921061451
1291.5718624932193467-11107681110161
1387.7224250114964911460761465801
1490.831754218572611460761466181
1590.8327646526072411460761465441
1686.1518742729872411460761465081
1788.3420539933473211460761464781
1887.6224350510961311461161466161
1990.7732354310965111461521466931
2090.7528346910957711462271466911
2185.9519443310954111462651466911
2288.2321140310951111463011466991
Short-link