<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR933560.3	1	AAGCTTGTCCGGTTCGCCGAGCAGAAGGTGAGGACTCGTGGCACTTTTCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64377	AAGCTTGTCCGGTTCGCCGAGCAGAAGGTGAGGACTCGTGGCACTTTTCG	64426

CR933560.3	51	TGGAGTCTCATGTTTGAGGTTTCACAGGCAGCCAGGTGTGGGCTCATTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64427	TGGAGTCTCATGTTTGAGGTTTCACAGGCAGCCAGGTGTGGGCTCATTGT	64476

CR933560.3	101	GAGCAGCAAATGTGTCTGTAACATTGTTATATTGTATTCATTCAGTCTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64477	GAGCAGCAAATGTGTCTGTAACATTGTTATATTGTATTCATTCAGTCTCA	64526

CR933560.3	151	TTTATTGAGAGATTACTGTGTGCAGAGCATTCTACTAAGCGCTTGGGAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64527	TTTATTGAGAGATTACTGTGTGCAGAGCATTCTACTAAGCGCTTGGGAGA	64576

CR933560.3	201	GTACAACAGACAAACCCCCTGCACACAGTAAGTGCTCAATAAAAATGATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64577	GTACAACAGACAAACCCCCTGCACACAGTAAGTGCTCAATAAAAATGATT	64626

CR933560.3	251	GACCGAATAACTTGAGGAGGACAGGTAACTACTCCCTTGGGGATGGAGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64627	GACCGAATAACTTGAGGAGGACAGGTAACTACTCCCTTGGGGATGGAGGG	64676

CR933560.3	301	AACTCACCCTGCTGGGTTTTGCATGTGAGGAGCACGAAGCCATTGTTTTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64677	AACTCACCCTGCTGGGTTTTGCATGTGAGGAGCACGAAGCCATTGTTTTG	64726

CR933560.3	351	GTTACTTGCATACGGCCTCCCATCCTCACACAATTCTCTGAGATCGGGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64727	GTTACTTGCATACGGCCTCCCATCCTCACACAATTCTCTGAGATCGGGAA	64776

CR933560.3	401	TTTCCATACAGGCCTGAAAAACTTCAGTAGTGAATCTCTTTGAAATTCAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64777	TTTCCATACAGGCCTGAAAAACTTCAGTAGTGAATCTCTTTGAAATTCAC	64826

CR933560.3	451	TATCCACTCCCAAGTCCTTCCTGCTTGCTCTCTCCCTAAATGCTCCGGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64827	TATCCACTCCCAAGTCCTTCCTGCTTGCTCTCTCCCTAAATGCTCCGGCC	64876

CR933560.3	501	CCATTTTGTTAAGTGTCTACCCTCTCCCCCTTCATATCTGAGAACACCAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64877	CCATTTTGTTAAGTGTCTACCCTCTCCCCCTTCATATCTGAGAACACCAC	64926

CR933560.3	551	TCTCCCCATTTGCACAGCCCCACAAAAATCCCATCTCTTCCAAGAGATCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64927	TCTCCCCATTTGCACAGCCCCACAAAAATCCCATCTCTTCCAAGAGATCT	64976

CR933560.3	601	TCCCTAAGTCATTCCCCCTCCTTGCCTTGCCCTCTGCATTGTCTAAACAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	64977	TCCCTAAGTCATTCCCCCTCCTTGCCTTGCCCTCTGCATTGTCTAAACAC	65026

CR933560.3	651	TAGGCTCTGTATCTCTTAATCAGTGGTATTTATTGAGCGCTTGCTGTGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65027	TAGGCTCTGTATCTCTTAATCAGTGGTATTTATTGAGCGCTTGCTGTGTG	65076

CR933560.3	701	CCGAGCACTGTACTAAGCACTAGGGAGAGTATAGTGCAACAGAGTTGATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65077	CCGAGCACTGTACTAAGCACTAGGGAGAGTATAGTGCAACAGAGTTGATA	65126

CR933560.3	751	GATACATTTCCTGCCCACATCAGGCTTACCCTCTTGATACTCACCCCAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65127	GATACATTTCCTGCCCACATCAGGCTTACCCTCTTGATACTCACCCCAGC	65176

CR933560.3	801	ACCTCTCTACATAACCGTATATTCTGCCGCTTCCCCGGATGCCGCTATCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65177	ACCTCTCTACATAACCGTATATTCTGCCGCTTCCCCGGATGCCGCTATCC	65226

CR933560.3	851	ATAATTTACTTAAATGTGTGGCTACTCCTCTGTCATTCTAAGCCACGATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65227	ATAATTTACTTAAATGTGTGGCTACTCCTCTGTCATTCTAAGCCACGATA	65276

CR933560.3	901	AGCTGTCGATTCATAATACGCTTTCTCATAATATCCCGACTGGATGATTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65277	AGCTGTCGATTCATAATACGCTTTCTCATAATATCCCGACTGGATGATTG	65326

CR933560.3	951	TGTCAGCCTCCTCTTGGATCTCCCTTCCTCCTGTCTCTCCCCATTCCAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65327	TGTCAGCCTCCTCTTGGATCTCCCTTCCTCCTGTCTCTCCCCATTCCAGT	65376

CR933560.3	1001	CTATTCTTCATTCCGCTGCCTGGATGATCTTCCTACAGAAACTCACTCGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65377	CTATTCTTCATTCCGCTGCCTGGATGATCTTCCTACAGAAACTCACTCGC	65426

CR933560.3	1051	CTCCTCAAAAACCTCCAGTGGTTACCTGTCAACCTTCGCACCAAACCAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65427	CTCCTCAAAAACCTCCAGTGGTTACCTGTCAACCTTCGCACCAAACCAAA	65476

CR933560.3	1101	ACTCCTCACTCTTGGCTTCGAACCTCTCCATCACCTTGTACCCTCCTACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65477	ACTCCTCACTCTTGGCTTCGAACCTCTCCATCACCTTGTACCCTCCTACC	65526

CR933560.3	1151	TTACTTCCCTCTCTCTTTCTACTGCCCACCCCGTACACTCCACTCTTCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65527	TTACTTCCCTCTCTCTTTCTACTGCCCACCCCGTACACTCCACTCTTCTG	65576

CR933560.3	1201	CCGCTCACCTCCTCACTGTCCTCTGTTCACGCCTGTCCCACCGTCGACCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65577	CCGCTCACCTCCTCACTGTCCTCTGTTCACGCCTGTCCCACCGTCGACCC	65626

CR933560.3	1251	CTGGCCCACGTCCTACCGCTCACCTGGAAGGCCCTCCCTTCTCACATCCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65627	CTGGCCCACGTCCTACCGCTCACCTGGAAGGCCCTCCCTTCTCACATCCT	65676

CR933560.3	1301	CCAAATTAGCTCTCTTCCCCTCTTCAAAGCCCTACTGAGAGCTCCCCTCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65677	CCAAATTAGCTCTCTTCCCCTCTTCAAAGCCCTACTGAGAGCTCCCCTCC	65726

CR933560.3	1351	TCCAGGGGGCCTTCCCAGACTGAGCCCTCCATTTCCCTCTGCTCCTCCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65727	TCCAGGGGGCCTTCCCAGACTGAGCCCTCCATTTCCCTCTGCTCCTCCTC	65776

CR933560.3	1401	CCCTCCCCATTCCCCATAGTAAGCGCTCAGTAAATACTATTGACTGAATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65777	CCCTCCCCATTCCCCATAGTAAGCGCTCAGTAAATACTATTGACTGAATG	65826

CR933560.3	1451	AATGAATGATCTCAGTCACACTATACTCTCCCAAGCCCTTAATACAGTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65827	AATGAATGATCTCAGTCACACTATACTCTCCCAAGCCCTTAATACAGTGC	65876

CR933560.3	1501	TTTACACATGGTAAGTGCTCTGTAAATAGCATTGATTAATGGTAACTCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65877	TTTACACATGGTAAGTGCTCTGTAAATAGCATTGATTAATGGTAACTCTG	65926

CR933560.3	1551	AAAGTAGCTTTCGCACTTTCACATTGAGTGTGGGTAACCATTATAAAGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65927	AAAGTAGCTTTCGCACTTTCACATTGAGTGTGGGTAACCATTATAAAGTG	65976

CR933560.3	1601	TCACTCTCTGTGGGGAATGGACATTCATTCATTCAGTCGTATTTGAGTGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	65977	TCACTCTCTGTGGGGAATGGACATTCATTCATTCAGTCGTATTTGAGTGC	66026

CR933560.3	1651	TTACTGTGTGCTGAGCACTGCATTCATTCATTCAGTCGTATTTATTGAGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	66027	TTACTGTGTGCTGAGCACTGCATTCATTCATTCAGTCGTATTTATTGAGC	66076

CR933560.3	1701	ACTTTGTGTGCTGAACACTGTATTCATTCAGTTGTATTTATTGAGCGATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	66077	ACTTTGTGTGCTGAACACTGTATTCATTCAGTTGTATTTATTGAGCGATT	66126

CR933560.3	1751	ACTGTGGGCAGAACACTGTACTAACCGCTTGTACAGTTCAGCAGTAGAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	66127	ACTGTGGGCAGAACACTGTACTAACCGCTTGTACAGTTCAGCAGTAGAGA	66176

CR933560.3	1801	CAATCCCTGCCCACAACGGGTTTACAGTCTCAAAGGGGAGAGACAGACAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	66177	CAATCCCTGCCCACAACGGGTTTACAGTCTCAAAGGGGAGAGACAGACAT	66226

CR933560.3	1851	CAAAGCCAGTAAACAGGCATCAGTAGCATCAATCTAAATAAATAGAATTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	66227	CAAAGCCAGTAAACAGGCATCAGTAGCATCAATCTAAATAAATAGAATTG	66276

CR933560.3	1901	TAGATATATGCACATCAAAACACGTAAACGGGCATTAGTATAAATAAATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	66277	TAGATATATGCACATCAAAACACGTAAACGGGCATTAGTATAAATAAATA	66326

CR933560.3	1951	GAATGTACAATTCCAAGTTCATTGTACTAAGCCCTTGGGAGAGTACAATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU466306.2	66327	GAATGTACAATTCCAAGTTCATTGTACTAAGCCCTTGGGAGAGTACAATA	66376

Overview

Query
CR933560.3 - 128417 bps
Hit
CU466306.2 - 66376 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001975200012000164377663761
285.294539443139632339139213431
386.234619289547196398139213431
485.330967299580100251166413431
592.082002683792338190-1546057241
690.9119026741510417761546157241
791.44190258128099128356-1546857241
888.221882961036731039681834886441
991.191922613792838188-1838486441
1090.8189261115851116111-1838486441
1190.818926141511417711838486441
1287.622013437688077222-112778131161
1390.741952704151141780-113024132931
1491.111982703791938188113024132931
1593.26213267115850116116-141893421591
1696.582362637696077222141894421561
1791.081972693792138189-141897421651
1895.42252613422234482141898421581
1992.861982525928659537141907421581
2091.941882483299533242-141914421611
2191.831932596170961967-145355456111
2292.221962593792838186-145357456131
2391.05187259115851116109-145357456131
2491.831932594151341771145357456131
2591.771912577696677222145357456111
2691.63188251128106128356-145361456111
2792.031902535928659538145364456141
Short-link