<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463334.13	1	ACATTTCAATTTAGATGCCAAAGTACCAATTGTGGAGGTAAAATGTAATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	162841	ACATTTCAATTTAGATGCCAAAGTACCAATTGTGGAGGTAAAATGTAATT	162890

CU463334.13	51	AGTTCTACTAAACCAGTAAAGTGGCATTTAACTGAAAGTGTATTTGCAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	162891	AGTTCTACTAAACCAGTAAAGTGGCATTTAACTGAAAGTGTATTTGCAAT	162940

CU463334.13	101	GCTTTGGTTTTTAAATTTAGGTTTAAAATAGTAAAAATTAATTTTGGGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	162941	GCTTTGGTTTTTAAATTTAGGTTTAAAATAGTAAAAATTAATTTTGGGGA	162990

CU463334.13	151	GTGATGTGATACACTCTTGTCCTCTCAACCCTTAGGAATCATACACAGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	162991	GTGATGTGATACACTCTTGTCCTCTCAACCCTTAGGAATCATACACAGAG	163040

CU463334.13	201	GGATTGTTAGTTCAAGACTATCATCCAGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163041	GGATTGTTAGTTCAAGACTATCATCCAGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCGG	163090

CU463334.13	251	TTAAGGGCGCTGACTGCTCTTCCAGAGGTCATCAGTTCAAATCCCAGCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163091	TTAAGGGCGCTGACTGCTCTTCCAGAGGTCATCAGTTCAAATCCCAGCAA	163140

CU463334.13	301	CCACATAAACAAATAAAAAAACCTATGGGCTGGAGCGGGGGCCAGAGTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163141	CCACATAAACAAATAAAAAAACCTATGGGCTGGAGCGGGGGCCAGAGTGA	163190

CU463334.13	351	ACAGGGCCAGAGCTAGAGGGAAAAGAGAAGTGGGGAAGCCATGGAGAGCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163191	ACAGGGCCAGAGCTAGAGGGAAAAGAGAAGTGGGGAAGCCATGGAGAGCC	163240

CU463334.13	401	ACTCCATCCTTTATCCTGACACTGCCAAGCTGAGCTTCCTGTTTCTGTAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163241	ACTCCATCCTTTATCCTGACACTGCCAAGCTGAGCTTCCTGTTTCTGTAC	163290

CU463334.13	451	CAGAGGCAAAAAAACAAAAACAAAAATCTGTGTCCCAAATGTTACTCTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163291	CAGAGGCAAAAAAACAAAAACAAAAATCTGTGTCCCAAATGTTACTCTTT	163340

CU463334.13	501	CTTCTCTCCTCATTCTGCTCACTCTGTTTCTTTTGATGTTTAAACACTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163341	CTTCTCTCCTCATTCTGCTCACTCTGTTTCTTTTGATGTTTAAACACTGT	163390

CU463334.13	551	CCTGTCTATATCAGGAGTTTTTTTTTGGGGGGGGGGTGGTCAGAATGGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163391	CCTGTCTATATCAGGAGTTTTTTTTTGGGGGGGGGGTGGTCAGAATGGGA	163440

CU463334.13	601	TGGAGGAGGAGGAGGAAGAGAGACAGAGGTCCAGAATGGAGTGGAGGAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163441	TGGAGGAGGAGGAGGAAGAGAGACAGAGGTCCAGAATGGAGTGGAGGAGA	163490

CU463334.13	651	AGGGGGAGGAGGGGAAGGAGGGAGAGGAGAAGGAGGAAAAGGAGGAGGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163491	AGGGGGAGGAGGGGAAGGAGGGAGAGGAGAAGGAGGAAAAGGAGGAGGAG	163540

CU463334.13	701	AAGAAGGAGGAGGAGAAAGGAAGGAGGGAGGAAGAGAGAGAGACAGACAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163541	AAGAAGGAGGAGGAGAAAGGAAGGAGGGAGGAAGAGAGAGAGACAGACAG	163590

CU463334.13	751	AGAGAGATGGAGACAGACAGTAACAAAGAGAGACACACAGAGCGATAAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163591	AGAGAGATGGAGACAGACAGTAACAAAGAGAGACACACAGAGCGATAAAG	163640

CU463334.13	801	ACAGATGAGTGGGAACGTCCTCTTGCTTCCTGTGACTCAGGTGAGCTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163641	ACAGATGAGTGGGAACGTCCTCTTGCTTCCTGTGACTCAGGTGAGCTCTG	163690

CU463334.13	851	ATGTGGTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTTCCAGGACATTAAAGACG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163691	ATGTGGTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTCTTCCAGGACATTAAAGACG	163740

CU463334.13	901	CCTTGAGCAGGTATGATGGGCATCCCCAGTGCACTGTGGTTTCTGCTTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163741	CCTTGAGCAGGTATGATGGGCATCCCCAGTGCACTGTGGTTTCTGCTTCA	163790

CU463334.13	951	CTCACACATACAACATTCAACATAGATCCAAGTGTGTTCACATTCCCCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163791	CTCACACATACAACATTCAACATAGATCCAAGTGTGTTCACATTCCCCAA	163840

CU463334.13	1001	TAACTTGGCTATAAACTATGTAGGCTGAGATAGGGAAGACCAAGCTATCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163841	TAACTTGGCTATAAACTATGTAGGCTGAGATAGGGAAGACCAAGCTATCC	163890

CU463334.13	1051	ACAGTAGCATGTGATCTCTTGGGTAAAGGCATGTTTTTTCCACTCAGCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163891	ACAGTAGCATGTGATCTCTTGGGTAAAGGCATGTTTTTTCCACTCAGCTT	163940

CU463334.13	1101	TACAGAAGTCTCCTTCCCATTTCCTTCTTCATATCAAATGAGTGAGTCCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163941	TACAGAAGTCTCCTTCCCATTTCCTTCTTCATATCAAATGAGTGAGTCCT	163990

CU463334.13	1151	GGGTTTCCTACTCTACGTCCCTCCCCTTTGCCTTCTCTCTTCTCTGCACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	163991	GGGTTTCCTACTCTACGTCCCTCCCCTTTGCCTTCTCTCTTCTCTGCACC	164040

CU463334.13	1201	CATCTCCCATCTTCATTTCCATATCTCCTCAGGTCTGATCTCACTCAGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164041	CATCTCCCATCTTCATTTCCATATCTCCTCAGGTCTGATCTCACTCAGTC	164090

CU463334.13	1251	CCATATTCTAAAACTCAGCTCATTGACTCTATATTTTTCACTCTGCCTCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164091	CCATATTCTAAAACTCAGCTCATTGACTCTATATTTTTCACTCTGCCTCC	164140

CU463334.13	1301	ACTTCAGGAACCCATCTCCGGCCCTTCCTGCCCACCCTCTACCCCCTGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164141	ACTTCAGGAACCCATCTCCGGCCCTTCCTGCCCACCCTCTACCCCCTGAA	164190

CU463334.13	1351	CGTAACACTCAGATAAACTTATCTTCACAGGGGTAAGGAATTTCAGTTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164191	CGTAACACTCAGATAAACTTATCTTCACAGGGGTAAGGAATTTCAGTTTC	164240

CU463334.13	1401	TCAACCCAAACCCAGTTCCTGAGGACCTGGAGAAAAAATGCAGTGAAGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164241	TCAACCCAAACCCAGTTCCTGAGGACCTGGAGAAAAAATGCAGTGAAGCA	164290

CU463334.13	1451	AAAGCAAGGCATGAGTCCATCATAAAAACCCTGACAGAACTCAAAGGTGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164291	AAAGCAAGGCATGAGTCCATCATAAAAACCCTGACAGAACTCAAAGGTGA	164340

CU463334.13	1501	GGGATCGCTGTCAGCCCCTATGCTCACTGACCTCGGGATTCTCTCCATCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164341	GGGATCGCTGTCAGCCCCTATGCTCACTGACCTCGGGATTCTCTCCATCA	164390

CU463334.13	1551	TCACAGACACTGCCTGGGCCTCCCAGAAGCCAGGCTGAATGCTGGGTATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164391	TCACAGACACTGCCTGGGCCTCCCAGAAGCCAGGCTGAATGCTGGGTATT	164440

CU463334.13	1601	TCCAAAGCATCAATATCCAGAAATTTCTCATGCTGTGTTGTAACAGGCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164441	TCCAAAGCATCAATATCCAGAAATTTCTCATGCTGTGTTGTAACAGGCAA	164490

CU463334.13	1651	TCTCTCAGGTTTAATGCTGTCTGAGAGTGGAGCCCAGGACAAGAACTCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164491	TCTCTCAGGTTTAATGCTGTCTGAGAGTGGAGCCCAGGACAAGAACTCTG	164540

CU463334.13	1701	AGCTACATCCCCAGAGCCAAAGTACCGATAATTTCGGAATTTTTGTCTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164541	AGCTACATCCCCAGAGCCAAAGTACCGATAATTTCGGAATTTTTGTCTTA	164590

CU463334.13	1751	GCAGGTGGTGAACATGGAGCTAGATGAATGTTCCCAATTTGGTTCCTGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164591	GCAGGTGGTGAACATGGAGCTAGATGAATGTTCCCAATTTGGTTCCTGCT	164640

CU463334.13	1801	AGCTACATGTACCCCTGGGCACCAGAATATAGCATTCTCGTGTAGTGTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164641	AGCTACATGTACCCCTGGGCACCAGAATATAGCATTCTCGTGTAGTGTAG	164690

CU463334.13	1851	ATAAAGAATACACACCGACTCTGAAAAACAATATTAAAATAGAACATAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164691	ATAAAGAATACACACCGACTCTGAAAAACAATATTAAAATAGAACATAAA	164740

CU463334.13	1901	ATACAGCAACACAAACGAAAGCAAACAGAAATACAGCAATACAAAATTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164741	ATACAGCAACACAAACGAAAGCAAACAGAAATACAGCAATACAAAATTTT	164790

CU463334.13	1951	GAGACAGGATCTCATCATGTCACCCAGGGTAGTCTCTTACTAAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463842.6	164791	GAGACAGGATCTCATCATGTCACCCAGGGTAGTCTCTTACTAAAGAATTC	164840

Overview

Query
CU463334.13 - 119030 bps
Hit
CU463842.6 - 164840 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link