<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU463840.5	2000	AATAATCTGCTTGATACTTACTGAATAATATCTACAGTGTATTCTTTCAT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1	AATAATCTGCTTGATACTTACTGAATAATATCTACAGTGTATTCTTTCAT	50

C  CU463840.5	1950	TGTCTTGTTGCAACTTGCTCACATAGACCATGCAACAGTTTTAGGATTCT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	51	TGTCTTGTTGCAACTTGCTCACATAGACCATGCAACAGTTTTAGGATTCT	100

C  CU463840.5	1900	GCCTCCATGAGTTTACCATACTCAATGTATCTAGTAACAATGACTTTACT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	101	GCCTCCATGAGTTTACCATACTCAATGTATCTAGTAACAATGACTTTACT	150

C  CU463840.5	1850	CTGTCCTCACCACAACGTTCTGAGTCCTGTGTCATTTGGAATATTTCAGT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	151	CTGTCCTCACCACAACGTTCTGAGTCCTGTGTCATTTGGAATATTTCAGT	200

C  CU463840.5	1800	ATGCATGGCAAGCTTTTAATAATCCAACTGTTCATTAATTTGAAGAATAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	201	ATGCATGGCAAGCTTTTAATAATCCAACTGTTCATTAATTTGAAGAATAA	250

C  CU463840.5	1750	ACACTTGGAATAATAGGTACAAGGAGAAGTCCAACTTCTACTTTGCCATC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	251	ACACTTGGAATAATAGGTACAAGGAGAAGTCCAACTTCTACTTTGCCATC	300

C  CU463840.5	1700	TATTTTATGGCCCTTCCTCTGAGAAATTGACTGGTATCTTAGTGATCCCT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	301	TATTTTATGGCCCTTCCTCTGAGAAATTGACTGGTATCTTAGTGATCCCT	350

C  CU463840.5	1650	TTTTCACTGCACATGTGTTGGGTATTCTATGCTCCTTTCCTCTAGAACCT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	351	TTTTCACTGCACATGTGTTGGGTATTCTATGCTCCTTTCCTCTAGAACCT	400

C  CU463840.5	1600	AACCCACTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAACCATATCTGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	401	AACCCACTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAACCATATCTGT	450

C  CU463840.5	1550	ACCCCTCAATGCTGATTCCAGAAGAAGCATAATCTGCTTCCTTATTCAGC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	451	ACCCCTCAATGCTGATTCCAGAAGAAGCATAATCTGCTTCCTTATTCAGC	500

C  CU463840.5	1500	ATAGATAGTGGAAACCCTCAGAGAAAGATTAGACAGTGAAATGACAGCTG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	501	ATAGATAGTGGAAACCCTCAGAGAAAGATTAGACAGTGAAATGACAGCTG	550

C  CU463840.5	1450	GTTTTGAGTGCTACCCAAGCAGAAACTACTGGTGGCACATGTTCACAGAT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	551	GTTTTGAGTGCTACCCAAGCAGAAACTACTGGTGGCACATGTTCACAGAT	600

C  CU463840.5	1400	CCTGTAGTAGGGGTTACTACATGCATTACTTTCTACAAGCTTCTGTAGTT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	601	CCTGTAGTAGGGGTTACTACATGCATTACTTTCTACAAGCTTCTGTAGTT	650

C  CU463840.5	1350	ATTCTCATTTCCCCAGAATACATTGGATAGCACAAACTTCCCTTTGTTAC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	651	ATTCTCATTTCCCCAGAATACATTGGATAGCACAAACTTCCCTTTGTTAC	700

C  CU463840.5	1300	TTCATTCTGAGTCTTAGTGTCCTCTCTCTCTCTCCTTTACTCCCTCCCTC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	701	TTCATTCTGAGTCTTAGTGTCCTCTCTCTCTCTCCTTTACTCCCTCCCTC	750

C  CU463840.5	1250	CAGCCCTCCCTTTTGCCCTTCTTCCCTTCCCTCTGTATATGTTGCACGTG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	751	CAGCCCTCCCTTTTGCCCTTCTTCCCTTCCCTCTGTATATGTTGCACGTG	800

C  CU463840.5	1200	TGTACATATAAATGTGCAGGTATGTGCATGAGTCTGTAAACATAATTATG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	801	TGTACATATAAATGTGCAGGTATGTGCATGAGTCTGTAAACATAATTATG	850

C  CU463840.5	1150	AATATCAGTAGTGTGCATTAGTGTCTTTTTATCTGTCTTTTTACCTTGAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	851	AATATCAGTAGTGTGCATTAGTGTCTTTTTATCTGTCTTTTTACCTTGAT	900

C  CU463840.5	1100	AACTTCTTACCATGGTCTTTCTGATGAACTTGGGTTTCATCACCACCCAG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	901	AACTTCTTACCATGGTCTTTCTGATGAACTTGGGTTTCATCACCACCCAG	950

C  CU463840.5	1050	CACCCTGCCATACATACTTGTATACACAAAGGCTTTAAGGCCAGCAATCT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	951	CACCCTGCCATACATACTTGTATACACAAAGGCTTTAAGGCCAGCAATCT	1000

C  CU463840.5	1000	CCCCTCACCCTGATCCTCTTGTTGTCAACTGACCCCTGGCACTGAAATTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1001	CCCCTCACCCTGATCCTCTTGTTGTCAACTGACCCCTGGCACTGAAATTT	1050

C  CU463840.5	950	CAAGCCTATGAAACCACATCCAATTTTTATAGCGATGATGCAGATTCAAC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1051	CAAGCCTATGAAACCACATCCAATTTTTATAGCGATGATGCAGATTCAAC	1100

C  CU463840.5	900	GCAGGTACTTAATGCTTTTAAAGAAAGTACTCTTCCACAACAAGTCACAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1101	GCAGGTACTTAATGCTTTTAAAGAAAGTACTCTTCCACAACAAGTCACAT	1150

C  CU463840.5	850	TCCCAGGGCCAAATTAAAGTTTATTATGAAAAGAAGTATACCATTGAGTA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1151	TCCCAGGGCCAAATTAAAGTTTATTATGAAAAGAAGTATACCATTGAGTA	1200

C  CU463840.5	800	AAGATGATCTTTTAAAATATACTAAAATTGAGAAACAAGACAAACATTAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1201	AAGATGATCTTTTAAAATATACTAAAATTGAGAAACAAGACAAACATTAA	1250

C  CU463840.5	750	TTTATTGGAAAGGCTAAATAGAAAAGACCTCATATCCACACATTATACGT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1251	TTTATTGGAAAGGCTAAATAGAAAAGACCTCATATCCACACATTATACGT	1300

C  CU463840.5	700	AGTCCAATGTGAGTTGTAATCCAGCCTTCAATTGTTACATGTTACTTGAC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1301	AGTCCAATGTGAGTTGTAATCCAGCCTTCAATTGTTACATGTTACTTGAC	1350

C  CU463840.5	650	CAAATTATTTTCACTCTATATGTGTGGGCATATGTGTGTTCTTACTAATC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1351	CAAATTATTTTCACTCTATATGTGTGGGCATATGTGTGTTCTTACTAATC	1400

C  CU463840.5	600	AAATTCTGAGGCATGGTCCACTTCTTGCTAAAAAGAATAATAAAGCATTT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1401	AAATTCTGAGGCATGGTCCACTTCTTGCTAAAAAGAATAATAAAGCATTT	1450

C  CU463840.5	550	GAATATATTAGCACAGTTTTAAAATAATTTATGAAATCAGAACATTCGCA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1451	GAATATATTAGCACAGTTTTAAAATAATTTATGAAATCAGAACATTCGCA	1500

C  CU463840.5	500	TACAATTGGATACTAAGCTAATATTTTGCTGCTTAAACATAACAAAATAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1501	TACAATTGGATACTAAGCTAATATTTTGCTGCTTAAACATAACAAAATAA	1550

C  CU463840.5	450	TCAGAGCTATCCTCACACATATTGTTTAGAAGGTTTATTAGCTATATTTG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1551	TCAGAGCTATCCTCACACATATTGTTTAGAAGGTTTATTAGCTATATTTG	1600

C  CU463840.5	400	TAACCATTCTTTCTTATGCACAACGTCTAATATGGGTCACATCTTAACAC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1601	TAACCATTCTTTCTTATGCACAACGTCTAATATGGGTCACATCTTAACAC	1650

C  CU463840.5	350	AAAATAAAATAGTGTGTTGGTTATAAATATTTTATAAACATGTATCTGGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1651	AAAATAAAATAGTGTGTTGGTTATAAATATTTTATAAACATGTATCTGGT	1700

C  CU463840.5	300	TGTTGTGGATTTGGTTTAATGCTCATACTATATTAGTTGTGTTCCCAAAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1701	TGTTGTGGATTTGGTTTAATGCTCATACTATATTAGTTGTGTTCCCAAAA	1750

C  CU463840.5	250	TTACACAAGAGCCCAACATGTAAGATGCTGAGGGTCCCTGCCCCAAGTTG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1751	TTACACAAGAGCCCAACATGTAAGATGCTGAGGGTCCCTGCCCCAAGTTG	1800

C  CU463840.5	200	GTTAAGATTGGTAAATAAAGTTGCTGGAAGACAAGGGCTGGGCAGAGAGA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1801	GTTAAGATTGGTAAATAAAGTTGCTGGAAGACAAGGGCTGGGCAGAGAGA	1850

C  CU463840.5	150	CAGAGGCGTGACTTTAGGATTTGCTGTCAAGAGAACCAAGAGAAGAAACA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1851	CAGAGGCGTGACTTTAGGATTTGCTGTCAAGAGAACCAAGAGAAGAAACA	1900

C  CU463840.5	100	GAATCACCATACTGTGAAAGGAATAAGATGCAGACTTGAGAGCTGCAGAA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1901	GAATCACCATACTGTGAAAGGAATAAGATGCAGACTTGAGAGCTGCAGAA	1950

C  CU463840.5	50	GACAGATTACCAATCATGTAAGAGTTGGAGAAGAGCAGTCCCAGGTGATC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU463835.6	1951	GACAGATTACCAATCATGTAAGAGTTGGAGAAGAGCAGTCCCAGGTGATC	2000

Overview

Query
CU463840.5 - 165245 bps
Hit
CU463835.6 - 25836 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001949200012000-1120001
296.3779391088325892341377546841
3906129111228601237701377546841
495.827789106169862607-1377546841
590.160589371875727671378646841
690.561889216926178171379046841
796.042592314657319604641509282451
892.32223131397401177149-1509282411
988.84186231217834981469-1509282451
1088.61461244453798562411577482281
1193.27182524651908621550-1578182451
1291.5216702448120395122842-1580682451
1389.1814462366125029127394-1588182451
1484.9685117664683248597-1615579501
1581.0174420871910521191110099121671
1682.4984120897402676114110099121761
1780.7170320647836880431110099121671
1882.1282120815836560445-110099121671
1980.751088317442807453-121038242221
2091.989412163920340418-121252224721
Short-link