<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU468124.3	1	ATGCTTTAGTTTATGGTCCTTTTGATATTGGATGGATTAAAAACCCTCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140130	ATGCTTTAGTTTATGGTCCTTTTGATATTGGATGGATTAAAAACCCTCAT	140179

CU468124.3	51	CATTTTCCCCTTGCAATATGTATGTTGGTGTTTGTAGGCTGATGAGAATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140180	CATTTTCCCCTTGCAATATGTATGTTGGTGTTTGTAGGCTGATGAGAATT	140229

CU468124.3	101	TAAAGGACTGTGAGCTTCCTCTATGATTTTTTGTTCCATTAAGTGAGTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140230	TAAAGGACTGTGAGCTTCCTCTATGATTTTTTGTTCCATTAAGTGAGTTC	140279

CU468124.3	151	TAGAAAACATAAGCAAATGAAATATCATCACACAATTTCAAGTTTACTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140280	TAGAAAACATAAGCAAATGAAATATCATCACACAATTTCAAGTTTACTTA	140329

CU468124.3	201	AAATTTTTGTGCTTACAAATGTAGTTGTAGAATAAAATTTCAGGTCACCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140330	AAATTTTTGTGCTTACAAATGTAGTTGTAGAATAAAATTTCAGGTCACCC	140379

CU468124.3	251	ATTTCAATGTTATGGCATTTTTCCAAGTGATGGCATCTCTCCAATGACAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140380	ATTTCAATGTTATGGCATTTTTCCAAGTGATGGCATCTCTCCAATGACAG	140429

CU468124.3	301	GAAAAACTCACTCTAGCTTCCTAACACCTCTTTCTCAAGAATGAACTTAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140430	GAAAAACTCACTCTAGCTTCCTAACACCTCTTTCTCAAGAATGAACTTAC	140479

CU468124.3	351	ATCCAAGTACCTGACATGATGACAATTGGATTGTAATTGAAGTGGTCTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140480	ATCCAAGTACCTGACATGATGACAATTGGATTGTAATTGAAGTGGTCTTA	140529

CU468124.3	401	GAGCCAACATGAGAAAACGAGTTCCAAGACTTGTGGCAGCAGCATGCTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140530	GAGCCAACATGAGAAAACGAGTTCCAAGACTTGTGGCAGCAGCATGCTGA	140579

CU468124.3	451	ATTCAAACCAGTGTGAACTCCAAAAGAAGTCTTCCATCTATACAGACATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140580	ATTCAAACCAGTGTGAACTCCAAAAGAAGTCTTCCATCTATACAGACATA	140629

CU468124.3	501	AATCACTGTTAAATAAAGTAGATAGCTTTTGTTTCATCTGATACAACTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140630	AATCACTGTTAAATAAAGTAGATAGCTTTTGTTTCATCTGATACAACTAT	140679

CU468124.3	551	TGTGTTTGAAAGTCTCTTGTCTCCTGCTCTGTGTACCTCAGTTATAGCTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140680	TGTGTTTGAAAGTCTCTTGTCTCCTGCTCTGTGTACCTCAGTTATAGCTT	140729

CU468124.3	601	GAAACATTTTATAATATCATCATACTGTTTGACTTCTTCAACACTTAATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140730	GAAACATTTTATAATATCATCATACTGTTTGACTTCTTCAACACTTAATC	140779

CU468124.3	651	TACATAAAAGAAATAAGAGAAAAATCATAGATCTTCCTTACGTCTCTCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140780	TACATAAAAGAAATAAGAGAAAAATCATAGATCTTCCTTACGTCTCTCAT	140829

CU468124.3	701	AGTTTTCAACTTTTCAAATTCTTTGCTTTGATAGTATTTGTCTTTGAGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140830	AGTTTTCAACTTTTCAAATTCTTTGCTTTGATAGTATTTGTCTTTGAGAT	140879

CU468124.3	751	TGGTAAAATGATAAACAGATTTATAATTATTGTTTATAATAAATTTTATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140880	TGGTAAAATGATAAACAGATTTATAATTATTGTTTATAATAAATTTTATA	140929

CU468124.3	801	TTGGTTCATTTAAATTAACAATTCATTATGATAAATCAAACTAGCTCATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140930	TTGGTTCATTTAAATTAACAATTCATTATGATAAATCAAACTAGCTCATT	140979

CU468124.3	851	TAATATTAATATTTTAATCTGTCAAATCAAACCAGTACACTGGGAGTTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	140980	TAATATTAATATTTTAATCTGTCAAATCAAACCAGTACACTGGGAGTTGA	141029

CU468124.3	901	GAAAGCCGAATAATATTGATCATCCATGTAAATGAACAGAAAACATGTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141030	GAAAGCCGAATAATATTGATCATCCATGTAAATGAACAGAAAACATGTTT	141079

CU468124.3	951	GGGTCCTTGCTAAAATAAGTGTCCCTTGGTCCACACAGATAATTTCATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141080	GGGTCCTTGCTAAAATAAGTGTCCCTTGGTCCACACAGATAATTTCATCA	141129

CU468124.3	1001	TCTTGCAGATAAGCATTTAAATAGAAAAATTTAAGTGCTCAGAGCTTAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141130	TCTTGCAGATAAGCATTTAAATAGAAAAATTTAAGTGCTCAGAGCTTAAG	141179

CU468124.3	1051	TAACATCAAGTTATAATTTATACATATCAAAAAAACCACAGGGACAGGGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141180	TAACATCAAGTTATAATTTATACATATCAAAAAAACCACAGGGACAGGGT	141229

CU468124.3	1101	AATAATCACATTGAACATGGCTACTTAGGCTGTCTCTAATATTGATATCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141230	AATAATCACATTGAACATGGCTACTTAGGCTGTCTCTAATATTGATATCT	141279

CU468124.3	1151	AAGAGCTGTTGAAGAAGTGCTTTAACTGTTTACAGAAGTGTCACATATGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141280	AAGAGCTGTTGAAGAAGTGCTTTAACTGTTTACAGAAGTGTCACATATGC	141329

CU468124.3	1201	AAGAATATAACATGTTAACTTTTCTTATTCAGTAGTCTTCTCACATTGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141330	AAGAATATAACATGTTAACTTTTCTTATTCAGTAGTCTTCTCACATTGTC	141379

CU468124.3	1251	TCTTATTCTGTTTAGATGGATTTTAAAACCATTGTTTTTGTTTTTGTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141380	TCTTATTCTGTTTAGATGGATTTTAAAACCATTGTTTTTGTTTTTGTTTT	141429

CU468124.3	1301	TCAGTAAAGTGCCCTTGCTTCCTTGTTATAATGATAGCCTTGCTTTTCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141430	TCAGTAAAGTGCCCTTGCTTCCTTGTTATAATGATAGCCTTGCTTTTCCA	141479

CU468124.3	1351	AACTAAAGTTGTATGGTTTTGTTAGACCTTCCATAAAATACTTATCTTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141480	AACTAAAGTTGTATGGTTTTGTTAGACCTTCCATAAAATACTTATCTTTC	141529

CU468124.3	1401	CTCTTTCAAGTTCCAGGAACTCACTCCAGTATGACTTGTTATGAATTTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141530	CTCTTTCAAGTTCCAGGAACTCACTCCAGTATGACTTGTTATGAATTTGG	141579

CU468124.3	1451	CTTTCCAAGCTGATCAATTTCTCATATTTCTTCTGCATGACTGCAGTCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141580	CTTTCCAAGCTGATCAATTTCTCATATTTCTTCTGCATGACTGCAGTCTT	141629

CU468124.3	1501	TTAAATCATATAAAGTCTCTAGAGAATAATTTTGGTCAGCTGTTTTCTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141630	TTAAATCATATAAAGTCTCTAGAGAATAATTTTGGTCAGCTGTTTTCTTG	141679

CU468124.3	1551	CAGAGAGGGGAAGAACTTGGAGTTGTACTCTCTTTTGAAATGGAAAATTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141680	CAGAGAGGGGAAGAACTTGGAGTTGTACTCTCTTTTGAAATGGAAAATTG	141729

CU468124.3	1601	GACATAGAAAAAATTGCTTCATTCAAACCAGTGGGACCCCATGTCACCTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141730	GACATAGAAAAAATTGCTTCATTCAAACCAGTGGGACCCCATGTCACCTG	141779

CU468124.3	1651	GGACATAGAATCCCTAAAATTTCCACACAGCTGTCTAATGGTTTTGCAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141780	GGACATAGAATCCCTAAAATTTCCACACAGCTGTCTAATGGTTTTGCAAT	141829

CU468124.3	1701	CTTGAGGTTTGGTTGTCCCAGCTCAGTCATTTTCAGTCCTTAGCAGATCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141830	CTTGAGGTTTGGTTGTCCCAGCTCAGTCATTTTCAGTCCTTAGCAGATCT	141879

CU468124.3	1751	GTGAATCTCCAGAGAGCTGATTAGAGTTCAGAACTCTGGGCACCACACTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141880	GTGAATCTCCAGAGAGCTGATTAGAGTTCAGAACTCTGGGCACCACACTG	141929

CU468124.3	1801	AGTGTCTGTGATTCAGACATTATAGGCAATAGCTCAAGGGGCAGATCCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141930	AGTGTCTGTGATTCAGACATTATAGGCAATAGCTCAAGGGGCAGATCCTG	141979

CU468124.3	1851	ATCTGAATACCATGGGTAGAGGGCTAGTGTGTAGCAAAACTGTTTGTTTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	141980	ATCTGAATACCATGGGTAGAGGGCTAGTGTGTAGCAAAACTGTTTGTTTC	142029

CU468124.3	1901	TGACAGAACAAAAGAATATGTAAATTACAGTAGCAAATAATGTACAAATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	142030	TGACAGAACAAAAGAATATGTAAATTACAGTAGCAAATAATGTACAAATT	142079

CU468124.3	1951	TATACATTTGTCTACCATAGTTTATTTTACCAGTTATTTTCAAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463346.12	142080	TATACATTTGTCTACCATAGTTTATTTTACCAGTTATTTTCAAAGAATTC	142129

Overview

Query
CU468124.3 - 3994 bps
Hit
CU463346.12 - 142129 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link