<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463303.4	1	TCTAGGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGCATATCAAGTGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192056	TCTAGGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGCATATCAAGTGA	192105

CU463303.4	51	CGTCTTTTGTGATTGGGATAACTTCTTACACGCGTTCTCGCGACCGGCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192106	CGTCTTTTGTGATTGGGATAACTTCTTACACGCGTTCTCGCGACCGGCCA	192155

CU463303.4	101	GGAAGAACGCAACAAGCCGGAATCTTCTGCGGCAAAAGCTTTATTGCTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192156	GGAAGAACGCAACAAGCCGGAATCTTCTGCGGCAAAAGCTTTATTGCTTA	192205

CU463303.4	151	CATCTTCAGGAGCCAGAGAGCAAGAGAGCAAGAGCTCTATTGCTTACATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192206	CATCTTCAGGAGCCAGAGAGCAAGAGAGCAAGAGCTCTATTGCTTACATC	192255

CU463303.4	201	TTTAGGAGCCAGAGCGCAGGAGAGCAAGAGCTCTATTGCTTACATCTTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192256	TTTAGGAGCCAGAGCGCAGGAGAGCAAGAGCTCTATTGCTTACATCTTTA	192305

CU463303.4	251	GGAGCCAGAGCGCAAGAGCGCAAGAGTGCAAGAGTGCAAGCGCTTTATTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192306	GGAGCCAGAGCGCAAGAGCGCAAGAGTGCAAGAGTGCAAGCGCTTTATTG	192355

CU463303.4	301	CTTACATCTTTAGGAGCCAGAGCGCAAGAGCAAGAGCAAGAGCAAGAGGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192356	CTTACATCTTTAGGAGCCAGAGCGCAAGAGCAAGAGCAAGAGCAAGAGGA	192405

CU463303.4	351	GCTCTATTGCTTACATCTTTAGGAGCCAGAGAGCAAGAGCGCAAGAGAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192406	GCTCTATTGCTTACATCTTTAGGAGCCAGAGAGCAAGAGCGCAAGAGAGA	192455

CU463303.4	401	GAATGGCGAAACCCCGTCCCTTTTAAGAATTATCCTCCGCCTAGGACGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192456	GAATGGCGAAACCCCGTCCCTTTTAAGAATTATCCTCCGCCTAGGACGTG	192505

CU463303.4	451	TCACTCCCTGATTGGCTGCAGCCCATCGGCCGAGTTGTCGTCACGGGAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192506	TCACTCCCTGATTGGCTGCAGCCCATCGGCCGAGTTGTCGTCACGGGAAG	192555

CU463303.4	501	GGCAGAGCACATGGGGTGGAGAACTACCCTTGGCACATGCGCAGATTATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192556	GGCAGAGCACATGGGGTGGAGAACTACCCTTGGCACATGCGCAGATTATT	192605

CU463303.4	551	TGTTTACCACTTAGAACACAGGATGTCAGCGCCATCTTGCAACGGCGAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192606	TGTTTACCACTTAGAACACAGGATGTCAGCGCCATCTTGCAACGGCGAAT	192655

CU463303.4	601	GTGAGGGCGGCTCCCCACAATAACTCACTTAGGAGGATATCCTCCAGATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192656	GTGAGGGCGGCTCCCCACAATAACTCACTTAGGAGGATATCCTCCAGATA	192705

CU463303.4	651	TATCCATTTGCCCAAGAATTTTATAAATTCATTGTTTTTAATAGCTGAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192706	TATCCATTTGCCCAAGAATTTTATAAATTCATTGTTTTTAATAGCTGAGT	192755

CU463303.4	701	AGTACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTAACCATTCCTCTGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192756	AGTACTCCATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTAACCATTCCTCTGTT	192805

CU463303.4	751	GAGGGACATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAGGACTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192806	GAGGGACATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAGGACTGC	192855

CU463303.4	801	TATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTATTACCAGATGGAACATCTTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192856	TATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTATTACCAGATGGAACATCTTCTG	192905

CU463303.4	851	GGTATATGCCCAGGAGTGGTATTGCTGGATCTGCCTATAGTTCTTATGTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192906	GGTATATGCCCAGGAGTGGTATTGCTGGATCTGCCTATAGTTCTTATGTC	192955

CU463303.4	901	CAGTTTTCTGAGGAACCACCAGACTGATTTCCAGAGTGATTGTATTAGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	192956	CAGTTTTCTGAGGAACCACCAGACTGATTTCCAGAGTGATTGTATTAGTT	193005

CU463303.4	951	TGCAATCCCACCAGCAATGGAGAAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193006	TGCAATCCCACCAGCAATGGAGAAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGC	193055

CU463303.4	1001	CAGCATGTGCTGTCACATGAATTTTTGATCATAACCATTCTGACTGGTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193056	CAGCATGTGCTGTCACATGAATTTTTGATCATAACCATTCTGACTGGTGT	193105

CU463303.4	1051	GAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193106	GAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGG	193155

CU463303.4	1101	ATGTTGAACATTTTTTTCAATGCTTCTCAACACTTCAGTATTCCTCAGTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193156	ATGTTGAACATTTTTTTCAATGCTTCTCAACACTTCAGTATTCCTCAGTT	193205

CU463303.4	1151	GAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193206	GAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGA	193255

CU463303.4	1201	ATTTCTGGAGTTCTGCTCCTTGAGTTCTTCATATATATTGGATATTAGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193256	ATTTCTGGAGTTCTGCTCCTTGAGTTCTTCATATATATTGGATATTAGTC	193305

CU463303.4	1251	CCCTATTGACGAGTCCAGCAGGTCCAGTTATTCAAGGGTCTTGAGGGGAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193306	CCCTATTGACGAGTCCAGCAGGTCCAGTTATTCAAGGGTCTTGAGGGGAC	193355

CU463303.4	1301	CTTCTCCTAAGAACCAAATGGGGGGATAGAGAGAGACAGGAACCTTGTGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193356	CTTCTCCTAAGAACCAAATGGGGGGATAGAGAGAGACAGGAACCTTGTGC	193405

CU463303.4	1351	AATGAACGACACACAGAAGCAGTCTGAGTAACATCAAGGTCTCGCTTTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193406	AATGAACGACACACAGAAGCAGTCTGAGTAACATCAAGGTCTCGCTTTAT	193455

CU463303.4	1401	TGAGAAAGGCCCAAAGCTTAAATGTACAAGCAAAGGGGAAAGTACTTTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193456	TGAGAAAGGCCCAAAGCTTAAATGTACAAGCAAAGGGGAAAGTACTTTTC	193505

CU463303.4	1451	AGCAGGAGGGGTGGGCCAGTAGAAATGCACAAGCAAAAGGAGAAATACAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193506	AGCAGGAGGGGTGGGCCAGTAGAAATGCACAAGCAAAAGGAGAAATACAA	193555

CU463303.4	1501	GTACTTATCAGCGGGAGGGGTGGGGCAGTAGAAATTTTTCTTTAGGCAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193556	GTACTTATCAGCGGGAGGGGTGGGGCAGTAGAAATTTTTCTTTAGGCAGT	193605

CU463303.4	1551	TACACGGGGAAGCAGGAACTTGGTTGTATCAGGGTGTGGTCAGGACATCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193606	TACACGGGGAAGCAGGAACTTGGTTGTATCAGGGTGTGGTCAGGACATCA	193655

CU463303.4	1601	GTGATGACTTAGGGCTGGAACATTCTGTGGTTGTTCTCAGAGCAGTGTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193656	GTGATGACTTAGGGCTGGAACATTCTGTGGTTGTTCTCAGAGCAGTGTGT	193705

CU463303.4	1651	CAGTGGCCCACTTTTGACCCCCTTTTCTTCTCGGGGTGGGGGGAGAGGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193706	CAGTGGCCCACTTTTGACCCCCTTTTCTTCTCGGGGTGGGGGGAGAGGCC	193755

CU463303.4	1701	CAATTCAGAGATCAGGACAATATTGTTGTCTTAATAGCTCCCAACACCCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193756	CAATTCAGAGATCAGGACAATATTGTTGTCTTAATAGCTCCCAACACCCT	193805

CU463303.4	1751	ATCAGATTTAGGATTGGTAAAAATTCTTTCCCAATCTGTTGGTGACCTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193806	ATCAGATTTAGGATTGGTAAAAATTCTTTCCCAATCTGTTGGTGACCTTT	193855

CU463303.4	1801	TTGTCTTATTGACAGTATCTTTTACCCTACAGAAACTTTACAATGTTATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193856	TTGTCTTATTGACAGTATCTTTTACCCTACAGAAACTTTACAATGTTATG	193905

CU463303.4	1851	AGGTCCCATTTGTAGATTCTTGTTCTTACAGCACAGGCCATTGCTGTTCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193906	AGGTCCCATTTGTAGATTCTTGTTCTTACAGCACAGGCCATTGCTGTTCT	193955

CU463303.4	1901	GTTTAGGAATTTTTCCCCTGTGCACATATCTTCGAGCCTTTTCCCCACTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	193956	GTTTAGGAATTTTTCCCCTGTGCACATATCTTCGAGCCTTTTCCCCACTT	194005

CU463303.4	1951	TCTCCTCTATAAATTTCAGTGTCTTTGGTTTTATGTTGAGTACTTTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463332.3	194006	TCTCCTCTATAAATTTCAGTGTCTTTGGTTTTATGTTGAGTACTTTGATC	194055

Overview

Query
CU463303.4 - 67062 bps
Hit
CU463332.3 - 194055 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198920001200011920561940551
285.6324648917492237-1188923611
386.763556336241256-1235829841
489.1726342422492672-115722161461
589.874256336241256-116627172581
688.292744426430364744117557180001
788.462754406430364742-122234226751
887.73726316241254122974236071
986.553586336241256150020506511
1084.9945492617472672150646515511
1189.033735836241206-171075716571
1288.372714336430364735171956723851
1385.912625136554666058196449969731
1488.413956336241256197173978021
1590.88693981148811586111178901188761
1689.892954356430364737-11261851266191
1788.17241392655426593311261931265811
1887.47371633624125611269001275301
1989.682553876554765933-11420711424581
2096.46374424643036472611505011509241
2194.04241302644256472611724901727911
Short-link