<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463834.5	1	GAATTCACAGACCAGATCATTTTAAAATCCGATATCAAATGTGACCCCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	67817	GAATTCACAGACCAGATCATTTTAAAATCCGATATCAAATGTGACCCCAG	67866

CU463834.5	51	GGAAAGGTAAGGGCATGTCTCCAGGATCTGGTGGGTCAGTCAGTCACATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	67867	GGAAAGGTAAGGGCATGTCTCCAGGATCTGGTGGGTCAGTCAGTCACATG	67916

CU463834.5	101	AGCTGCTCTAGTCTCAATAGAGGAAGACACATCAGATGGACGTCTTTTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	67917	AGCTGCTCTAGTCTCAATAGAGGAAGACACATCAGATGGACGTCTTTTCA	67966

CU463834.5	151	TTTTTTTTTTTATATTTAACCTAACTCAGAAAATGTACCAGAGATTTGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	67967	TTTTTTTTTTTATATTTAACCTAACTCAGAAAATGTACCAGAGATTTGTG	68016

CU463834.5	201	AAAAGCAACTCCAATAAAGGCAAGAACCAGACATTATCAACCTCAAAAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68017	AAAAGCAACTCCAATAAAGGCAAGAACCAGACATTATCAACCTCAAAAAT	68066

CU463834.5	251	TCACAGAAGGATGAAGTTTGGGCCATTTTTTTTATGAGAAATACTTGAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68067	TCACAGAAGGATGAAGTTTGGGCCATTTTTTTTATGAGAAATACTTGAGG	68116

CU463834.5	301	CAGTCACCACTACTCATGACTTTAAGAGAGAGATCACTGATTGTTTCAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68117	CAGTCACCACTACTCATGACTTTAAGAGAGAGATCACTGATTGTTTCAGA	68166

CU463834.5	351	GACTAAATTACTCATCTCTGTGTTTGAGACAACACAGACTATAGTGAGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68167	GACTAAATTACTCATCTCTGTGTTTGAGACAACACAGACTATAGTGAGGA	68216

CU463834.5	401	GAATGGGCTTGGTTTTTATAAAAGGCAAAAGTGGAAGGAAAATGACAGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68217	GAATGGGCTTGGTTTTTATAAAAGGCAAAAGTGGAAGGAAAATGACAGTT	68266

CU463834.5	451	TCAGAAGCCATAAGAATGGTCTATGTGAAAGACGCAGATGGAAGGGCAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68267	TCAGAAGCCATAAGAATGGTCTATGTGAAAGACGCAGATGGAAGGGCAGA	68316

CU463834.5	501	AGACAGGTCTGTGGGAGGTGGCAATGAGATGAGGCAGTTTGGAAGCTTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68317	AGACAGGTCTGTGGGAGGTGGCAATGAGATGAGGCAGTTTGGAAGCTTCT	68366

CU463834.5	551	GTGAGTCCTTTGATAACAGAGATAACAGCTTTGTTGGGGCTCCGTTCCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68367	GTGAGTCCTTTGATAACAGAGATAACAGCTTTGTTGGGGCTCCGTTCCAA	68416

CU463834.5	601	TGTTTTGATTTAATCCAGCCCCCAAATCGGGAAGATGCATGTTCAAATGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68417	TGTTTTGATTTAATCCAGCCCCCAAATCGGGAAGATGCATGTTCAAATGC	68466

CU463834.5	651	TGAAAGCCCTTGTCCCCAGTTGGTTTCTGATCAAGAAAGAGCCAACAGCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68467	TGAAAGCCCTTGTCCCCAGTTGGTTTCTGATCAAGAAAGAGCCAACAGCT	68516

CU463834.5	701	GGGCGGTGATGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68517	GGGCGGTGATGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCA	68566

CU463834.5	751	GGTGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGGGTTCCAGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68567	GGTGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGGGTTCCAGG	68616

CU463834.5	801	ACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACAAAACAAAACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68617	ACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACAAAACAAAACA	68666

CU463834.5	851	AAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAGCCAACAGCCAATGACTGTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68667	AAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAGCCAACAGCCAATGACTGTGC	68716

CU463834.5	901	AGGGAGACTGAGGTAGGACCTTTAGATTTGCACGGGCTAGGGACTGGGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68717	AGGGAGACTGAGGTAGGACCTTTAGATTTGCACGGGCTAGGGACTGGGAG	68766

CU463834.5	951	AAAGGAAGACAGAGGATCGCTATGACTCAGGGGAGAAGGATAGGACGTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68767	AAAGGAAGACAGAGGATCGCTATGACTCAGGGGAGAAGGATAGGACGTAA	68816

CU463834.5	1001	GAGCTGCAGGAGAGAAAGACAACCAGCCATGTAAGATTAAGGAAAGTGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68817	GAGCTGCAGGAGAGAAAGACAACCAGCCATGTAAGATTAAGGAAAGTGGC	68866

CU463834.5	1051	CACTGGTCATTTCTCCACTGGGCCTGGGGTAACAAGAGAAGGTTTAGGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68867	CACTGGTCATTTCTCCACTGGGCCTGGGGTAACAAGAGAAGGTTTAGGAG	68916

CU463834.5	1101	TGCCCAGCCTTTGAGCTAGTCATGGCACGTCAAAAATTAACTGACGTGTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68917	TGCCCAGCCTTTGAGCTAGTCATGGCACGTCAAAAATTAACTGACGTGTG	68966

CU463834.5	1151	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTCATTTGAGAATCCAAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	68967	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTCATTTGAGAATCCAAAG	69016

CU463834.5	1201	AGCTCCTGGGCTGCTACACGTATGTGACTCACTGAAAACCAAAGCTGTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69017	AGCTCCTGGGCTGCTACACGTATGTGACTCACTGAAAACCAAAGCTGTGT	69066

CU463834.5	1251	TGTAAATTACATAGCTACATAGCTTACAGAAAGGAAGCATACAGTGGGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69067	TGTAAATTACATAGCTACATAGCTTACAGAAAGGAAGCATACAGTGGGGC	69116

CU463834.5	1301	AGCACACAGTGGGGCAGCAGCTTCAGGGGCTGTCACAGCAGCTACACCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69117	AGCACACAGTGGGGCAGCAGCTTCAGGGGCTGTCACAGCAGCTACACCTT	69166

CU463834.5	1351	CTTTCCTGCCTCAGCCTACAGCCTTACTGCTTTACATGGCCATCTCTCCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69167	CTTTCCTGCCTCAGCCTACAGCCTTACTGCTTTACATGGCCATCTCTCCC	69216

CU463834.5	1401	AGTCCTCACACAGCTCTATAAAAAAGATCATCTCTTCCACATTTTACATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69217	AGTCCTCACACAGCTCTATAAAAAAGATCATCTCTTCCACATTTTACATT	69266

CU463834.5	1451	TCAGCCAAAGCAGAGAAGGGTCAGAGAATTTGCCCACAGTCCCAGCATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69267	TCAGCCAAAGCAGAGAAGGGTCAGAGAATTTGCCCACAGTCCCAGCATTT	69316

CU463834.5	1501	GGGGGTCACAGCTTTCAGCAGTGTTAATAACCCCATCTTTTTTAAAAAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69317	GGGGGTCACAGCTTTCAGCAGTGTTAATAACCCCATCTTTTTTAAAAAAA	69366

CU463834.5	1551	AATTTAATTAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCTCTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69367	AATTTAATTAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCTCTTTT	69416

CU463834.5	1601	CTAGTTTCCTCTCCAAAAACCTCCTATCCCATCCCTCTCCCCCTGCTCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69417	CTAGTTTCCTCTCCAAAAACCTCCTATCCCATCCCTCTCCCCCTGCTCCC	69466

CU463834.5	1651	CAACCCACCCACTCCTGCTTCCTGGCCCTGGCATTCCCCTATACTGGGGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69467	CAACCCACCCACTCCTGCTTCCTGGCCCTGGCATTCCCCTATACTGGGGC	69516

CU463834.5	1701	ATAGAACCTTCACAAGACCAAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGGCCAACTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69517	ATAGAACCTTCACAAGACCAAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGGCCAACTA	69566

CU463834.5	1751	GACCATCCTCTGTTATATATGCAGCTAGAGCCATGAGTCCCACCATGTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69567	GACCATCCTCTGTTATATATGCAGCTAGAGCCATGAGTCCCACCATGTGA	69616

CU463834.5	1801	TTTCTCTGATTGGTGAATAATCCCATCTTTTATCCCCCGTGTGCATAGCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69617	TTTCTCTGATTGGTGAATAATCCCATCTTTTATCCCCCGTGTGCATAGCA	69666

CU463834.5	1851	CAGACTTTGATTTTTCTATGTGTGATGTATATGTGAATCATAAAACTAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69667	CAGACTTTGATTTTTCTATGTGTGATGTATATGTGAATCATAAAACTAGG	69716

CU463834.5	1901	AAGGGGATCATATCCTGCAAAGAGAAGTCAGGTCTCTTTCATGGGCTCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69717	AAGGGGATCATATCCTGCAAAGAGAAGTCAGGTCTCTTTCATGGGCTCAG	69766

CU463834.5	1951	GCCAGAGAATATGGAAGAAAAATAAAATGCAGACATGTTCAAATCACAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463313.11	69767	GCCAGAGAATATGGAAGAAAAATAAAATGCAGACATGTTCAAATCACAAA	69816

Overview

Query
CU463834.5 - 236960 bps
Hit
CU463313.11 - 69816 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link