<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463830.6	1	GAATTCATGTCTGGATCCCTGTAGATACAGGAAAGCAAAGCAGAATAGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	100779	GAATTCATGTCTGGATCCCTGTAGATACAGGAAAGCAAAGCAGAATAGGC	100828

CU463830.6	51	AGGAATGCCCACTTCCTGAGGATGGAGTAAGACATGACACATACGGATAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	100829	AGGAATGCCCACTTCCTGAGGATGGAGTAAGACATGACACATACGGATAG	100878

CU463830.6	101	TCCACTACAATGTACATGGGAATAGACTATGCAACTTTAGTAATAACTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	100879	TCCACTACAATGTACATGGGAATAGACTATGCAACTTTAGTAATAACTGT	100928

CU463830.6	151	CTGAAGAAAGGATGATATATAGACATCTCTAAAGATACTAGCAATGAATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	100929	CTGAAGAAAGGATGATATATAGACATCTCTAAAGATACTAGCAATGAATA	100978

CU463830.6	201	ATTGGAAGATTTACAAACCAGAACAAAAAAGATCCTAATTTAATAATGGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	100979	ATTGGAAGATTTACAAACCAGAACAAAAAAGATCCTAATTTAATAATGGG	101028

CU463830.6	251	AATTAGTACGTCTCTGGAGTGCTCACCCTGTGAGAAGAAGTTTGTAGAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101029	AATTAGTACGTCTCTGGAGTGCTCACCCTGTGAGAAGAAGTTTGTAGAGC	101078

CU463830.6	301	CCAGTTTATGAGACAGAGCTCCAGAATACTGCCAGAGTTTTAATGTGAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101079	CCAGTTTATGAGACAGAGCTCCAGAATACTGCCAGAGTTTTAATGTGAAG	101128

CU463830.6	351	ATTTCTTTTTTGCAGCAGGGGGTATGTTGGCTGGACTAATGGCCCAGTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101129	ATTTCTTTTTTGCAGCAGGGGGTATGTTGGCTGGACTAATGGCCCAGTGG	101178

CU463830.6	401	TAAAGAGCACTGAGTGCTCTTCTAGGAGACATGGCTTAAATTCCTAGCAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101179	TAAAGAGCACTGAGTGCTCTTCTAGGAGACATGGCTTAAATTCCTAGCAC	101228

CU463830.6	451	CTGCACATCTACACAAAACCATCCAAATCCAGTCACAGGGGAACTGAAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101229	CTGCACATCTACACAAAACCATCCAAATCCAGTCACAGGGGAACTGAAGC	101278

CU463830.6	501	CGTTTTATGTACTCCACAAACACCAGCACATTCATGGTGCATCAACAAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101279	CGTTTTATGTACTCCACAAACACCAGCACATTCATGGTGCATCAACAAAC	101328

CU463830.6	551	AGGGAGTAAATATAGTCAAAAACATAATAAAAATGAAAAATATAATTACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101329	AGGGAGTAAATATAGTCAAAAACATAATAAAAATGAAAAATATAATTACT	101378

CU463830.6	601	AACGGGAGCAAAGTGCAAGAGAGAAAGAGACACAAACTTTGAAAATAGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101379	AACGGGAGCAAAGTGCAAGAGAGAAAGAGACACAAACTTTGAAAATAGCC	101428

CU463830.6	651	ACAGCAGGAGAGATTATAGAAAATGCTCTCCCCTCAGGACACAACCAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101429	ACAGCAGGAGAGATTATAGAAAATGCTCTCCCCTCAGGACACAACCAAAT	101478

CU463830.6	701	CAGTAGCAAAAGACATTTTCCAAATACCATTGCTCAATTGGCCTATTGGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101479	CAGTAGCAAAAGACATTTTCCAAATACCATTGCTCAATTGGCCTATTGGT	101528

CU463830.6	751	ATCTACCTAGTGACACTCAGCATCCCCTCTCAGCCAGTAGCATAAGAACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101529	ATCTACCTAGTGACACTCAGCATCCCCTCTCAGCCAGTAGCATAAGAACT	101578

CU463830.6	801	AGCTCAAGATATGTAATGTTTCCCACAATGTATATGTCTTATATATAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101579	AGCTCAAGATATGTAATGTTTCCCACAATGTATATGTCTTATATATAAAA	101628

CU463830.6	851	CAACTACTGGATCTTAACCAGGTCTCCAGGAAGTCACTCTCAGAGGAACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101629	CAACTACTGGATCTTAACCAGGTCTCCAGGAAGTCACTCTCAGAGGAACT	101678

CU463830.6	901	GGCATAGAACAGTATAGTTGATAGAAACCTAAAGCCAACATGTGGTAGGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101679	GGCATAGAACAGTATAGTTGATAGAAACCTAAAGCCAACATGTGGTAGGA	101728

CU463830.6	951	TCCTTCCATTCTCCTGGGACCTGAGAAAGGTCACTACCCTGGGAGGTGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101729	TCCTTCCATTCTCCTGGGACCTGAGAAAGGTCACTACCCTGGGAGGTGGA	101778

CU463830.6	1001	CTGGGCACAGATCTCTTGATCTGGATGATACATGCATCCAGGCAGAAATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101779	CTGGGCACAGATCTCTTGATCTGGATGATACATGCATCCAGGCAGAAATA	101828

CU463830.6	1051	GCCTGGGGAGAATTGAGGGTCTGGTAAGGTTAGGGTTAAGGCTAGGCTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101829	GCCTGGGGAGAATTGAGGGTCTGGTAAGGTTAGGGTTAAGGCTAGGCTTT	101878

CU463830.6	1101	CTTTGCCTGTGGTTACACTGTACATTGTCCTTGCAGCTTCAAATTGAATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101879	CTTTGCCTGTGGTTACACTGTACATTGTCCTTGCAGCTTCAAATTGAATT	101928

CU463830.6	1151	TATGTTTATGAAGACCTACACTCACTTGCCAGAGTCTGAGTGAAGGCAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101929	TATGTTTATGAAGACCTACACTCACTTGCCAGAGTCTGAGTGAAGGCAAG	101978

CU463830.6	1201	TAGGGCTGGCAGCAGCAAGAGGAGGGCTAGGGGTGACAGCATCTCCCTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	101979	TAGGGCTGGCAGCAGCAAGAGGAGGGCTAGGGGTGACAGCATCTCCCTCC	102028

CU463830.6	1251	TAAATGATGGTACAGATTTAGTCCAGTGTTGTTCTTATTCACAAGTCTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102029	TAAATGATGGTACAGATTTAGTCCAGTGTTGTTCTTATTCACAAGTCTGA	102078

CU463830.6	1301	GCTATAGGATGAGGCTGACTGCCTTCTCTAAGAATTCCTATTGGCAGGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102079	GCTATAGGATGAGGCTGACTGCCTTCTCTAAGAATTCCTATTGGCAGGTA	102128

CU463830.6	1351	AAGAGATCTGAAGTACTATGGAAAGATTAACTACTGGGAGACAAATCTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102129	AAGAGATCTGAAGTACTATGGAAAGATTAACTACTGGGAGACAAATCTCC	102178

CU463830.6	1401	AGAGCTCTGCTTCAGGACTGCAGATTCAGCTCTGGCCCCTGGTATCCTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102179	AGAGCTCTGCTTCAGGACTGCAGATTCAGCTCTGGCCCCTGGTATCCTGG	102228

CU463830.6	1451	GAGCAGTGTCAGGGGACAAGTTGCTTACCCTGATCACTATACCTGTTTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102229	GAGCAGTGTCAGGGGACAAGTTGCTTACCCTGATCACTATACCTGTTTAT	102278

CU463830.6	1501	CTGTTGACATCTTTAGTAGCCTAGCCCAGATACTGAGCTGGCTGACAGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102279	CTGTTGACATCTTTAGTAGCCTAGCCCAGATACTGAGCTGGCTGACAGAA	102328

CU463830.6	1551	TCAAAGAAGGAAAGGAAATCAAAGGCCTAGTCTCTCACTGAAATGTCCGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102329	TCAAAGAAGGAAAGGAAATCAAAGGCCTAGTCTCTCACTGAAATGTCCGG	102378

CU463830.6	1601	CTCTGGCTCCTGATCCTCTTATTTCTTTGTGTTCCTGTTATGTCACGGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102379	CTCTGGCTCCTGATCCTCTTATTTCTTTGTGTTCCTGTTATGTCACGGTC	102428

CU463830.6	1651	TTTCCTAGGAGCTCAGGCCTAGGAGCTCACTAAACCTTAGCTTCCTAGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102429	TTTCCTAGGAGCTCAGGCCTAGGAGCTCACTAAACCTTAGCTTCCTAGTG	102478

CU463830.6	1701	GTCAGAAATGATAGAGATGTGAAGAAATTTAGGATGGAGTTGGCTGTTCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102479	GTCAGAAATGATAGAGATGTGAAGAAATTTAGGATGGAGTTGGCTGTTCG	102528

CU463830.6	1751	GTCAGTGCACATGCATACCACGTCCCTAAGAGACCAAGGATAGATCTGAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102529	GTCAGTGCACATGCATACCACGTCCCTAAGAGACCAAGGATAGATCTGAC	102578

CU463830.6	1801	AGAAGGTGAGAAAGGTAAGTTATTCTCTCCAGTGTCTTCTTTTGACACCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102579	AGAAGGTGAGAAAGGTAAGTTATTCTCTCCAGTGTCTTCTTTTGACACCA	102628

CU463830.6	1851	TCATGACCTATGCAGATGCTTAAGACCCAGATATGCAGCACAGTACTCTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102629	TCATGACCTATGCAGATGCTTAAGACCCAGATATGCAGCACAGTACTCTG	102678

CU463830.6	1901	CACATTCATCAGGAATCTTTTAAAACCGTCAACTAAACATGGACATTATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102679	CACATTCATCAGGAATCTTTTAAAACCGTCAACTAAACATGGACATTATA	102728

CU463830.6	1951	ATTTCTGTGGGTCCAATGCTGATGCAGCCTCCTTGTTTTTGGCATTCCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463312.6	102729	ATTTCTGTGGGTCCAATGCTGATGCAGCCTCCTTGTTTTTGGCATTCCTT	102778

Overview

Query
CU463830.6 - 149171 bps
Hit
CU463312.6 - 102778 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link