<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463311.16	1	GAATTCCTGGGTTTGTACTCAGCATTTCCCCCAAGGACTCACTCAGGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	111960	GAATTCCTGGGTTTGTACTCAGCATTTCCCCCAAGGACTCACTCAGGAAG	112009

CU463311.16	51	GGCATAATTAATTTGGGTGGTACATATCCATCAGAGTCATGAAAGGTCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112010	GGCATAATTAATTTGGGTGGTACATATCCATCAGAGTCATGAAAGGTCAG	112059

CU463311.16	101	ATGACTATGAGAGCTAAGAGGAAGAACATCAATTTGCATTTTGTGTCCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112060	ATGACTATGAGAGCTAAGAGGAAGAACATCAATTTGCATTTTGTGTCCCA	112109

CU463311.16	151	ATTGAACCTCGGGACATCGCTGGCTGTCCTGGAATTCACTTTGTAGAGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112110	ATTGAACCTCGGGACATCGCTGGCTGTCCTGGAATTCACTTTGTAGAGCA	112159

CU463311.16	201	GGCTGGCTCAAAGACCAACCTGCCTTAGCTTTCTAAGTATTGGGAATAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112160	GGCTGGCTCAAAGACCAACCTGCCTTAGCTTTCTAAGTATTGGGAATAAA	112209

CU463311.16	251	ATTGTGGGCCATTACCACCTGTCCCAGAAGAATCATTTATCTTTGTGTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112210	ATTGTGGGCCATTACCACCTGTCCCAGAAGAATCATTTATCTTTGTGTAC	112259

CU463311.16	301	TCTGAAAATATTGGTATACTGAATAATACATCTTCTCTATTTGTTGCCCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112260	TCTGAAAATATTGGTATACTGAATAATACATCTTCTCTATTTGTTGCCCC	112309

CU463311.16	351	TGTTGACAAGAGTTTGGATCATGTGTGTGGTAAGTTAACTAAAAAACTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112310	TGTTGACAAGAGTTTGGATCATGTGTGTGGTAAGTTAACTAAAAAACTTA	112359

CU463311.16	401	CTGTTTAATTCATAGTGGGGAATATAGTTTAAGGAAGTATTTTATGGAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112360	CTGTTTAATTCATAGTGGGGAATATAGTTTAAGGAAGTATTTTATGGAGA	112409

CU463311.16	451	TGTATTTTTAAAGGGCATATCACATTCCCCAAGTCTTCCTTCAACCTCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112410	TGTATTTTTAAAGGGCATATCACATTCCCCAAGTCTTCCTTCAACCTCTC	112459

CU463311.16	501	TCATGTGTTCTAGACCACAGACTTTCCTCCTGTGAAGTTTGATTCACTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112460	TCATGTGTTCTAGACCACAGACTTTCCTCCTGTGAAGTTTGATTCACTTA	112509

CU463311.16	551	ATTTCCAAACATTAAGAATAACCCTTACAGGTGCTTGGCATCAAACACTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112510	ATTTCCAAACATTAAGAATAACCCTTACAGGTGCTTGGCATCAAACACTT	112559

CU463311.16	601	TTACTTAGCAGTAGAGGAGAGATTCTACAAATCTTGTCTTGTATCTTTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112560	TTACTTAGCAGTAGAGGAGAGATTCTACAAATCTTGTCTTGTATCTTTGA	112609

CU463311.16	651	CTATAAAGCCAAAACTAAATGGTAAAAGATGGCAAGTTCTTCTAGTTGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112610	CTATAAAGCCAAAACTAAATGGTAAAAGATGGCAAGTTCTTCTAGTTGTT	112659

CU463311.16	701	GATGATAGAATGTGGCCCCAGCCTTCAAATACATCTTTACCAACTTTCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112660	GATGATAGAATGTGGCCCCAGCCTTCAAATACATCTTTACCAACTTTCTG	112709

CU463311.16	751	TTCTTAAAAGTTTCCTTCACAGTTTAAGTTTGGCTTTACTAGAAATTGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112710	TTCTTAAAAGTTTCCTTCACAGTTTAAGTTTGGCTTTACTAGAAATTGTG	112759

CU463311.16	801	TTAGAATTGTTTATTCTGCTTATCGTTAGACAAAACCCCAAACAAACAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112760	TTAGAATTGTTTATTCTGCTTATCGTTAGACAAAACCCCAAACAAACAAA	112809

CU463311.16	851	AACAAAACAAAACAACAACAACAAGAACAAAGTCTTCTATCTCATTAAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112810	AACAAAACAAAACAACAACAACAAGAACAAAGTCTTCTATCTCATTAAGA	112859

CU463311.16	901	ACTAGACTTAGGGGGCTGGAGAGATGACTCAGAGGTTAAGAGCACTGACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112860	ACTAGACTTAGGGGGCTGGAGAGATGACTCAGAGGTTAAGAGCACTGACT	112909

CU463311.16	951	GCTCATCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112910	GCTCATCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCA	112959

CU463311.16	1001	CAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	112960	CAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACA	113009

CU463311.16	1051	GCTACAATGTAATCATATACATAAAATAGATAAATAAATCTTAAAAAAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113010	GCTACAATGTAATCATATACATAAAATAGATAAATAAATCTTAAAAAAAG	113059

CU463311.16	1101	GAACTAGACTTAGCTTTATTATATTTCCTATTGATCCCTTTTCCCTCAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113060	GAACTAGACTTAGCTTTATTATATTTCCTATTGATCCCTTTTCCCTCAAA	113109

CU463311.16	1151	CTGTACATTTTGTATTTTTTTTCAGCTTGCTCCTTTTCATTATAGGTCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113110	CTGTACATTTTGTATTTTTTTTCAGCTTGCTCCTTTTCATTATAGGTCTG	113159

CU463311.16	1201	TGTAAGAGTCACACTAATAACCTGCGTGAAAGAATCAATACTTTGCTGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113160	TGTAAGAGTCACACTAATAACCTGCGTGAAAGAATCAATACTTTGCTGCT	113209

CU463311.16	1251	CTGAGCACTTCTCTTCCAAAGTCATTAATCCAAAAGTCTTCAATTTAGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113210	CTGAGCACTTCTCTTCCAAAGTCATTAATCCAAAAGTCTTCAATTTAGTC	113259

CU463311.16	1301	TTAGGCAAAATTTTCAGACAAGAACAAAAGATAGCCAAACTCTTTTACAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113260	TTAGGCAAAATTTTCAGACAAGAACAAAAGATAGCCAAACTCTTTTACAA	113309

CU463311.16	1351	AGTATCTAAAGAACGCACTGTAGGCCACTTATTTATATACTTCTCTGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113310	AGTATCTAAAGAACGCACTGTAGGCCACTTATTTATATACTTCTCTGAAA	113359

CU463311.16	1401	CCTCTTGAGCCAGGCTATGGCTCATAATGTACATTCCTTTCAGCACCACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113360	CCTCTTGAGCCAGGCTATGGCTCATAATGTACATTCCTTTCAGCACCACT	113409

CU463311.16	1451	ATCTTCCCTGATCGAACTAGTGTGACCCACTAAACCCCAATTAAAACATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113410	ATCTTCCCTGATCGAACTAGTGTGACCCACTAAACCCCAATTAAAACATT	113459

CU463311.16	1501	CAACTGCTTTCCTAACCCAAACTCTCTAATTGCTCAATTCACCAACAATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113460	CAACTGCTTTCCTAACCCAAACTCTCTAATTGCTCAATTCACCAACAATA	113509

CU463311.16	1551	AACATGGTTGGTCTGTCACTGAAATCCCCCAATCGTCATATGAACTTCTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113510	AACATGGTTGGTCTGTCACTGAAATCCCCCAATCGTCATATGAACTTCTC	113559

CU463311.16	1601	TCTTAGTCAGTGTTCTATTGCTGAGAGGAGACAGCATGACAATAGCAGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113560	TCTTAGTCAGTGTTCTATTGCTGAGAGGAGACAGCATGACAATAGCAGTT	113609

CU463311.16	1651	CTTCTAAAAGAAGTCTTTTTATTGTGGCATGCTTAAAGTTTCAGAGGTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113610	CTTCTAAAAGAAGTCTTTTTATTGTGGCATGCTTAAAGTTTCAGAGGTTT	113659

CU463311.16	1701	AATCCATTATTAGTACAGAAGCACATAGGCAAACATTGTCCTGGCGAGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113660	AATCCATTATTAGTACAGAAGCACATAGGCAAACATTGTCCTGGCGAGGT	113709

CU463311.16	1751	AGCCGACCATTTGAAACCCCTAACCTACTTCCAGTGACAAACTTCTTCCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113710	AGCCGACCATTTGAAACCCCTAACCTACTTCCAGTGACAAACTTCTTCCT	113759

CU463311.16	1801	ACAATGCTACACTTAATCCAGAAAAACTACTTCTAATCCCTATCCAATAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113760	ACAATGCTACACTTAATCCAGAAAAACTACTTCTAATCCCTATCCAATAG	113809

CU463311.16	1851	ATTCATTCTCTAATGACCAAGTATTCCAATTTTTGAGCCCGTGGAGGCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113810	ATTCATTCTCTAATGACCAAGTATTCCAATTTTTGAGCCCGTGGAGGCCA	113859

CU463311.16	1901	TTCCTCTTAAAACCACGACATATACTTTTCATGACAACTATTAATTTAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113860	TTCCTCTTAAAACCACGACATATACTTTTCATGACAACTATTAATTTAAT	113909

CU463311.16	1951	CATATTGTCATGACTAGCTTTCTTCAGATCCTTAATATTTACCATGTGGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU463310.10	113910	CATATTGTCATGACTAGCTTTCTTCAGATCCTTAATATTTACCATGTGGT	113959

Overview

Query
CU463311.16 - 203587 bps
Hit
CU463310.10 - 113959 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link