<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU582871.3	1	ATCACACGGGTAAGGGTAATGTTGTTGTTGATGTCTTGAGCAGGTTATCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128049	ATCACACGGGTAAGGGTAATGTTGTTGTTGATGTCTTGAGCAGGTTATCT	128098

CU582871.3	51	ATGGGTAGTACCAACCATTTTAAGGAAGATAAGAAAGAGCTAATAAAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128099	ATGGGTAGTACCAACCATTTTAAGGAAGATAAGAAAGAGCTAATAAAATA	128148

CU582871.3	101	TGTGCACAACTTGCACGGTTGCGAGTCTGACTAATGTATTCCACATAAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128149	TGTGCACAACTTGCACGGTTGCGAGTCTGACTAATGTATTCCACATAAGG	128198

CU582871.3	151	AGGAGTAGTGGTTATTAATTGGGCTGAATCATCATTAGTGTTAGAAGTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128199	AGGAGTAGTGGTTATTAATTGGGCTGAATCATCATTAGTGTTAGAAGTGA	128248

CU582871.3	201	AATTAATGAAAAGCATGATCAAGACCCTATTTTGCTAGAATTGAAGGCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128249	AATTAATGAAAAGCATGATCAAGACCCTATTTTGCTAGAATTGAAGGCAA	128298

CU582871.3	251	ATATCCATAAGCAAAAAGTTATGGCTTTTGAACAAGGGGAGATAGTGTAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128299	ATATCCATAAGCAAAAAGTTATGGCTTTTGAACAAGGGGAGATAGTGTAT	128348

CU582871.3	301	TTAGGTATCGAGGTAGATTGTATGTACTAAGCGTGGTGATTTGAGAGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128349	TTAGGTATCGAGGTAGATTGTATGTACTAAGCGTGGTGATTTGAGAGAAA	128398

CU582871.3	351	ATTCTATTGGTGGAATAGTTTGAAGAGGGCATTGCAAAGTTTGTTGCAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128399	ATTCTATTGGTGGAATAGTTTGAAGAGGGCATTGCAAAGTTTGTTGCAAA	128448

CU582871.3	401	GTGTCTAAATCGCCAACAAGTTAAAGTAGAGAATCAAAGGCCCGATGGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128449	GTGTCTAAATCGCCAACAAGTTAAAGTAGAGAATCAAAGGCCCGATGGTT	128498

CU582871.3	451	TGGCTCAAAATATAAAACTTCTGAAATATAAGTGGGAGATGATCAATTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128499	TGGCTCAAAATATAAAACTTCTGAAATATAAGTGGGAGATGATCAATTGG	128548

CU582871.3	501	ACTTCATCACAGATTTTTCAAGGTCTCGCAGGTAGCATGATTCTACTTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128549	ACTTCATCACAGATTTTTCAAGGTCTCGCAGGTAGCATGATTCTACTTGA	128598

CU582871.3	551	GTGATTGTTGACAGAATAACAAAATCAGCCCACTTTTTGCCGGTAAAGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128599	GTGATTGTTGACAGAATAACAAAATCAGCCCACTTTTTGCCGGTAAAGAC	128648

CU582871.3	601	TATCATTCGGTAGAATATTATGGTAAGTTGTATATTCAATAGGTAATTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128649	TATCATTCGGTAGAATATTATGGTAAGTTGTATATTCAATAGGTAATTAG	128698

CU582871.3	651	ACATCATGGGTGCCAGTTATGATTATTTCGAACAGCGGTGCACAATTTAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128699	ACATCATGGGTGCCAGTTATGATTATTTCGAACAGCGGTGCACAATTTAC	128748

CU582871.3	701	TACACAGTTCTGGAAATTTTTTCAGAAAGGATTGGGTTTAAAAGTAAACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128749	TACACAGTTCTGGAAATTTTTTCAGAAAGGATTGGGTTTAAAAGTAAACT	128798

CU582871.3	751	TGAGTATTGCCTTTCATCCTCAGACGGGTGGCAAGAAGAGCACACCATTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128799	TGAGTATTGCCTTTCATCCTCAGACGGGTGGCAAGAAGAGCACACCATTC	128848

CU582871.3	801	AAATCTTAGAGGTTGGAAAATCCTGTAGCTTGTAATAGCCAAGAGTAAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128849	AAATCTTAGAGGTTGGAAAATCCTGTAGCTTGTAATAGCCAAGAGTAAGC	128898

CU582871.3	851	TAACAAACTAAAATTTATCATTTTTGGAAAGAATAGGAAAAATATGGAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128899	TAACAAACTAAAATTTATCATTTTTGGAAAGAATAGGAAAAATATGGAAA	128948

CU582871.3	901	ATTTCCTATGTTTAAGAAATGAGTTTTGACCCTTTTCAAACGGCATAACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128949	ATTTCCTATGTTTAAGAAATGAGTTTTGACCCTTTTCAAACGGCATAACT	128998

CU582871.3	951	TTTAGCTCAGGATAAGTTAGAGTCAGATCTTTATATATTTGGAAAGCCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	128999	TTTAGCTCAGGATAAGTTAGAGTCAGATCTTTATATATTTGGAAAGCCTT	129048

CU582871.3	1001	GGATATATCTTTACAACGCCTTCGAGTTTGTGCACTTTTGATATCATATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129049	GGATATATCTTTACAACGCCTTCGAGTTTGTGCACTTTTGATATCATATG	129098

CU582871.3	1051	AGGAAGATATGCCTATCGAAAGTTGGGTTGTTGGATTAAGGAAGGTCCCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129099	AGGAAGATATGCCTATCGAAAGTTGGGTTGTTGGATTAAGGAAGGTCCCG	129148

CU582871.3	1101	ATCCCCATTTTAGTAAGGGTAAAGTTTTCTTTTCACCCAAATATTTCCTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129149	ATCCCCATTTTAGTAAGGGTAAAGTTTTCTTTTCACCCAAATATTTCCTA	129198

CU582871.3	1151	ATTCGTTTTAAAGGTTTATGAGGGGTAAATCTAAGCCTTTAGTTATTTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129199	ATTCGTTTTAAAGGTTTATGAGGGGTAAATCTAAGCCTTTAGTTATTTTT	129248

CU582871.3	1201	AGAAAAGTTATTCACGATTAGGGCTTGGCACAAAAGATAGAAGAAGATGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129249	AGAAAAGTTATTCACGATTAGGGCTTGGCACAAAAGATAGAAGAAGATGA	129298

CU582871.3	1251	AGGAAGGAAGAAAGACCAATAATTCATCAATTTGAGAAAGCCAAAATCGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129299	AGGAAGGAAGAAAGACCAATAATTCATCAATTTGAGAAAGCCAAAATCGT	129348

CU582871.3	1301	CAGGTAGATTTCGTGGGTGTTAATACTTATTAAGGTATTTGATATCTTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129349	CAGGTAGATTTCGTGGGTGTTAATACTTATTAAGGTATTTGATATCTTTT	129398

CU582871.3	1351	TGTGTTGGATTAGTTCACTCACACATTAATTCAGAAAATTTTGAGTAGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129399	TGTGTTGGATTAGTTCACTCACACATTAATTCAGAAAATTTTGAGTAGAT	129448

CU582871.3	1401	TGAATGATGAACATTGATGTTCTTGAAGAATAATGGTTGAATTCTTGTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129449	TGAATGATGAACATTGATGTTCTTGAAGAATAATGGTTGAATTCTTGTTG	129498

CU582871.3	1451	ACTGAATTGTAGTATGCCTTTAGTTAAATTAATCTGCATTTTCGTGTTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129499	ACTGAATTGTAGTATGCCTTTAGTTAAATTAATCTGCATTTTCGTGTTGT	129548

CU582871.3	1501	TTCTTGAGTCTAATCTATTGGGTATTGAGGTTCTTAGTGATCCTAAGTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129549	TTCTTGAGTCTAATCTATTGGGTATTGAGGTTCTTAGTGATCCTAAGTGT	129598

CU582871.3	1551	TTAGGGAAAGATCCATGGAAGATTAGAAGGTTTAGAGATGAAAATGGAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129599	TTAGGGAAAGATCCATGGAAGATTAGAAGGTTTAGAGATGAAAATGGAGA	129648

CU582871.3	1601	AGAAACGTCAAAATTCCCGTTTGACAGACCCTGGGGCGCCGCGCTTACTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129649	AGAAACGTCAAAATTCCCGTTTGACAGACCCTGGGGCGCCGCGCTTACTA	129698

CU582871.3	1651	GAGCCCCTTGGGACAGTCTCTGTCCGTCAGGTTCTGGCGCTCCACACATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129699	GAGCCCCTTGGGACAGTCTCTGTCCGTCAGGTTCTGGCGCTCCACACATA	129748

CU582871.3	1701	TTAGAGCGCCAAGGACGCCTTGAGACTTCACTTTGTCCCTATATTTTCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129749	TTAGAGCGCCAAGGACGCCTTGAGACTTCACTTTGTCCCTATATTTTCAT	129798

CU582871.3	1751	ACTAGTTCAAAAGTGATGTATCCACATTTCTTAGTTGATTCCAACATCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129799	ACTAGTTCAAAAGTGATGTATCCACATTTCTTAGTTGATTCCAACATCTT	129848

CU582871.3	1801	AGGTACATCTAAACATCATTAAATCATCCATAAACATGAGATCATGAACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129849	AGGTACATCTAAACATCATTAAATCATCCATAAACATGAGATCATGAACC	129898

CU582871.3	1851	TTGAATCCATAATTCAATTTAAGGAAATTTAAGATCAATATGAAGTTAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129899	TTGAATCCATAATTCAATTTAAGGAAATTTAAGATCAATATGAAGTTAAG	129948

CU582871.3	1901	AAGTCAAATATATAGTTAAGAATTAAGTTAAAAGTAAAGTTCTTTAAGGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129949	AAGTCAAATATATAGTTAAGAATTAAGTTAAAAGTAAAGTTCTTTAAGGT	129998

CU582871.3	1951	TTTCAAGATGCTTATTTAAATATTTTAAATTTATTTTAAGGTTCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU459048.6	129999	TTTCAAGATGCTTATTTAAATATTTTAAATTTATTTTAAGGTTCAAGCTT	130048

Overview

Query
CU582871.3 - 20171 bps
Hit
CU459048.6 - 130048 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192220001200011280491300481
282.395717217611932-1102211971
380.231133583478383511226811230291
483.75451234070419211232501233721
Short-link