<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406999.8	1	GAATTCCAGGCCAGCTTGGGCTACAGGTTGGGACCCATCTCAAAAAGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134148	GAATTCCAGGCCAGCTTGGGCTACAGGTTGGGACCCATCTCAAAAAGAAA	134197

CU406999.8	51	AAGGAAAACCAGCCCCTCACCCCCCAATAGTTGCTCAGAGGGAGGTGATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134198	AAGGAAAACCAGCCCCTCACCCCCCAATAGTTGCTCAGAGGGAGGTGATG	134247

CU406999.8	101	GAGGCATAGGGGGCTGGGACAGAAACATGACGTGAAGGTGGGGAAAATGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134248	GAGGCATAGGGGGCTGGGACAGAAACATGACGTGAAGGTGGGGAAAATGG	134297

CU406999.8	151	CCTTGCTGGTGGCTGTACTTGGCACCAGAGAAAGAAAGAGCAATGAAGGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134298	CCTTGCTGGTGGCTGTACTTGGCACCAGAGAAAGAAAGAGCAATGAAGGT	134347

CU406999.8	201	GGTTTGTTTGTTTGTATGTTTGTTTGTTTAAAAACTCATGGGGCTGGGAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134348	GGTTTGTTTGTTTGTATGTTTGTTTGTTTAAAAACTCATGGGGCTGGGAC	134397

CU406999.8	251	TCCTGAGTGGAGAGCGTGGGAGAGAAGCCAGGTGGAGGGCTGGAGAGCGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134398	TCCTGAGTGGAGAGCGTGGGAGAGAAGCCAGGTGGAGGGCTGGAGAGCGG	134447

CU406999.8	301	AGAGGAGAGAACTAAGGAGCTCCTGGGAGCTGTCCCACGTGGAGAGGCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134448	AGAGGAGAGAACTAAGGAGCTCCTGGGAGCTGTCCCACGTGGAGAGGCTC	134497

CU406999.8	351	AATAGCTGTGAGTGAGGGGTCTGGAGCTTAGAGAAAGGAGAACTGGGGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134498	AATAGCTGTGAGTGAGGGGTCTGGAGCTTAGAGAAAGGAGAACTGGGGCT	134547

CU406999.8	401	TGGGGTGCAGTCGGGATTTCAGTTTAAGGAGCCACTGGGAAATATGCAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134548	TGGGGTGCAGTCGGGATTTCAGTTTAAGGAGCCACTGGGAAATATGCAGA	134597

CU406999.8	451	GTACTTAATGCCATAGAACAGGAGAAGGTAGGTGAGGAGAAAGCTTGAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134598	GTACTTAATGCCATAGAACAGGAGAAGGTAGGTGAGGAGAAAGCTTGAGG	134647

CU406999.8	501	GCTGAGGCAGAGCAGCAGTTAGTCTGGGCAAAGCAGAAGGAGAATGGGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134648	GCTGAGGCAGAGCAGCAGTTAGTCTGGGCAAAGCAGAAGGAGAATGGGAA	134697

CU406999.8	551	CCAAGAAGAGTCTGGAAGTGAAGTGGACACAGTGCCTGAAGTCTCACATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134698	CCAAGAAGAGTCTGGAAGTGAAGTGGACACAGTGCCTGAAGTCTCACATC	134747

CU406999.8	601	TGTGGAGCAGGGCTGACAGCTGCTGGGAGCCTGAGGAGGAGGAGTGGCCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134748	TGTGGAGCAGGGCTGACAGCTGCTGGGAGCCTGAGGAGGAGGAGTGGCCA	134797

CU406999.8	651	CCCCAGAAACAGCATCCTCTGCATGGGTCCACCTGGGTAGAGTCCAGAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134798	CCCCAGAAACAGCATCCTCTGCATGGGTCCACCTGGGTAGAGTCCAGAGG	134847

CU406999.8	701	CTGCAGGGTGGCACCGGCTTACCCTGAATACTCATGAGGGTCTTGAGAGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134848	CTGCAGGGTGGCACCGGCTTACCCTGAATACTCATGAGGGTCTTGAGAGC	134897

CU406999.8	751	AGGGAGCAGGAAGGACACTCACCTCACCAAGTCAGGATGAGGCTCTGTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134898	AGGGAGCAGGAAGGACACTCACCTCACCAAGTCAGGATGAGGCTCTGTAT	134947

CU406999.8	801	TAGGAGATGGGCAGATGCACCTCCAAAGAAAGTGCTGTGCTCAGGTCCGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134948	TAGGAGATGGGCAGATGCACCTCCAAAGAAAGTGCTGTGCTCAGGTCCGG	134997

CU406999.8	851	CCCAGTGTACTAGGATCTCCAAAGCTGCTGTGTATTTTTTTTTTTTTTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	134998	CCCAGTGTACTAGGATCTCCAAAGCTGCTGTGTATTTTTTTTTTTTTTTT	135047

CU406999.8	901	TTTGTCTGTGTTCAAGCGTTCAGTCAAAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135048	TTTGTCTGTGTTCAAGCGTTCAGTCAAAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGG	135097

CU406999.8	951	GATTAAGACCACTGACCGCTCTTCCGGAAGACCCTGGTTCAGTTCCCAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135098	GATTAAGACCACTGACCGCTCTTCCGGAAGACCCTGGTTCAGTTCCCAGT	135147

CU406999.8	1001	ACGCACTGGTAGCTCACAGATGTCTGTAACTTCAGTCCTAGGGGATCAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135148	ACGCACTGGTAGCTCACAGATGTCTGTAACTTCAGTCCTAGGGGATCAGA	135197

CU406999.8	1051	CTCACACAGACACATGCAGGCAACAACATACTCAATGCACATAATATAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135198	CTCACACAGACACATGCAGGCAACAACATACTCAATGCACATAATATAAG	135247

CU406999.8	1101	ATAAATAAGCTACCAAGAGGACAGTCACCAGGGGAACTCAGTAATTGGTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135248	ATAAATAAGCTACCAAGAGGACAGTCACCAGGGGAACTCAGTAATTGGTA	135297

CU406999.8	1151	ACACACATAGCTGAGTCTTTAGGGTTGTGGGTTTGTTTTTGTTTTATGTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135298	ACACACATAGCTGAGTCTTTAGGGTTGTGGGTTTGTTTTTGTTTTATGTG	135347

CU406999.8	1201	AGGTTTCTATTGTTTCTAAACAGTCTCACTGTGCAGTTTAGGCTGTCCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135348	AGGTTTCTATTGTTTCTAAACAGTCTCACTGTGCAGTTTAGGCTGTCCTC	135397

CU406999.8	1251	AAACTCTGAGCTATCTTTCTGCCTCAGCCTTTGAAGTGCTGGGATTACAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135398	AAACTCTGAGCTATCTTTCTGCCTCAGCCTTTGAAGTGCTGGGATTACAG	135447

CU406999.8	1301	CCACGTGTCATCACACTGGGCTAGGAGTTTTACTCGGAGAACAGAAAAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135448	CCACGTGTCATCACACTGGGCTAGGAGTTTTACTCGGAGAACAGAAAAGT	135497

CU406999.8	1351	CTGCTAGTCAGAGGGGAGCTGTCTCCTCTGCTACCCCTGGAGAAAAGGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135498	CTGCTAGTCAGAGGGGAGCTGTCTCCTCTGCTACCCCTGGAGAAAAGGTA	135547

CU406999.8	1401	GCCTGGTGTGCTCAGAAGGAGCTGGCCAGCTTGTGCATCTCCTCTCAAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135548	GCCTGGTGTGCTCAGAAGGAGCTGGCCAGCTTGTGCATCTCCTCTCAAGT	135597

CU406999.8	1451	GCTGTGTGTGGGCGGAGCTGTGTGCCACAGGGCTGGGCTTTTGTCAGGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135598	GCTGTGTGTGGGCGGAGCTGTGTGCCACAGGGCTGGGCTTTTGTCAGGTG	135647

CU406999.8	1501	ACTGAGATGCAGGACCAGGAGCTCAAGGGCAGTGTCTCGGACTTCCAGAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135648	ACTGAGATGCAGGACCAGGAGCTCAAGGGCAGTGTCTCGGACTTCCAGAT	135697

CU406999.8	1551	TGCTGGATTCTGGACCTGGAGGTAGATCAGAAGAAAAGTAGACGTGCTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135698	TGCTGGATTCTGGACCTGGAGGTAGATCAGAAGAAAAGTAGACGTGCTGA	135747

CU406999.8	1601	GTGTGGCATAGGCTCGAGCTCACTTTTCTGTTGCTGTAAAGACACACGAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135748	GTGTGGCATAGGCTCGAGCTCACTTTTCTGTTGCTGTAAAGACACACGAC	135797

CU406999.8	1651	TAAGGCAGCCAGTAAAGGAGATACTTCACTGGGAGCTTGTTTACCGTTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135798	TAAGGCAGCCAGTAAAGGAGATACTTCACTGGGAGCTTGTTTACCGTTTC	135847

CU406999.8	1701	AGAGGATGAATCCATGACCGTAATAGCAGGGAGCATGGCAGCAGGCATGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135848	AGAGGATGAATCCATGACCGTAATAGCAGGGAGCATGGCAGCAGGCATGG	135897

CU406999.8	1751	TAAGAGGGAGGGAGGAGAGGAAGGAGGAACGGGTGGACAGACCAACTGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135898	TAAGAGGGAGGGAGGAGAGGAAGGAGGAACGGGTGGACAGACCAACTGAT	135947

CU406999.8	1801	AGACAGACCAGAGAGACAGAGATATAGAGAGTTTGGGTCTAATGTGGAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135948	AGACAGACCAGAGAGACAGAGATATAGAGAGTTTGGGTCTAATGTGGAAT	135997

CU406999.8	1851	TTTGACTCCTCAAAGCCCACCCCTAGTAACATACCTCCTCCAGCAAGGCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	135998	TTTGACTCCTCAAAGCCCACCCCTAGTAACATACCTCCTCCAGCAAGGCC	136047

CU406999.8	1901	ATACTTTGTAGACTAGTGGTGCTCAACCTGTGGGTCCTGACTCGTGTGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	136048	ATACTTTGTAGACTAGTGGTGCTCAACCTGTGGGTCCTGACTCGTGTGTG	136097

CU406999.8	1951	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGTTCGCACATCAGATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU457375.18	136098	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGTTCGCACATCAGATA	136147

Overview

Query
CU406999.8 - 206373 bps
Hit
CU457375.18 - 136147 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link