<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407311.8	1	GAATTCATTTTATGTTAGGGCAAATTCAAGTCTCTGTTATGCATATGGTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145550	GAATTCATTTTATGTTAGGGCAAATTCAAGTCTCTGTTATGCATATGGTA	145599

CU407311.8	51	AGATTCATTATGCATTTACATAAACTAGATTTTCTGATAGGAATTTGATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145600	AGATTCATTATGCATTTACATAAACTAGATTTTCTGATAGGAATTTGATG	145649

CU407311.8	101	AGCTTAGAGTGATGTTAGATGTGTCTGACACCAAATTGGTAGCTTCACCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145650	AGCTTAGAGTGATGTTAGATGTGTCTGACACCAAATTGGTAGCTTCACCT	145699

CU407311.8	151	TAGATTCAATAATTTCCTTATCTAATAAAACTTCATGGTTTACATGTGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145700	TAGATTCAATAATTTCCTTATCTAATAAAACTTCATGGTTTACATGTGGA	145749

CU407311.8	201	GTTGAAATACTGCTTAATGATTCCCTTTATCAGTAATAGAGATAAGGAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145750	GTTGAAATACTGCTTAATGATTCCCTTTATCAGTAATAGAGATAAGGAAT	145799

CU407311.8	251	GGATACAAACCAGCAAGTATAAACAAACAAACAAACAAACAAATAAATAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145800	GGATACAAACCAGCAAGTATAAACAAACAAACAAACAAACAAATAAATAA	145849

CU407311.8	301	ATATGTTCACTCTGGTTTTCCAAGCAGTTTGTATTTACAGAGTGATCTAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145850	ATATGTTCACTCTGGTTTTCCAAGCAGTTTGTATTTACAGAGTGATCTAG	145899

CU407311.8	351	AGAGAATATCGTGAGTACGTTCCGTCTTCCTGTCGCCAAGTCTACTCTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145900	AGAGAATATCGTGAGTACGTTCCGTCTTCCTGTCGCCAAGTCTACTCTTC	145949

CU407311.8	401	CCTGTGATTAGCTACATTTATATTTTGCTATGATAGTTTATACTTTTCTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	145950	CCTGTGATTAGCTACATTTATATTTTGCTATGATAGTTTATACTTTTCTA	145999

CU407311.8	451	AACAAAAATCTTCCTAGTATGTTGCTGGTGCTGTCTGAATGTGCACACAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146000	AACAAAAATCTTCCTAGTATGTTGCTGGTGCTGTCTGAATGTGCACACAC	146049

CU407311.8	501	ATATATTTTTGATGAAAAATATTGTGTACTTGTATGTACAGACATAAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146050	ATATATTTTTGATGAAAAATATTGTGTACTTGTATGTACAGACATAAAAT	146099

CU407311.8	551	TCTCTTCAGCAGCAGCATGCAGTTGAAAGTTGACATTTTTTAACTACTAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146100	TCTCTTCAGCAGCAGCATGCAGTTGAAAGTTGACATTTTTTAACTACTAT	146149

CU407311.8	601	TGTTGAAAGTAACATGGTTGTGACTTTGGTTTCATTTGTTTCTGCCAGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146150	TGTTGAAAGTAACATGGTTGTGACTTTGGTTTCATTTGTTTCTGCCAGAA	146199

CU407311.8	651	TTTTATTTAGAATGATTTTGTAACCTACATTATTAAACTTCGTATTAATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146200	TTTTATTTAGAATGATTTTGTAACCTACATTATTAAACTTCGTATTAATA	146249

CU407311.8	701	TCTGTTTTTTTCTTCCTATGTATCTGATTATATGTAGAGGAAGCGATGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146250	TCTGTTTTTTTCTTCCTATGTATCTGATTATATGTAGAGGAAGCGATGAC	146299

CU407311.8	751	AATTTTGTATTCTTAGATATTCTAATCCTTTTTGTGTATTTATTTGGCCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146300	AATTTTGTATTCTTAGATATTCTAATCCTTTTTGTGTATTTATTTGGCCA	146349

CU407311.8	801	TTTGTTTCATTGCCCCATTGCATATTGTTCTAGATACCGTGTGGGATAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146350	TTTGTTTCATTGCCCCATTGCATATTGTTCTAGATACCGTGTGGGATAGC	146399

CU407311.8	851	TTTGGCTATCCTAACCCCATGCCTGATGTGAGAAGCAAGGCAGATGTCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146400	TTTGGCTATCCTAACCCCATGCCTGATGTGAGAAGCAAGGCAGATGTCTT	146449

CU407311.8	901	TTCCAAGATCAATTAAATTGCTTTTTACTACAGATTTCCTGAGAAACCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146450	TTCCAAGATCAATTAAATTGCTTTTTACTACAGATTTCCTGAGAAACCAG	146499

CU407311.8	951	ATCTCTCAAAAAGAAACAAAGAAGAACCACGACTTTAAGACCCAGTGCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146500	ATCTCTCAAAAAGAAACAAAGAAGAACCACGACTTTAAGACCCAGTGCAA	146549

CU407311.8	1001	ACGTCCACCACCATCCCTTTTATGAGTTTATGTGGGTGAATAAGTATTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146550	ACGTCCACCACCATCCCTTTTATGAGTTTATGTGGGTGAATAAGTATTGT	146599

CU407311.8	1051	TTTATATACATCTCTCAATTAGTACAAATTGCATTAACTGATTCTCAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146600	TTTATATACATCTCTCAATTAGTACAAATTGCATTAACTGATTCTCAAAT	146649

CU407311.8	1101	GTTGCACCACTCTGGCCTTTCTACATAGATTGGTGTCTCTGGATTTAGTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146650	GTTGCACCACTCTGGCCTTTCTACATAGATTGGTGTCTCTGGATTTAGTC	146699

CU407311.8	1151	TCTAATACTTTCTCAATAGCTAAGGGCACACACAGCAGCAGCCATTGTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146700	TCTAATACTTTCTCAATAGCTAAGGGCACACACAGCAGCAGCCATTGTCT	146749

CU407311.8	1201	CTGCTCCTGACTGTGTGTGAGTGTATTCCAAGCATCCATTCTCTTCGTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146750	CTGCTCCTGACTGTGTGTGAGTGTATTCCAAGCATCCATTCTCTTCGTCC	146799

CU407311.8	1251	TTGACTCTGCATGTCTATAGTCCAAGCATCCATTCTCTCCGTCCTTGACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146800	TTGACTCTGCATGTCTATAGTCCAAGCATCCATTCTCTCCGTCCTTGACT	146849

CU407311.8	1301	CTGCATGTCTATAGTCCAAGCATCCATTCTCTTTGCTCCTGAATGTGCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146850	CTGCATGTCTATAGTCCAAGCATCCATTCTCTTTGCTCCTGAATGTGCAT	146899

CU407311.8	1351	GGAGTGCCCTTGTGTTTCTGCCTTGATGTTACAGCAGATGTGGCTGGAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146900	GGAGTGCCCTTGTGTTTCTGCCTTGATGTTACAGCAGATGTGGCTGGAAT	146949

CU407311.8	1401	CTGGAATTGTCAATCAATCAATTCCATCTTCCATCAGTTGCTTTTGTCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	146950	CTGGAATTGTCAATCAATCAATTCCATCTTCCATCAGTTGCTTTTGTCAG	146999

CU407311.8	1451	AGTGTTTGTCATGGTGACAGAAAGGAAGCTAAATGGACTAAACCTGGAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147000	AGTGTTTGTCATGGTGACAGAAAGGAAGCTAAATGGACTAAACCTGGAAG	147049

CU407311.8	1501	CAGAGCCCCTGGGGCTGGAAGAAGGGACTGAGGAAGACCTTCACCAGCCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147050	CAGAGCCCCTGGGGCTGGAAGAAGGGACTGAGGAAGACCTTCACCAGCCC	147099

CU407311.8	1551	GACTCCACTGACCTATTTCTGAAGCCAAGCTAACCACTTCCTTAATTTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147100	GACTCCACTGACCTATTTCTGAAGCCAAGCTAACCACTTCCTTAATTTCA	147149

CU407311.8	1601	CAATCAGCCACTGTAGAGGATCTGAAACATGAGACTCTGTCATAGAACCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147150	CAATCAGCCACTGTAGAGGATCTGAAACATGAGACTCTGTCATAGAACCC	147199

CU407311.8	1651	AGGCTGGCCCTCAGTGTCCCCTGGCCATTTCCTAATGCAAAGGATGTTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147200	AGGCTGGCCCTCAGTGTCCCCTGGCCATTTCCTAATGCAAAGGATGTTAT	147249

CU407311.8	1701	TACCAGTGGTTATTACCAGTGTCCACAATCGCCCCTGCTCTGTCATTGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147250	TACCAGTGGTTATTACCAGTGTCCACAATCGCCCCTGCTCTGTCATTGTC	147299

CU407311.8	1751	ATTAGTTACCCAAGGCCAGGCCCTCACTTTTGAGATTTGTTCTGCTAAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147300	ATTAGTTACCCAAGGCCAGGCCCTCACTTTTGAGATTTGTTCTGCTAAGG	147349

CU407311.8	1801	ATAAGCATAAAAGCCATTACAAGAGCCAAATAATAATTCTCATTCTTTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147350	ATAAGCATAAAAGCCATTACAAGAGCCAAATAATAATTCTCATTCTTTCC	147399

CU407311.8	1851	TTTTAGTAAATCTGTTTGGGGAGTTCATACATAAGTAAGTATACTGAATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147400	TTTTAGTAAATCTGTTTGGGGAGTTCATACATAAGTAAGTATACTGAATT	147449

CU407311.8	1901	TGTATATTTACATCATTTCCACCATTCCCTCTACCACCCAGCTTCTCCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147450	TGTATATTTACATCATTTCCACCATTCCCTCTACCACCCAGCTTCTCCCA	147499

CU407311.8	1951	CGATCCCCCAACCACCTGCTCACACTTTCAGAATTCATGGCATCTTCACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU424424.15	147500	CGATCCCCCAACCACCTGCTCACACTTTCAGAATTCATGGCATCTTCACA	147549

Overview

Query
CU407311.8 - 182960 bps
Hit
CU424424.15 - 147549 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link