<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU424437.12	1	GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTAGAACTCAGAAATCCGCCTGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125400	GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTAGAACTCAGAAATCCGCCTGCC	125449

CU424437.12	51	TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGAGCTGCTTTTTTTTTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125450	TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGAGCTGCTTTTTTTTTTTT	125499

CU424437.12	101	TTTTTAAAGATTTATTTATTACATGCATACACTGTAGCTGTCTTCAGACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125500	TTTTTAAAGATTTATTTATTACATGCATACACTGTAGCTGTCTTCAGACA	125549

CU424437.12	151	CTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCTTGTTACAGATGGTTATAAGCCACCATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125550	CTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCTTGTTACAGATGGTTATAAGCCACCATG	125599

CU424437.12	201	TGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCAGAAGAGCAGTTGGTGCTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125600	TGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTCAGAAGAGCAGTTGGTGCTCT	125649

CU424437.12	251	TAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCACTGTCTAAGCTTACTTACAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125650	TAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCACTGTCTAAGCTTACTTACAAA	125699

CU424437.12	301	GGCGGATCTCTGAATTCATTTGTAATGTTAAAAAAAATGTCAAATGGGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125700	GGCGGATCTCTGAATTCATTTGTAATGTTAAAAAAAATGTCAAATGGGCT	125749

CU424437.12	351	GGTGTCAAGGAATGTTTGTAGGACAGTCAAATTGGGACCTGGAATAAATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125750	GGTGTCAAGGAATGTTTGTAGGACAGTCAAATTGGGACCTGGAATAAATG	125799

CU424437.12	401	ACTTGATTGATATGTAAATAAAAGACTGGACTCTGGTCTTGAAAGCTGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125800	ACTTGATTGATATGTAAATAAAAGACTGGACTCTGGTCTTGAAAGCTGAG	125849

CU424437.12	451	CTTTGAGTTGTTCTTCTTGCAGCTTCATTTCCTCAGAACCCCTCACCAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125850	CTTTGAGTTGTTCTTCTTGCAGCTTCATTTCCTCAGAACCCCTCACCAAG	125899

CU424437.12	501	CTGAGGCAGGTCCTTGGCACAGGGCTACATGCATACTACACATGAACTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125900	CTGAGGCAGGTCCTTGGCACAGGGCTACATGCATACTACACATGAACTCT	125949

CU424437.12	551	ACCAATTGAGCAACATTTCTGAACCCTCTCTTTTTCCTTTCTATGCAGTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	125950	ACCAATTGAGCAACATTTCTGAACCCTCTCTTTTTCCTTTCTATGCAGTC	125999

CU424437.12	601	TAGACTGGCCTTGATTTCCTTCCTCAGGCCTTCTATTTTGTTAGAATTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126000	TAGACTGGCCTTGATTTCCTTCCTCAGGCCTTCTATTTTGTTAGAATTAT	126049

CU424437.12	651	AGAATCATCCTTCTCTTTAGTAGGTAACAACAAGCCCCATTATTTTGTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126050	AGAATCATCCTTCTCTTTAGTAGGTAACAACAAGCCCCATTATTTTGTGG	126099

CU424437.12	701	TTTAACTAGTCTTTCAGAGGGAGTGTGGGATATGGCTGAGATTTACATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126100	TTTAACTAGTCTTTCAGAGGGAGTGTGGGATATGGCTGAGATTTACATTT	126149

CU424437.12	751	TTTTTTTTTTTCCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGTCCTGGCTGTTCTGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126150	TTTTTTTTTTTCCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGTCCTGGCTGTTCTGG	126199

CU424437.12	801	AACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTAGAACTCAGAAATCCGCCTGCCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126200	AACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTAGAACTCAGAAATCCGCCTGCCT	126249

CU424437.12	851	CTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGGCACCACCGGCTCTGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126250	CTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGGCACCACCGGCTCTGAT	126299

CU424437.12	901	TTACATTTTATAAGACTATGTTGGCGTAAGAAAATTCTACCTTTTCCTAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126300	TTACATTTTATAAGACTATGTTGGCGTAAGAAAATTCTACCTTTTCCTAG	126349

CU424437.12	951	TACTCCAGAGTTTTTAAGGAAAAAAAATCATATAAATCTAGCAAACACTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126350	TACTCCAGAGTTTTTAAGGAAAAAAAATCATATAAATCTAGCAAACACTG	126399

CU424437.12	1001	TATAAACACTTTTGCATATAGAAAAAAATAGGAGAACTAAAGTTGCTAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126400	TATAAACACTTTTGCATATAGAAAAAAATAGGAGAACTAAAGTTGCTAAC	126449

CU424437.12	1051	TATACAAATAGCAATCTTTATTGTCTTAGTAACATTATTTTTAAAAAGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126450	TATACAAATAGCAATCTTTATTGTCTTAGTAACATTATTTTTAAAAAGAT	126499

CU424437.12	1101	TTGTTTTTATTTTATGTGTATGGGTGTTTTACCTGAATGTATGTCTATGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126500	TTGTTTTTATTTTATGTGTATGGGTGTTTTACCTGAATGTATGTCTATGC	126549

CU424437.12	1151	ACCACATGTATGCTCAGTAACTGTAGAAATTAAAGAGGGCACCTGACTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126550	ACCACATGTATGCTCAGTAACTGTAGAAATTAAAGAGGGCACCTGACTCC	126599

CU424437.12	1201	CTGAAACTGGAGTTTAAAAGGGATATAGGCCATCCTGTGGGTGCTGGCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126600	CTGAAACTGGAGTTTAAAAGGGATATAGGCCATCCTGTGGGTGCTGGCAA	126649

CU424437.12	1251	TCAAACCCTGGTCTTCTACAAGAAGCAGCCAGTGCCCATACCGCGGAGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126650	TCAAACCCTGGTCTTCTACAAGAAGCAGCCAGTGCCCATACCGCGGAGCC	126699

CU424437.12	1301	ATCTCTCCAGTCCATGCTATCTTAGTGATATATTTTTAAATACTAGTGGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126700	ATCTCTCCAGTCCATGCTATCTTAGTGATATATTTTTAAATACTAGTGGT	126749

CU424437.12	1351	TTGTGTCCCTGAACATTGTGATGGTTCTTTGCATCTATTGGATCCTGTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126750	TTGTGTCCCTGAACATTGTGATGGTTCTTTGCATCTATTGGATCCTGTAA	126799

CU424437.12	1401	TGACTGCTGCTACAATGGCTTTTTAAATTACTAGTCCCAGTACTAATTAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126800	TGACTGCTGCTACAATGGCTTTTTAAATTACTAGTCCCAGTACTAATTAC	126849

CU424437.12	1451	TGGAAAAAAAAAAGATCTCAAAAATGGCGTGTATGATTGATGAGTAAAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126850	TGGAAAAAAAAAAGATCTCAAAAATGGCGTGTATGATTGATGAGTAAAAC	126899

CU424437.12	1501	GACTAATACAACAGTAAAAACATTAGCAGGAACAAAGACACGAGCAAGCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126900	GACTAATACAACAGTAAAAACATTAGCAGGAACAAAGACACGAGCAAGCT	126949

CU424437.12	1551	GAGAGCCACAGCTTACAAAACAGAGCTACTGTAGATGATTTGTTGCTCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	126950	GAGAGCCACAGCTTACAAAACAGAGCTACTGTAGATGATTTGTTGCTCAA	126999

CU424437.12	1601	GCATAACCTTGCCAATAATTTCTTGGCAGGTGTTGCTTTAATGTGTCGGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	127000	GCATAACCTTGCCAATAATTTCTTGGCAGGTGTTGCTTTAATGTGTCGGA	127049

CU424437.12	1651	TTTCTCTCAATCAATGTACTTTATCAATGGTTGAATAGATGATCTGCATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	127050	TTTCTCTCAATCAATGTACTTTATCAATGGTTGAATAGATGATCTGCATG	127099

CU424437.12	1701	AAGAGACAAACTAAATTTCTCAAGTGATCTTTAACTAGCTGTCATGGTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	127100	AAGAGACAAACTAAATTTCTCAAGTGATCTTTAACTAGCTGTCATGGTTA	127149

CU424437.12	1751	GGATGGCTTTTCCCTTTCCTTGGTACTCTGCGAGCTATTCTTACAATCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	127150	GGATGGCTTTTCCCTTTCCTTGGTACTCTGCGAGCTATTCTTACAATCTT	127199

CU424437.12	1801	GCTATGCCTGCCCACAATAGCTAGACTAGCCATGCAAGTTGCATTCAACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	127200	GCTATGCCTGCCCACAATAGCTAGACTAGCCATGCAAGTTGCATTCAACC	127249

CU424437.12	1851	TTGGTCTCTATTACAACACAAGAGAGAAGCTGTCGTGGGCACAGACGTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	127250	TTGGTCTCTATTACAACACAAGAGAGAAGCTGTCGTGGGCACAGACGTGC	127299

CU424437.12	1901	ACATGGGATTGTTCCTTCAAGGAAAGGATGCAAAACCTGTTCTCTGTCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	127300	ACATGGGATTGTTCCTTCAAGGAAAGGATGCAAAACCTGTTCTCTGTCCA	127349

CU424437.12	1951	AAAGGCTGGAGCTTTCTAGTATGGTGACCTCTGCACTCTGTGTGCAAATG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU407331.10	127350	AAAGGCTGGAGCTTTCTAGTATGGTGACCTCTGCACTCTGTGTGCAAATG	127399

Overview

Query
CU424437.12 - 213498 bps
Hit
CU407331.10 - 127399 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link