<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1722 bps / non-identical: 800 bps

Full alignment

C  CU041263.7	1722	AGGTAAAAAAAGACAAAAATGCAGCTTAAAGGAATATTGTCAAATGAAAG	1673
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	61866	AGGTAAAAAAAGACAAAAATGCAGCTTGAAGGAATATTGTCAAATGAAAG	61915

C  CU041263.7	1672	AAGCCAGTGTTGGAAGGGCTGCATGCTATATGACTCCAAGAATATGGCAT	1623
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	61916	AAGCCAGCGTTGGAAGGGCTGCATGCTATATGACTCCAAGAATATGGCAT	61965

C  CU041263.7	1622	TCTGGGAAAGGAATAACTGAAGCCAGTAAAAAGATCAGAGGTTGCCAAAG	1573
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	61966	TCTGGGAAAGGAATAACTGAAGCCAGTAAAAAGATCAGAGGTTGCCAAAG	62015

C  CU041263.7	1572	GTTTGAAGAGAGGGAGAGATAAAGAGGTCATGCACAGGGGATTTTTAGGG	1523
			||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
  CU407197.9	62016	GTTTGAAGAGAGGGAGAGATAAAGACGTCATGCATAGGGGATTTTTAGGG	62065

C  CU041263.7	1522	CAGTAACAAGTATTCTGTACAATACAGTAATGGTGGATACATGACATTAT	1473
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62066	CAGTAACAAGTATTCTGTACAATACAGTAATGGTGGATACATGACATTAT	62115

C  CU041263.7	1472	ACATTTGTCAAAATGCATAGAATGCACAGCATAAAGAGTGAAACATAATT	1423
			||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62116	ACATTTGTCAAAATGTATAGAATGAACAGCATAAAGAGTGAAACATAATT	62165

C  CU041263.7	1422	AGAATCTTAAGTAATGCTGCCTCATACAAGACCAACATATACAAATCAAT	1373
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62166	AGAATCTTAAGTAACGCTGCCTCATACAAGACCAACATATACAAATCAAT	62215

C  CU041263.7	1372	CATTCATCTATAGCTGCAAGAATTACATAGAAAATTTAATCGGATATAAG	1323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62216	CATTCATCTATAGCTGCAAGAATTACATAGAAAATTTAATCGGATATAAG	62265

C  CU041263.7	1322	ATACAATGAGAATAAAAACAAATACACTTTTAAAAATGAAAATGTGCAAA	1273
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62266	ATACAATGAGAATAAAAACAAATTCACTTTTAAAAATGAAAATGTGCAAA	62315

C  CU041263.7	1272	AAATTTTTAAATTATATCCAGATTTAAATTAAAACTGAATTGAAATATGA	1223
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62316	AAATTTTAAAATTATATCCAGATTTAAATTAAAACTGAATTGAAATATGA	62365

C  CU041263.7	1222	ATACATCACACATATAGATGATATAATTAAGCATTATAAAATTGTAATCT	1173
			||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62366	ATACATCACACGTATAGATGAT---ATTAAGCATTATAAAATTGTAATCT	62412

C  CU041263.7	1172	AAATATACACCAAAATGAATTTAATATACTTTAAAGAAATTCCAAGAGAA	1123
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62413	AAATATACACCAAAATGAATTTAATATACTTTAAAGAAATTCCAAGAGAA	62462

C  CU041263.7	1122	TTTGTGACGAATTCAACAACCTGATTCTAAAGTTTATACTGAAGAATAAA	1073
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62463	TTTGTGACGAATTCAACAACCTGATTCTAAAGTTTATACTGAAGAATAAA	62512

C  CU041263.7	1072	TGTTCATAAATAGATAACTTTGTAGAAGAATTTTATCGATTGGACTTGAT	1023
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62513	TGTTCATAAATAGATAACTTTGTAGAAGAATTTTATCGATTGGACTTGAT	62562

C  CU041263.7	1022	CTACAAAATAATACAACAGGAAGTTCTAATGTGGTGTAGCAGCTTAAGCA	973
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62563	CTACAAAATAATACAACAGGAAGTTCTAATGTGGTGTAGCAGCTTAAGCA	62612

C  CU041263.7	972	TCTGGCATTGCTACAGCACTGGCACAGGTCACAACTGCAGCGTGGTGTCT	923
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62613	TCTGGCATTGCTACAGCACTGGCACAGGTCACAACTGCAGCGTGGTGTCT	62662

C  CU041263.7	922	ATCCCCAGCCTGAGAACTTACACATGCCAAGGGTGCAGCCAAAAGATTAG	873
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62663	ATCCCCAGCCTGAGAACTTACACATGCCAAGGGTGCAGCCAAAAGATTAG	62712

C  CU041263.7	872	TAAAAATAGAAAACAGTACAACCACATGAACCCACATTAATAAAAAGTTA	823
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62713	TAAAAATAGAAAACAGTACAACCACATGAACCCACATTAATAAAAAGTTA	62762

C  CU041263.7	822	TCAATTACTAGCGTAAGAAGAGGTAAATAAATCCATATACCCTAACTGGT	773
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62763	TCAATTACTAGCGTAAGAAGAGGTAAATAAATCCATATACCCTAACTGGT	62812

C  CU041263.7	772	TTGAGAAGTCAACACACGAGGAGAGAGTACATGCAGGTAGGGCAGTTGCC	723
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62813	TTGAGAAGTCAACACACGAGGAGAGAGTACATGCAGGTAGGGCAGTTGCC	62862

C  CU041263.7	722	CCATTGAGTTTTCACACAAGAGCCAACATCAATTGCTCATCAGGCAATGA	673
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62863	CCATTGAGTTTTCACACAAGAGCCAACATCAATTGCTCATCAGGCAATGA	62912

C  CU041263.7	672	TAAACACTGCTGAAATCTGCCTGTAACTGAATAAGCGACCTCAAGCAAAA	623
			||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
  CU407197.9	62913	TAACCACTGCTGAAATCCGCCTGTAACTGAATAAGTGACCTCAAGCAAAA	62962

C  CU041263.7	622	ACTGCTCATCCACACATACTAGAGAGAAAATAATAAATTGTTGTTTTAAG	573
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62963	ACTGCTCATCCACACATACTAGAGAGAAAATAATAAATTGTTGTTTTAAG	63012

C  CU041263.7	572	TCACTTAGTTAGTTTGCTCTGCAGTGATGTACAAACAGAAGATGTTCACT	523
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63013	TCACTGAGTTAGTTTGCTCTGCAGTGATGTACAAACAGAAGATGTTCACT	63062

C  CU041263.7	522	AAGTGTTCCATCCTGGACGTACTGTGTAAGAGTTCAAAATTCCTGCTGAG	473
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
  CU407197.9	63063	AAGTGTTCCATCCTGGACGTACTGTGTAAGAGTTCAAAATTCCTGCCGAG	63112

C  CU041263.7	472	ATTATTTGATCACTAAAGTTCTTATATTACTTAAATTCTTAGGAGAGAAA	423
			|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||
  CU407197.9	63113	ATTATTTGATCACTAAAGCTCTTGTATTACTTAAATTCTTAGGAGAAAAA	63162

C  CU041263.7	422	AAAATCCTGTATGTCTGTCACGAGAGGAAAAAAATATGGTAGAGCTTAAT	373
			|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63163	AAAATCCTCTGTGTCTGTCACGAGAGGAAAAAAATATGGTAGAGCTTAAT	63212

C  CU041263.7	372	TAAATTCAATTTTACAGATAATTAAGAAGATCTATTATAGATAAGGCGCA	323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
  CU407197.9	63213	TAAATTCAATTTTACAGATAATTAAGAAGATCTATTATAGATAAGGCACA	63262

C  CU041263.7	322	GTGCCAGATGGTGGTTGTAACAAAAAGATGAACTAAATAAGTCATTGTTT	273
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63263	GTGCCAGATGGTGGTTGTAACAAAAAGATGAACTAAATAAGTCATTGTTT	63312

C  CU041263.7	272	CAAAGAAATAACATTCTAATAAAAATCATTAAAATAGCTGAGAAAAGCAT	223
			|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63313	CAAAGAAATAACATCCTAATAAAAACCATTAAAATAGCTGAGAAAAGCAT	63362

C  CU041263.7	222	AAATATCAATAGGTTATTGCCAATTACTTTGACTTTACAGTGATACACAA	173
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63363	AAATATCAATAGATTATTGCCAATTACTTTGACTTTACAGTGATACACAA	63412

C  CU041263.7	172	AGCGAACATGATTCCCTTGAATAAGCATTTACTTGGCAATGAACAAACTG	123
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63413	AGCGAACATGATTCCCTTGAATAAGCATTTACTTGGCAATGAACAAACTG	63462

C  CU041263.7	122	AAAAATAGATTTAACCCTTAATGTTGGGTTTTCCAGAATATAAGTCACAA	73
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63463	AAAAATAGATTTAACCCTTAATGTTGGGTTTTCCAGAATATAAGTCACAA	63512

C  CU041263.7	72	GTTGCAATGTGTTTCAACAGTTTAATCCCATGGACACAAATAAACAGAAA	23
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63513	GTTGCAATGTGTTTCAACAGTTTAATCCCATGGACACAAATAAACAGAAA	63562

C  CU041263.7	22	TTCCAGATAACTAGGTGTGATC	1
			||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63563	TTCCAGATAACTAGGTGTGATC	63584

Compact alignment

C  CU041263.7	1722	AGGTAAAAAAAGACAAAAATGCAGCTTAAAGGAATATTGTCAAATGAAAG	1673
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	61866	AGGTAAAAAAAGACAAAAATGCAGCTTGAAGGAATATTGTCAAATGAAAG	61915

C  CU041263.7	1672	AAGCCAGTGTTGGAAGGGCTGCATGCTATATGACTCCAAGAATATGGCAT	1623
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	61916	AAGCCAGCGTTGGAAGGGCTGCATGCTATATGACTCCAAGAATATGGCAT	61965

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CU041263.7	1572	GTTTGAAGAGAGGGAGAGATAAAGAGGTCATGCACAGGGGATTTTTAGGG	1523
			||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
  CU407197.9	62016	GTTTGAAGAGAGGGAGAGATAAAGACGTCATGCATAGGGGATTTTTAGGG	62065

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CU041263.7	1472	ACATTTGTCAAAATGCATAGAATGCACAGCATAAAGAGTGAAACATAATT	1423
			||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62116	ACATTTGTCAAAATGTATAGAATGAACAGCATAAAGAGTGAAACATAATT	62165

C  CU041263.7	1422	AGAATCTTAAGTAATGCTGCCTCATACAAGACCAACATATACAAATCAAT	1373
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62166	AGAATCTTAAGTAACGCTGCCTCATACAAGACCAACATATACAAATCAAT	62215

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CU041263.7	1322	ATACAATGAGAATAAAAACAAATACACTTTTAAAAATGAAAATGTGCAAA	1273
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62266	ATACAATGAGAATAAAAACAAATTCACTTTTAAAAATGAAAATGTGCAAA	62315

C  CU041263.7	1272	AAATTTTTAAATTATATCCAGATTTAAATTAAAACTGAATTGAAATATGA	1223
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62316	AAATTTTAAAATTATATCCAGATTTAAATTAAAACTGAATTGAAATATGA	62365

C  CU041263.7	1222	ATACATCACACATATAGATGATATAATTAAGCATTATAAAATTGTAATCT	1173
			||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	62366	ATACATCACACGTATAGATGAT---ATTAAGCATTATAAAATTGTAATCT	62412

skip 500 bps 100% identity alignment

C  CU041263.7	672	TAAACACTGCTGAAATCTGCCTGTAACTGAATAAGCGACCTCAAGCAAAA	623
			||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
  CU407197.9	62913	TAACCACTGCTGAAATCCGCCTGTAACTGAATAAGTGACCTCAAGCAAAA	62962

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CU041263.7	572	TCACTTAGTTAGTTTGCTCTGCAGTGATGTACAAACAGAAGATGTTCACT	523
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63013	TCACTGAGTTAGTTTGCTCTGCAGTGATGTACAAACAGAAGATGTTCACT	63062

C  CU041263.7	522	AAGTGTTCCATCCTGGACGTACTGTGTAAGAGTTCAAAATTCCTGCTGAG	473
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
  CU407197.9	63063	AAGTGTTCCATCCTGGACGTACTGTGTAAGAGTTCAAAATTCCTGCCGAG	63112

C  CU041263.7	472	ATTATTTGATCACTAAAGTTCTTATATTACTTAAATTCTTAGGAGAGAAA	423
			|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||
  CU407197.9	63113	ATTATTTGATCACTAAAGCTCTTGTATTACTTAAATTCTTAGGAGAAAAA	63162

C  CU041263.7	422	AAAATCCTGTATGTCTGTCACGAGAGGAAAAAAATATGGTAGAGCTTAAT	373
			|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63163	AAAATCCTCTGTGTCTGTCACGAGAGGAAAAAAATATGGTAGAGCTTAAT	63212

C  CU041263.7	372	TAAATTCAATTTTACAGATAATTAAGAAGATCTATTATAGATAAGGCGCA	323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
  CU407197.9	63213	TAAATTCAATTTTACAGATAATTAAGAAGATCTATTATAGATAAGGCACA	63262

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CU041263.7	272	CAAAGAAATAACATTCTAATAAAAATCATTAAAATAGCTGAGAAAAGCAT	223
			|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63313	CAAAGAAATAACATCCTAATAAAAACCATTAAAATAGCTGAGAAAAGCAT	63362

C  CU041263.7	222	AAATATCAATAGGTTATTGCCAATTACTTTGACTTTACAGTGATACACAA	173
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU407197.9	63363	AAATATCAATAGATTATTGCCAATTACTTTGACTTTACAGTGATACACAA	63412

skip 172 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU041263.7 - 193736 bps
Hit
CU407197.9 - 182864 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1722 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
198.431552172211722-161866635841
298.27229924758038982863-1124791
393.24593975044971057213-1248399741
498.34175419283399435921-1804399741
596.44850196047136880971-19375190071
697.769402102396085371091-118993292251
797.2509856023592141522-125461310931
898.1920599219941196333956-131083531361
998.1280788761291111671-153123618701
1088.242492374058919630-187358910831
1181.66188147595049955257-1959241006471
1295.1141617303399335722-11026231043591
1394.7139317284970951436-11026231043591
1487.18127221021210211090651112011
1590.721212166479469609-11272711288871
1685.751141202758957921-11294351314481
1783.8712372704499085261111322361349381
1885.321446281610763891-11328691356961
1994.13505963794971056088-11727961790931
2098.34175119283399435921-11771611790931
Short-link