<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU405628.17	1	TTTCTATACAGGCCCAAGTGGATAGGCTCCTTGCCTGGAACAGCCTCTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256145	TTTCTATACAGGCCCAAGTGGATAGGCTCCTTGCCTGGAACAGCCTCTCA	256194

CU405628.17	51	CAGACCCAGGTCAAATGTCCCCCTCTTAATTCTGGGAATTTCACAATGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256195	CAGACCCAGGTCAAATGTCCCCCTCTTAATTCTGGGAATTTCACAATGCA	256244

CU405628.17	101	AAGGGACAGGGAGGGGAAGGGAGGGGCGGGGCTTCACTTTCAGATGTTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256245	AAGGGACAGGGAGGGGAAGGGAGGGGCGGGGCTTCACTTTCAGATGTTTC	256294

CU405628.17	151	CATTTTCTCAGCAAGGTTCATACTCTAAAAGCAAAAGATGCTGAATTCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256295	CATTTTCTCAGCAAGGTTCATACTCTAAAAGCAAAAGATGCTGAATTCAA	256344

CU405628.17	201	AAGGAAGGTAATGATTATTTTTCATGACAAAAACCTTCCCAGGCAGCAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256345	AAGGAAGGTAATGATTATTTTTCATGACAAAAACCTTCCCAGGCAGCAAT	256394

CU405628.17	251	ACCGCTGGCTTTCTCTATCCATCCACCTACCCAGGTTATCCACCTCATCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256395	ACCGCTGGCTTTCTCTATCCATCCACCTACCCAGGTTATCCACCTCATCC	256444

CU405628.17	301	ACAATTTCTGAGTTCTTTGGTTTTGTGTGTAGCGGACAGAGTTCAACATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256445	ACAATTTCTGAGTTCTTTGGTTTTGTGTGTAGCGGACAGAGTTCAACATT	256494

CU405628.17	351	GGGTGTCTTCCTCTATGACTCTACACATTTTAAAAAGTCAGAGTCTCTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256495	GGGTGTCTTCCTCTATGACTCTACACATTTTAAAAAGTCAGAGTCTCTCA	256544

CU405628.17	401	CTGAACCTGAAAGCTCACCAGCTCAGCAAGATGGCTCAGCAAGGCCCAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256545	CTGAACCTGAAAGCTCACCAGCTCAGCAAGATGGCTCAGCAAGGCCCAGG	256594

CU405628.17	451	CATCTTTCTATTTGTCTCTCCGTACTGCTGGGGATGCAACTCGGGTTCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256595	CATCTTTCTATTTGTCTCTCCGTACTGCTGGGGATGCAACTCGGGTTCTC	256644

CU405628.17	501	ATGTACACGCATAGCAAGCATACCAACTGTGCCATGTTCTCTGACCCCGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256645	ATGTACACGCATAGCAAGCATACCAACTGTGCCATGTTCTCTGACCCCGC	256694

CU405628.17	551	CCCCCAGGTTTTCCAACTTAAATATGGATGTAATTTTGTATATATTTCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256695	CCCCCAGGTTTTCCAACTTAAATATGGATGTAATTTTGTATATATTTCCT	256744

CU405628.17	601	TTTTTAAAAAAATGGGTATTATACATTTATATCAAACCTAAACATGAGAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256745	TTTTTAAAAAAATGGGTATTATACATTTATATCAAACCTAAACATGAGAC	256794

CU405628.17	651	TCCATTACAAAACGCTGGGGTTTCTGAGTGGGCTCCAGGACCACTCCACC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256795	TCCATTACAAAACGCTGGGGTTTCTGAGTGGGCTCCAGGACCACTCCACC	256844

CU405628.17	701	CAGCTGGTGGGAGCACCTTCAGCATCAGTCAGCGAGCTCCATGGTTGCAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256845	CAGCTGGTGGGAGCACCTTCAGCATCAGTCAGCGAGCTCCATGGTTGCAG	256894

CU405628.17	751	AACAACAGAAGGATACAACCCAACTGAGCTAATCCTTAGGGGTTGGTCAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256895	AACAACAGAAGGATACAACCCAACTGAGCTAATCCTTAGGGGTTGGTCAG	256944

CU405628.17	801	CTGGGTTGTTCAGTTTGCCTGTATAAACAGTGCCACAATGGACATCCTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256945	CTGGGTTGTTCAGTTTGCCTGTATAAACAGTGCCACAATGGACATCCTTG	256994

CU405628.17	851	AATAAGTCCTTTATTATTTGAGAAGAACTTTGTTTGATTACTGCCTGGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	256995	AATAAGTCCTTTATTATTTGAGAAGAACTTTGTTTGATTACTGCCTGGGA	257044

CU405628.17	901	TGACATTCTTCTAGGTAGAACTCCTGGGCTCTGGGTTTGCTCTTAGGAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257045	TGACATTCTTCTAGGTAGAACTCCTGGGCTCTGGGTTTGCTCTTAGGAGA	257094

CU405628.17	951	GGGACTAAGGATGAGAGGAGCTGCTGATATATTTTGCTGGTACCACAACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257095	GGGACTAAGGATGAGAGGAGCTGCTGATATATTTTGCTGGTACCACAACT	257144

CU405628.17	1001	ACATTTCAGTTGATTTACTGAGTCAAAGGAGGCATGTGTTGAATAGAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257145	ACATTTCAGTTGATTTACTGAGTCAAAGGAGGCATGTGTTGAATAGAAAG	257194

CU405628.17	1051	CACACTGCTGGTGTCAGAAACACAAGTTACACAGCAGAAGGTCAGCTGGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257195	CACACTGCTGGTGTCAGAAACACAAGTTACACAGCAGAAGGTCAGCTGGC	257244

CU405628.17	1101	CACACTAACCAACCAAGAAGTGGCGTTTCCGCAGTGACGAGCTGAAAGCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257245	CACACTAACCAACCAAGAAGTGGCGTTTCCGCAGTGACGAGCTGAAAGCC	257294

CU405628.17	1151	ACACAACAGCCCTGCCCTCACTCTGGACGCCACACCACCCTGGAGCCTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257295	ACACAACAGCCCTGCCCTCACTCTGGACGCCACACCACCCTGGAGCCTGA	257344

CU405628.17	1201	GAAAAGGCACCATGGAGGACGATTGGTCTGGGCTCCTTGGACAGACAATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257345	GAAAAGGCACCATGGAGGACGATTGGTCTGGGCTCCTTGGACAGACAATG	257394

CU405628.17	1251	GCTGGGCTCCTTGGACAGACAATGGCTGCGTTGCTCCATCTCTCTGGACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257395	GCTGGGCTCCTTGGACAGACAATGGCTGCGTTGCTCCATCTCTCTGGACC	257444

CU405628.17	1301	TCACTCAGGCTAGTCTTGTTTACATGTTAGACAAGATGACCATGAAAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257445	TCACTCAGGCTAGTCTTGTTTACATGTTAGACAAGATGACCATGAAAGAG	257494

CU405628.17	1351	GCTGTTCCTTTGACGAGAACAAATTGCTTCTCTAAGTGCTGGGTTCTACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257495	GCTGTTCCTTTGACGAGAACAAATTGCTTCTCTAAGTGCTGGGTTCTACT	257544

CU405628.17	1401	GTGCTCTGTAACCCACTAAATGGAGATTTCATCTTTATTAGTCCCCATAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257545	GTGCTCTGTAACCCACTAAATGGAGATTTCATCTTTATTAGTCCCCATAC	257594

CU405628.17	1451	CCAATCACTCCATCTCCTTACCCAAAGGTCTCTCTGACCAAGTGTTCCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257595	CCAATCACTCCATCTCCTTACCCAAAGGTCTCTCTGACCAAGTGTTCCAG	257644

CU405628.17	1501	TAAACACGTAGAGCCTCCTACATACAGTGAAGCAGGGCAGAGGCCTTCCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257645	TAAACACGTAGAGCCTCCTACATACAGTGAAGCAGGGCAGAGGCCTTCCG	257694

CU405628.17	1551	AGGGCTTCCAGGTCAGCCTCCAACTGTGCAGTTGAGTGTAACACCTACAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257695	AGGGCTTCCAGGTCAGCCTCCAACTGTGCAGTTGAGTGTAACACCTACAC	257744

CU405628.17	1601	TCCCTGTCCAGACAGTCTGGCTGGCAGTTAGCACTCAAGCTTCCTGAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257745	TCCCTGTCCAGACAGTCTGGCTGGCAGTTAGCACTCAAGCTTCCTGAATT	257794

CU405628.17	1651	CAAACAACATCCCTCCCTCCCAGCAATGAGACCTAAGATAGCTCCTGAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257795	CAAACAACATCCCTCCCTCCCAGCAATGAGACCTAAGATAGCTCCTGAAG	257844

CU405628.17	1701	CAGCAGGTGCCTGGACCTCAGGGCCCAATGAGTGTCTTCCTGCAGGACCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257845	CAGCAGGTGCCTGGACCTCAGGGCCCAATGAGTGTCTTCCTGCAGGACCA	257894

CU405628.17	1751	CTACATGAATGACAAATGGAAGTGCATAAGGCGTTAAGAACAGAGCCTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257895	CTACATGAATGACAAATGGAAGTGCATAAGGCGTTAAGAACAGAGCCTGG	257944

CU405628.17	1801	TAATCAATGCATGCCTAATAACACTAATAAGCATTGGGGACAATTATCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257945	TAATCAATGCATGCCTAATAACACTAATAAGCATTGGGGACAATTATCCT	257994

CU405628.17	1851	TTCACCCAGGACACTCTTAGGGCTATTCGTTCTTACGTTACCAGTTGCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	257995	TTCACCCAGGACACTCTTAGGGCTATTCGTTCTTACGTTACCAGTTGCTC	258044

CU405628.17	1901	CTGAAGACACTAAGGAAATATAAATCATTGCTCAAGACATGGTCCACCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	258045	CTGAAGACACTAAGGAAATATAAATCATTGCTCAAGACATGGTCCACCAG	258094

CU405628.17	1951	TCCTTACTAGGAATGCGAAGATGCCAACTTGAACAGGCAGTCTAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406967.7	258095	TCCTTACTAGGAATGCGAAGATGCCAACTTGAACAGGCAGTCTAGAATTC	258144

Overview

Query
CU405628.17 - 152255 bps
Hit
CU406967.7 - 258144 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link