<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406961.7	1	GAATTCCAGACAAGCACTACAAACTACATACACAGGTCTCTGAGTGTGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70368	GAATTCCAGACAAGCACTACAAACTACATACACAGGTCTCTGAGTGTGAA	70417

CU406961.7	51	TTGGAGGAGGCAGTTTCTGGAGGGAGCCCTGCTTTTAAATACAACTCCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70418	TTGGAGGAGGCAGTTTCTGGAGGGAGCCCTGCTTTTAAATACAACTCCAT	70467

CU406961.7	101	TGGCCATTGGCCTGCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCGCTCTCTCTCTCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70468	TGGCCATTGGCCTGCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCGCTCTCTCTCTCTC	70517

CU406961.7	151	TCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATAAGTCCATATCAGAATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70518	TCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATAAGTCCATATCAGAATA	70567

CU406961.7	201	TCTCTTCTGGGAATCCAAGGGCATTTAGTTGTCTGTGCTGTAGTTTGCTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70568	TCTCTTCTGGGAATCCAAGGGCATTTAGTTGTCTGTGCTGTAGTTTGCTG	70617

CU406961.7	251	ATCTCAGCCAGTGTTTGGAAGATGCTGCTTCATAGATCCTCTGTTTGTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70618	ATCTCAGCCAGTGTTTGGAAGATGCTGCTTCATAGATCCTCTGTTTGTGT	70667

CU406961.7	301	GGGAAGAGTTGGCCAGCAGCAACTTGTTCCATAGTTAGACCTGATGAATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70668	GGGAAGAGTTGGCCAGCAGCAACTTGTTCCATAGTTAGACCTGATGAATT	70717

CU406961.7	351	CAGTTCTAATGAGTCACCACCCTGATCTAGTCAAACTGGTTAAACTTCAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70718	CAGTTCTAATGAGTCACCACCCTGATCTAGTCAAACTGGTTAAACTTCAA	70767

CU406961.7	401	AAATTTTTCCATTACTCTGTGCACCTCTGGCTGGGGATTCCTCCAGGAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70768	AAATTTTTCCATTACTCTGTGCACCTCTGGCTGGGGATTCCTCCAGGAGT	70817

CU406961.7	451	CCATGTTAGTTAGCTATCTAGTCACTTCTGGAGACTTGCAGACTCCCTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70818	CCATGTTAGTTAGCTATCTAGTCACTTCTGGAGACTTGCAGACTCCCTTC	70867

CU406961.7	501	CCTTAGAGGCCTCTCACCACCACCTGTGACCACTTGGGTTTACTCTTACC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70868	CCTTAGAGGCCTCTCACCACCACCTGTGACCACTTGGGTTTACTCTTACC	70917

CU406961.7	551	CTGTCAATCAGCAATACATAGAACTCTCTTTTAAAAGAAAATTTGAGTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70918	CTGTCAATCAGCAATACATAGAACTCTCTTTTAAAAGAAAATTTGAGTCA	70967

CU406961.7	601	GGGTCTCATTCTGTAGCACAGGATATCTGGGACTGTGTGCCTGGAAGCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	70968	GGGTCTCATTCTGTAGCACAGGATATCTGGGACTGTGTGCCTGGAAGCTG	71017

CU406961.7	651	GCCTTGAACTCAGCTCCATCCTCTTGTCTCCCCACACAAGTGCTAGGATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71018	GCCTTGAACTCAGCTCCATCCTCTTGTCTCCCCACACAAGTGCTAGGATT	71067

CU406961.7	701	AACGGAAACAGCTGCTGTACTCAGCCCATGTCCATTTCTCCACAAGAAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71068	AACGGAAACAGCTGCTGTACTCAGCCCATGTCCATTTCTCCACAAGAAGG	71117

CU406961.7	751	TATTTGAAATTTTGTCTGTTCTCTTAGCCTGGGTACTTCTGAGGCAGAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71118	TATTTGAAATTTTGTCTGTTCTCTTAGCCTGGGTACTTCTGAGGCAGAAG	71167

CU406961.7	801	CACAGTGGTAGGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTAAGATTCATTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71168	CACAGTGGTAGGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTAAGATTCATTT	71217

CU406961.7	851	ATTATACATAAGTACACTGTAGCTGACTTCAGACACTCCAGAAAAGGGCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71218	ATTATACATAAGTACACTGTAGCTGACTTCAGACACTCCAGAAAAGGGCG	71267

CU406961.7	901	TCAGATCTCGTTACGGATGGTTGTGAGCCACCACATGGTTGCTGGGATTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71268	TCAGATCTCGTTACGGATGGTTGTGAGCCACCACATGGTTGCTGGGATTT	71317

CU406961.7	951	GAAATCATGACCTTCGGAAGGGCAGTCAGTGCTCTTACCCCCTGAGCCAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71318	GAAATCATGACCTTCGGAAGGGCAGTCAGTGCTCTTACCCCCTGAGCCAT	71367

CU406961.7	1001	CTCACCAGCCCCCACAGTGATAGATTTAACTGCTGAAGACTGGAGGGTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71368	CTCACCAGCCCCCACAGTGATAGATTTAACTGCTGAAGACTGGAGGGTCT	71417

CU406961.7	1051	GAAAAATCCCCCAAACTGCCAGGGCTGTTGCTCATTTGTAGAAAACATGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71418	GAAAAATCCCCCAAACTGCCAGGGCTGTTGCTCATTTGTAGAAAACATGC	71467

CU406961.7	1101	TAAGCATCCAAGAGGCCCTGAATTTAATTCCCAGTACCAGTCCTCTCACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71468	TAAGCATCCAAGAGGCCCTGAATTTAATTCCCAGTACCAGTCCTCTCACT	71517

CU406961.7	1151	CCCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71518	CCCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAA	71567

CU406961.7	1201	AAGAGAAACTTTGTTTCATTCGGGAATTAGGCTTTTATTGAGTTCCATAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71568	AAGAGAAACTTTGTTTCATTCGGGAATTAGGCTTTTATTGAGTTCCATAT	71617

CU406961.7	1251	TTGGAGACAACAGAGTTCAGGGTTCTGAGGCTGGGAGGACTGTGGAGGAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71618	TTGGAGACAACAGAGTTCAGGGTTCTGAGGCTGGGAGGACTGTGGAGGAC	71667

CU406961.7	1301	TTTTAAGGGGTGGGAAGCATCAGGGGCAGAAGAGGAAGCCAAGAACACTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71668	TTTTAAGGGGTGGGAAGCATCAGGGGCAGAAGAGGAAGCCAAGAACACTT	71717

CU406961.7	1351	GAGGAGAGAGAGAGCCTCAGCCAGAAGCTCCAGCATCTCCTCCCCCATCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71718	GAGGAGAGAGAGAGCCTCAGCCAGAAGCTCCAGCATCTCCTCCCCCATCC	71767

CU406961.7	1401	CGCCCCCACCTTATAATGCTTCTCTAAACAGCCGTTTTCTCCCCAGTCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71768	CGCCCCCACCTTATAATGCTTCTCTAAACAGCCGTTTTCTCCCCAGTCTT	71817

CU406961.7	1451	CTTGGTTTTTTAAAGATGATATAATTTTAAGCATACCCAGGGGAAACCAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71818	CTTGGTTTTTTAAAGATGATATAATTTTAAGCATACCCAGGGGAAACCAA	71867

CU406961.7	1501	AGGAAATGCGTTGTGACCCCCGGAGGCCAGCTTTCTGGTTGTGTGTGTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71868	AGGAAATGCGTTGTGACCCCCGGAGGCCAGCTTTCTGGTTGTGTGTGTGT	71917

CU406961.7	1551	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71918	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	71967

CU406961.7	1601	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTTATAGTTCAAGCTGGCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	71968	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTTATAGTTCAAGCTGGCTC	72017

CU406961.7	1651	TTGGTTCTGCCTCAGCTCCTCAAATGCAGGTTTAACCGGTGTAAGCACCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	72018	TTGGTTCTGCCTCAGCTCCTCAAATGCAGGTTTAACCGGTGTAAGCACCA	72067

CU406961.7	1701	CACCGTGCTGAGACAGGCATTCTTAAGCAAATTTCAAAGGTTTCGGTGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	72068	CACCGTGCTGAGACAGGCATTCTTAAGCAAATTTCAAAGGTTTCGGTGAC	72117

CU406961.7	1751	AAGAGAACTCTGGAGATTTCCAGTGACTTGGAAAAACACCCTTGGTTGGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	72118	AAGAGAACTCTGGAGATTTCCAGTGACTTGGAAAAACACCCTTGGTTGGG	72167

CU406961.7	1801	GAAGACCTGTGTTTGTGTCTGGAATCTACCCCTTGGTCAAGGATGGGTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	72168	GAAGACCTGTGTTTGTGTCTGGAATCTACCCCTTGGTCAAGGATGGGTTG	72217

CU406961.7	1851	TTTTGGTTTTTACTTTTTAACAATGAAGTACATGTGTGCTCCCAAACTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	72218	TTTTGGTTTTTACTTTTTAACAATGAAGTACATGTGTGCTCCCAAACTGC	72267

CU406961.7	1901	CTAAGTTTCTATCTGATCATCTCTAAAATAGAATTAAGGATAACTACTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	72268	CTAAGTTTCTATCTGATCATCTCTAAAATAGAATTAAGGATAACTACTTC	72317

CU406961.7	1951	AGGCAGGTGTGATGGTGTGCTCTTGTAATTCTAGAATGGGAGAGGGAGAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406966.9	72318	AGGCAGGTGTGATGGTGTGCTCTTGTAATTCTAGAATGGGAGAGGGAGAG	72367

Overview

Query
CU406961.7 - 237522 bps
Hit
CU406966.9 - 72367 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link