<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406966.9	1	GGCCATGCAGTGCCTGTGAGCAGGGGGTGACACCCTGGAGCACCAACTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	227614	GGCCATGCAGTGCCTGTGAGCAGGGGGTGACACCCTGGAGCACCAACTGT	227663

CU406966.9	51	GAAGAGGTGGAGACAGGATATTTGATCACACTGTGAGCCCTGAGATTATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	227664	GAAGAGGTGGAGACAGGATATTTGATCACACTGTGAGCCCTGAGATTATG	227713

CU406966.9	101	TTATTTACTGGAAAAAAAAAAAAAACATCTGTTTTTACTGGTGGTAGAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	227714	TTATTTACTGGAAAAAAAAAAAAAACATCTGTTTTTACTGGTGGTAGAGC	227763

CU406966.9	151	TCACACTTTTAATCCAAGAGTTTTCTGTAAACAGAATCTCTGAGCCTGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	227764	TCACACTTTTAATCCAAGAGTTTTCTGTAAACAGAATCTCTGAGCCTGAA	227813

CU406966.9	201	CTATATAGCTTGTTCTAGGACATCCAGGATTACATGGAGAAAAACCTGTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	227814	CTATATAGCTTGTTCTAGGACATCCAGGATTACATGGAGAAAAACCTGTG	227863

CU406966.9	251	TCAAATAAATAAATTAAATAAATAGACAAAACTTTACAAACTCTCAGTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	227864	TCAAATAAATAAATTAAATAAATAGACAAAACTTTACAAACTCTCAGTTT	227913

CU406966.9	301	TAAAAACATTTTATTTTAAATTACCGATATATGTGTTTAAGAGGGGAGGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	227914	TAAAAACATTTTATTTTAAATTACCGATATATGTGTTTAAGAGGGGAGGT	227963

CU406966.9	351	GATGTACCTGTGAGTGCAGATACGGGCAGAGGCCAGAAGAGGGCACTGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	227964	GATGTACCTGTGAGTGCAGATACGGGCAGAGGCCAGAAGAGGGCACTGGA	228013

CU406966.9	401	TCCCCTGGAGCTGAAGTTACAAGCTGTTAGGAGACTCCCCACAAGGGTGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228014	TCCCCTGGAGCTGAAGTTACAAGCTGTTAGGAGACTCCCCACAAGGGTGC	228063

CU406966.9	451	TAAGAAAGGGAGCAGAAAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228064	TAAGAAAGGGAGCAGAAAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCA	228113

CU406966.9	501	CTGACTGCTCTTCCAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGAAAGGAAGAAAGAAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228114	CTGACTGCTCTTCCAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGAAAGGAAGAAAGAAAG	228163

CU406966.9	551	AAAGGGAGCAGGAGTCCTTCTCACCATGCTCCAAACTCTGTTGGTTTTGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228164	AAAGGGAGCAGGAGTCCTTCTCACCATGCTCCAAACTCTGTTGGTTTTGA	228213

CU406966.9	601	GATAGGGTCTCTATTTAGCCCTGGCTGACCAGAAACTATGTAGGACAGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228214	GATAGGGTCTCTATTTAGCCCTGGCTGACCAGAAACTATGTAGGACAGGC	228263

CU406966.9	651	TGGCCTCAAACTCACAGAGCTCCATCCACCTGGCTCTGCCTCCTGAGTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228264	TGGCCTCAAACTCACAGAGCTCCATCCACCTGGCTCTGCCTCCTGAGTGC	228313

CU406966.9	701	TGGGATTAAAAGCCTGGACCACCCCTCCCAGCTCCAACTCCCCTCCCCCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228314	TGGGATTAAAAGCCTGGACCACCCCTCCCAGCTCCAACTCCCCTCCCCCT	228363

CU406966.9	751	CTCTCTTTTGATGGGGTGCGATTTTAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAACCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228364	CTCTCTTTTGATGGGGTGCGATTTTAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAACCC	228413

CU406966.9	801	TGGCTCTCCTGGAACTCACTCTGGTCTTGAACTCAGAGAATCTGTCTGCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228414	TGGCTCTCCTGGAACTCACTCTGGTCTTGAACTCAGAGAATCTGTCTGCC	228463

CU406966.9	851	TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCGAAGTCACCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228464	TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCGAAGTCACCTG	228513

CU406966.9	901	GCCAAACTCATTCCTTTTAACTTGACAGTTTTTCCTATTTCCCAGTGAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228514	GCCAAACTCATTCCTTTTAACTTGACAGTTTTTCCTATTTCCCAGTGAAA	228563

CU406966.9	951	TATGCATTCTTCCTTTTTAATTTCTTAAGGATTTATTTTATGTGTGTATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228564	TATGCATTCTTCCTTTTTAATTTCTTAAGGATTTATTTTATGTGTGTATG	228613

CU406966.9	1001	TATGTTGTGCTGTGTGTGTGCATTCATGTGTCTGTGTGTGTTTAGGATGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228614	TATGTTGTGCTGTGTGTGTGCATTCATGTGTCTGTGTGTGTTTAGGATGT	228663

CU406966.9	1051	GTGTGCCTGGAGCTTGCAGATATCAGGAGAGGGTGTCATATCCTCTGGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228664	GTGTGCCTGGAGCTTGCAGATATCAGGAGAGGGTGTCATATCCTCTGGAG	228713

CU406966.9	1101	CTGCAGTTATGAGTGGTTGTGGGCCACAGGGTGAATTCTGGGTATTCCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228714	CTGCAGTTATGAGTGGTTGTGGGCCACAGGGTGAATTCTGGGTATTCCAC	228763

CU406966.9	1151	TGGGGTCCTCTACAAAAAGAAGTGCTCTTAACAGCTGGGCCATCTCTCCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228764	TGGGGTCCTCTACAAAAAGAAGTGCTCTTAACAGCTGGGCCATCTCTCCA	228813

CU406966.9	1201	GCCCCATAGATAATTCTTTTGAAAAGTTTGGTAGGCGGTGGTGGCACATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228814	GCCCCATAGATAATTCTTTTGAAAAGTTTGGTAGGCGGTGGTGGCACATT	228863

CU406966.9	1251	CCTTTAATCCCAGCACTGGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228864	CCTTTAATCCCAGCACTGGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCA	228913

CU406966.9	1301	AGGCCAGCCTGATCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228914	AGGCCAGCCTGATCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAG	228963

CU406966.9	1351	AGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAACAACAAAAAACAAAAACAAAAAACAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	228964	AGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAACAACAAAAAACAAAAACAAAAAACAAA	229013

CU406966.9	1401	TCAACAACAAAAAAGTTTGGTAAGGAGAAAAAGAAAAAAATGAGATAAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229014	TCAACAACAAAAAAGTTTGGTAAGGAGAAAAAGAAAAAAATGAGATAAGA	229063

CU406966.9	1451	GAACAGAATTTTTAAAGGAAAATTCTTTTGAAACTGTCATAGTGGTGATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229064	GAACAGAATTTTTAAAGGAAAATTCTTTTGAAACTGTCATAGTGGTGATG	229113

CU406966.9	1501	AGGCATGACTATTCCAGGACTTGAGAGAGGCAGTGGGGAAGGCAGGCAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229114	AGGCATGACTATTCCAGGACTTGAGAGAGGCAGTGGGGAAGGCAGGCAGA	229163

CU406966.9	1551	TGTCTGAGTTCAAGGCCAGGCTGGTCTATAGAGTGAATTTCAGTATAGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229164	TGTCTGAGTTCAAGGCCAGGCTGGTCTATAGAGTGAATTTCAGTATAGCC	229213

CU406966.9	1601	AGGGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAAAGGATGAAAGAAAGAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229214	AGGGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAAAGGATGAAAGAAAGAAG	229263

CU406966.9	1651	AAAACAAAGAAACTGCCAGAGTCTATTTCTCATAAAAGCAAAGACACTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229264	AAAACAAAGAAACTGCCAGAGTCTATTTCTCATAAAAGCAAAGACACTAA	229313

CU406966.9	1701	AAATAAATGAATAAATAAATTAAAAACCAGTGTTACCACAGATCCAGTGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229314	AAATAAATGAATAAATAAATTAAAAACCAGTGTTACCACAGATCCAGTGT	229363

CU406966.9	1751	GTGTTTGTTTGTTCAGTGTATAAGAGGCTCCCTAGAACCCTCTATCAGCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229364	GTGTTTGTTTGTTCAGTGTATAAGAGGCTCCCTAGAACCCTCTATCAGCC	229413

CU406966.9	1801	TGGTAAGCATTCAGAACCTTGAGTTCAAAGATAAAGACATCTTGATTCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229414	TGGTAAGCATTCAGAACCTTGAGTTCAAAGATAAAGACATCTTGATTCAG	229463

CU406966.9	1851	AGAACTGATTTGCCCAAGGCTTCACTCTAGTGCAGTAGGCAGTGAATGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229464	AGAACTGATTTGCCCAAGGCTTCACTCTAGTGCAGTAGGCAGTGAATGTG	229513

CU406966.9	1901	GCTTTAAACAAGGTGTACCAGACACAATGGCCTACACTCCCCCTAAAATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229514	GCTTTAAACAAGGTGTACCAGACACAATGGCCTACACTCCCCCTAAAATC	229563

CU406966.9	1951	CACGACCTGACCACAAAGTGAGCTGGGTGAGGGTACAAGTCAGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406965.9	229564	CACGACCTGACCACAAAGTGAGCTGGGTGAGGGTACAAGTCAGAGAATTC	229613

Overview

Query
CU406966.9 - 72367 bps
Hit
CU406965.9 - 229613 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link