<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406968.7	1	TTTTGAACTCCTCCCAGCTCCAGAACACAATTCTAAACTCTGTTCTTATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	195719	TTTTGAACTCCTCCCAGCTCCAGAACACAATTCTAAACTCTGTTCTTATT	195768

CU406968.7	51	TCCTGAGACTTACATCAGTCTGAAGGACATGGGTAGAGTGGGGGAGGGGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	195769	TCCTGAGACTTACATCAGTCTGAAGGACATGGGTAGAGTGGGGGAGGGGG	195818

CU406968.7	101	GAGAAGCAGGGGCACAGAAACAGAAAAAATGAGGATGCTCCTACATTTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	195819	GAGAAGCAGGGGCACAGAAACAGAAAAAATGAGGATGCTCCTACATTTTA	195868

CU406968.7	151	ATAGATTTCATAGGCTGACCTGAAACATGTCCCCATATGTCCTCATAACC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	195869	ATAGATTTCATAGGCTGACCTGAAACATGTCCCCATATGTCCTCATAACC	195918

CU406968.7	201	TCCCTCACGGCCACCTCCTAGCTGCTTCCTATAGACCCTGTCACTTGTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	195919	TCCCTCACGGCCACCTCCTAGCTGCTTCCTATAGACCCTGTCACTTGTTT	195968

CU406968.7	251	CTCTGCTCCTGCAGATTGTAAAACTTCCATATTCACATTGACAAGCGCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	195969	CTCTGCTCCTGCAGATTGTAAAACTTCCATATTCACATTGACAAGCGCTT	196018

CU406968.7	301	CCTTGGGTGTCTCAATTACATTCTTAACAGGTCACCCTACATGAAAAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196019	CCTTGGGTGTCTCAATTACATTCTTAACAGGTCACCCTACATGAAAAAAG	196068

CU406968.7	351	GACTTGTTGTACTTGGTTTAGTATCTTTAGAATCACCTGGAACATGTTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196069	GACTTGTTGTACTTGGTTTAGTATCTTTAGAATCACCTGGAACATGTTTA	196118

CU406968.7	401	ACTTTAATATATATATATATATATATATATATTAAAATTAATAATAAATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196119	ACTTTAATATATATATATATATATATATATATTAAAATTAATAATAAATT	196168

CU406968.7	451	AATATAAATATAAATTTATACATACACACACACACACACACACACACACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196169	AATATAAATATAAATTTATACATACACACACACACACACACACACACACA	196218

CU406968.7	501	CACACACACATATATCAGCTGAATGAGTGGACCAGTGATCATGAGTTTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196219	CACACACACATATATCAGCTGAATGAGTGGACCAGTGATCATGAGTTTCT	196268

CU406968.7	551	AATAATCATTATTTTCTTTCATCTCAAGATTATTTTTAATTAGATTTATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196269	AATAATCATTATTTTCTTTCATCTCAAGATTATTTTTAATTAGATTTATC	196318

CU406968.7	601	CTTTTAATTTTATGTGTGAATGATTCACCTTCACGTATGTCTGCGTACCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196319	CTTTTAATTTTATGTGTGAATGATTCACCTTCACGTATGTCTGCGTACCA	196368

CU406968.7	651	TGCGCATGCCTGGTGCCCTCGGAGATCAGAGGAGAGCATTGGACCCTCTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196369	TGCGCATGCCTGGTGCCCTCGGAGATCAGAGGAGAGCATTGGACCCTCTA	196418

CU406968.7	701	GCACTTCAGTTACAGATGACTGTGAAGCACTACGTCAGTGTTGGGAGTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196419	GCACTTCAGTTACAGATGACTGTGAAGCACTACGTCAGTGTTGGGAGTGA	196468

CU406968.7	751	AGCTTGGGTCCTCTGCAAGAGCAACAAGTGGCCTTCAGCTCTGAGTCACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196469	AGCTTGGGTCCTCTGCAAGAGCAACAAGTGGCCTTCAGCTCTGAGTCACC	196518

CU406968.7	801	TCTCTGGCCCATGATTATGTTTTGAAGATACTTGCAGCTTTTTCCTTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196519	TCTCTGGCCCATGATTATGTTTTGAAGATACTTGCAGCTTTTTCCTTCTG	196568

CU406968.7	851	ATTTCCTTCTTCCATTCTTCTCCCCTCTCCCCCATTCCCCTTTCTTCAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196569	ATTTCCTTCTTCCATTCTTCTCCCCTCTCCCCCATTCCCCTTTCTTCAAT	196618

CU406968.7	901	TTAAGCAAAGAGAGCATTCAGAGGCTTGCGTCTCAGAACAGGAACTGACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196619	TTAAGCAAAGAGAGCATTCAGAGGCTTGCGTCTCAGAACAGGAACTGACT	196668

CU406968.7	951	ATACAGACCCAGAATGAGGCAAAGTCTGCAAGCTTTCCTGTCTACAGCGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196669	ATACAGACCCAGAATGAGGCAAAGTCTGCAAGCTTTCCTGTCTACAGCGT	196718

CU406968.7	1001	GACTGCTACTGATTCATAAGGCTTGGCCATGTGGCTCGGGAGTGATTAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196719	GACTGCTACTGATTCATAAGGCTTGGCCATGTGGCTCGGGAGTGATTAAG	196768

CU406968.7	1051	AATACTCTATAAACGCAGTCTCCGAAGGCTTAGCTTCCTATGGCTCGCTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196769	AATACTCTATAAACGCAGTCTCCGAAGGCTTAGCTTCCTATGGCTCGCTA	196818

CU406968.7	1101	GTTAACCCATCACGAAGGAACTGCTTGCTCTGTTAGCATCCTAGCGGTGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196819	GTTAACCCATCACGAAGGAACTGCTTGCTCTGTTAGCATCCTAGCGGTGT	196868

CU406968.7	1151	GGTGTGGAGACCCTTTCTTCACCTACACATCCTTAGGGTCTACCTGGATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196869	GGTGTGGAGACCCTTTCTTCACCTACACATCCTTAGGGTCTACCTGGATG	196918

CU406968.7	1201	CTGCCAACAGGGAGTACTCTCTCTGCCAAAGCAGAGATGACAGTACAGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196919	CTGCCAACAGGGAGTACTCTCTCTGCCAAAGCAGAGATGACAGTACAGCT	196968

CU406968.7	1251	CCTTCCAGTCTATCAGCTTCACCCTTAGGCTGATTGCTCTGGAAAGCTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	196969	CCTTCCAGTCTATCAGCTTCACCCTTAGGCTGATTGCTCTGGAAAGCTGA	197018

CU406968.7	1301	GCTGTGTCCCTAGCAAGGGCCATGAGGCCTGCCCAGCCCTCTTGCAAAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197019	GCTGTGTCCCTAGCAAGGGCCATGAGGCCTGCCCAGCCCTCTTGCAAAGT	197068

CU406968.7	1351	CTATTTCACATTCCTGTGTTCCTGTGTCTTGCTCTGGGCAGGCATCTCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197069	CTATTTCACATTCCTGTGTTCCTGTGTCTTGCTCTGGGCAGGCATCTCCA	197118

CU406968.7	1401	ACCCTGCCTTCTCACTCTGGTAGACATGTTACTTCCTTTTCTAAAAAAGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197119	ACCCTGCCTTCTCACTCTGGTAGACATGTTACTTCCTTTTCTAAAAAAGG	197168

CU406968.7	1451	CAAAGCTTCTGGAGAGATACGTCTCCTCCTCCTCCCAGGGCTCCTCTCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197169	CAAAGCTTCTGGAGAGATACGTCTCCTCCTCCTCCCAGGGCTCCTCTCCT	197218

CU406968.7	1501	TTGGTTCTGAAGGAGAACGTCCACCACCACCAAGAGGTTCCCGATACAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197219	TTGGTTCTGAAGGAGAACGTCCACCACCACCAAGAGGTTCCCGATACAGT	197268

CU406968.7	1551	CTTTCTGCTTCTCAGTTATTCACATTCCTTCCTTCGTGTCCAGGTTCTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197269	CTTTCTGCTTCTCAGTTATTCACATTCCTTCCTTCGTGTCCAGGTTCTGC	197318

CU406968.7	1601	TTTTCTTCTAGATCATTCCCTGCAGTACTGACTAAGGAAGGGTCTGCCAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197319	TTTTCTTCTAGATCATTCCCTGCAGTACTGACTAAGGAAGGGTCTGCCAT	197368

CU406968.7	1651	AGGCACCCTCTAGCAATAATGAGCCTCCTGGAGACCACAATGCTTCAAAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197369	AGGCACCCTCTAGCAATAATGAGCCTCCTGGAGACCACAATGCTTCAAAG	197418

CU406968.7	1701	GAAGGGAATCTCCAGCTTTCTTCACAGCCACAAAATCTCTGAGCCATGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197419	GAAGGGAATCTCCAGCTTTCTTCACAGCCACAAAATCTCTGAGCCATGGT	197468

CU406968.7	1751	TTAAGCCTGCCGTTCCCACTCCCACACCTAACCTCTTTACATTTCTGAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197469	TTAAGCCTGCCGTTCCCACTCCCACACCTAACCTCTTTACATTTCTGAAG	197518

CU406968.7	1801	AGACAGCTTTGACTGGGGGCTGAGGGGTTTAGATTCACTCAGACACATAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197519	AGACAGCTTTGACTGGGGGCTGAGGGGTTTAGATTCACTCAGACACATAC	197568

CU406968.7	1851	AGAAAGGTAGCAATGCAAGATAAGACCATAGCATAGACCAGGGTGTGGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197569	AGAAAGGTAGCAATGCAAGATAAGACCATAGCATAGACCAGGGTGTGGCT	197618

CU406968.7	1901	ATGGAGAAGAGGAGAGTCAGTGGATTTTGAAGGTATTTGCATTTGCTGTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197619	ATGGAGAAGAGGAGAGTCAGTGGATTTTGAAGGTATTTGCATTTGCTGTC	197668

CU406968.7	1951	AAGTTAAGTAAGGGATAAAAAAAATGTATTAAAAGGTGGTTTTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU406959.5	197669	AAGTTAAGTAAGGGATAAAAAAAATGTATTAAAAGGTGGTTTTGGAATTC	197718

Overview

Query
CU406968.7 - 134253 bps
Hit
CU406959.5 - 197718 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link