<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU406962.8	2000	GAATTCAGTGAATTAATACAGATAAGAAAGACCTCAACTTACTTTTTCTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1	GAATTCAGTGAATTAATACAGATAAGAAAGACCTCAACTTACTTTTTCTT	50

C  CU406962.8	1950	CATCATTCAGACTAAAAATAAGTCCATCAAAACTACTGTGGGTGTATATC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	51	CATCATTCAGACTAAAAATAAGTCCATCAAAACTACTGTGGGTGTATATC	100

C  CU406962.8	1900	TTCTCACCTCAATTAAACCAAGTAAGAAAATTCCTCACTTGCAAATCTAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	101	TTCTCACCTCAATTAAACCAAGTAAGAAAATTCCTCACTTGCAAATCTAA	150

C  CU406962.8	1850	CCTATAAATTCCTCATTGAGACTTTCTTCCCAAACTAATAAAAAACCAAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	151	CCTATAAATTCCTCATTGAGACTTTCTTCCCAAACTAATAAAAAACCAAA	200

C  CU406962.8	1800	CTATCATAGAAACAAGCATTTAAAGTTTCTGTATCTGCTCCAAAGTTAGA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	201	CTATCATAGAAACAAGCATTTAAAGTTTCTGTATCTGCTCCAAAGTTAGA	250

C  CU406962.8	1750	CAAGTGGAGTGGTATTTATTAAAAAGAATCTACAAAATCTTAAAACAGAG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	251	CAAGTGGAGTGGTATTTATTAAAAAGAATCTACAAAATCTTAAAACAGAG	300

C  CU406962.8	1700	AATTTCAATCATTTGAGTCATGGCTTGCTTCTATCACTATCTCCCTGATA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	301	AATTTCAATCATTTGAGTCATGGCTTGCTTCTATCACTATCTCCCTGATA	350

C  CU406962.8	1650	AATAGAGTAGTGACTTTATCCACTATGCATACTTTACTTTGGGTAGGAAC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	351	AATAGAGTAGTGACTTTATCCACTATGCATACTTTACTTTGGGTAGGAAC	400

C  CU406962.8	1600	AGCCAAAACACAGGGTTTCATTGGTCTTGCTATAATTTAGGACTATAGAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	401	AGCCAAAACACAGGGTTTCATTGGTCTTGCTATAATTTAGGACTATAGAT	450

C  CU406962.8	1550	TTAGCATTGGAGCACTGGTCACCAGCATCTTTTATTATGCCTTCTGTCAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	451	TTAGCATTGGAGCACTGGTCACCAGCATCTTTTATTATGCCTTCTGTCAA	500

C  CU406962.8	1500	TGTTGCTAAAGTTCTTGGTCTGTCCAGCAGAAGGAAGAAGACCTATGTTT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	501	TGTTGCTAAAGTTCTTGGTCTGTCCAGCAGAAGGAAGAAGACCTATGTTT	550

C  CU406962.8	1450	CCTCTTGCTTCTTTTATCACCATCTCCAGCACCTGACCACAAAGTAAGCA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	551	CCTCTTGCTTCTTTTATCACCATCTCCAGCACCTGACCACAAAGTAAGCA	600

C  CU406962.8	1400	TCTCAAATCAGGTCAAGAATATTGGAACCCCAATAACTTATAAGGAAATT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	601	TCTCAAATCAGGTCAAGAATATTGGAACCCCAATAACTTATAAGGAAATT	650

C  CU406962.8	1350	AAATCAATAAAAAATTTCCCCATCAGGGGAGAACTTGATGCATTCCTTGA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	651	AAATCAATAAAAAATTTCCCCATCAGGGGAGAACTTGATGCATTCCTTGA	700

C  CU406962.8	1300	TTCAAGGAATATGAAGCATCTAATATTCATGGGAAACTGTACTCATGTGT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	701	TTCAAGGAATATGAAGCATCTAATATTCATGGGAAACTGTACTCATGTGT	750

C  CU406962.8	1250	ACATATCCACACAGGCACACAAATATTTTTATATAAAGAACTATGGGCAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	751	ACATATCCACACAGGCACACAAATATTTTTATATAAAGAACTATGGGCAA	800

C  CU406962.8	1200	CTAACAAATGTTGAGGACAGGGAAAGAACACACCTACTAGTTAGCTATCC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	801	CTAACAAATGTTGAGGACAGGGAAAGAACACACCTACTAGTTAGCTATCC	850

C  CU406962.8	1150	ATAAACAAATATCCAGCCTTGAAAAGATTCATATAAATGTAACAAATGTA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	851	ATAAACAAATATCCAGCCTTGAAAAGATTCATATAAATGTAACAAATGTA	900

C  CU406962.8	1100	GTATATGTGTGTGTATGTATGTATATATATATATATATATATATATATAT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	901	GTATATGTGTGTGTATGTATGTATATATATATATATATATATATATATAT	950

C  CU406962.8	1050	ATATGTATGTATATATATATATACAATGACTAATGAAAAAAGAGTCTATG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	951	ATATGTATGTATATATATATATACAATGACTAATGAAAAAAGAGTCTATG	1000

C  CU406962.8	1000	AATTTGATATTTCATGACAAAACCAAATTTACATAATATCTTTCCTCAAA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1001	AATTTGATATTTCATGACAAAACCAAATTTACATAATATCTTTCCTCAAA	1050

C  CU406962.8	950	TCCATCCCTGCAAAGGATAACAGATGGAAAATTCCAAAACAAGTAGGGAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1051	TCCATCCCTGCAAAGGATAACAGATGGAAAATTCCAAAACAAGTAGGGAA	1100

C  CU406962.8	900	ACTATACCCTAGAAAAAGCAAGAAAGTAATCTTTCAACAAACCAAAACAG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1101	ACTATACCCTAGAAAAAGCAAGAAAGTAATCTTTCAACAAACCAAAACAG	1150

C  CU406962.8	850	AAGATAACCACACAAATATAAAAATAGCATTAAAAAAAAAACGGGGAGCA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1151	AAGATAACCACACAAATATAAAAATAGCATTAAAAAAAAAACGGGGAGCA	1200

C  CU406962.8	800	ACAATCACTATTCCTTAATATCTCTTAACATAAGTGGACTCAAATCCCCA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1201	ACAATCACTATTCCTTAATATCTCTTAACATAAGTGGACTCAAATCCCCA	1250

C  CU406962.8	750	AGAAAAAGACATACACTAACATACTGGATATGAAAACCCAGCATTTTGCT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1251	AGAAAAAGACATACACTAACATACTGGATATGAAAACCCAGCATTTTGCT	1300

C  CU406962.8	700	GCATATCAGAAATGCATCTCAGAGTCAAAGACAAACATTACCTCAGAGTA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1301	GCATATCAGAAATGCATCTCAGAGTCAAAGACAAACATTACCTCAGAGTA	1350

C  CU406962.8	650	GAGGGCTGGAAAATAATTTTCCAAGCAAATGGTCCCAAGAAACAAGCTGG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1351	GAGGGCTGGAAAATAATTTTCCAAGCAAATGGTCCCAAGAAACAAGCTGG	1400

C  CU406962.8	600	AGTAGCCATTCTAATACTGGATAAAATCGACTTTCAACCAATAGTCATCA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1401	AGTAGCCATTCTAATACTGGATAAAATCGACTTTCAACCAATAGTCATCA	1450

C  CU406962.8	550	AAAAAGATAAAAAGGGACATTTCGTACTCATCAGAGAAAAATTCTACCAA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1451	AAAAAGATAAAAAGGGACATTTCGTACTCATCAGAGAAAAATTCTACCAA	1500

C  CU406962.8	500	GATAAACTCTCAATTCTTATCACTTATGCTCTAAATGGAAGGGCACCCAC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1501	GATAAACTCTCAATTCTTATCACTTATGCTCTAAATGGAAGGGCACCCAC	1550

C  CU406962.8	450	ATTCATAAAAGAAATTTTACTAAAACTCAAAGCACACATTGCACCTCACA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1551	ATTCATAAAAGAAATTTTACTAAAACTCAAAGCACACATTGCACCTCACA	1600

C  CU406962.8	400	CAATAATAGTGGGGGACTTCAACACCAAACTCTCATCAGTGGACAGATCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1601	CAATAATAGTGGGGGACTTCAACACCAAACTCTCATCAGTGGACAGATCA	1650

C  CU406962.8	350	GGGAAACACAAACTAAACAGAGACAAAGTGAAACTAACAGAATGTATTGA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1651	GGGAAACACAAACTAAACAGAGACAAAGTGAAACTAACAGAATGTATTGA	1700

C  CU406962.8	300	CCAAATGGATTTAACAGATATTGATAGAACATTTCATGCTAAATCAAAAG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1701	CCAAATGGATTTAACAGATATTGATAGAACATTTCATGCTAAATCAAAAG	1750

C  CU406962.8	250	AATATACCTTCTTCTCAGCACCTCATGGTACCGTCTCCAAAATTGGCCAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1751	AATATACCTTCTTCTCAGCACCTCATGGTACCGTCTCCAAAATTGGCCAT	1800

C  CU406962.8	200	ATAATTGGTCACAAAATAGGCCTATGCAGATACAAGGAGATTGAAATAAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1801	ATAATTGGTCACAAAATAGGCCTATGCAGATACAAGGAGATTGAAATAAT	1850

C  CU406962.8	150	CCCATGCCTCCTATCAGATCACTATGGATTAAACTGGTCTTCAATAGCAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1851	CCCATGCCTCCTATCAGATCACTATGGATTAAACTGGTCTTCAATAGCAA	1900

C  CU406962.8	100	CAAAAACAACAGAAAACCCACATATACATGGAAGTTGAACAACGCTCTAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1901	CAAAAACAACAGAAAACCCACATATACATGGAAGTTGAACAACGCTCTAC	1950

C  CU406962.8	50	TCAGTGATAACTTGGTCAAGGAATAAATAAAGAAAGAAATTAAAGACTTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU392853.2	1951	TCAGTGATAACTTGGTCAAGGAATAAATAAAGAAAGAAATTAAAGACTTT	2000

Overview

Query
CU406962.8 - 165450 bps
Hit
CU392853.2 - 155947 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link