<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU442760.6	1	CATCAAACTTTTTATACAGAAGAAAATAGGGAAGTTGGGTGACACACCGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158586	CATCAAACTTTTTATACAGAAGAAAATAGGGAAGTTGGGTGACACACCGG	158635

CU442760.6	51	TTAGGTACAAAGAGGTTACTGGATTCTTACACAAAACAGAAGAATGCAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158636	TTAGGTACAAAGAGGTTACTGGATTCTTACACAAAACAGAAGAATGCAAA	158685

CU442760.6	101	CACGGAAGGACTGGCTGGAACCAACTGGGATAAAATTCAATGTTAACAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158686	CACGGAAGGACTGGCTGGAACCAACTGGGATAAAATTCAATGTTAACAAC	158735

CU442760.6	151	TGGGATCAAAAACAGCTCCACCTAAGGTCCACTTAATCTTAGAAGCCAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158736	TGGGATCAAAAACAGCTCCACCTAAGGTCCACTTAATCTTAGAAGCCAGG	158785

CU442760.6	201	GGCAAGGGCTTCGTGCCCTTGCCATAGTTCCTACTCTAGTCTATTGTATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158786	GGCAAGGGCTTCGTGCCCTTGCCATAGTTCCTACTCTAGTCTATTGTATA	158835

CU442760.6	251	GTCCACCATCCCCCTGGGCCATTGTAAATACTTGTTTGTGTATGGGTGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158836	GTCCACCATCCCCCTGGGCCATTGTAAATACTTGTTTGTGTATGGGTGTA	158885

CU442760.6	301	ACTCAGCTACCTATAGTTCTAAGTATCTACTCTGGTTCCTCTTTAGGTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158886	ACTCAGCTACCTATAGTTCTAAGTATCTACTCTGGTTCCTCTTTAGGTCA	158935

CU442760.6	351	CAAACTTCCTTCTTCCTAGATAATGGTAAATTCCTGTGTAGGGCAGTGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158936	CAAACTTCCTTCTTCCTAGATAATGGTAAATTCCTGTGTAGGGCAGTGAC	158985

CU442760.6	401	TTAGCTATCCATGCCCAAGGTCAGATCAAGGACTGCCTAGAATCTAACTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	158986	TTAGCTATCCATGCCCAAGGTCAGATCAAGGACTGCCTAGAATCTAACTT	159035

CU442760.6	451	AGCTATATGTCAAAATATCAATCCTTAGGAGCACTTGAAATAAAGCAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159036	AGCTATATGTCAAAATATCAATCCTTAGGAGCACTTGAAATAAAGCAATA	159085

CU442760.6	501	TTAAGGGAAAGCACACAGATCCATTTACCAACTAAAGCAAGGACATTGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159086	TTAAGGGAAAGCACACAGATCCATTTACCAACTAAAGCAAGGACATTGGA	159135

CU442760.6	551	GCATTCATTATACAGGATGCCACGATCCTAGGAGACTAAGTTTCCGTGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159136	GCATTCATTATACAGGATGCCACGATCCTAGGAGACTAAGTTTCCGTGAA	159185

CU442760.6	601	CTTTTCTCCTCGGGACAGAGCCCAGGTTTTCAGGGCCTGTTGCGCTTGTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159186	CTTTTCTCCTCGGGACAGAGCCCAGGTTTTCAGGGCCTGTTGCGCTTGTC	159235

CU442760.6	651	ACTACTGGAGTGGATGTAGCACCCTATCACATTTCCAAGCATTAAGCTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159236	ACTACTGGAGTGGATGTAGCACCCTATCACATTTCCAAGCATTAAGCTGC	159285

CU442760.6	701	TCTTTCAGTTGAGCTGGCAGAAGAAGGTGACCATAACTGCCTTCCTCCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159286	TCTTTCAGTTGAGCTGGCAGAAGAAGGTGACCATAACTGCCTTCCTCCTG	159335

CU442760.6	751	TCAAGGAAAATTCCAGTTAGCCACCTGCCCATGAACAGTGTAGCCAAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159336	TCAAGGAAAATTCCAGTTAGCCACCTGCCCATGAACAGTGTAGCCAAAAT	159385

CU442760.6	801	GACCATTCCACAGAATACCATGGCTTCCTCTATGATGCTTTCCTCAAGTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159386	GACCATTCCACAGAATACCATGGCTTCCTCTATGATGCTTTCCTCAAGTG	159435

CU442760.6	851	ATTTCACAAAGAGATTTTTATATATCACCTGCTCACCTCAGCAAGCATTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159436	ATTTCACAAAGAGATTTTTATATATCACCTGCTCACCTCAGCAAGCATTC	159485

CU442760.6	901	TTTATGCACCAGCTATTGGCAAACTTATCAGAGCAGGTGAGCTATTAACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159486	TTTATGCACCAGCTATTGGCAAACTTATCAGAGCAGGTGAGCTATTAACT	159535

CU442760.6	951	GAAAATAAGCAGGAGGAAAAGATCTTTCTACTACAGAGTTTACAGTCCAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159536	GAAAATAAGCAGGAGGAAAAGATCTTTCTACTACAGAGTTTACAGTCCAG	159585

CU442760.6	1001	GTTTGGGCTTAGATTGGGCAATAATATATGCTCAACAAGCAGTTTGAGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159586	GTTTGGGCTTAGATTGGGCAATAATATATGCTCAACAAGCAGTTTGAGAG	159635

CU442760.6	1051	TAAAAACAATAAGACCAAACATGTAGTTCAATTATGTAGCAATGTTTAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159636	TAAAAACAATAAGACCAAACATGTAGTTCAATTATGTAGCAATGTTTAAT	159685

CU442760.6	1101	ATTTCACTGTTCACCATGGTGTTTTTATATCAAAGCTTTTTTGCTTTAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159686	ATTTCACTGTTCACCATGGTGTTTTTATATCAAAGCTTTTTTGCTTTAAT	159735

CU442760.6	1151	TTACAATTCCAGGTTATACCAAAGAATTGTACAATTCTTTTTCTATACCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159736	TTACAATTCCAGGTTATACCAAAGAATTGTACAATTCTTTTTCTATACCT	159785

CU442760.6	1201	ACTGAAAGCTAAGGAAGTCTTGGGTATTTTGTTCAGCTAAGTTTAGGACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159786	ACTGAAAGCTAAGGAAGTCTTGGGTATTTTGTTCAGCTAAGTTTAGGACT	159835

CU442760.6	1251	ATACTTAGTGCTTGTTATTTCTTAGCTGTTTGCTTCAGATCAACTGTAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159836	ATACTTAGTGCTTGTTATTTCTTAGCTGTTTGCTTCAGATCAACTGTAGT	159885

CU442760.6	1301	GATCGGGAGTACACAAAACAAGCTTTTCCTGTCAGTCAAACAGAAGACTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159886	GATCGGGAGTACACAAAACAAGCTTTTCCTGTCAGTCAAACAGAAGACTG	159935

CU442760.6	1351	GGGTCAGGGATGCATTCCCCACCAGAGAGAAAGGACCCAGTATGGGTAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159936	GGGTCAGGGATGCATTCCCCACCAGAGAGAAAGGACCCAGTATGGGTAGA	159985

CU442760.6	1401	TACGATGAAGCCAATGCAAATGGCAAGAGGATGACTGATTTCCTACAGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	159986	TACGATGAAGCCAATGCAAATGGCAAGAGGATGACTGATTTCCTACAGAA	160035

CU442760.6	1451	TTTTTTCCCAAAGCCACTCCCAATGCTATTCTGAGTCAAAGAGCAGATTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160036	TTTTTTCCCAAAGCCACTCCCAATGCTATTCTGAGTCAAAGAGCAGATTA	160085

CU442760.6	1501	CATCTCAACCACTAGGCCAGAGGGAAACACAACTACTTAACAACAAACAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160086	CATCTCAACCACTAGGCCAGAGGGAAACACAACTACTTAACAACAAACAT	160135

CU442760.6	1551	GAATAATTTCCATGTCAACTATGTATGAAGCACAAGGGGTCTAGTTGCCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160136	GAATAATTTCCATGTCAACTATGTATGAAGCACAAGGGGTCTAGTTGCCC	160185

CU442760.6	1601	TTTGGAAAGAATCACACTTCCATTGGTGTGCTGTTCTTTCCTAAAGCATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160186	TTTGGAAAGAATCACACTTCCATTGGTGTGCTGTTCTTTCCTAAAGCATA	160235

CU442760.6	1651	AAGAAACCCATACCAGGAGAGCCCTGCAGAGCAATTAGTACTTTCCCAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160236	AAGAAACCCATACCAGGAGAGCCCTGCAGAGCAATTAGTACTTTCCCAAT	160285

CU442760.6	1701	TTTACTGTACATGTTATCTCCATGTTGAATGATGTTTCATGGCATGTACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160286	TTTACTGTACATGTTATCTCCATGTTGAATGATGTTTCATGGCATGTACC	160335

CU442760.6	1751	TCCTCTTTTGCTTATATTTACTATCCATTATTCTGTTTGCTTTTTTTGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160336	TCCTCTTTTGCTTATATTTACTATCCATTATTCTGTTTGCTTTTTTTGAT	160385

CU442760.6	1801	GTCTCCCTAACGGGGAGGCAAGGGCAGCCATCACCATGAATGTGCTCTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160386	GTCTCCCTAACGGGGAGGCAAGGGCAGCCATCACCATGAATGTGCTCTCA	160435

CU442760.6	1851	GCATAACTGCAGATGTTAGCTCAGCCCCTAGCATATGGTTACATAATACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160436	GCATAACTGCAGATGTTAGCTCAGCCCCTAGCATATGGTTACATAATACA	160485

CU442760.6	1901	TACTCTTAAATTATTCAATTAATAAGTAGCAACATTACTTTAAATAGTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160486	TACTCTTAAATTATTCAATTAATAAGTAGCAACATTACTTTAAATAGTTA	160535

CU442760.6	1951	AATATTATTTCTCTGCAATCAGTAATCATTTAATACAAAGAACAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU392848.5	160536	AATATTATTTCTCTGCAATCAGTAATCATTTAATACAAAGAACAGAATTC	160585

Overview

Query
CU442760.6 - 73613 bps
Hit
CU392848.5 - 160585 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link