<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps
Full alignment
CU372909.5 1 GAATTCTTAAATGTGATAAAAAAAATGTTAGAGTTCACTTATTTTTAGAA 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144448 GAATTCTTAAATGTGATAAAAAAAATGTTAGAGTTCACTTATTTTTAGAA 144497 CU372909.5 51 AAAAAAAAAA-CCTATAAATTTGCAGAGCAGTAAAAGCTGTATCATATAC 99 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144498 AAAAAAAAAAACCTATAAATTTGCAGAGCAGTAAAAGCTGTATCATATAC 144547 CU372909.5 100 CATAACATTATTTTATTTTTTTAAAGGCATTATCTAACATTATGCCACAG 149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144548 CATAACATTATTTTATTTTTTTAAAGGCATTATCTAACATTATGCCACAG 144597 CU372909.5 150 ACTGACCTGGAACTCACTACATAAACCTGGCTAGCCATAAAATCATGACA 199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144598 ACTGACCTGGAACTCACTACATAAACCTGGCTAGCCATAAAATCATGACA 144647 CU372909.5 200 ATCTTCCTTTCTTAGCCTGCCAAGTGATAGTATTACATATGTAAGAGATC 249 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144648 ATCTTCCTTTCTTAGCCTGCCAAGTGATAGTATTACATATGTAAGAGATC 144697 CU372909.5 250 ATAACTGGCTACAGATTCTATGGAGCCAAAAACTAGACTTTTACATTATG 299 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144698 ATAACTGGCTACAGATTCTATGGAGCCAAAAACTAGACTTTTACATTATG 144747 CU372909.5 300 TGCAGTAATGTGTTTGTGGGAAATACAATTATTTATACAGATATTTATTA 349 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144748 TGCAGTAATGTGTTTGTGGGAAATACAATTATTTATACAGATATTTATTA 144797 CU372909.5 350 AATATACAAAAATATGAATGCTAATTTTATAAACATTGTATTTCTGTAAG 399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144798 AATATACAAAAATATGAATGCTAATTTTATAAACATTGTATTTCTGTAAG 144847 CU372909.5 400 CTGATGACATGACTGCTCCATGGCATAGTTAAGGGAAGGGTTTTTGTTGT 449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144848 CTGATGACATGACTGCTCCATGGCATAGTTAAGGGAAGGGTTTTTGTTGT 144897 CU372909.5 450 ATTTGTGAAAGAGAACAGCCAGATCTGTTAAGTGTCCAGAGTAGGGCAAG 499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144898 ATTTGTGAAAGAGAACAGCCAGATCTGTTAAGTGTCCAGAGTAGGGCAAG 144947 CU372909.5 500 AAAGAAGTATAATGAACATGACCAGCAGACTGAACATGCCCAGGCCTATC 549 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144948 AAAGAAGTATAATGAACATGACCAGCAGACTGAACATGCCCAGGCCTATC 144997 CU372909.5 550 TGTGAGAGAGGGAAGAATAGCAGACAAGAGAGAATAGAGAAAACATGGTG 599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144998 TGTGAGAGAGGGAAGAATAGCAGACAAGAGAGAATAGAGAAAACATGGTG 145047 CU372909.5 600 AGAGAAGCAAGAACAGTGCAGAGTGAGGAGGAGGGGAAGGAGTATGGGAA 649 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145048 AGAGAAGCAAGAACAGTGCAGAGTGAGGAGGAGGGGAAGGAGTATGGGAA 145097 CU372909.5 650 GGAAGAGGGAGGGGGTCAGAAACAGAAAGAGAGAAAGACAGCAAGAGCAT 699 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145098 GGAAGAGGGAGGGGGTCAGAAACAGAAAGAGAGAAAGACAGCAAGAGCAT 145147 CU372909.5 700 AAAAGAGTAGTAGAGTTATAAGGAGCCTGTGTAGCTGTGGATAGGGAAGT 749 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145148 AAAAGAGTAGTAGAGTTATAAGGAGCCTGTGTAGCTGTGGATAGGGAAGT 145197 CU372909.5 750 CCATTGAGCTAGAGGGAATTTAGAGCAGTAGTAGGGTGAGGACAGGAGGG 799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145198 CCATTGAGCTAGAGGGAATTTAGAGCAGTAGTAGGGTGAGGACAGGAGGG 145247 CU372909.5 800 AGGCGGGGGATGCTAGAAGGGCTAAATACTAGCAAGGACTTTGGAATGTG 849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145248 AGGCGGGGGATGCTAGAAGGGCTAAATACTAGCAAGGACTTTGGAATGTG 145297 CU372909.5 850 TACCAAGTACTTGTGATACTGAGGAAGCCTGGAGACCATCAGGAGCTTTG 899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145298 TACCAAGTACTTGTGATACTGAGGAAGCCTGGAGACCATCAGGAGCTTTG 145347 CU372909.5 900 ATATGCTAATAGGCACTACAGGTAGCCATGTGTCCCTCCTGACACATAGA 949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145348 ATATGCTAATAGGCACTACAGGTAGCCATGTGTCCCTCCTGACACATAGA 145397 CU372909.5 950 GGTTACCTAAATGACTCCTTTTTGGTAGAGAGAGCCAGCTTCATTAGTTC 999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145398 GGTTACCTAAATGACTCCTTTTTGGTAGAGAGAGCCAGCTTCATTAGTTC 145447 CU372909.5 1000 CTGAGGAATGCTGGCTTTTATCTAAGTACCAACAATCTACCTATAGTCCA 1049 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145448 CTGAGGAATGCTGGCTTTTATCTAAGTACCAACAATCTACCTATAGTCCA 145497 CU372909.5 1050 GGTTGAGTTCATTTATTGATATGTGGACTACCTTGGGAGGTTTCTGTTAG 1099 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145498 GGTTGAGTTCATTTATTGATATGTGGACTACCTTGGGAGGTTTCTGTTAG 145547 CU372909.5 1100 TGGGGTTTCCTTTGAACCTAATGTTAATACTAAGTATAATGTGCAATAGA 1149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145548 TGGGGTTTCCTTTGAACCTAATGTTAATACTAAGTATAATGTGCAATAGA 145597 CU372909.5 1150 AATGTGGTACTGCCGGTTTGACACAATGTCAATGCAAACTGCAGGTGGCA 1199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145598 AATGTGGTACTGCCGGTTTGACACAATGTCAATGCAAACTGCAGGTGGCA 145647 CU372909.5 1200 GATATATCTTTCCAGTGTGCTCCATTTTGAAGCTCCACATTTCCACGGGA 1249 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145648 GATATATCTTTCCAGTGTGCTCCATTTTGAAGCTCCACATTTCCACGGGA 145697 CU372909.5 1250 GAGAAAGTAACACCGTGATTTACTTTCTGATTTAGTGAATTATGCAATCC 1299 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145698 GAGAAAGTAACACCGTGATTTACTTTCTGATTTAGTGAATTATGCAATCC 145747 CU372909.5 1300 ATTACTTTGAAATTCAAAAACAACCGTTTTATAGCACCAAGCACACAGTA 1349 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145748 ATTACTTTGAAATTCAAAAACAACCGTTTTATAGCACCAAGCACACAGTA 145797 CU372909.5 1350 GCTCTTTGCTAGTTTCACAGGCGGTTCTCAAAAGGTTTCTCTTTTTATTT 1399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145798 GCTCTTTGCTAGTTTCACAGGCGGTTCTCAAAAGGTTTCTCTTTTTATTT 145847 CU372909.5 1400 CTTTCTGGTCTGTGAGGGCAGGAATGCCAAACATTCCAGTCTATCAGCAA 1449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | CU372923.6 145848 CTTTCTGGTCTGTGAGGGCAGGAATGCCAAACATTCCAGTCTATCAGC-A 145896 CU372909.5 1450 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145897 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 145946 CU372909.5 1500 AACTACAAACTAGGCAGGAATTCAGCTGAGCTCATTCTGATGGAATCTCA 1549 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145947 AACTACAAACTAGGCAGGAATTCAGCTGAGCTCATTCTGATGGAATCTCA 145996 CU372909.5 1550 GAGCTAGAGAATCTCTTACCCATTAGAAAAGAACCAAGATCAATTCTCCA 1599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 145997 GAGCTAGAGAATCTCTTACCCATTAGAAAAGAACCAAGATCAATTCTCCA 146046 CU372909.5 1600 GCAAGGTTATGTCTCTTTCCCCCTTTCTGTCATATTTAACAGCAGTGTTT 1649 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 146047 GCAAGGTTATGTCTCTTTCCCCCTTTCTGTCATATTTAACAGCAGTGTTT 146096 CU372909.5 1650 TGAGACAAACAGTCAGCTTTAGGTATTGTGTAGGTACCCTTCATTCTCAA 1699 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 146097 TGAGACAAACAGTCAGCTTTAGGTATTGTGTAGGTACCCTTCATTCTCAA 146146 CU372909.5 1700 TGACTTTTTTTTTCCCTTTTCATTTCTCCACCGATCCCATAACTTCTATT 1749 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 146147 TGACTTTTTTTTTCCCTTTTCATTTCTCCACCGATCCCATAACTTCTATT 146196 CU372909.5 1750 TCTTTTTATACAATATTAAAATCCAAAAGCTCAGTGCCACCATCAGAATG 1799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 146197 TCTTTTTATACAATATTAAAATCCAAAAGCTCAGTGCCACCATCAGAATG 146246 CU372909.5 1800 ACTGATGAAAAGGATTTCAAGTTAAACCCAGTACTGCTTTCCATTAAGTT 1849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 146247 ACTGATGAAAAGGATTTCAAGTTAAACCCAGTACTGCTTTCCATTAAGTT 146296 CU372909.5 1850 AACTGGTTCACTGCTGTGAAGCCCAGAGGCCTATGCTGGGATTCTATCAC 1899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 146297 AACTGGTTCACTGCTGTGAAGCCCAGAGGCCTATGCTGGGATTCTATCAC 146346 CU372909.5 1900 ACCTTCAACCGAACTCTCAGACTCAGGGATAAAAGATGATGTTCTGCTTT 1949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 146347 ACCTTCAACCGAACTCTCAGACTCAGGGATAAAAGATGATGTTCTGCTTT 146396 CU372909.5 1950 GAAAAGTTTTCAACAGCCAGTAGATGAACCATAAAGTAATGAAGGGTTTA 1999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 146397 GAAAAGTTTTCAACAGCCAGTAGATGAACCATAAAGTAATGAAGGGTTTA 146446 CU372909.5 2000 A 2000 | CU372923.6 146447 A 146447
Compact alignment
skip 50 bps 100% identity alignment CU372909.5 51 AAAAAAAAAA-CCTATAAATTTGCAGAGCAGTAAAAGCTGTATCATATAC 99 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CU372923.6 144498 AAAAAAAAAAACCTATAAATTTGCAGAGCAGTAAAAGCTGTATCATATAC 144547 skip 1300 bps 100% identity alignment CU372909.5 1400 CTTTCTGGTCTGTGAGGGCAGGAATGCCAAACATTCCAGTCTATCAGCAA 1449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | CU372923.6 145848 CTTTCTGGTCTGTGAGGGCAGGAATGCCAAACATTCCAGTCTATCAGC-A 145896 skip 551 bps 100% identity alignment
