<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CU372909.5	1	GAATTCTTAAATGTGATAAAAAAAATGTTAGAGTTCACTTATTTTTAGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144448	GAATTCTTAAATGTGATAAAAAAAATGTTAGAGTTCACTTATTTTTAGAA	144497

CU372909.5	51	AAAAAAAAAA-CCTATAAATTTGCAGAGCAGTAAAAGCTGTATCATATAC	99
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144498	AAAAAAAAAAACCTATAAATTTGCAGAGCAGTAAAAGCTGTATCATATAC	144547

CU372909.5	100	CATAACATTATTTTATTTTTTTAAAGGCATTATCTAACATTATGCCACAG	149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144548	CATAACATTATTTTATTTTTTTAAAGGCATTATCTAACATTATGCCACAG	144597

CU372909.5	150	ACTGACCTGGAACTCACTACATAAACCTGGCTAGCCATAAAATCATGACA	199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144598	ACTGACCTGGAACTCACTACATAAACCTGGCTAGCCATAAAATCATGACA	144647

CU372909.5	200	ATCTTCCTTTCTTAGCCTGCCAAGTGATAGTATTACATATGTAAGAGATC	249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144648	ATCTTCCTTTCTTAGCCTGCCAAGTGATAGTATTACATATGTAAGAGATC	144697

CU372909.5	250	ATAACTGGCTACAGATTCTATGGAGCCAAAAACTAGACTTTTACATTATG	299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144698	ATAACTGGCTACAGATTCTATGGAGCCAAAAACTAGACTTTTACATTATG	144747

CU372909.5	300	TGCAGTAATGTGTTTGTGGGAAATACAATTATTTATACAGATATTTATTA	349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144748	TGCAGTAATGTGTTTGTGGGAAATACAATTATTTATACAGATATTTATTA	144797

CU372909.5	350	AATATACAAAAATATGAATGCTAATTTTATAAACATTGTATTTCTGTAAG	399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144798	AATATACAAAAATATGAATGCTAATTTTATAAACATTGTATTTCTGTAAG	144847

CU372909.5	400	CTGATGACATGACTGCTCCATGGCATAGTTAAGGGAAGGGTTTTTGTTGT	449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144848	CTGATGACATGACTGCTCCATGGCATAGTTAAGGGAAGGGTTTTTGTTGT	144897

CU372909.5	450	ATTTGTGAAAGAGAACAGCCAGATCTGTTAAGTGTCCAGAGTAGGGCAAG	499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144898	ATTTGTGAAAGAGAACAGCCAGATCTGTTAAGTGTCCAGAGTAGGGCAAG	144947

CU372909.5	500	AAAGAAGTATAATGAACATGACCAGCAGACTGAACATGCCCAGGCCTATC	549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144948	AAAGAAGTATAATGAACATGACCAGCAGACTGAACATGCCCAGGCCTATC	144997

CU372909.5	550	TGTGAGAGAGGGAAGAATAGCAGACAAGAGAGAATAGAGAAAACATGGTG	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144998	TGTGAGAGAGGGAAGAATAGCAGACAAGAGAGAATAGAGAAAACATGGTG	145047

CU372909.5	600	AGAGAAGCAAGAACAGTGCAGAGTGAGGAGGAGGGGAAGGAGTATGGGAA	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145048	AGAGAAGCAAGAACAGTGCAGAGTGAGGAGGAGGGGAAGGAGTATGGGAA	145097

CU372909.5	650	GGAAGAGGGAGGGGGTCAGAAACAGAAAGAGAGAAAGACAGCAAGAGCAT	699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145098	GGAAGAGGGAGGGGGTCAGAAACAGAAAGAGAGAAAGACAGCAAGAGCAT	145147

CU372909.5	700	AAAAGAGTAGTAGAGTTATAAGGAGCCTGTGTAGCTGTGGATAGGGAAGT	749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145148	AAAAGAGTAGTAGAGTTATAAGGAGCCTGTGTAGCTGTGGATAGGGAAGT	145197

CU372909.5	750	CCATTGAGCTAGAGGGAATTTAGAGCAGTAGTAGGGTGAGGACAGGAGGG	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145198	CCATTGAGCTAGAGGGAATTTAGAGCAGTAGTAGGGTGAGGACAGGAGGG	145247

CU372909.5	800	AGGCGGGGGATGCTAGAAGGGCTAAATACTAGCAAGGACTTTGGAATGTG	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145248	AGGCGGGGGATGCTAGAAGGGCTAAATACTAGCAAGGACTTTGGAATGTG	145297

CU372909.5	850	TACCAAGTACTTGTGATACTGAGGAAGCCTGGAGACCATCAGGAGCTTTG	899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145298	TACCAAGTACTTGTGATACTGAGGAAGCCTGGAGACCATCAGGAGCTTTG	145347

CU372909.5	900	ATATGCTAATAGGCACTACAGGTAGCCATGTGTCCCTCCTGACACATAGA	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145348	ATATGCTAATAGGCACTACAGGTAGCCATGTGTCCCTCCTGACACATAGA	145397

CU372909.5	950	GGTTACCTAAATGACTCCTTTTTGGTAGAGAGAGCCAGCTTCATTAGTTC	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145398	GGTTACCTAAATGACTCCTTTTTGGTAGAGAGAGCCAGCTTCATTAGTTC	145447

CU372909.5	1000	CTGAGGAATGCTGGCTTTTATCTAAGTACCAACAATCTACCTATAGTCCA	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145448	CTGAGGAATGCTGGCTTTTATCTAAGTACCAACAATCTACCTATAGTCCA	145497

CU372909.5	1050	GGTTGAGTTCATTTATTGATATGTGGACTACCTTGGGAGGTTTCTGTTAG	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145498	GGTTGAGTTCATTTATTGATATGTGGACTACCTTGGGAGGTTTCTGTTAG	145547

CU372909.5	1100	TGGGGTTTCCTTTGAACCTAATGTTAATACTAAGTATAATGTGCAATAGA	1149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145548	TGGGGTTTCCTTTGAACCTAATGTTAATACTAAGTATAATGTGCAATAGA	145597

CU372909.5	1150	AATGTGGTACTGCCGGTTTGACACAATGTCAATGCAAACTGCAGGTGGCA	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145598	AATGTGGTACTGCCGGTTTGACACAATGTCAATGCAAACTGCAGGTGGCA	145647

CU372909.5	1200	GATATATCTTTCCAGTGTGCTCCATTTTGAAGCTCCACATTTCCACGGGA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145648	GATATATCTTTCCAGTGTGCTCCATTTTGAAGCTCCACATTTCCACGGGA	145697

CU372909.5	1250	GAGAAAGTAACACCGTGATTTACTTTCTGATTTAGTGAATTATGCAATCC	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145698	GAGAAAGTAACACCGTGATTTACTTTCTGATTTAGTGAATTATGCAATCC	145747

CU372909.5	1300	ATTACTTTGAAATTCAAAAACAACCGTTTTATAGCACCAAGCACACAGTA	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145748	ATTACTTTGAAATTCAAAAACAACCGTTTTATAGCACCAAGCACACAGTA	145797

CU372909.5	1350	GCTCTTTGCTAGTTTCACAGGCGGTTCTCAAAAGGTTTCTCTTTTTATTT	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145798	GCTCTTTGCTAGTTTCACAGGCGGTTCTCAAAAGGTTTCTCTTTTTATTT	145847

CU372909.5	1400	CTTTCTGGTCTGTGAGGGCAGGAATGCCAAACATTCCAGTCTATCAGCAA	1449
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CU372923.6	145848	CTTTCTGGTCTGTGAGGGCAGGAATGCCAAACATTCCAGTCTATCAGC-A	145896

CU372909.5	1450	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145897	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	145946

CU372909.5	1500	AACTACAAACTAGGCAGGAATTCAGCTGAGCTCATTCTGATGGAATCTCA	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145947	AACTACAAACTAGGCAGGAATTCAGCTGAGCTCATTCTGATGGAATCTCA	145996

CU372909.5	1550	GAGCTAGAGAATCTCTTACCCATTAGAAAAGAACCAAGATCAATTCTCCA	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	145997	GAGCTAGAGAATCTCTTACCCATTAGAAAAGAACCAAGATCAATTCTCCA	146046

CU372909.5	1600	GCAAGGTTATGTCTCTTTCCCCCTTTCTGTCATATTTAACAGCAGTGTTT	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	146047	GCAAGGTTATGTCTCTTTCCCCCTTTCTGTCATATTTAACAGCAGTGTTT	146096

CU372909.5	1650	TGAGACAAACAGTCAGCTTTAGGTATTGTGTAGGTACCCTTCATTCTCAA	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	146097	TGAGACAAACAGTCAGCTTTAGGTATTGTGTAGGTACCCTTCATTCTCAA	146146

CU372909.5	1700	TGACTTTTTTTTTCCCTTTTCATTTCTCCACCGATCCCATAACTTCTATT	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	146147	TGACTTTTTTTTTCCCTTTTCATTTCTCCACCGATCCCATAACTTCTATT	146196

CU372909.5	1750	TCTTTTTATACAATATTAAAATCCAAAAGCTCAGTGCCACCATCAGAATG	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	146197	TCTTTTTATACAATATTAAAATCCAAAAGCTCAGTGCCACCATCAGAATG	146246

CU372909.5	1800	ACTGATGAAAAGGATTTCAAGTTAAACCCAGTACTGCTTTCCATTAAGTT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	146247	ACTGATGAAAAGGATTTCAAGTTAAACCCAGTACTGCTTTCCATTAAGTT	146296

CU372909.5	1850	AACTGGTTCACTGCTGTGAAGCCCAGAGGCCTATGCTGGGATTCTATCAC	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	146297	AACTGGTTCACTGCTGTGAAGCCCAGAGGCCTATGCTGGGATTCTATCAC	146346

CU372909.5	1900	ACCTTCAACCGAACTCTCAGACTCAGGGATAAAAGATGATGTTCTGCTTT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	146347	ACCTTCAACCGAACTCTCAGACTCAGGGATAAAAGATGATGTTCTGCTTT	146396

CU372909.5	1950	GAAAAGTTTTCAACAGCCAGTAGATGAACCATAAAGTAATGAAGGGTTTA	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	146397	GAAAAGTTTTCAACAGCCAGTAGATGAACCATAAAGTAATGAAGGGTTTA	146446

CU372909.5	2000	A	2000
			|
CU372923.6	146447	A	146447

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CU372909.5	51	AAAAAAAAAA-CCTATAAATTTGCAGAGCAGTAAAAGCTGTATCATATAC	99
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372923.6	144498	AAAAAAAAAAACCTATAAATTTGCAGAGCAGTAAAAGCTGTATCATATAC	144547

skip 1300 bps 100% identity alignment

CU372909.5	1400	CTTTCTGGTCTGTGAGGGCAGGAATGCCAAACATTCCAGTCTATCAGCAA	1449
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CU372923.6	145848	CTTTCTGGTCTGTGAGGGCAGGAATGCCAAACATTCCAGTCTATCAGC-A	145896

skip 551 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU372909.5 - 167151 bps
Hit
CU372923.6 - 146447 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link