<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU372910.8	1	GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTTCCTCATTTTTAATAGGGTTATTTGATTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	55953	GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTTCCTCATTTTTAATAGGGTTATTTGATTC	56002

CU372910.8	51	TCTGTAGTCTAACTTCTTGAGTTTTTTTTTATATATTGGATATTAGCCTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56003	TCTGTAGTCTAACTTCTTGAGTTTTTTTTTATATATTGGATATTAGCCTT	56052

CU372910.8	101	CTATTGGATGTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTATTGGTTGCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56053	CTATTGGATGTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTATTGGTTGCCA	56102

CU372910.8	151	TTTTGTCCTATTGACAGAGTCCTTTCTCAATAATATGCTTAAATAATATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56103	TTTTGTCCTATTGACAGAGTCCTTTCTCAATAATATGCTTAAATAATATG	56152

CU372910.8	201	ATTTGAAAATCATATTTCAAAATACCAGCAAGATTTTGCAGATTAATGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56153	ATTTGAAAATCATATTTCAAAATACCAGCAAGATTTTGCAGATTAATGAA	56202

CU372910.8	251	TATTGTGAACCAAAATTCCATCTGAAAGTGTGAAGAGAAGCAAATACAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56203	TATTGTGAACCAAAATTCCATCTGAAAGTGTGAAGAGAAGCAAATACAAA	56252

CU372910.8	301	AAAAAAAAAATTCAAGCATGTAGTGAGTAATTGTTTTGGAAAGGAGTTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56253	AAAAAAAAAATTCAAGCATGTAGTGAGTAATTGTTTTGGAAAGGAGTTCT	56302

CU372910.8	351	TACAACCTCCTAGGATGTAAGAAAATACAGTTGATGGAAACAGAAAATTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56303	TACAACCTCCTAGGATGTAAGAAAATACAGTTGATGGAAACAGAAAATTT	56352

CU372910.8	401	CAAGGAGATTAGTTATATATTGCAAGTATTTATAATCTGATAGTCCCATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56353	CAAGGAGATTAGTTATATATTGCAAGTATTTATAATCTGATAGTCCCATT	56402

CU372910.8	451	ATTATAAATAACAAGGACAAATAATATTTACAATGTTAAATCATGCTAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56403	ATTATAAATAACAAGGACAAATAATATTTACAATGTTAAATCATGCTAAG	56452

CU372910.8	501	ATAATTAGCTAACTTTTAAAATTATTTTAAATAGGATCCTAACCTCACTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56453	ATAATTAGCTAACTTTTAAAATTATTTTAAATAGGATCCTAACCTCACTT	56502

CU372910.8	551	CTCATTATAAAATTAATTTCCAGTGCTTTGTTATTACAAGTTCTAAAAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56503	CTCATTATAAAATTAATTTCCAGTGCTTTGTTATTACAAGTTCTAAAAAT	56552

CU372910.8	601	AGTTTAGTATTCATTTAATCTCCGAAAGAGCTAGTAGTTTATTTTGTTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56553	AGTTTAGTATTCATTTAATCTCCGAAAGAGCTAGTAGTTTATTTTGTTAA	56602

CU372910.8	651	AATCTATAAAGTTACATTCTAAAGCAAAAGAAAATGATGAACTAGAATGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56603	AATCTATAAAGTTACATTCTAAAGCAAAAGAAAATGATGAACTAGAATGA	56652

CU372910.8	701	AGAAAAATAGTGTGAACAAAGAGGATAAAGATAATAAAGAGAAAATATTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56653	AGAAAAATAGTGTGAACAAAGAGGATAAAGATAATAAAGAGAAAATATTC	56702

CU372910.8	751	ATAACACACATGGTAAGGTGATTTTTTTAATTTTTTCAAATATTCTTGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56703	ATAACACACATGGTAAGGTGATTTTTTTAATTTTTTCAAATATTCTTGCA	56752

CU372910.8	801	AGTCAAATCAGTTCTTTAATAGTTTGATGCATGCCTTAGTAAAGATGACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56753	AGTCAAATCAGTTCTTTAATAGTTTGATGCATGCCTTAGTAAAGATGACA	56802

CU372910.8	851	GTAGCAATCTTGATAAACTAATTGATGTTATTTAATAGATAGATGGGTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56803	GTAGCAATCTTGATAAACTAATTGATGTTATTTAATAGATAGATGGGTGG	56852

CU372910.8	901	TCATGAAATATTTTAAGCTTTGCAATTTTGTGAGGTCCTATTTGTCGATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56853	TCATGAAATATTTTAAGCTTTGCAATTTTGTGAGGTCCTATTTGTCGATT	56902

CU372910.8	951	CTTGATCTTACAGCACAGGCCATTGCTGTTCTGTTTAGGAATTTTTTCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56903	CTTGATCTTACAGCACAGGCCATTGCTGTTCTGTTTAGGAATTTTTTCCC	56952

CU372910.8	1001	TGTGCCCATATCTTCGAGACTTTTCCTCACACTTTCCTCTATAAATTTTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	56953	TGTGCCCATATCTTCGAGACTTTTCCTCACACTTTCCTCTATAAATTTTA	57002

CU372910.8	1051	GTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCTTTGATCCACTTAGACTTGAGTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57003	GTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCTTTGATCCACTTAGACTTGAGTTTT	57052

CU372910.8	1101	GTACAAGGAGATAAGAATGGATCAATTCACATTCTTCTACATGATAACTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57053	GTACAAGGAGATAAGAATGGATCAATTCACATTCTTCTACATGATAACTG	57102

CU372910.8	1151	CCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCACTGGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57103	CCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCACTGGA	57152

CU372910.8	1201	TGGTTTTAGCTCCCTTTTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57153	TGGTTTTAGCTCCCTTTTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTC	57202

CU372910.8	1251	ATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTGATCTACCTGTCTGCCGCTGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57203	ATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTGATCTACCTGTCTGCCGCTGAA	57252

CU372910.8	1301	CCAGTACCATGCATTTTTTTTTTTTTTATCACAACTGCTCTGTAGTAGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57253	CCAGTACCATGCATTTTTTTTTTTTTTATCACAACTGCTCTGTAGTAGTA	57302

CU372910.8	1351	CAGCTTGAGATCAGACATGATGATTTTCCCAGAGGTTTTTTTAATTGTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57303	CAGCTTGAGATCAGACATGATGATTTTCCCAGAGGTTTTTTTAATTGTTG	57352

CU372910.8	1401	AGACTAGTTTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAATTTGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57353	AGACTAGTTTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAATTTGCA	57402

CU372910.8	1451	AATTGCCCTTTCTAACTCAGTGAAGAATTGAGTTGGAATTTTGATGGGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57403	AATTGCCCTTTCTAACTCAGTGAAGAATTGAGTTGGAATTTTGATGGGGA	57452

CU372910.8	1501	TTGTATTATCTGTAGATTGCTTTAGGCAGGATAGCCACTTTGACTATATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57453	TTGTATTATCTGTAGATTGCTTTAGGCAGGATAGCCACTTTGACTATATT	57502

CU372910.8	1551	AATCCTGCAAATCCATGAGCATGGGAGATCTTCCCATCTTCTGAGATCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57503	AATCCTGCAAATCCATGAGCATGGGAGATCTTCCCATCTTCTGAGATCTT	57552

CU372910.8	1601	CTTCAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTATCATAGAGATCTTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57553	CTTCAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTATCATAGAGATCTTTC	57602

CU372910.8	1651	ACATCCTTAGTTAGAGTCACACTGAGGTATTTTATATTATTTGTGACTCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57603	ACATCCTTAGTTAGAGTCACACTGAGGTATTTTATATTATTTGTGACTCT	57652

CU372910.8	1701	TGTAAATGATGTTGTTTCCCTACTTTCTTTCTCAGCCCGTTTATCCTTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57653	TGTAAATGATGTTGTTTCCCTACTTTCTTTCTCAGCCCGTTTATCCTTTG	57702

CU372910.8	1751	TGTAGAGAAAGGCCATTGATTTGTTTGAGTTAATTTTGTATACAGCTACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57703	TGTAGAGAAAGGCCATTGATTTGTTTGAGTTAATTTTGTATACAGCTACT	57752

CU372910.8	1801	GCACTGAAGCTGTTTATCAGGTTTAGGAGTTTTCTGGTGGAATTTTTTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57753	GCACTGAAGCTGTTTATCAGGTTTAGGAGTTTTCTGGTGGAATTTTTTGG	57802

CU372910.8	1851	GGTCACTTATATATACTATCATATCAACTACAAATAGTGATATTTTGACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57803	GGTCACTTATATATACTATCATATCAACTACAAATAGTGATATTTTGACT	57852

CU372910.8	1901	CCACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTGGGGAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57853	CCACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTGGGGAAAA	57902

CU372910.8	1951	GCCTCGAAGTTATGGGCACAGGTGAAAAAATTCTTGAACAGAACAGCAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU372922.5	57903	GCCTCGAAGTTATGGGCACAGGTGAAAAAATTCTTGAACAGAACAGCAAT	57952

Overview

Query
CU372910.8 - 171547 bps
Hit
CU372922.5 - 57952 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link