<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU302417.1	1	ATCCTGATGTTTATCCATTGATTTGGGGTTGCAATGAAAACAGGCCTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	115653	ATCCTGATGTTTATCCATTGATTTGGGGTTGCAATGAAAACAGGCCTTTT	115702

CU302417.1	51	ATGCGAAGTTGGCTCAGAAACTCAGCAGCAGAAGTGCTAGCATGAGCAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	115703	ATGCGAAGTTGGCTCAGAAACTCAGCAGCAGAAGTGCTAGCATGAGCAGA	115752

CU302417.1	101	ACGAGAACCTATTTTTATAATGAGCTTGTTTAAAAGCAGGCATTATATGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	115753	ACGAGAACCTATTTTTATAATGAGCTTGTTTAAAAGCAGGCATTATATGG	115802

CU302417.1	151	CTCTCCAAGAAGACCAGACTCTTCGTGATTATTTGGTGCCTGCAGAAACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	115803	CTCTCCAAGAAGACCAGACTCTTCGTGATTATTTGGTGCCTGCAGAAACT	115852

CU302417.1	201	TCAGGCACTCCTTCTGTTGACTTTCTTGTCTTGGGTTTCTATGTGTAGCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	115853	TCAGGCACTCCTTCTGTTGACTTTCTTGTCTTGGGTTTCTATGTGTAGCT	115902

CU302417.1	251	TCTTAGCACATTAGTTATGAGACAATGCAAACGTGTTGAGCTGTTTGAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	115903	TCTTAGCACATTAGTTATGAGACAATGCAAACGTGTTGAGCTGTTTGAAC	115952

CU302417.1	301	TAGCCCATTTATTACAATGTCCAGAGCCCAAGGATTTGAAAACTATAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	115953	TAGCCCATTTATTACAATGTCCAGAGCCCAAGGATTTGAAAACTATAAAC	116002

CU302417.1	351	AAATCTGGACGAGTGATTAAAATGACAGTTTCTAAAAAAAATAAAAAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116003	AAATCTGGACGAGTGATTAAAATGACAGTTTCTAAAAAAAATAAAAAAAA	116052

CU302417.1	401	AGTCATGTATCAAGGCTAATCTTTATGACACACCCTTTGCTGCCTTGCGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116053	AGTCATGTATCAAGGCTAATCTTTATGACACACCCTTTGCTGCCTTGCGT	116102

CU302417.1	451	GGTTTAGTTGTTGGGCTGAAGCATTATGAATCAATACAAGCAAGGTTAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116103	GGTTTAGTTGTTGGGCTGAAGCATTATGAATCAATACAAGCAAGGTTAAA	116152

CU302417.1	501	CTAAGTACATCTCGCAAGATTTCTGAATATATATCTGAAGAGTTTAAGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116153	CTAAGTACATCTCGCAAGATTTCTGAATATATATCTGAAGAGTTTAAGGA	116202

CU302417.1	551	TGTATGGTTTTGGCTTATTTGGATGAAGATGGAAATGGAAAAGGGAGAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116203	TGTATGGTTTTGGCTTATTTGGATGAAGATGGAAATGGAAAAGGGAGAGA	116252

CU302417.1	601	GAGAGATGTTCTTAAAACAGTAACAAGAAAATAACTCCAAAACTTTAAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116253	GAGAGATGTTCTTAAAACAGTAACAAGAAAATAACTCCAAAACTTTAAAG	116302

CU302417.1	651	TTCTCAATCTGATTCAACTCCCATGTTTCCAGGATTTTCAGAGATACAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116303	TTCTCAATCTGATTCAACTCCCATGTTTCCAGGATTTTCAGAGATACAAA	116352

CU302417.1	701	TCCATAAACTTTAGAAAATGGTCCAGGGCAATCACAAGCACCAAGTAAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116353	TCCATAAACTTTAGAAAATGGTCCAGGGCAATCACAAGCACCAAGTAAGA	116402

CU302417.1	751	GTGCTCCTCTTGCAGTAAGCACTCAATTGATGGTGAGGCTGCTGCTTCTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116403	GTGCTCCTCTTGCAGTAAGCACTCAATTGATGGTGAGGCTGCTGCTTCTG	116452

CU302417.1	801	AAATGTCACAATGTATCAACCAATAATTTGTGCTTCTAATCCAAACTGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116453	AAATGTCACAATGTATCAACCAATAATTTGTGCTTCTAATCCAAACTGAG	116502

CU302417.1	851	GTCCCTCTCTCCTTGTACCACTGCAACCCCGCTAGATCGTAGAGGGAATT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116503	GTCCCTCTCTCCTTGTACCACTGCAACCCCGCTAGATCGTAGAGGGAATT	116552

CU302417.1	901	CCACTGGATAATTGCACACCAGCAGAGGACAGAACACCCAGAAATGATTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116553	CCACTGGATAATTGCACACCAGCAGAGGACAGAACACCCAGAAATGATTT	116602

CU302417.1	951	GAATATTTGACTTGCTGGCTAATTTGATCTCTTCTTGATAAACTCAAGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116603	GAATATTTGACTTGCTGGCTAATTTGATCTCTTCTTGATAAACTCAAGAA	116652

CU302417.1	1001	TAAAAAAAAATCGGTTCCTAAATATTTGACACTTTCTATCTACATGAATC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116653	TAAAAAAAAATCGGTTCCTAAATATTTGACACTTTCTATCTACATGAATC	116702

CU302417.1	1051	AAATAAACTGGGTAACAGCCAGCTATCAGTCCTTCAGGAGCATGTATTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116703	AAATAAACTGGGTAACAGCCAGCTATCAGTCCTTCAGGAGCATGTATTGA	116752

CU302417.1	1101	GTGCTTACTCTGTGCAGAGCATTGTCCTAAGTGCTTTTCATTTTACTTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116753	GTGCTTACTCTGTGCAGAGCATTGTCCTAAGTGCTTTTCATTTTACTTTA	116802

CU302417.1	1151	TGCTACATAGATCCAAGCTGATTAAAGTATTCTATAGCTGCTCTTTCTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116803	TGCTACATAGATCCAAGCTGATTAAAGTATTCTATAGCTGCTCTTTCTGT	116852

CU302417.1	1201	AATTGCTCCAAGATATGAAGAGCTTAAATGTAGGAGCTTTTTTCCTCTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116853	AATTGCTCCAAGATATGAAGAGCTTAAATGTAGGAGCTTTTTTCCTCTCC	116902

CU302417.1	1251	TTTTTCTCCAAAGATCTTTAGTTGAATTTAGTGCCATTGAATTTAGTAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116903	TTTTTCTCCAAAGATCTTTAGTTGAATTTAGTGCCATTGAATTTAGTAGT	116952

CU302417.1	1301	GGGTAGTGGATTTCAAAACAAAGCATGCAGTCAAAGCAGCATCAGTCATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	116953	GGGTAGTGGATTTCAAAACAAAGCATGCAGTCAAAGCAGCATCAGTCATG	117002

CU302417.1	1351	TCCTATGCCATGAAAAAAAAACCCAAATATAACCTATCTCAGAGGTTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117003	TCCTATGCCATGAAAAAAAAACCCAAATATAACCTATCTCAGAGGTTTTT	117052

CU302417.1	1401	CTGGCTTTCAGAGAACACCCATTAGTAGGGAATGAAAATGGACTGCCCGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117053	CTGGCTTTCAGAGAACACCCATTAGTAGGGAATGAAAATGGACTGCCCGT	117102

CU302417.1	1451	AGCAGCAGCCATCATCATTATTTATGGTCCAAAAATGATCGTTTTTCCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117103	AGCAGCAGCCATCATCATTATTTATGGTCCAAAAATGATCGTTTTTCCTA	117152

CU302417.1	1501	CTGGTGTCTTATTTTCATTCATTACTAATTTTCCTGGTTGCTTCCTTCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117153	CTGGTGTCTTATTTTCATTCATTACTAATTTTCCTGGTTGCTTCCTTCAT	117202

CU302417.1	1551	CCTTATCCTTACTGCCTCACCTGCCACTAAAAAATGGTAAACCATGGCAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117203	CCTTATCCTTACTGCCTCACCTGCCACTAAAAAATGGTAAACCATGGCAG	117252

CU302417.1	1601	GCCCCCTCCACCTAGACTGTAGGTTTGTTGTGGGCAGGGATTGTGTCTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117253	GCCCCCTCCACCTAGACTGTAGGTTTGTTGTGGGCAGGGATTGTGTCTGT	117302

CU302417.1	1651	TTATTGGGATTGTGTCTGTTTATTGTTATATTGTGCTCTCCCAAGCACTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117303	TTATTGGGATTGTGTCTGTTTATTGTTATATTGTGCTCTCCCAAGCACTT	117352

CU302417.1	1701	AGTACAGTGCTCTGCACACACTAAGCACTCAATAAATATGATTGAATGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117353	AGTACAGTGCTCTGCACACACTAAGCACTCAATAAATATGATTGAATGAA	117402

CU302417.1	1751	TGAATGAAACTGATAGCTTACTGTCTACAAAAATGGATGAAACACACTAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117403	TGAATGAAACTGATAGCTTACTGTCTACAAAAATGGATGAAACACACTAC	117452

CU302417.1	1801	TTAAACATATATGGACGCTTTCCCTCAGGGAAGACTGAGGCAGTGTCACG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117453	TTAAACATATATGGACGCTTTCCCTCAGGGAAGACTGAGGCAGTGTCACG	117502

CU302417.1	1851	GATCTCAGAGGCAACAACCATCTTCAAAAAGAAAGATGAAAGCTCAGACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117503	GATCTCAGAGGCAACAACCATCTTCAAAAAGAAAGATGAAAGCTCAGACT	117552

CU302417.1	1901	ACAGAAGCTAGAGATACATCTTACTCCTCAGTGGTGAGGCTGTACTAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117553	ACAGAAGCTAGAGATACATCTTACTCCTCAGTGGTGAGGCTGTACTAAAA	117602

CU302417.1	1951	AAAAAAATTGAGGAGTCCTGTTGTGTGCTTTTCCATCCAGCTACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU329673.1	117603	AAAAAAATTGAGGAGTCCTGTTGTGTGCTTTTCCATCCAGCTACAAGCTT	117652

Overview

Query
CU302417.1 - 102231 bps
Hit
CU329673.1 - 117652 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196320001200011156531176521
293.99217268508153481645567201
391.2316622733033332591646266891
491.051882577647076726-1646467201
588.89180270508153501860788761
688.421662577647076726-1861688741
795.621725050935342-113752140011
8901722487647676723113752140011
990.671572223303833259-113777140011
1093.191521917648076670-116953171431
1189.0816225150965346-123544237901
1296.653354186838668803127985284021
1395.2921925550915345-146630468841
1488.031602577647076726-149650499081
1591.4118925850875344-168310685651
1689.341622447648376726168319685621
1789.471492273303333259-168337685641
1890.0718226650815346170365706261
1990.271572273303333259170372705971
2092.311892497648176729-183389836351
2189.9217125250905341183392836391
2291.071612253303533259183392836151
2396.2123426450815344191601918641
2489.571532273303333259191608918371
2589.421712537647476726-191610918641
2691.2519226250855346197205974671
Short-link