<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU468292.3	1	TTAAAACTTCTTTTGTTCATCTGAATTTCATATAATTGGTTTTAAACCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122015	TTAAAACTTCTTTTGTTCATCTGAATTTCATATAATTGGTTTTAAACCAT	122064

CU468292.3	51	TGCAGATTGGTAAGGTATCCAAAGCTCTTGAGGTCAGTGAAATGATGAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122065	TGCAGATTGGTAAGGTATCCAAAGCTCTTGAGGTCAGTGAAATGATGAAA	122114

CU468292.3	101	TTGGCTGGCATAAAGCATAACATGAAGACATATTCCATATTGATGAATGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122115	TTGGCTGGCATAAAGCATAACATGAAGACATATTCCATATTGATGAATGG	122164

CU468292.3	151	ATTCATAAATTTGAAAGATTGGGCGAATGCTTTTGCAATTTTTGAGGATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122165	ATTCATAAATTTGAAAGATTGGGCGAATGCTTTTGCAATTTTTGAGGATG	122214

CU468292.3	201	TAATAAGAGATGGGTTGAAGCCAGATGTGGTACTTTATAATAACATAATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122215	TAATAAGAGATGGGTTGAAGCCAGATGTGGTACTTTATAATAACATAATC	122264

CU468292.3	251	AGAGCATTTTGTGGCATGGGTAACTTGGATCGCGCCCTACGTATTGTTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122265	AGAGCATTTTGTGGCATGGGTAACTTGGATCGCGCCCTACGTATTGTTGA	122314

CU468292.3	301	GGAAATGAAAAAGGAGAGGCATGTGCCAAACTCGCGGACATTTATGCCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122315	GGAAATGAAAAAGGAGAGGCATGTGCCAAACTCGCGGACATTTATGCCAA	122364

CU468292.3	351	TCATTCATGCTTTTGCAAAAGCTGGAGAAGTAAGAAGAGCACTTGACGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122365	TCATTCATGCTTTTGCAAAAGCTGGAGAAGTAAGAAGAGCACTTGACGTT	122414

CU468292.3	401	TTTGATATGATGAGGAGGAGTGGATGCATTCCAAGTGTTCACACTTTCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122415	TTTGATATGATGAGGAGGAGTGGATGCATTCCAAGTGTTCACACTTTCAA	122464

CU468292.3	451	TGCTTTAGTTCTTGGCCTTGTTGAGAAGCGTCAGGTAAATGACTGAACCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122465	TGCTTTAGTTCTTGGCCTTGTTGAGAAGCGTCAGGTAAATGACTGAACCA	122514

CU468292.3	501	TATATTTGTATTAGGCAGACTTAAAAGGAGCCTCACATTTTAGCTTCTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122515	TATATTTGTATTAGGCAGACTTAAAAGGAGCCTCACATTTTAGCTTCTGA	122564

CU468292.3	551	CCTATAATGTCAATTGCTATTGAAGCAGTGGACATGCATGTCAGCATGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122565	CCTATAATGTCAATTGCTATTGAAGCAGTGGACATGCATGTCAGCATGAT	122614

CU468292.3	601	CTACATAAAATCAAAAATTCCAAACTGAATCCAAATTGTTGATTATACAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122615	CTACATAAAATCAAAAATTCCAAACTGAATCCAAATTGTTGATTATACAG	122664

CU468292.3	651	GTAGACGCATATAATGGTTAACTAGCACTCCTGCCTGTAACAACACCCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122665	GTAGACGCATATAATGGTTAACTAGCACTCCTGCCTGTAACAACACCCCC	122714

CU468292.3	701	CCCCCCCCTCCCCAAACAAACGAAGAAATAAGAGAGGAAAAATGTTATCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122715	CCCCCCCCTCCCCAAACAAACGAAGAAATAAGAGAGGAAAAATGTTATCT	122764

CU468292.3	751	CCATTTGAGGATATTCTTTTATAGCTTGGGAAAATGTAGCAAACCAGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122765	CCATTTGAGGATATTCTTTTATAGCTTGGGAAAATGTAGCAAACCAGTGT	122814

CU468292.3	801	TATAGTTAGAAGGAAAAGGCTTCATCTATGCCATCTGGTAAAAGTTGGGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122815	TATAGTTAGAAGGAAAAGGCTTCATCTATGCCATCTGGTAAAAGTTGGGC	122864

CU468292.3	851	AAGAACCCTATTGGCATCTGCAATTTCTATCCAGAAATAATGTCGTGCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122865	AAGAACCCTATTGGCATCTGCAATTTCTATCCAGAAATAATGTCGTGCTT	122914

CU468292.3	901	ATGCAAATGCTTTTCCTTAGCTTCTTATTTGTTAACTTTATCTTTAACTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122915	ATGCAAATGCTTTTCCTTAGCTTCTTATTTGTTAACTTTATCTTTAACTT	122964

CU468292.3	951	GATACAGATGGAGAAGGCTGTACAAATTTTAGACGATATGTTGCTTGCCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	122965	GATACAGATGGAGAAGGCTGTACAAATTTTAGACGATATGTTGCTTGCCG	123014

CU468292.3	1001	GCGTTGGTCCAAATGAGTACACATATACAACGATTATGCATGGTTATGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123015	GCGTTGGTCCAAATGAGTACACATATACAACGATTATGCATGGTTATGCA	123064

CU468292.3	1051	TCTCTTGGTGATATTGAAAAAGCTTGTGAATATTTTTCAAAAATTAAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123065	TCTCTTGGTGATATTGAAAAAGCTTGTGAATATTTTTCAAAAATTAAAAA	123114

CU468292.3	1101	TGAGGGTTTAGAGCTCGACATATATACATATGAGGCGTTACTCAAGGCAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123115	TGAGGGTTTAGAGCTCGACATATATACATATGAGGCGTTACTCAAGGCAT	123164

CU468292.3	1151	GCTGTAAATCAGGCAGGATGCAAAGTGCTTTGACGGTGACAAAAGAAATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123165	GCTGTAAATCAGGCAGGATGCAAAGTGCTTTGACGGTGACAAAAGAAATG	123214

CU468292.3	1201	AGTGCCAAAAGCATCCCAAGGAATACCTTTGTTTATAACATATTAATTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123215	AGTGCCAAAAGCATCCCAAGGAATACCTTTGTTTATAACATATTAATTGA	123264

CU468292.3	1251	TGGGTATGGTTAGATTTACAGTTAATGTGTACCTGTTCATCATGCTGCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123265	TGGGTATGGTTAGATTTACAGTTAATGTGTACCTGTTCATCATGCTGCAT	123314

CU468292.3	1301	TTGTTAGGATCATAGCTTACATTTTATACTTTAATAAACCTAGGACCATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123315	TTGTTAGGATCATAGCTTACATTTTATACTTTAATAAACCTAGGACCATT	123364

CU468292.3	1351	ACTCAACGGAACAAAAACAGAAGGAAAGAACGCCGATTAGCATAATTTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123365	ACTCAACGGAACAAAAACAGAAGGAAAGAACGCCGATTAGCATAATTTAA	123414

CU468292.3	1401	ATTTCCACTTTCCCTACTCTCCAGAGGTTCCTTTGTTCATTCGCCTCTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123415	ATTTCCACTTTCCCTACTCTCCAGAGGTTCCTTTGTTCATTCGCCTCTCT	123464

CU468292.3	1451	TGTTACTAGACCATGATTCTCCTCCTTTCTTCTGTATTTCTTGTTGATAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123465	TGTTACTAGACCATGATTCTCCTCCTTTCTTCTGTATTTCTTGTTGATAC	123514

CU468292.3	1501	AGATGGGCTCGACGAGGTGATGTCTGGGAGGCTGCTGACCTGATGCAACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123515	AGATGGGCTCGACGAGGTGATGTCTGGGAGGCTGCTGACCTGATGCAACA	123564

CU468292.3	1551	GATGAGACAAGAAGGGGTTCCACCTGACATCCATACATTCACGTCATTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123565	GATGAGACAAGAAGGGGTTCCACCTGACATCCATACATTCACGTCATTCA	123614

CU468292.3	1601	TAAATGCTTGTTGTAAAGCTGGAGAAATGCAAGTATGTACTTGATGATAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123615	TAAATGCTTGTTGTAAAGCTGGAGAAATGCAAGTATGTACTTGATGATAG	123664

CU468292.3	1651	TTTTCTTAATGCCTGTGGTGAATATGTTGAAATCATTGGTTACTTCGTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123665	TTTTCTTAATGCCTGTGGTGAATATGTTGAAATCATTGGTTACTTCGTAT	123714

CU468292.3	1701	GCTTATCAATAGTTTCTTATTACGCATTTTAAAGTGGAGCAACTATTATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123715	GCTTATCAATAGTTTCTTATTACGCATTTTAAAGTGGAGCAACTATTATG	123764

CU468292.3	1751	CAGTGCAACAACTATTACTACTACGCCCAAGTTATTTGACATATATTTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123765	CAGTGCAACAACTATTACTACTACGCCCAAGTTATTTGACATATATTTCA	123814

CU468292.3	1801	TCCACATGACATTGAGTTAGCAACTTTATGGTCCTAATAATACTTGGCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123815	TCCACATGACATTGAGTTAGCAACTTTATGGTCCTAATAATACTTGGCCT	123864

CU468292.3	1851	GCAAGGTTTATTTGCATTCAGATGCTTTCAGGAATTTGATTTTAGTTGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123865	GCAAGGTTTATTTGCATTCAGATGCTTTCAGGAATTTGATTTTAGTTGCT	123914

CU468292.3	1901	TTTCGTTATCTTAATAGGTCTTTAAATCGTGTCTTTCCTTAGCAAACAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123915	TTTCGTTATCTTAATAGGTCTTTAAATCGTGTCTTTCCTTAGCAAACAAA	123964

CU468292.3	1951	ATTATGTACTGTTTTATCTTATTACAAGTAAAAACCAAAAGATTCTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU326358.5	123965	ATTATGTACTGTTTTATCTTATTACAAGTAAAAACCAAAAGATTCTGATC	124014

Overview

Query
CU468292.3 - 13809 bps
Hit
CU326358.5 - 124014 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194720001200011220151240141
Short-link