<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT030198.1	149672	AAGCTTGTAGTGGTATAGATATGGTTGTATATTTTCATCTTTTTCACTTT	149623
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100232	AAGCTTGTAGTGGTATAGATATGGTTGTATATTTTCATCTTTTTCACTTT	100281

C  CT030198.1	149622	TGGACTGTTCGGTGTTAGAGTGTTTAATTATCCGCATTCATGTTTACCCA	149573
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100282	TGGACTGTTCGGTGTTAGAGTGTTTAATTATCCGCATTCATGTTTACCCA	100331

C  CT030198.1	149572	CATTTATTTATCCACATTCTCCTGAAATTGCTTTTGACCTTCCCTGTCCA	149523
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100332	CATTTATTTATCCACATTCTCCTGAAATTGCTTTTGACCTTCCCTGTCCA	100381

C  CT030198.1	149522	ATTCCTGGGTAGCTGCTTGTATTTCACAGAACATTCCAGAGACTCTTCCT	149473
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100382	ATTCCTGGGTAGCTGCTTGTATTTCACAGAACATTCCAGAGACTCTTCCT	100431

C  CT030198.1	149472	CATCCTTCATAATCCTAGCTGGCTTCCAGGAGGTTAAGTGGTTGGATTAG	149423
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100432	CATCCTTCATAATCCTAGCTGGCTTCCAGGAGGTTAAGTGGTTGGATTAG	100481

C  CT030198.1	149422	GGTTAGCTGTTCATGCTATTTTTTATTGGAGTGTTTTTTACTGTACTCTA	149373
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100482	GGTTAGCTGTTCATGCTATTTTTTATTGGAGTGTTTTTTACTGTACTCTA	100531

C  CT030198.1	149372	AAAATTACCACTTCTCTCCATTGTTATTGCTATTAACCTGCACCAAAAGT	149323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100532	AAAATTACCACTTCTCTCCATTGTTATTGCTATTAACCTGCACCAAAAGT	100581

C  CT030198.1	149322	GCAGATAATTAAGTATATATTTTCAAATATGTCCATGTCCTGTTAATCTC	149273
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100582	GCAGATAATTAAGTATATATTTTCAAATATGTCCATGTCCTGTTAATCTC	100631

C  CT030198.1	149272	CTTCAAATGCAGAAGTCCTAAGGACCTCAATGCTTATTTTCCTTGATAAA	149223
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100632	CTTCAAATGCAGAAGTCCTAAGGACCTCAATGCTTATTTTCCTTGATAAA	100681

C  CT030198.1	149222	TCAAGTTTTTAACTATAAAAAGTACTGTCAAGATAGACATGAAATAAAAC	149173
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100682	TCAAGTTTTTAACTATAAAAAGTACTGTCAAGATAGACATGAAATAAAAC	100731

C  CT030198.1	149172	TTTAAATGTTTACCAGAATGATCAATGCCCAGCCAGAAGATGTATTACAG	149123
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100732	TTTAAATGTTTACCAGAATGATCAATGCCCAGCCAGAAGATGTATTACAG	100781

C  CT030198.1	149122	TTCAATAGGAATATTTAACTTTAGATATATTTGTTCGATAGGTTGATGCC	149073
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100782	TTCAATAGGAATATTTAACTTTAGATATATTTGTTCGATAGGTTGATGCC	100831

C  CT030198.1	149072	TATTACATTTTCTGTAGCAGTGTTGGCAGATTGATAGCCAAATTGGAATT	149023
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100832	TATTACATTTTCTGTAGCAGTGTTGGCAGATTGATAGCCAAATTGGAATT	100881

C  CT030198.1	149022	GATTTAAATATACCAAATCGACCCTTTTATGTGTTAGATTTCATTTGTGG	148973
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100882	GATTTAAATATACCAAATCGACCCTTTTATGTGTTAGATTTCATTTGTGG	100931

C  CT030198.1	148972	TGAATGCTTTTCCAGTTTTCTCATTTAAAAAGCCTTGTTTGTGATTTCCC	148923
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100932	TGAATGCTTTTCCAGTTTTCTCATTTAAAAAGCCTTGTTTGTGATTTCCC	100981

C  CT030198.1	148922	AAAATTTTTTGACCCTCAAACATTTCTTAGTAGCCAGTCAAATCTGCACT	148873
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	100982	AAAATTTTTTGACCCTCAAACATTTCTTAGTAGCCAGTCAAATCTGCACT	101031

C  CT030198.1	148872	GGCCATGTTTACCTGCCGCCTACTGAAAGATGACTAGCTGTCCTGATTTC	148823
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101032	GGCCATGTTTACCTGCCGCCTACTGAAAGATGACTAGCTGTCCTGATTTC	101081

C  CT030198.1	148822	AGTAAGGCAGTTCTAGAATTGTAAATATCTCCTGCTGCCTGTTTTAGCTT	148773
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101082	AGTAAGGCAGTTCTAGAATTGTAAATATCTCCTGCTGCCTGTTTTAGCTT	101131

C  CT030198.1	148772	TACAGGAACTTCTTATCCACCGCCCCCACCCCTCAACTGTAAAACTTAGG	148723
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101132	TACAGGAACTTCTTATCCACCGCCCCCACCCCTCAACTGTAAAACTTAGG	101181

C  CT030198.1	148722	AGGGATACTGTCATCCATTTTAGAAGGGGGTGATGAGGAGAGGGGACTGC	148673
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101182	AGGGATACTGTCATCCATTTTAGAAGGGGGTGATGAGGAGAGGGGACTGC	101231

C  CT030198.1	148672	ATGCCCACACCAGCATAGTGTCCTCCCTTCTGAGAGGGTGAAAGAGGAGG	148623
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101232	ATGCCCACACCAGCATAGTGTCCTCCCTTCTGAGAGGGTGAAAGAGGAGG	101281

C  CT030198.1	148622	AGATAAGGGACAGTGATTGCGGCCTTATGAACCCAGTGGGCCGAGTCACA	148573
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101282	AGATAAGGGACAGTGATTGCGGCCTTATGAACCCAGTGGGCCGAGTCACA	101331

C  CT030198.1	148572	GGACTGTGCCCTACCAACTTGGCCCACAGAATCTGACTTGTCAGTTGCAC	148523
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101332	GGACTGTGCCCTACCAACTTGGCCCACAGAATCTGACTTGTCAGTTGCAC	101381

C  CT030198.1	148522	AGAAAACCAGGTTTTTGGGGTCCAGGTCACTCAAGACAACAAATCACTCA	148473
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101382	AGAAAACCAGGTTTTTGGGGTCCAGGTCACTCAAGACAACAAATCACTCA	101431

C  CT030198.1	148472	AGACAACAAACCTGCCCTGGATCTTCTGTGGCAGGACCCTTTCTTTTCCT	148423
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101432	AGACAACAAACCTGCCCTGGATCTTCTGTGGCAGGACCCTTTCTTTTCCT	101481

C  CT030198.1	148422	TCTGCCTGACTTTTTTGTTTCTGACCTTAGGCGCTTCTCCATTTTTCCTT	148373
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101482	TCTGCCTGACTTTTTTGTTTCTGACCTTAGGCGCTTCTCCATTTTTCCTT	101531

C  CT030198.1	148372	GCTTTTTTTCCCTCTTTCTCCACTCTCTTTCTCTATCCCTGCACCTTTTA	148323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101532	GCTTTTTTTCCCTCTTTCTCCACTCTCTTTCTCTATCCCTGCACCTTTTA	101581

C  CT030198.1	148322	CTCCCTGATGCTACCTTGGGTGACTAGGATTTTACTGTCTTTATTGTACT	148273
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101582	CTCCCTGATGCTACCTTGGGTGACTAGGATTTTACTGTCTTTATTGTACT	101631

C  CT030198.1	148272	CCCATGACTTCTGGCTCCATTATCACTTGTTTAATGTAACAAAGAAATAT	148223
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101632	CCCATGACTTCTGGCTCCATTATCACTTGTTTAATGTAACAAAGAAATAT	101681

C  CT030198.1	148222	TGTCTAAATTCATCACCTGTTATAATACTCTGCTACATTAGATTGTTAGC	148173
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101682	TGTCTAAATTCATCACCTGTTATAATACTCTGCTACATTAGATTGTTAGC	101731

C  CT030198.1	148172	TCTTTGAAGACAGGGAACATGTGTGTTATTGTTGTCACACTCTCCCAAGC	148123
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101732	TCTTTGAAGACAGGGAACATGTGTGTTATTGTTGTCACACTCTCCCAAGC	101781

C  CT030198.1	148122	GCTTAGTACAAGTGTCTAGCGCTCAGATGCTCAGTAAATGCTGTTGATTG	148073
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101782	GCTTAGTACAAGTGTCTAGCGCTCAGATGCTCAGTAAATGCTGTTGATTG	101831

C  CT030198.1	148072	AGGAAAGAACTTGTTTGAAGTAGATTTATATATACAGTTGATTTATTTGT	148023
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101832	AGGAAAGAACTTGTTTGAAGTAGATTTATATATACAGTTGATTTATTTGT	101881

C  CT030198.1	148022	AAATCCTTGCCACAGAAAAAATTGCACTCTCTCAAACAAATTCCCTTCTA	147973
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101882	AAATCCTTGCCACAGAAAAAATTGCACTCTCTCAAACAAATTCCCTTCTA	101931

C  CT030198.1	147972	GTATAATAATTGTGATATTTGTTAAATGGTATTTGAGAAACAGCGTGACC	147923
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101932	GTATAATAATTGTGATATTTGTTAAATGGTATTTGAGAAACAGCGTGACC	101981

C  CT030198.1	147922	TAGTGGAAAGAACATGGGCCTGGGAATCAAAAGGACCTGAATTCTAATCC	147873
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	101982	TAGTGGAAAGAACATGGGCCTGGGAATCAAAAGGACCTGAATTCTAATCC	102031

C  CT030198.1	147872	CAGCTCTGCCTTGTCTGCTGTAGGACCTTTGGACAAGTCACTTAACTTCT	147823
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	102032	CAGCTCTGCCTTGTCTGCTGTAGGACCTTTGGACAAGTCACTTAACTTCT	102081

C  CT030198.1	147822	CTGTGCCTCAGTAACCTCCTCTATAAAATGGGAATTAAGACTGTGAGCCC	147773
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	102082	CTGTGCCTCAGTAACCTCCTCTATAAAATGGGAATTAAGACTGTGAGCCC	102131

C  CT030198.1	147772	CACATAGGTCATAGACTCTGACCAACCTCATTAGCTTGTAGGAACCCCAG	147723
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	102132	CACATAGGTCATAGACTCTGACCAACCTCATTAGCTTGTAGGAACCCCAG	102181

C  CT030198.1	147722	CTCCTAGTACACTGTGTCTGTTGCATAGTAAGCACTGAACAAAATACCAT	147673
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU302417.1	102182	CTCCTAGTACACTGTGTCTGTTGCATAGTAAGCACTGAACAAAATACCAT	102231

Overview

Query
CT030198.1 - 149672 bps
Hit
CU302417.1 - 102231 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019602000147673149672-11002321022311
295.94236270813501507653461
386.27150262113216113477-1508153421
491.1416523153949541791508153171
595.8521124196954971941508153211
692.5318323910739109771508353231
788.3116124829534297811508653331
889.02169254892491771508953431
988.7615924827879281261508953461
1091.441592186990370120-1512253431
1190.521432082751627723-133033332431
1289.821552297281973047-133033332581
1389.8715623092321133033332591
1490.311552281074410971133033332591
1588.111442302953629765133033332591
1691.191602245395654179133033332591
1789.841602409696197200133033332681
1889.8117625794350-176472767261
1989.31642457280173045176484767261
2088.011542442953829781-176485767261
2190.521612321074610977-176495767261
2290.791582245395854181-176499767261
2388.941502289696397190-176501767261
2490.521442072751527721176516767261
2591.061542245092351146-176929771521
2692.42148207122011122217176930771401
2786.311422419695497194-195456956961
Short-link