<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104770.18	1	GCTGTGATCAACCCATTTTAATATTTTTAGTAAATATTAAATTACGGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	160616	GCTGTGATCAACCCATTTTAATATTTTTAGTAAATATTAAATTACGGAAA	160665

CU104770.18	51	GAGCAGTTTATTATTTTCATAGGTATATTTTATATGTTTTAAAAGTAACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	160666	GAGCAGTTTATTATTTTCATAGGTATATTTTATATGTTTTAAAAGTAACT	160715

CU104770.18	101	TTAAAGTAATTAGTAATCTGATTACCTTTTACATGAAGTAAGTAGTAATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	160716	TTAAAGTAATTAGTAATCTGATTACCTTTTACATGAAGTAAGTAGTAATG	160765

CU104770.18	151	AAATCAAATTTTCCAGGTAATTTTCCAGTAGTCAGTAACTTGTAATCTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	160766	AAATCAAATTTTCCAGGTAATTTTCCAGTAGTCAGTAACTTGTAATCTTA	160815

CU104770.18	201	CATTTTTAAAGTAACTTACCCAAAACTGGTATAGAAGTATGTGATTTCAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	160816	CATTTTTAAAGTAACTTACCCAAAACTGGTATAGAAGTATGTGATTTCAG	160865

CU104770.18	251	AAGCAGCCTCAGAGAAGCCACCACCAACAAACCCTTGCTGCAGTTAGCAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	160866	AAGCAGCCTCAGAGAAGCCACCACCAACAAACCCTTGCTGCAGTTAGCAT	160915

CU104770.18	301	GTAATGGCTGCGTTCCTCCCTATTTGCAAGTGTCTCCATTTGAAAATAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	160916	GTAATGGCTGCGTTCCTCCCTATTTGCAAGTGTCTCCATTTGAAAATAAC	160965

CU104770.18	351	ATACATGTAATATAATGCACTGCCCTTATTCAAATCAACAACGGATTTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	160966	ATACATGTAATATAATGCACTGCCCTTATTCAAATCAACAACGGATTTGT	161015

CU104770.18	401	TGGTAAGCTCATTTTAATTATCTAACAAATTAAATAATTGTGTAGGACAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161016	TGGTAAGCTCATTTTAATTATCTAACAAATTAAATAATTGTGTAGGACAC	161065

CU104770.18	451	TTAAGGGTCATGCAACACCATGAACATGTTGTCTCGCCTCTCAAAAATAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161066	TTAAGGGTCATGCAACACCATGAACATGTTGTCTCGCCTCTCAAAAATAC	161115

CU104770.18	501	ACAAATGAAAACTCTTGTTTTTTTTATGTTCAAACGTCGGCATTGCACGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161116	ACAAATGAAAACTCTTGTTTTTTTTATGTTCAAACGTCGGCATTGCACGA	161165

CU104770.18	551	AAGGTAGTTGATAGACCCCTTCAAATTTTCAGCTATGCTTGACATGGTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161166	AAGGTAGTTGATAGACCCCTTCAAATTTTCAGCTATGCTTGACATGGTTG	161215

CU104770.18	601	GGAATTCTGTTGGTCCGATGTGGGTGTCAAGAGTAGTCCAGACCATTTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161216	GGAATTCTGTTGGTCCGATGTGGGTGTCAAGAGTAGTCCAGACCATTTTT	161265

CU104770.18	651	ATAAACTGGAAAATAAGTGTATTTTGTATAGTCTGTGCCTGTGGGCTAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161266	ATAAACTGGAAAATAAGTGTATTTTGTATAGTCTGTGCCTGTGGGCTAAA	161315

CU104770.18	701	GTGTTTTCACATTTTGGGTGGTAAGAGGAGACCAGCCATAAGAGGAGGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161316	GTGTTTTCACATTTTGGGTGGTAAGAGGAGACCAGCCATAAGAGGAGGAC	161365

CU104770.18	751	TCAGACGGGTGGTGAATTTGATGCATCTTCATCGTCTGTGCTTTGCATTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161366	TCAGACGGGTGGTGAATTTGATGCATCTTCATCGTCTGTGCTTTGCATTG	161415

CU104770.18	801	ATTTTTCCTGCTTCATACACCTCCATCAATCTGTCTCACTCAATCTCTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161416	ATTTTTCCTGCTTCATACACCTCCATCAATCTGTCTCACTCAATCTCTTT	161465

CU104770.18	851	CTGTCATCCTTGTTAAAATTAATGTCTTACAGAAGTGCTTGTTTATCCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161466	CTGTCATCCTTGTTAAAATTAATGTCTTACAGAAGTGCTTGTTTATCCTG	161515

CU104770.18	901	CAGTCGTCCCATGCATGTTATTAATTTAGCTTCTATTTTCCGCCTTGTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161516	CAGTCGTCCCATGCATGTTATTAATTTAGCTTCTATTTTCCGCCTTGTTT	161565

CU104770.18	951	ACAACCAACCCGCCCCCATAACAAAGCCAATGTGTCTCGTTCTTTTTCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161566	ACAACCAACCCGCCCCCATAACAAAGCCAATGTGTCTCGTTCTTTTTCAC	161615

CU104770.18	1001	CTTCTTTTCGCCCCTGGACACAATTGTGCAGATGACAACCATTTTCTCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161616	CTTCTTTTCGCCCCTGGACACAATTGTGCAGATGACAACCATTTTCTCTA	161665

CU104770.18	1051	CCTTAATTAGACAACTGATGCCTCCCGCAGACACCCCCTCTGTTCCACTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161666	CCTTAATTAGACAACTGATGCCTCCCGCAGACACCCCCTCTGTTCCACTG	161715

CU104770.18	1101	TCACAACCATTGCCGCTAACATATATCACCTCATCCTCCTCCCTCCCAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161716	TCACAACCATTGCCGCTAACATATATCACCTCATCCTCCTCCCTCCCAGC	161765

CU104770.18	1151	AAGCCACAAAAATATGAAAAAAAAAGAAGTGTTTACCCATTTGGGTGCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161766	AAGCCACAAAAATATGAAAAAAAAAGAAGTGTTTACCCATTTGGGTGCAA	161815

CU104770.18	1201	GTTGCACATCATATCGTATTTTCTTAATATCTGTTTGTATCATTGTAATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161816	GTTGCACATCATATCGTATTTTCTTAATATCTGTTTGTATCATTGTAATG	161865

CU104770.18	1251	CTAATTCTTTAGCTCTTCCTGTCTGTCAGGAACTAATGTACCCAGCTCTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161866	CTAATTCTTTAGCTCTTCCTGTCTGTCAGGAACTAATGTACCCAGCTCTC	161915

CU104770.18	1301	TTAAAACACACAATCTCACTCATCCTTCTGCTCTGCAATGAGGTAGTCAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161916	TTAAAACACACAATCTCACTCATCCTTCTGCTCTGCAATGAGGTAGTCAA	161965

CU104770.18	1351	GACTTAGTTGTCACTTCTAATTCCTTCGATCTGCTGTCAGCGGCTCTGAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	161966	GACTTAGTTGTCACTTCTAATTCCTTCGATCTGCTGTCAGCGGCTCTGAA	162015

CU104770.18	1401	ATCTAATGCTGCTGATTTCATACCCTGGGAAAAGCCCCGCACAGCAAGCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162016	ATCTAATGCTGCTGATTTCATACCCTGGGAAAAGCCCCGCACAGCAAGCC	162065

CU104770.18	1451	GAGAGGAATAGGACTACCAGGAAGTTATCACAAGCATCTTAATTAAAGTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162066	GAGAGGAATAGGACTACCAGGAAGTTATCACAAGCATCTTAATTAAAGTC	162115

CU104770.18	1501	TTTCAGTGGCAGTAAGTGATAACAGCCGTGGTAACACGATCTTGAAATGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162116	TTTCAGTGGCAGTAAGTGATAACAGCCGTGGTAACACGATCTTGAAATGC	162165

CU104770.18	1551	ATAGGCACAGATTAATCAGACTTACAAGTTGTATATGTCTGATGCATCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162166	ATAGGCACAGATTAATCAGACTTACAAGTTGTATATGTCTGATGCATCAT	162215

CU104770.18	1601	TTTAACAATGATCTCTAGAAGTCATTAAAAGTAAATCCCACCATCTGAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162216	TTTAACAATGATCTCTAGAAGTCATTAAAAGTAAATCCCACCATCTGAGT	162265

CU104770.18	1651	CTGGCGGAAGAAACTTTCATATTTCTGTACCTCGCCCTTTGCACATTCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162266	CTGGCGGAAGAAACTTTCATATTTCTGTACCTCGCCCTTTGCACATTCAC	162315

CU104770.18	1701	AATTATCACATCTTCAGAAATCCTGTATTTAACCACTATATGGTTACCAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162316	AATTATCACATCTTCAGAAATCCTGTATTTAACCACTATATGGTTACCAC	162365

CU104770.18	1751	AGCTGTTTTATTTTGCGAACTTACATTTGATGTTCGTAGTCGAGCAGCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162366	AGCTGTTTTATTTTGCGAACTTACATTTGATGTTCGTAGTCGAGCAGCTG	162415

CU104770.18	1801	CACAATTATCCCCGTTTTAATTATCTGCGCCTGCAATATATTATCTCTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162416	CACAATTATCCCCGTTTTAATTATCTGCGCCTGCAATATATTATCTCTTC	162465

CU104770.18	1851	TGTGCAAAGAAGCATTGACTGAAACATTAGTCACTCTCATGCATGTTTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162466	TGTGCAAAGAAGCATTGACTGAAACATTAGTCACTCTCATGCATGTTTGG	162515

CU104770.18	1901	AATCATAATGTTCACCGTCTTATAAAACACTTGCCAATTATGTCATGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162516	AATCATAATGTTCACCGTCTTATAAAACACTTGCCAATTATGTCATGAAA	162565

CU104770.18	1951	AGCCATTAGCGAAGTGCACCTCTTTCATTTTTTTTTTTCCGGTGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302308.6	162566	AGCCATTAGCGAAGTGCACCTCTTTCATTTTTTTTTTTCCGGTGAAGCTT	162615

Overview

Query
CU104770.18 - 90084 bps
Hit
CU302308.6 - 162615 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195120001200011606161626151
292.08721007789577994-13694691
388.09741242681426937-1198821131
491.622603634443444796-1920695751
586.691382426981870059112314125611
687.361522604444444703120560208201
778.2612414454844788120873211061
880.34852318181482044120873211061
984.13621268669486819120980211051
1078.2612414454844788-123218234511
1180.34852318181482044-123218234511
1284.13621268669486819-123219233441
1387.361522604444444703-123504237641
1482.89861864291343098-132926331121
1584.66921798664686824147385475601
1682.426917257365907-149843500241
1789.951372035818458386-150313505111
1890.48412953035431-150389505131
1992.861652102336123570153672538811
2088.41881382202022157-172525726621
2178.82652871856418850-174797750841
2283.711222605812758386-182065823281
2392.522363228725687577-11150851154051
2486.5888158581175827411402301403931
2583.372214805707618611499321504181
Short-link