<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU302229.6	1	AAGCTTCTGTATTCTGCCTCGGCTGAACTTCTTGAAATGGTACTTTGTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74059	AAGCTTCTGTATTCTGCCTCGGCTGAACTTCTTGAAATGGTACTTTGTTT	74108

CU302229.6	51	CTTGGACAACCAAGATATTAGTAAATCTCCATAAGTAATTATGTAACCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74109	CTTGGACAACCAAGATATTAGTAAATCTCCATAAGTAATTATGTAACCAA	74158

CU302229.6	101	TTATTTACTTCCTATTGTTTGGACATGATGCCCAATCTGCATCACAATAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74159	TTATTTACTTCCTATTGTTTGGACATGATGCCCAATCTGCATCACAATAG	74208

CU302229.6	151	GCCCTCAACTGATTATCAACAGCACTTGTCATGAATATCCCTAAACCTGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74209	GCCCTCAACTGATTATCAACAGCACTTGTCATGAATATCCCTAAACCTGG	74258

CU302229.6	201	TGATTGTTTTATAGATCTAACCACTCTCATTGCTGCATCCATATGAAATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74259	TGATTGTTTTATAGATCTAACCACTCTCATTGCTGCATCCATATGAAATG	74308

CU302229.6	251	TCTTCGGACTATGCATGAATTGACTTAGAAGTTTCACTAAAAATGCAATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74309	TCTTCGGACTATGCATGAATTGACTTAGAAGTTTCACTAAAAATGCAATG	74358

CU302229.6	301	TTTGACCTTTTTATGGTAAGATAAAGTAATCTTCCAATCAGTTTCTGATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74359	TTTGACCTTTTTATGGTAAGATAAAGTAATCTTCCAATCAGTTTCTGATA	74408

CU302229.6	351	CACTCCAGGATCTTTCAACAATTTGTCATGTTTATCTGCAAGAGAAAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74409	CACTCCAGGATCTTTCAACAATTTGTCATGTTTATCTGCAAGAGAAAAAT	74458

CU302229.6	401	GTAGATCAAATTTTGTAATTGTAAGCCTTTTATTCAACTCAATAGGGGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74459	GTAGATCAAATTTTGTAATTGTAAGCCTTTTATTCAACTCAATAGGGGCT	74508

CU302229.6	451	CCAACAGGTTTCAAACTTGACAATCGCATGTCTGAAATTAGTTCAAGACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74509	CCAACAGGTTTCAAACTTGACAATCGCATGTCTGAAATTAGTTCAAGACA	74558

CU302229.6	501	ATACTTCCTATGATGCATAAGGATTCCAGTACTGTTCCTTGCAAATTCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74559	ATACTTCCTATGATGCATAAGGATTCCAGTACTGTTCCTTGCAAATTCAA	74608

CU302229.6	551	TCCCTAAGAAGTATCTCAACTCACCTAAATCTTTGATTTTGAAGCTGTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74609	TCCCTAAGAAGTATCTCAACTCACCTAAATCTTTGATTTTGAAGCTGTCT	74658

CU302229.6	601	TTGAGGACTCTTTTTGTCTCTAAAATCATCTTGTGATCATTACCTGTGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74659	TTGAGGACTCTTTTTGTCTCTAAAATCATCTTGTGATCATTACCTGTGAT	74708

CU302229.6	651	TAGCAGATCATCAACATAAACTAATAACACCACCAAACTATCTCTTTGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74709	TAGCAGATCATCAACATAAACTAATAACACCACCAAACTATCTCTTTGAT	74758

CU302229.6	701	GCTTTGTGAATAAAGAATAATCATGATGACTTTGTCTAAACCCTGAGTTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74759	GCTTTGTGAATAAAGAATAATCATGATGACTTTGTCTAAACCCTGAGTTG	74808

CU302229.6	751	ATTAATATTGTAGTCAATTTTATATTCCATTGCCTGCTGGCTTATTTAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74809	ATTAATATTGTAGTCAATTTTATATTCCATTGCCTGCTGGCTTATTTAAG	74858

CU302229.6	801	TCCATAAAGTGACTTTGTGAGCCTACACACTAACTCCTGCTCACTTTGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74859	TCCATAAAGTGACTTTGTGAGCCTACACACTAACTCCTGCTCACTTTGAT	74908

CU302229.6	851	GGACAAAACCCAAAGGCAAAATAAACTTCTTCATTCAAATCACGTTGAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74909	GGACAAAACCCAAAGGCAAAATAAACTTCTTCATTCAAATCACGTTGAAG	74958

CU302229.6	901	AAATGCATTGAAAACATCCATCTGATGAATTTTCCACTGCTTTGCAACAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	74959	AAATGCATTGAAAACATCCATCTGATGAATTTTCCACTGCTTTGCAACAG	75008

CU302229.6	951	CTAAGGGTATGACAATCCTCACATTTACCATCTTCACAACTGGTGAGAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75009	CTAAGGGTATGACAATCCTCACATTTACCATCTTCACAACTGGTGAGAAG	75058

CU302229.6	1001	GTCTCGTGATAGTCCAAACCTTCTTTTTGATTATAGCCCTTGGCTATTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75059	GTCTCGTGATAGTCCAAACCTTCTTTTTGATTATAGCCCTTGGCTATTAG	75108

CU302229.6	1051	CCGAGCTTTAAATCTATCAATATCTCCATCAGCCTTATATTTGATCTTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75109	CCGAGCTTTAAATCTATCAATATCTCCATCAGCCTTATATTTGATCTTGT	75158

CU302229.6	1101	ATACCCACTTGCATCCTATTGCTTTCTTGTCCTTAGGTAACTTAGTGATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75159	ATACCCACTTGCATCCTATTGCTTTCTTGTCCTTAGGTAACTTAGTGATC	75208

CU302229.6	1151	TCCCATGTGTGATTGTCCTCCAAAGCCTTTATCTCATGTCTCATGGATTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75209	TCCCATGTGTGATTGTCCTCCAAAGCCTTTATCTCATGTCTCATGGATTC	75258

CU302229.6	1201	AACCCATCTAAGATCATGAACTGCTTCTTGATAGGATGTAGGTTCCCTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75259	AACCCATCTAAGATCATGAACTGCTTCTTGATAGGATGTAGGTTCCCTTT	75308

CU302229.6	1251	CTTGAGAAAACTTATTGATAAAACTCTTGTAAGATGGTGCAATGCTGCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75309	CTTGAGAAAACTTATTGATAAAACTCTTGTAAGATGGTGCAATGCTGCAA	75358

CU302229.6	1301	TAATCCACAACATCTTGAATGGGATACAAACACTGTCCAGCTTTGCTATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75359	TAATCCACAACATCTTGAATGGGATACAAACACTGTCCAGCTTTGCTATT	75408

CU302229.6	1351	TTTTGTCAAAATATAATCTGCATGCCAAATAGGAGCCTTGGTTGGTCTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75409	TTTTGTCAAAATATAATCTGCATGCCAAATAGGAGCCTTGGTTGGTCTGT	75458

CU302229.6	1401	GTGATTTTCTGATGTTAACAACATCAGATGGTGTTACCTGTGAAGTATCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75459	GTGATTTTCTGATGTTAACAACATCAGATGGTGTTACCTGTGAAGTATCT	75508

CU302229.6	1451	CCAGAAAACATTGTGACTTCATTTTCAGACTTGTTATTTGAGGCTTCAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75509	CCAGAAAACATTGTGACTTCATTTTCAGACTTGTTATTTGAGGCTTCAGA	75558

CU302229.6	1501	AATAAGATTTTGATGTTGTGGTAGCTCGGTATCATTCATTTCATTCCTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75559	AATAAGATTTTGATGTTGTGGTAGCTCGGTATCATTCATTTCATTCCTTA	75608

CU302229.6	1551	AAATAACACAAGGTGTGAGTTCACAATCACCAATATTTAAGTATGAAAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75609	AAATAACACAAGGTGTGAGTTCACAATCACCAATATTTAAGTATGAAAAT	75658

CU302229.6	1601	ACAATCTCTGGATCATCTGCTTGACCAAGATATGATGACTGAAAAGGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75659	ACAATCTCTGGATCATCTGCTTGACCAAGATATGATGACTGAAAAGGAAA	75708

CU302229.6	1651	TTCTTGCTCATAAAAAATAACATCCCTGCTGACAAATAAAGTTTGTGATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75709	TTCTTGCTCATAAAAAATAACATCCCTGCTGACAAATAAAGTTTGTGATT	75758

CU302229.6	1701	CAATATCTAACATTTTATATCCCTTCTGACTCATAGCATATCCCAACAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75759	CAATATCTAACATTTTATATCCCTTCTGACTCATAGCATATCCCAACAAT	75808

CU302229.6	1751	ACAACTCATCTAGCTCTAGGCTCAAACTTATCACCTTTATTCAAGTTTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75809	ACAACTCATCTAGCTCTAGGCTCAAACTTATCACCTTTATTCAAGTTTGT	75858

CU302229.6	1801	AGCAAATCCAAGACAATCTATCACTCTAAGATGTGATAATAATAATTGTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75859	AGCAAATCCAAGACAATCTATCACTCTAAGATGTGATAATAATAATTGTC	75908

CU302229.6	1851	GATTATACATTATCTCAAATGGTGTGCTATCTTTCAGTGCAGACAAAGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75909	GATTATACATTATCTCAAATGGTGTGCTATCTTTCAGTGCAGACAAAGGA	75958

CU302229.6	1901	ATCCTGTTGATAATTTATGTAGCAGCTTCTATACAAACCCCCCAGAATCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	75959	ATCCTGTTGATAATTTATGTAGCAGCTTCTATACAAACCCCCCAGAATCT	76008

CU302229.6	1951	ATTTGGTAAGTGACCTTGAAACTTAATCGCTCTTGTTGTTTCCAGTAGGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU302230.4	76009	ATTTGGTAAGTGACCTTGAAACTTAATCGCTCTTGTTGTTTCCAGTAGGT	76058

Overview

Query
CU302229.6 - 153634 bps
Hit
CU302230.4 - 76058 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001930200012000174059760581
294.3431338981975823631189822861
391.541373195282459844101347654721
490.18172326751468441495181379364421
592.972151303284523875541573687621
694.35162521211495761516961664087621
781.936471778717397351618429101931
890.8279112321025931038241875299931
992.3118902700103817106516110263129281
1091.1911831708106614108321113351150421
1191.7912171699108568110266116076177791
1291.2535295064109965115028117777228191
1392.9111551639115043116681122802244361
1492.39331337117567118903126913282621
1592.9921453067118904121970128956319911
1683.793629208478385702-129177300831
1790.53807112094121965134058132739448171
1883.694561060125925126984153023540761
1983.616951538127301128838154422559711
2083.56327753152371153123-171491722321
Short-link