<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU459007.1	1	AGATATACAAATGGCCAACAAACATATAAAAAACATGTATATATGCGTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	117625	AGATATACAAATGGCCAACAAACATATAAAAAACATGTATATATGCGTAT	117674

CU459007.1	51	ATATACATATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	117675	ATATACATATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACCA	117724

CU459007.1	101	TGGAATACTTCAGTCATAAAAAGGAACAAAATAATGGCATTCGCAGCAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	117725	TGGAATACTTCAGTCATAAAAAGGAACAAAATAATGGCATTCGCAGCAAC	117774

CU459007.1	151	CTGGAGGCAGTTGGAGACCACTATTCTAAGTGAAATAACTCAGGAATGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	117775	CTGGAGGCAGTTGGAGACCACTATTCTAAGTGAAATAACTCAGGAATGGA	117824

CU459007.1	201	AAACCATCATCATATGTTCTCATAAGTGGGAGCTAAGCTATGAGGATGTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	117825	AAACCATCATCATATGTTCTCATAAGTGGGAGCTAAGCTATGAGGATGTA	117874

CU459007.1	251	AAGGCATAAGAAGGATATAATGGACTCTGGGGACCCAGGGGGAGCAATGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	117875	AAGGCATAAGAAGGATATAATGGACTCTGGGGACCCAGGGGGAGCAATGG	117924

CU459007.1	301	GAGGGGGTGAGGGATAAAAGACTACGCATTGGGTACAGTGTACACTGCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	117925	GAGGGGGTGAGGGATAAAAGACTACGCATTGGGTACAGTGTACACTGCTC	117974

CU459007.1	351	GGGTGATGGGTGTTCCAAAATCTCAAAAATCACCACTAAAGAACTTATGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	117975	GGGTGATGGGTGTTCCAAAATCTCAAAAATCACCACTAAAGAACTTATGC	118024

CU459007.1	401	ATGCAACCAAACACCACCTGTTCCCCCAAAACTACTGAAACTTAAAAATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118025	ATGCAACCAAACACCACCTGTTCCCCCAAAACTACTGAAACTTAAAAATA	118074

CU459007.1	451	AATAAATAGATAAAAATAAATTCACCACATTCAAAATGACAACCGCTGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118075	AATAAATAGATAAAAATAAATTCACCACATTCAAAATGACAACCGCTGAA	118124

CU459007.1	501	GCCCCAGTGGGCGCATGTTACAGGGTGCTCTTTTAGTTTCGGCCTTCCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118125	GCCCCAGTGGGCGCATGTTACAGGGTGCTCTTTTAGTTTCGGCCTTCCAT	118174

CU459007.1	551	AGGCAACTTGTGTGTATCAGCTCCATTAGACCCCTGCCTTCCTGCAAGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118175	AGGCAACTTGTGTGTATCAGCTCCATTAGACCCCTGCCTTCCTGCAAGGA	118224

CU459007.1	601	CAGACGGCTCTCTGTATCCCAGGGTTCTCGCCTTGGTGTACCGGAAGAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118225	CAGACGGCTCTCTGTATCCCAGGGTTCTCGCCTTGGTGTACCGGAAGAAC	118274

CU459007.1	651	CGGATCACATGAGGGCTTGGAGAATGAGTGCAAGGTTTGATTGAGTGGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118275	CGGATCACATGAGGGCTTGGAGAATGAGTGCAAGGTTTGATTGAGTGGAA	118324

CU459007.1	701	ACAGCTCTCAGCAGAAGGGCGATGGTTTTCTCCTGGAGTCGGGCCCCTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118325	ACAGCTCTCAGCAGAAGGGCGATGGTTTTCTCCTGGAGTCGGGCCCCTGG	118374

CU459007.1	751	CGGCCCGGGATCCTCTCTGACTGTCCCAGCCAAGCTCCATGTCGTTCTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118375	CGGCCCGGGATCCTCTCTGACTGTCCCAGCCAAGCTCCATGTCGTTCTGC	118424

CU459007.1	801	CAGTCGGTGGCCTGTGGTGTGCTGGTGCCCGTCCTTGCGTTCCTCTCGAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118425	CAGTCGGTGGCCTGTGGTGTGCTGGTGCCCGTCCTTGCGTTCCTCTCGAC	118474

CU459007.1	851	ATCCAGCCATCTGTGTGTTCCTGCACTGACGTGCTCCTCTCAGCCGCCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118475	ATCCAGCCATCTGTGTGTTCCTGCACTGACGTGCTCCTCTCAGCCGCCAG	118524

CU459007.1	901	TGTCTTCTTCTTCCGCTGATCTGCGGACGTCCAGCTGCTTGTGTGTCTGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118525	TGTCTTCTTCTTCCGCTGATCTGCGGACGTCCAGCTGCTTGTGTGTCTGC	118574

CU459007.1	951	CTGCTCAGGTCTCGGAGTTGTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118575	CTGCTCAGGTCTCGGAGTTGTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAAT	118624

CU459007.1	1001	TATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTTACAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118625	TATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTTACAT	118674

CU459007.1	1051	ATGTATACATGTGCCATGTTGGTGTGCTGCACCCATTATCTCGTCATTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118675	ATGTATACATGTGCCATGTTGGTGTGCTGCACCCATTATCTCGTCATTTA	118724

CU459007.1	1101	ACGTTAGGTATATCTCCTAAAGCTATCCCTCCCCACCCGCCACCCCACAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118725	ACGTTAGGTATATCTCCTAAAGCTATCCCTCCCCACCCGCCACCCCACAA	118774

CU459007.1	1151	CAGGCCCCGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118775	CAGGCCCCGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTG	118824

CU459007.1	1201	TTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTTCGTCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118825	TTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTTCGTCCT	118874

CU459007.1	1251	TGCAATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAATTTCATCCATGTCCCTAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118875	TGCAATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAATTTCATCCATGTCCCTAC	118924

CU459007.1	1301	AAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118925	AAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGT	118974

CU459007.1	1351	ATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATCGTTGGACATTTGGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	118975	ATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATCGTTGGACATTTGGCT	119024

CU459007.1	1401	TGGTTCCAAGTGTTTGCTATTGTGAATAGTGCCACAATATAGTTCAACCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119025	TGGTTCCAAGTGTTTGCTATTGTGAATAGTGCCACAATATAGTTCAACCA	119074

CU459007.1	1451	TTGTGGAAGTCAATGTGGTGATTCCTCAGGGATCTAGAACTAGAAATACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119075	TTGTGGAAGTCAATGTGGTGATTCCTCAGGGATCTAGAACTAGAAATACC	119124

CU459007.1	1501	ATATATTAATCACCTCAGTTAGTTATTATTTCTGTGTGCATGTGTGTGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119125	ATATATTAATCACCTCAGTTAGTTATTATTTCTGTGTGCATGTGTGTGTG	119174

CU459007.1	1551	CAGTGAAAATACTTAGGATCTACTCTCAGCTAATTTTAAGTGTACAATAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119175	CAGTGAAAATACTTAGGATCTACTCTCAGCTAATTTTAAGTGTACAATAC	119224

CU459007.1	1601	AGTATTGTTACCTATAGCTTTCATTCCATACATTAGCTTTCCAGAATTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119225	AGTATTGTTACCTATAGCTTTCATTCCATACATTAGCTTTCCAGAATTAT	119274

CU459007.1	1651	TCATTTCGGAGAATTGAAACTTTGTATCCTTTGACCAACATCTTATTTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119275	TCATTTCGGAGAATTGAAACTTTGTATCCTTTGACCAACATCTTATTTTT	119324

CU459007.1	1701	CCCATTTCCAGCCCCTGCTAACCACCATTCTACTCTCAGCTTCTATGAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119325	CCCATTTCCAGCCCCTGCTAACCACCATTCTACTCTCAGCTTCTATGAAT	119374

CU459007.1	1751	TTCACTATTTAGATTCCACAATTATGTGAGATTATAAGATATTTATCTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119375	TTCACTATTTAGATTCCACAATTATGTGAGATTATAAGATATTTATCTAT	119424

CU459007.1	1801	TAAGAGTTGGATTCATTTCACTTAGCATAATGTCATTTGGGTCCAATCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119425	TAAGAGTTGGATTCATTTCACTTAGCATAATGTCATTTGGGTCCAATCCT	119474

CU459007.1	1851	GCTATCACAAATGATCTGATTTTCTTCTTTTTCAAGACTGAATAAAACTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119475	GCTATCACAAATGATCTGATTTTCTTCTTTTTCAAGACTGAATAAAACTT	119524

CU459007.1	1901	TATATTTATTATACTATGTTATCTTAATCCATTCCTCCATCAATGGGCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119525	TATATTTATTATACTATGTTATCTTAATCCATTCCTCCATCAATGGGCAT	119574

CU459007.1	1951	TTATGTCATTTATTTACCTCGGCTATTGTGAATACTGGTGCAGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU234142.1	119575	TTATGTCATTTATTTACCTCGGCTATTGTGAATACTGGTGCAGTGAATTC	119624

Overview

Query
CU459007.1 - 148484 bps
Hit
CU234142.1 - 119624 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link