<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU576538.4	1	TTAAAAAGTTTAAAAATATTATTATCAAATTAAAAATATGATATGATATC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	142689	TTAAAAAGTTTAAAAATATTATTATCAAATTAAAAATATGATATGATATC	142738

CU576538.4	51	TTAGTAGGAGAGAAAAATGTATATTTTGAGTCTAAGTATATTTTTAAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	142739	TTAGTAGGAGAGAAAAATGTATATTTTGAGTCTAAGTATATTTTTAAAAA	142788

CU576538.4	101	ATAGCTAAAATTGGATGATATTGTAATCCTTAAACATATATAAAAAATAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	142789	ATAGCTAAAATTGGATGATATTGTAATCCTTAAACATATATAAAAAATAT	142838

CU576538.4	151	TAGTAGATAATTTCCCAAACATAAATGATTATCTGGAGAAATTACTCTAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	142839	TAGTAGATAATTTCCCAAACATAAATGATTATCTGGAGAAATTACTCTAC	142888

CU576538.4	201	TATATTCACCCCACCTACAAGTTAGTAAAGTGTGTGTACACTTTTTGTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	142889	TATATTCACCCCACCTACAAGTTAGTAAAGTGTGTGTACACTTTTTGTAA	142938

CU576538.4	251	CCAGAAGGAATAAAAAAGGCATTAATTTTATCACGATTCACAACCTAGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	142939	CCAGAAGGAATAAAAAAGGCATTAATTTTATCACGATTCACAACCTAGAA	142988

CU576538.4	301	TTTACAAATGAGAGAATCACATTAACGTACTATTTAAGATTTAATATTAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	142989	TTTACAAATGAGAGAATCACATTAACGTACTATTTAAGATTTAATATTAT	143038

CU576538.4	351	AATAGGAGTTTTCACTTTCAAAATATAACAGTAATCTTTTACCAAAATCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143039	AATAGGAGTTTTCACTTTCAAAATATAACAGTAATCTTTTACCAAAATCT	143088

CU576538.4	401	AATAAAAGAGGTTTAAAAAAATGGTAAAGCTATTTTCTCAAAACAAGGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143089	AATAAAAGAGGTTTAAAAAAATGGTAAAGCTATTTTCTCAAAACAAGGAA	143138

CU576538.4	451	GTAGCATTCTCCCTTGCTATTTATTCCATAAATTTCTCCTAAATTTTTGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143139	GTAGCATTCTCCCTTGCTATTTATTCCATAAATTTCTCCTAAATTTTTGC	143188

CU576538.4	501	ATTCCTCTATTCTCTTCTTTGAATAAAAATATAAAGGCATGTTAAATGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143189	ATTCCTCTATTCTCTTCTTTGAATAAAAATATAAAGGCATGTTAAATGAT	143238

CU576538.4	551	TTTTTCTCCTTCAAATACAATAATCAGTATTTTGTTCGACATTTATCCCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143239	TTTTTCTCCTTCAAATACAATAATCAGTATTTTGTTCGACATTTATCCCA	143288

CU576538.4	601	TAAATTTCTCCTATATTTTTGTCTTCTAATATTCTTTACTTCGAATAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143289	TAAATTTCTCCTATATTTTTGTCTTCTAATATTCTTTACTTCGAATAAAA	143338

CU576538.4	651	CAAAAGGCATGATAAATGTCTTTCTCTTCAAACATGATAGTCAATACTCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143339	CAAAAGGCATGATAAATGTCTTTCTCTTCAAACATGATAGTCAATACTCC	143388

CU576538.4	701	CTCCCTCGGAGTTGTTCGGATGGTAAGCACCCTCACTTTCAATTTGAATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143389	CTCCCTCGGAGTTGTTCGGATGGTAAGCACCCTCACTTTCAATTTGAATA	143438

CU576538.4	751	TTGCAAGTTTGAGTCACTGAGGAAGGAAAAGGGGTGGGAGTTCCTAGTGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143439	TTGCAAGTTTGAGTCACTGAGGAAGGAAAAGGGGTGGGAGTTCCTAGTGG	143488

CU576538.4	801	AGGGTGAAAAAAAATTATCTCCCTAATTAGCTGTCTATTTTTAAATTGAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143489	AGGGTGAAAAAAAATTATCTCCCTAATTAGCTGTCTATTTTTAAATTGAC	143538

CU576538.4	851	ACTATTTTACCCTACTAATTTATAAAGTCAAATGGATTAAAAATTTAAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143539	ACTATTTTACCCTACTAATTTATAAAGTCAAATGGATTAAAAATTTAAGA	143588

CU576538.4	901	TTTTCAATTCTTGATTTGTCAAAATATAATTAGGTATAACTAAAAAAGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143589	TTTTCAATTCTTGATTTGTCAAAATATAATTAGGTATAACTAAAAAAGTA	143638

CU576538.4	951	AAAATGAACAAATAATTAAGGATAGAGAAACTATTTTTCATGATACTTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143639	AAAATGAACAAATAATTAAGGATAGAGAAACTATTTTTCATGATACTTAT	143688

CU576538.4	1001	ATCATAAATTTCTCCTAGACTTTTGTCTTCCCTTACTCTCTCATTTGAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143689	ATCATAAATTTCTCCTAGACTTTTGTCTTCCCTTACTCTCTCATTTGAAT	143738

CU576538.4	1051	ATCTATTTAGAAATCCTGTTAAACATACCTTCATTTTCTCTTCTTTTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143739	ATCTATTTAGAAATCCTGTTAAACATACCTTCATTTTCTCTTCTTTTTTT	143788

CU576538.4	1101	TCAAGCTCCATTACATTATTAAATTCACTTCATTAAAAAAATTATTTATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143789	TCAAGCTCCATTACATTATTAAATTCACTTCATTAAAAAAATTATTTATG	143838

CU576538.4	1151	GGGAAAGATCCCCTCTAATGAAAAAGTATGTTCAGTGTTGTTCACTAACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143839	GGGAAAGATCCCCTCTAATGAAAAAGTATGTTCAGTGTTGTTCACTAACA	143888

CU576538.4	1201	TTGTTGATCTTTTGCCATATATCCATCTAAATCTTCTATGATTGAGATTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143889	TTGTTGATCTTTTGCCATATATCCATCTAAATCTTCTATGATTGAGATTC	143938

CU576538.4	1251	GGGTAAAATTTATCCGCATCGATGTTTAACCAATTCAATACATGCATGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143939	GGGTAAAATTTATCCGCATCGATGTTTAACCAATTCAATACATGCATGTC	143988

CU576538.4	1301	ATGTGTTTAAAAATATTGTTCATTTTATTTATCCTTAATTAATTAACACG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	143989	ATGTGTTTAAAAATATTGTTCATTTTATTTATCCTTAATTAATTAACACG	144038

CU576538.4	1351	TGTTTACTTCATTAAATCACATAATAATGAAAATTGAATTAGTTTGATGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144039	TGTTTACTTCATTAAATCACATAATAATGAAAATTGAATTAGTTTGATGT	144088

CU576538.4	1401	GAAGCATCCGATACAGGTGAGTTTTTTCCTTGAGATTTAGTCTTGTTCTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144089	GAAGCATCCGATACAGGTGAGTTTTTTCCTTGAGATTTAGTCTTGTTCTA	144138

CU576538.4	1451	TATAGTTAAAATTGATAAAATTATTATGGACATAAATAATGGAAAATTAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144139	TATAGTTAAAATTGATAAAATTATTATGGACATAAATAATGGAAAATTAC	144188

CU576538.4	1501	TTTAGCTAACGACAATTGTTTCTTCCCAATTCATTTCGTTGCTATTAAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144189	TTTAGCTAACGACAATTGTTTCTTCCCAATTCATTTCGTTGCTATTAAGA	144238

CU576538.4	1551	TACTGACAATAAAATGCGTGAGTTTGAAAATTGAGCTATCTAGCCGAGAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144239	TACTGACAATAAAATGCGTGAGTTTGAAAATTGAGCTATCTAGCCGAGAT	144288

CU576538.4	1601	AAGTTGGCCTTCGTCCCATCCTTACTAACTAAAAGTTTCTTTTACGTAGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144289	AAGTTGGCCTTCGTCCCATCCTTACTAACTAAAAGTTTCTTTTACGTAGG	144338

CU576538.4	1651	AAAAAATTGGGGGATGTCGCCCCACAACGGGAATTGTTGTAGTTGCTCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144339	AAAAAATTGGGGGATGTCGCCCCACAACGGGAATTGTTGTAGTTGCTCTT	144388

CU576538.4	1701	AAGTCGTTAGAGCAGACAATATGTCACACTCCGAGTCTACACCCTGAACG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144389	AAGTCGTTAGAGCAGACAATATGTCACACTCCGAGTCTACACCCTGAACG	144438

CU576538.4	1751	AAATTGACACTCGAAAATCATTGTTGGTTTCCAAGCAAACCCTTGGTCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144439	AAATTGACACTCGAAAATCATTGTTGGTTTCCAAGCAAACCCTTGGTCTG	144488

CU576538.4	1801	GCTCATTACTCAGCGGAAGACTTATTCAAGCAAAATGAATACTCATGATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144489	GCTCATTACTCAGCGGAAGACTTATTCAAGCAAAATGAATACTCATGATG	144538

CU576538.4	1851	CAAAATAACTTTAAAAACTTAATTTAAACTTGACTCTAATAATCGTTTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144539	CAAAATAACTTTAAAAACTTAATTTAAACTTGACTCTAATAATCGTTTGA	144588

CU576538.4	1901	GAATAATTTAACAAGTATTAGTTAGATGTCTCATGGACTCAAAACATTAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144589	GAATAATTTAACAAGTATTAGTTAGATGTCTCATGGACTCAAAACATTAC	144638

CU576538.4	1951	AACAACAGAGGAAATAATGATAGACTCGACCTGAACTATGTATAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU222537.4	144639	AACAACAGAGGAAATAATGATAGACTCGACCTGAACTATGTATAAAGCTT	144688

Overview

Query
CU576538.4 - 4139 bps
Hit
CU222537.4 - 144688 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100186420001200011426891446881
Short-link