<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU210933.11	1	TTTCAGAAACTTGAGAACATCAACTGTCTAGTACCATAGGAAGGAACGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174560	TTTCAGAAACTTGAGAACATCAACTGTCTAGTACCATAGGAAGGAACGTG	174609

CU210933.11	51	GCGTGTGATAGGATTCCTGCCTTTGCAGCTTTTATAGATGAGTACATGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174610	GCGTGTGATAGGATTCCTGCCTTTGCAGCTTTTATAGATGAGTACATGAA	174659

CU210933.11	101	GTCTCCTACAAATCAATGAGTGGGCTGGTCACAGGACTTTAATTTTGGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174660	GTCTCCTACAAATCAATGAGTGGGCTGGTCACAGGACTTTAATTTTGGAG	174709

CU210933.11	151	CAAGGATTCCAGTCTGTATTTTAAATGAACCCTGGAAGTAGAACTGATAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174710	CAAGGATTCCAGTCTGTATTTTAAATGAACCCTGGAAGTAGAACTGATAT	174759

CU210933.11	201	CATCAGGCATCTGGATGGAAAGGTAGGGTGGGCCTTGACATCAGGACTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174760	CATCAGGCATCTGGATGGAAAGGTAGGGTGGGCCTTGACATCAGGACTCA	174809

CU210933.11	251	AAGAAGCATGGGCACCGTCCTGCAGGGTTAAGCGTTACTTTTTTTTTTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174810	AAGAAGCATGGGCACCGTCCTGCAGGGTTAAGCGTTACTTTTTTTTTTTT	174859

CU210933.11	301	TTTTTTTTGGTTTGGTTAGTTTTCTTTTTGTTTTTTTCAGAGATGGGGGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174860	TTTTTTTTGGTTTGGTTAGTTTTCTTTTTGTTTTTTTCAGAGATGGGGGT	174909

CU210933.11	351	CTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGCCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174910	CTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGCCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTG	174959

CU210933.11	401	GCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	174960	GCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATCA	175009

CU210933.11	451	AAAGTGTGCGCCAGCAACGCCCTGCAAGTGTTACTCTCAGAAGAGCTGGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175010	AAAGTGTGCGCCAGCAACGCCCTGCAAGTGTTACTCTCAGAAGAGCTGGG	175059

CU210933.11	501	AAAGATAATGGGAGCTGATGGGGAAAGCCATAGGTTTGTGTTGTTTCGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175060	AAAGATAATGGGAGCTGATGGGGAAAGCCATAGGTTTGTGTTGTTTCGTG	175109

CU210933.11	551	CTGTTCTCAAATCTGCTTTTAGCTGAGGCTGCCCTTGAGCTTCAGCTCCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175110	CTGTTCTCAAATCTGCTTTTAGCTGAGGCTGCCCTTGAGCTTCAGCTCCC	175159

CU210933.11	601	ACTGCTTCTGCCTTCCTAGGCTAGGGCTGCAGTGTGCTTAAAATCTGGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175160	ACTGCTTCTGCCTTCCTAGGCTAGGGCTGCAGTGTGCTTAAAATCTGGAG	175209

CU210933.11	651	GCTTGAAAGCTTCCCTTGGCAAAGGCTTGTCACAGGTTGTGTGGAGAGCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175210	GCTTGAAAGCTTCCCTTGGCAAAGGCTTGTCACAGGTTGTGTGGAGAGCT	175259

CU210933.11	701	GCGTTCCGGGAAGGAGGGCTGGAGGGGGGACCTGGGCCTTCAATAGGTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175260	GCGTTCCGGGAAGGAGGGCTGGAGGGGGGACCTGGGCCTTCAATAGGTGG	175309

CU210933.11	751	GCTGGAAGGAAGAGTTGAGCTGCTGATCTCAGATGTGAAGAACTGGCACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175310	GCTGGAAGGAAGAGTTGAGCTGCTGATCTCAGATGTGAAGAACTGGCACA	175359

CU210933.11	801	CTGGTGTTAAATGAACTGGAAAGTGTACAGTCACAGGACAGCTACCAACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175360	CTGGTGTTAAATGAACTGGAAAGTGTACAGTCACAGGACAGCTACCAACA	175409

CU210933.11	851	GACTGAATTTCATAGAGAATGTTGGGAAACTAGGACTTGTGAGGCTGGCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175410	GACTGAATTTCATAGAGAATGTTGGGAAACTAGGACTTGTGAGGCTGGCT	175459

CU210933.11	901	GACTCTGATCTGTTTCATGATAGACCTTCCTTAGGTTGGGGATGATAGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175460	GACTCTGATCTGTTTCATGATAGACCTTCCTTAGGTTGGGGATGATAGAG	175509

CU210933.11	951	CACATGCTTAATAATTACTTTTGATTTGAATGGTGTTTCTCATAATCTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175510	CACATGCTTAATAATTACTTTTGATTTGAATGGTGTTTCTCATAATCTGT	175559

CU210933.11	1001	GAACGCATAGATTCTGAATTCATTGGCCTGCTCTATCACATTATCCAGAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175560	GAACGCATAGATTCTGAATTCATTGGCCTGCTCTATCACATTATCCAGAT	175609

CU210933.11	1051	GTTCCAGAGTCCGCCTTCTTCTCTCTTTTCTGGTGAATACATTGTATGTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175610	GTTCCAGAGTCCGCCTTCTTCTCTCTTTTCTGGTGAATACATTGTATGTT	175659

CU210933.11	1101	GCTGGGCACTAACCCTACATTTGATGCCACAGTCTGGCACTCCACCCTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175660	GCTGGGCACTAACCCTACATTTGATGCCACAGTCTGGCACTCCACCCTCC	175709

CU210933.11	1151	AAACTATCTCCTACCAACCATCTCCCCTTCTCAAAGCTCCCTCTAACCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175710	AAACTATCTCCTACCAACCATCTCCCCTTCTCAAAGCTCCCTCTAACCCT	175759

CU210933.11	1201	ACAAACACTGCTCCTCCCATTGGTAACCTGCCTTGGTGAGAAGATGTTCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175760	ACAAACACTGCTCCTCCCATTGGTAACCTGCCTTGGTGAGAAGATGTTCT	175809

CU210933.11	1251	GGCCTCCCTTGGTGCACAGTTGCGATGCCCCTTGCTGCTTTCAGGTAGTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175810	GGCCTCCCTTGGTGCACAGTTGCGATGCCCCTTGCTGCTTTCAGGTAGTA	175859

CU210933.11	1301	CCCTGGAGTGCTCTGTGATGACTGTATGCACTTACTTTACCTGCAAAAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175860	CCCTGGAGTGCTCTGTGATGACTGTATGCACTTACTTTACCTGCAAAAAG	175909

CU210933.11	1351	CTAGTCACAGTTTAAGCATATCCTGTCAAGGTTTTTCAAAGTCCCTCCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175910	CTAGTCACAGTTTAAGCATATCCTGTCAAGGTTTTTCAAAGTCCCTCCCA	175959

CU210933.11	1401	GTGCTAGATGTACAGTAACTCACCAGAGTGAATTCAGGGCCTCCTCTCCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	175960	GTGCTAGATGTACAGTAACTCACCAGAGTGAATTCAGGGCCTCCTCTCCT	176009

CU210933.11	1451	ACAGTGCTGTGCCACCAGCCTCGGCTGCTCTCTTCGTACTCCACAACTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176010	ACAGTGCTGTGCCACCAGCCTCGGCTGCTCTCTTCGTACTCCACAACTTG	176059

CU210933.11	1501	GGCCTCCCCAGGGAACGCTCCACCTTCAACCCCTGGTCGACCATTGGATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176060	GGCCTCCCCAGGGAACGCTCCACCTTCAACCCCTGGTCGACCATTGGATC	176109

CU210933.11	1551	TTAACTCCTCAAAGCTCAGTGCAGCCTGATCCTCACTGCCCTCTAAAAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176110	TTAACTCCTCAAAGCTCAGTGCAGCCTGATCCTCACTGCCCTCTAAAAGT	176159

CU210933.11	1601	CATCTACAAGCAGTCAGTTTTTCTTTCTGCATACCTTGTCCTCCTTGGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176160	CATCTACAAGCAGTCAGTTTTTCTTTCTGCATACCTTGTCCTCCTTGGAG	176209

CU210933.11	1651	TTTCCAGAATGTTCCTATGTCCTTCCTGGGCAACTGGAAGCCCAGCTGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176210	TTTCCAGAATGTTCCTATGTCCTTCCTGGGCAACTGGAAGCCCAGCTGGA	176259

CU210933.11	1701	GCTCACCTGGCAGGCTTATGCTCTTCCTTGTCAAGTCCCCTAAGTCAAGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176260	GCTCACCTGGCAGGCTTATGCTCTTCCTTGTCAAGTCCCCTAAGTCAAGC	176309

CU210933.11	1751	AGAGCTTGCTTCCTCTTCCGAGCTCCACCCACCACCCTTTGTTCCTCTAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176310	AGAGCTTGCTTCCTCTTCCGAGCTCCACCCACCACCCTTTGTTCCTCTAC	176359

CU210933.11	1801	TGCTTTCTTTATAGGCCCAAGGTCCATCTGTACCTATTTGCTTCTCTGGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176360	TGCTTTCTTTATAGGCCCAAGGTCCATCTGTACCTATTTGCTTCTCTGGG	176409

CU210933.11	1851	CTGATTGGAACTCCTTGAGGACTTGCTCTAGAGGTGCTGTGTGCAGCTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176410	CTGATTGGAACTCCTTGAGGACTTGCTCTAGAGGTGCTGTGTGCAGCTCA	176459

CU210933.11	1901	GGCTGCCTGTTGATTGTATGACTGATGCAGAAGTCAAGTACCAGAAGTCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176460	GGCTGCCTGTTGATTGTATGACTGATGCAGAAGTCAAGTACCAGAAGTCT	176509

CU210933.11	1951	GCTCTTCATACCAAGAAGTGTGCGCTGCTTTCTTGTGCCTCACAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210934.6	176510	GCTCTTCATACCAAGAAGTGTGCGCTGCTTTCTTGTGCCTCACAGAATTC	176559

Overview

Query
CU210933.11 - 176143 bps
Hit
CU210934.6 - 176559 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link