<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU234138.4	1	CAGCAGGCCCATTACCATAGCTACTGACAATAATTAGGAGTTCAAAGATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85582	CAGCAGGCCCATTACCATAGCTACTGACAATAATTAGGAGTTCAAAGATT	85631

CU234138.4	51	ATGTAAGACATAACATTATTTGTAGTTAAGATTAGGTCATGTATTATAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85632	ATGTAAGACATAACATTATTTGTAGTTAAGATTAGGTCATGTATTATAAG	85681

CU234138.4	101	AGATTCACAGAAAAGTAGTTTGGGTTTTCTGTGGCAATTCTACAATCACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85682	AGATTCACAGAAAAGTAGTTTGGGTTTTCTGTGGCAATTCTACAATCACA	85731

CU234138.4	151	AACTTTCAGATTTATTTTTCCTCTCCCATTTGTAGGACTGGCTTACATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85732	AACTTTCAGATTTATTTTTCCTCTCCCATTTGTAGGACTGGCTTACATGA	85781

CU234138.4	201	CAAAAAATTATGTTTCTAAATGCTTCTGTGCTCTAGCCATTATGTTTGTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85782	CAAAAAATTATGTTTCTAAATGCTTCTGTGCTCTAGCCATTATGTTTGTA	85831

CU234138.4	251	TCCTACACTGGAAGAAAGTAGATACCTCAAATGAATTGGTTCATTTTACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85832	TCCTACACTGGAAGAAAGTAGATACCTCAAATGAATTGGTTCATTTTACA	85881

CU234138.4	301	CAGCTTCTCTGCCTTCTATCCACTAACTTCTGTTTACCCCCAGAAAACAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85882	CAGCTTCTCTGCCTTCTATCCACTAACTTCTGTTTACCCCCAGAAAACAG	85931

CU234138.4	351	CAAAGTTAGGGAAAGTAGCTTTGTAGCTTGGGAACATGTTATCCCAAGGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85932	CAAAGTTAGGGAAAGTAGCTTTGTAGCTTGGGAACATGTTATCCCAAGGG	85981

CU234138.4	401	GCATCAACATTATTGAATAAGAGGTGGGAAAATAATATGTCAATAACTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	85982	GCATCAACATTATTGAATAAGAGGTGGGAAAATAATATGTCAATAACTTA	86031

CU234138.4	451	CAATCCTATTCACCGTGGCCGGCAAGGCTAGAGATAAAGGAGTAATGGGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86032	CAATCCTATTCACCGTGGCCGGCAAGGCTAGAGATAAAGGAGTAATGGGT	86081

CU234138.4	501	TAACTTTAGTCAAGCCTATTTCTTACGTTGCCTGCCTTTTGTTTGTTTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86082	TAACTTTAGTCAAGCCTATTTCTTACGTTGCCTGCCTTTTGTTTGTTTGT	86131

CU234138.4	551	TTTCTCATTGGACCTGAGAAAAAGTTTTATGCATATATTTTTGTGGTTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86132	TTTCTCATTGGACCTGAGAAAAAGTTTTATGCATATATTTTTGTGGTTTT	86181

CU234138.4	601	TGTTTTGTCAGACAGAATCTCACTATGCAGCGTAGGCTAGCCTGGAACTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86182	TGTTTTGTCAGACAGAATCTCACTATGCAGCGTAGGCTAGCCTGGAACTT	86231

CU234138.4	651	ATTACAGTCTTTTGAGTGTCTCACACTTGCTTATCTTTTGCATTTAATTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86232	ATTACAGTCTTTTGAGTGTCTCACACTTGCTTATCTTTTGCATTTAATTG	86281

CU234138.4	701	AAGTGGAAACTTCTAGTTCTTTGAAAAGTTAGTTATGCCAAATGGTATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86282	AAGTGGAAACTTCTAGTTCTTTGAAAAGTTAGTTATGCCAAATGGTATTT	86331

CU234138.4	751	TACTGGGGCACACAGGTGAAATGATGTCTTGCTAAAGCAAATGTGAAAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86332	TACTGGGGCACACAGGTGAAATGATGTCTTGCTAAAGCAAATGTGAAAGA	86381

CU234138.4	801	ATCTTTTCCTGAAGCAGACATAGGTGAAAGGATGTTTGGATATAGCAAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86382	ATCTTTTCCTGAAGCAGACATAGGTGAAAGGATGTTTGGATATAGCAAAC	86431

CU234138.4	851	ACATGAAAGGACCCAGGATGAACAAATATAAATATGACCTCACAGACAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86432	ACATGAAAGGACCCAGGATGAACAAATATAAATATGACCTCACAGACAAT	86481

CU234138.4	901	GGAGCACTGAGCTTTGGTTTGATTTGCTCCACCTCACTATTCTTCGCTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86482	GGAGCACTGAGCTTTGGTTTGATTTGCTCCACCTCACTATTCTTCGCTAA	86531

CU234138.4	951	AGACATGCATGTGTTGGTTTGCCTTACATATCATTGTGGAACTCAACTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86532	AGACATGCATGTGTTGGTTTGCCTTACATATCATTGTGGAACTCAACTTG	86581

CU234138.4	1001	TGATAACTCCAACATTGAGAGAAACTCACCCAAGAACTAACTGCTTTAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86582	TGATAACTCCAACATTGAGAGAAACTCACCCAAGAACTAACTGCTTTAGA	86631

CU234138.4	1051	AGTTCCTGCGGCAGTTGCTGCTCTGCAGCTTTGCCTCAGGCTGGTTGGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86632	AGTTCCTGCGGCAGTTGCTGCTCTGCAGCTTTGCCTCAGGCTGGTTGGCA	86681

CU234138.4	1101	AGCCTGGTAGTTTCTTCAGAATTGAATTACAGATGTCTGGTGTCTGCTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86682	AGCCTGGTAGTTTCTTCAGAATTGAATTACAGATGTCTGGTGTCTGCTTG	86731

CU234138.4	1151	CTGAAAGGACTGGATGGTAGCTGCTGGTTTGTGCCTGGGGTCTGTCTGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86732	CTGAAAGGACTGGATGGTAGCTGCTGGTTTGTGCCTGGGGTCTGTCTGCC	86781

CU234138.4	1201	TAGAGGGCTGGTCTGCGGCTGCTGAATCATATTTGATGTTTGCTATGGGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86782	TAGAGGGCTGGTCTGCGGCTGCTGAATCATATTTGATGTTTGCTATGGGA	86831

CU234138.4	1251	TTGAACTCACCCCCAAAGAACTATTGCTGAACAGGTCCACTTTCCCCATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86832	TTGAACTCACCCCCAAAGAACTATTGCTGAACAGGTCCACTTTCCCCATG	86881

CU234138.4	1301	TCCTAATAACTTCTCTCTTCCTCTGCTGGGTGGAAGGCTAGAGAAGAGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86882	TCCTAATAACTTCTCTCTTCCTCTGCTGGGTGGAAGGCTAGAGAAGAGTT	86931

CU234138.4	1351	GAACCCTTGTTATAAGTAGGTTGCAAAAAATTTATGCCTCCATTTACTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86932	GAACCCTTGTTATAAGTAGGTTGCAAAAAATTTATGCCTCCATTTACTGA	86981

CU234138.4	1401	GTTCTTTTACTTGGCACAGGTCTGTCATAGACAGACAACATGGTGTAGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	86982	GTTCTTTTACTTGGCACAGGTCTGTCATAGACAGACAACATGGTGTAGTT	87031

CU234138.4	1451	GGTAGGTAGATTCTGCTACTTATCTTTGAATACTGTCTGTGCTACTTTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87032	GGTAGGTAGATTCTGCTACTTATCTTTGAATACTGTCTGTGCTACTTTAT	87081

CU234138.4	1501	TCACCCACAGGCAACTAAACCTTGAATACCAAATTAAAATAATACTCTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87082	TCACCCACAGGCAACTAAACCTTGAATACCAAATTAAAATAATACTCTCT	87131

CU234138.4	1551	CTTACTATAAGACATTACTTTGGGCCTAGGCAGCTTTTAAAAATTGAAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87132	CTTACTATAAGACATTACTTTGGGCCTAGGCAGCTTTTAAAAATTGAAGT	87181

CU234138.4	1601	AATGAAGTAAAACATCCTGTTTTATGAGAACAATAAGAAACACTCAAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87182	AATGAAGTAAAACATCCTGTTTTATGAGAACAATAAGAAACACTCAAAAC	87231

CU234138.4	1651	ATATAGCCAGTGCATATTATTAACCAATAATAATGCAAATGCCTAAATTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87232	ATATAGCCAGTGCATATTATTAACCAATAATAATGCAAATGCCTAAATTC	87281

CU234138.4	1701	AGAAGAAAACAATAAAACCAAGAATGCTTCATT---TTCTTCTTCTTCTT	1747
			|||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
CU210926.7	87282	AGAAGAAAACAATAAAACCAAGAATGCTTCATTTTCTTCTTCTTCTTCTT	87331

CU234138.4	1748	CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCT	1797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87332	CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCT	87381

CU234138.4	1798	TCTTCTTCTCTCTTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCTTCTTCAAACATACGTG	1847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87382	TCTTCTTCTCTCTTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCTTCTTCAAACATACGTG	87431

CU234138.4	1848	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTACATGTGTGTGTGTGCTGAGGTT	1897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87432	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTACATGTGTGTGTGTGCTGAGGTT	87481

CU234138.4	1898	AGAGGTCAACAATAGGGTTACTTTATTTTGGGAAAGGGTCTTTCAGTGAG	1947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87482	AGAGGTCAACAATAGGGTTACTTTATTTTGGGAAAGGGTCTTTCAGTGAG	87531

CU234138.4	1948	CCTCAATCTCACAGATTGAGACAGACTGATTATCCAGCAAACCTCAGGAA	1997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU210926.7	87532	CCTCAATCTCACAGATTGAGACAGACTGATTATCCAGCAAACCTCAGGAA	87581

CU234138.4	1998	TTC	2000
			|||
CU210926.7	87582	TTC	87584

Compact alignment

skip 1700 bps 100% identity alignment

CU234138.4	1701	AGAAGAAAACAATAAAACCAAGAATGCTTCATT---TTCTTCTTCTTCTT	1747
			|||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
CU210926.7	87282	AGAAGAAAACAATAAAACCAAGAATGCTTCATTTTCTTCTTCTTCTTCTT	87331

skip 253 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU234138.4 - 92745 bps
Hit
CU210926.7 - 87584 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link