<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU372908.5	2000	GAATTCAGATAGCCATTGGGAAAATGTACATGTTGGTGAAGTCAAACATT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1	GAATTCAGATAGCCATTGGGAAAATGTACATGTTGGTGAAGTCAAACATT	50

C  CU372908.5	1950	GTACCCTGCTGGTGTTTTGTGAAGACTTTTAAATGATTTTTAAAGAAATC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	51	GTACCCTGCTGGTGTTTTGTGAAGACTTTTAAATGATTTTTAAAGAAATC	100

C  CU372908.5	1900	AAATTGAAACGTCTTTGGTAATTATACTTTAGAGAAGCGAGAAGGTTTTC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	101	AAATTGAAACGTCTTTGGTAATTATACTTTAGAGAAGCGAGAAGGTTTTC	150

C  CU372908.5	1850	GGGTTTCCTGCCAGTGCGAGCTGAAGAAAAGGGAACTCCAGGGACTCTTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	151	GGGTTTCCTGCCAGTGCGAGCTGAAGAAAAGGGAACTCCAGGGACTCTTT	200

C  CU372908.5	1800	GGACATTTCCTTTTGTGTCCCTGCTACTGGCTGTGCCTCAGGAAAAAGCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	201	GGACATTTCCTTTTGTGTCCCTGCTACTGGCTGTGCCTCAGGAAAAAGCA	250

C  CU372908.5	1750	AAGAGCTTCTGGCCAAGGAGGCAGCAACCGTGAGAAAGCTAAGCCACCTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	251	AAGAGCTTCTGGCCAAGGAGGCAGCAACCGTGAGAAAGCTAAGCCACCTT	300

C  CU372908.5	1700	CAGTGACCCACCAGCATCGTTCAAGCCCAACTTATCTTCCTGATTTCATG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	301	CAGTGACCCACCAGCATCGTTCAAGCCCAACTTATCTTCCTGATTTCATG	350

C  CU372908.5	1650	GAACTTGCAATCATATTTTGCATTTAACGGGCACATACTGCAACAACTTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	351	GAACTTGCAATCATATTTTGCATTTAACGGGCACATACTGCAACAACTTG	400

C  CU372908.5	1600	GGACTTGTTATCAAACTTACTTCTATACAAACTCCTCCACTCTACCAAAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	401	GGACTTGTTATCAAACTTACTTCTATACAAACTCCTCCACTCTACCAAAT	450

C  CU372908.5	1550	TTAAATACGATTGGTGAAACAAGCGTAGCTACAAATTTAACCTATCAAAG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	451	TTAAATACGATTGGTGAAACAAGCGTAGCTACAAATTTAACCTATCAAAG	500

C  CU372908.5	1500	CTGCAGAAGAAAACAGACATTGTTTTCTGTTCTGTTCTTTGAGCTAAACC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	501	CTGCAGAAGAAAACAGACATTGTTTTCTGTTCTGTTCTTTGAGCTAAACC	550

C  CU372908.5	1450	TTAATTTTAAATAGTCTGGAGTCAATTTAAAAATCTCAAAGTATAAGCAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	551	TTAATTTTAAATAGTCTGGAGTCAATTTAAAAATCTCAAAGTATAAGCAA	600

C  CU372908.5	1400	CAGAAACCAAAGTTACTCGGCATCATTAGAACCCAATTCTCCCTCTAGCT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	601	CAGAAACCAAAGTTACTCGGCATCATTAGAACCCAATTCTCCCTCTAGCT	650

C  CU372908.5	1350	AGTCCTGGATACACCATCACACTGGAAAGGCAAGATTCTGATCTAAAATT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	651	AGTCCTGGATACACCATCACACTGGAAAGGCAAGATTCTGATCTAAAATT	700

C  CU372908.5	1300	ACTTCTCATGATGGGGAGAGAGGACTTTAAGAAGGACATAGATAACTCCC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	701	ACTTCTCATGATGGGGAGAGAGGACTTTAAGAAGGACATAGATAACTCCC	750

C  CU372908.5	1250	TTAAAGAAATATAGGAGAACATGGGTAAACAGCTAGAAGCCCTTAAAGAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	751	TTAAAGAAATATAGGAGAACATGGGTAAACAGCTAGAAGCCCTTAAAGAG	800

C  CU372908.5	1200	GAAACACAAAAATCCCTTAAAGAATTACAGAAAAACACAACCAAACACAC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	801	GAAACACAAAAATCCCTTAAAGAATTACAGAAAAACACAACCAAACACAC	850

C  CU372908.5	1150	GAAGGAAATGAACAAAACAATCCAGGATCTAAAAATGAAAATAGAAAAAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	851	GAAGGAAATGAACAAAACAATCCAGGATCTAAAAATGAAAATAGAAAAAT	900

C  CU372908.5	1100	AAAGAAAGCACAAAGGGGAGACAACCCTGGAGTTAGAAAACCTAGGAAAG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	901	AAAGAAAGCACAAAGGGGAGACAACCCTGGAGTTAGAAAACCTAGGAAAG	950

C  CU372908.5	1050	AGATCAGGTGTCATAGATGCAAGCATCACCAACAGAATGCAAGAGATAGA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	951	AGATCAGGTGTCATAGATGCAAGCATCACCAACAGAATGCAAGAGATAGA	1000

C  CU372908.5	1000	AGAGAGAATCTCAGGTGCAGAAGATACCATAGAAAACATTGACACAACAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1001	AGAGAGAATCTCAGGTGCAGAAGATACCATAGAAAACATTGACACAACAG	1050

C  CU372908.5	950	TCAGAGACAATGCAAAATGCAAACAGCTCCTAACCCAAAACATCCAGGAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1051	TCAGAGACAATGCAAAATGCAAACAGCTCCTAACCCAAAACATCCAGGAA	1100

C  CU372908.5	900	ATCCAGGACACAATGAGAAGACTAAACCTAAGGATAATAAGTATAGAAGA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1101	ATCCAGGACACAATGAGAAGACTAAACCTAAGGATAATAAGTATAGAAGA	1150

C  CU372908.5	850	GAGGGAAGATTCCCAACTAAAAGAGCCAATAAGTATCTTCAATAAAATTA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1151	GAGGGAAGATTCCCAACTAAAAGAGCCAATAAGTATCTTCAATAAAATTA	1200

C  CU372908.5	800	TAGAAGAAAAGTTCTCTAATCTAAAGAAAGAGATGCCGATGAACATACAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1201	TAGAAGAAAAGTTCTCTAATCTAAAGAAAGAGATGCCGATGAACATACAA	1250

C  CU372908.5	750	GAAGCCTACAGAACTCCAAATAGATTGGTCCAGAAAAGAAGTTCCTCCTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1251	GAAGCCTACAGAACTCCAAATAGATTGGTCCAGAAAAGAAGTTCCTCCTG	1300

C  CU372908.5	700	TCACATAATAATTAAAACATTCAATGCATAAAACAAAGAAAGAATATTAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1301	TCACATAATAATTAAAACATTCAATGCATAAAACAAAGAAAGAATATTAA	1350

C  CU372908.5	650	AACTTGTAAGGGAAAAAGGTCAAGTAACAAATAAAGGCAGACCTTACAGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1351	AACTTGTAAGGGAAAAAGGTCAAGTAACAAATAAAGGCAGACCTTACAGA	1400

C  CU372908.5	600	AAAGAAAGAGCAAAATTAAGGATGTGGAAAGAAACAAATGATACACATAC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1401	AAAGAAAGAGCAAAATTAAGGATGTGGAAAGAAACAAATGATACACATAC	1450

C  CU372908.5	550	TGACCAATTCTGTGGAAAGACTGTGGGCCACAGGGTATTTGTGTTTCCAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1451	TGACCAATTCTGTGGAAAGACTGTGGGCCACAGGGTATTTGTGTTTCCAG	1500

C  CU372908.5	500	TACCATAGTGTTCTTGCATAATAAAATAAAGTGAAAATAAAAATAAAGTA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1501	TACCATAGTGTTCTTGCATAATAAAATAAAGTGAAAATAAAAATAAAGTA	1550

C  CU372908.5	450	AAAGTGTAAGCAAAGCTAGTTTACTCAAGCAAATGGCAAGTGTTCTCATG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1551	AAAGTGTAAGCAAAGCTAGTTTACTCAAGCAAATGGCAAGTGTTCTCATG	1600

C  CU372908.5	400	CAGTGGGGGCAGGAGAGTGGGGGAGGTAGAGGAGGAGAGGGAGAAGGAGA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1601	CAGTGGGGGCAGGAGAGTGGGGGAGGTAGAGGAGGAGAGGGAGAAGGAGA	1650

C  CU372908.5	350	AGATGAGAGAATATAGCAGTACAGCTTTGCCACAGATAACTTAAGGGCAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1651	AGATGAGAGAATATAGCAGTACAGCTTTGCCACAGATAACTTAAGGGCAA	1700

C  CU372908.5	300	AACAGTAACTTCTGGTATTTGCTATTTTCACTAATTATACATGCCTTTTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1701	AACAGTAACTTCTGGTATTTGCTATTTTCACTAATTATACATGCCTTTTT	1750

C  CU372908.5	250	GCCTGGGTTTTAAGAGGACAGAAAGGGTTGCCTGCGTTTCTGCCTTGGTG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1751	GCCTGGGTTTTAAGAGGACAGAAAGGGTTGCCTGCGTTTCTGCCTTGGTG	1800

C  CU372908.5	200	ATAAGTCCTTTATTTCTGAAACATGTCTGTTCTGAAAATCTAAACACTGC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1801	ATAAGTCCTTTATTTCTGAAACATGTCTGTTCTGAAAATCTAAACACTGC	1850

C  CU372908.5	150	TCATAAGTGACACCGTGTGAAGGTCTTCAAATGTTTAAAATGTTAAATCA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1851	TCATAAGTGACACCGTGTGAAGGTCTTCAAATGTTTAAAATGTTAAATCA	1900

C  CU372908.5	100	CATACAAACTAAATATCCTCTGCTTGAAATAAAAAATATGTATTAGATAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1901	CATACAAACTAAATATCCTCTGCTTGAAATAAAAAATATGTATTAGATAC	1950

C  CU372908.5	50	TTCTCTTACATTGTGATAAAATACTTTAACAAAGGAAACTTTAGGAAGAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU210924.3	1951	TTCTCTTACATTGTGATAAAATACTTTAACAAAGGAAACTTTAGGAAGAA	2000

Overview

Query
CU372908.5 - 77962 bps
Hit
CU210924.3 - 160228 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link