<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956402.15	1	AAGCTTGAATGACAGGCCACAATCCCATGACAGTTACTTGGGAAAAGAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	2894	AAGCTTGAATGACAGGCCACAATCCCATGACAGTTACTTGGGAAAAGAAT	2943

CR956402.15	51	AACTGTTGAAAAAAAACTATTGAAAAATAATAAAACAAAAGAATAAAAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	2944	AACTGTTGAAAAAAAACTATTGAAAAATAATAAAACAAAAGAATAAAAAT	2993

CR956402.15	101	TATCAGATCTTGAAGAAAGAAGAAGGCCCCCCCACACATAAAAAAAACAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	2994	TATCAGATCTTGAAGAAAGAAGAAGGCCCCCCCACACATAAAAAAAACAC	3043

CR956402.15	151	AGCTTTTATGTCTCTCTTCCGTCTCTTTCTTTCGGAACTGTTTAACTCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3044	AGCTTTTATGTCTCTCTTCCGTCTCTTTCTTTCGGAACTGTTTAACTCAA	3093

CR956402.15	201	GGTTTCACCACCGTCATCATCCTTCTCGTAGCTCCGGCAACAACCACCGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3094	GGTTTCACCACCGTCATCATCCTTCTCGTAGCTCCGGCAACAACCACCGA	3143

CR956402.15	251	TCCACCCTCCCCCACCTCTCTTCCTCTAACGCAGACTCAGAGTCTCATCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3144	TCCACCCTCCCCCACCTCTCTTCCTCTAACGCAGACTCAGAGTCTCATCC	3193

CR956402.15	301	TCTCTCACATTCATCCCTGCAGCTCTCTCTCTCACCATAGCCACACACAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3194	TCTCTCACATTCATCCCTGCAGCTCTCTCTCTCACCATAGCCACACACAC	3243

CR956402.15	351	TATATGATTTCTGCTTTCACTTTCTTTCACTCTTTTCTCTTCTTGTATAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3244	TATATGATTTCTGCTTTCACTTTCTTTCACTCTTTTCTCTTCTTGTATAT	3293

CR956402.15	401	CCTATCAACTCCTTCTTCGTGTTCTTCTTTCTTTTCTAGTAATTTTCTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3294	CCTATCAACTCCTTCTTCGTGTTCTTCTTTCTTTTCTAGTAATTTTCTTT	3343

CR956402.15	451	TTCTTTCATGCTTCTCTCTTTTCTTATTAATAACATCAGAATAAAGGACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3344	TTCTTTCATGCTTCTCTCTTTTCTTATTAATAACATCAGAATAAAGGACT	3393

CR956402.15	501	AAAAAAATAAGATGCTTAGAATCTTTGAACATTTTTTTGTTTTGTTTTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3394	AAAAAAATAAGATGCTTAGAATCTTTGAACATTTTTTTGTTTTGTTTTTG	3443

CR956402.15	551	TTTTTGTTTTGATTCTTAGAATCTTTGATGGAATACTAAGATACCCTTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3444	TTTTTGTTTTGATTCTTAGAATCTTTGATGGAATACTAAGATACCCTTTT	3493

CR956402.15	601	AAGGATTCAGATTCCTTTTTCATGATGGTAGCAAAAAATATTTTCTTTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3494	AAGGATTCAGATTCCTTTTTCATGATGGTAGCAAAAAATATTTTCTTTTT	3543

CR956402.15	651	GTTTCTCTCAGATTTCGATGCAACAGAAACCTGAAAAAGAGGAGGAAGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3544	GTTTCTCTCAGATTTCGATGCAACAGAAACCTGAAAAAGAGGAGGAAGGA	3593

CR956402.15	701	GCAGCGGACAGTATTGGTGGAGAAGAGAGGGACGGTGAGGGGGAGAGGAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3594	GCAGCGGACAGTATTGGTGGAGAAGAGAGGGACGGTGAGGGGGAGAGGAA	3643

CR956402.15	751	CAGAAAACGTGTTGATTTTATTTGAGTTTTTTTTCCTACACAATTGATGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3644	CAGAAAACGTGTTGATTTTATTTGAGTTTTTTTTCCTACACAATTGATGT	3693

CR956402.15	801	GTTTTGACAAAACTGCCCTCAATTAAGTGTTGAAATATCAAAATTACCAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3694	GTTTTGACAAAACTGCCCTCAATTAAGTGTTGAAATATCAAAATTACCAT	3743

CR956402.15	851	GCCAGCTAGAGGGTGTATAAGGTGGATTGCCGGCTATGGATGTCCACCTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3744	GCCAGCTAGAGGGTGTATAAGGTGGATTGCCGGCTATGGATGTCCACCTA	3793

CR956402.15	901	TCCGGACTCAAGTTACTTTGATGAGCTTTCACTCTTTTCACTTTTTTTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3794	TCCGGACTCAAGTTACTTTGATGAGCTTTCACTCTTTTCACTTTTTTTTT	3843

CR956402.15	951	TTTTGGTTTCATCTCTTAAATAGAAGAGTGAAAAGAGATTAACTACCATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3844	TTTTGGTTTCATCTCTTAAATAGAAGAGTGAAAAGAGATTAACTACCATA	3893

CR956402.15	1001	CATATATTCAACCAAATTAAAGTTAACTATTTCAGACGCAAATGGGGAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3894	CATATATTCAACCAAATTAAAGTTAACTATTTCAGACGCAAATGGGGAAA	3943

CR956402.15	1051	AGTGAGAAGAAAAAAAAAAGTACAAAATTATACCGTGCTAATAATCTGCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3944	AGTGAGAAGAAAAAAAAAAGTACAAAATTATACCGTGCTAATAATCTGCG	3993

CR956402.15	1101	TTACATGCAGGACTTGATAGTAGCTAAAATGAAATTCATCAAGCATTTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	3994	TTACATGCAGGACTTGATAGTAGCTAAAATGAAATTCATCAAGCATTTTT	4043

CR956402.15	1151	GTACTATTTTTTTCACATCAGTCTTTTTATACTGAAAGAGATTAATTACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4044	GTACTATTTTTTTCACATCAGTCTTTTTATACTGAAAGAGATTAATTACA	4093

CR956402.15	1201	AATATAATAAAATTTGGTTATATCAATTTTTTTCAATGCAAATAAAAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4094	AATATAATAAAATTTGGTTATATCAATTTTTTTCAATGCAAATAAAAAAT	4143

CR956402.15	1251	GCAACCGCCCAAAGCGTGGGTCTCAATCTAGCTAAACTTAAGTTTTACAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4144	GCAACCGCCCAAAGCGTGGGTCTCAATCTAGCTAAACTTAAGTTTTACAA	4193

CR956402.15	1301	AGTACAGTTTATCAGAGCGGCTCAACTCGAGCCACCTGCGCACTTATCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4194	AGTACAGTTTATCAGAGCGGCTCAACTCGAGCCACCTGCGCACTTATCAT	4243

CR956402.15	1351	TAAACCATGAGTCATAACCAACATAAACCAATAAAAATATGGTGTTATGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4244	TAAACCATGAGTCATAACCAACATAAACCAATAAAAATATGGTGTTATGA	4293

CR956402.15	1401	TCAACTAAACTCTTGAGTCTTGCCAACATTTGAATGTGATAGAAAAATTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4294	TCAACTAAACTCTTGAGTCTTGCCAACATTTGAATGTGATAGAAAAATTG	4343

CR956402.15	1451	TGAAACATCACTTATTGAACCGAACTATTAATAAAGGTAGCATCACCAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4344	TGAAACATCACTTATTGAACCGAACTATTAATAAAGGTAGCATCACCAAT	4393

CR956402.15	1501	GGGCTTCCTAAACTTTATCTATATTTAATATAAAATAGTTTTTTCTATAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4394	GGGCTTCCTAAACTTTATCTATATTTAATATAAAATAGTTTTTTCTATAA	4443

CR956402.15	1551	TTGCAATAGAAGCACCTTCATCAAAACCCAGAATTTGGTGAATACCAGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4444	TTGCAATAGAAGCACCTTCATCAAAACCCAGAATTTGGTGAATACCAGTG	4493

CR956402.15	1601	ATCTTGCAAACTTAGTTGCCGCCATGTTATATGTACAGTTAAGTCACATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4494	ATCTTGCAAACTTAGTTGCCGCCATGTTATATGTACAGTTAAGTCACATT	4543

CR956402.15	1651	AAATAGCAACAGAAATATCTCATCTTATGAAACAAAAAAGAGAAAGGACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4544	AAATAGCAACAGAAATATCTCATCTTATGAAACAAAAAAGAGAAAGGACA	4593

CR956402.15	1701	AAATAAATTCGAAAGTAACACGACAGACATAATTTACAAGAAAATTGTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4594	AAATAAATTCGAAAGTAACACGACAGACATAATTTACAAGAAAATTGTAA	4643

CR956402.15	1751	GTGACAGACATCAGTTTATACGAAATAGTTGGATATAGCAGACGATGTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4644	GTGACAGACATCAGTTTATACGAAATAGTTGGATATAGCAGACGATGTAA	4693

CR956402.15	1801	TCTACATGATACCATGGTCTCCAAATTAAACATGGAAAAATCAAACACGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4694	TCTACATGATACCATGGTCTCCAAATTAAACATGGAAAAATCAAACACGT	4743

CR956402.15	1851	GACGAAGAAATGTTGAAATATAGAAAATGAAACAAAATAGAAACGATATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4744	GACGAAGAAATGTTGAAATATAGAAAATGAAACAAAATAGAAACGATATT	4793

CR956402.15	1901	TCGGTAAGTTGCAGGAAAACAAATAAATCTTAAACATTCTATCTATAGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4794	TCGGTAAGTTGCAGGAAAACAAATAAATCTTAAACATTCTATCTATAGCT	4843

CR956402.15	1951	AGGGAAAGATTTCTCTTGGCAAAATTGTTGACACTTACTCCGATCTCTTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207414.5	4844	AGGGAAAGATTTCTCTTGGCAAAATTGTTGACACTTACTCCGATCTCTTG	4893

Overview

Query
CR956402.15 - 142361 bps
Hit
CU207414.5 - 4893 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link