<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2003 bps / non-identical: 300 bps

Full alignment

CR956366.24	1	AAGCTTGCAGGTGTTCTGCCGCATGCTGGTCTGATTTGCTGGAAGGAGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	34662	AAGCTTGCAGGTGTTCTGCCGCATGCTGGTCTGATTTGCTGGAAGGAGGC	34711

CR956366.24	51	CCGAGGAGGGGGTGGCGCTAGGAGGGGCCTGGCCGCCTTGGTGTTCCTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	34712	CCGAGGAGGGGGTGGCGCTAGGAGGGGCCTGGCCGCCTTGGTGTTCCTCA	34761

CR956366.24	101	AGCATCTTGGAGGGGGACAAGGAGCTGCTTGACAGGTGGCTGAGAGCTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	34762	AGCATCTTGGAGGGGGACAAGGAGCTGCTTGACAGGTGGCTGAGAGCTGT	34811

CR956366.24	151	AATGGGCACTCGGCAGAGGCTGGGCAGGTAGCAGGGACGGGAAACGGCCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	34812	AATGGGCACTCGGCAGAGGCTGGGCAGGTAGCAGGGACGGGAAACGGCCG	34861

CR956366.24	201	CCAGGGCTGAGGGAGCGTAATTAGCCCTGGAGAGCGGAGAGGCGGGAGCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	34862	CCAGGGCTGAGGGAGCGTAATTAGCCCTGGAGAGCGGAGAGGCGGGAGCC	34911

CR956366.24	251	CTGTTAGTGGGTGTGCCGAGTGTGCTTCAGGCCACGGGTGAGAACTGGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CU207400.5	34912	CTGTTAGTGGGTGTGCCGAGTGTGCTTCAGGCCACGGGTGAGAGCTGGGG	34961

CR956366.24	301	GCCTTTTGAAAGGCAGTGCTTTCCCAGGGGCCCCTGAGCCTAGCTGGGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	34962	GCCTTTTGAAAGGCAGTGCTTTCCCAGGGGCCCCTGAGCCTAGCTGGGTG	35011

CR956366.24	351	GCTCTGGCCTTGATCCTAGGGGTCCCAGGTGGACAGTTTGTGTTTGCCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35012	GCTCTGGCCTTGATCCTAGGGGTCCCAGGTGGACAGTTTGTGTTTGCCTG	35061

CR956366.24	401	GTTAGTTACGTGTCTATTTTGACCCGTTCGATACCTGACACATCCAGCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35062	GTTAGTTACGTGTCTATTTTGACCCGTTCGATACCTGACACATCCAGCCT	35111

CR956366.24	451	GGGATTCTGTTAGCATGAGGCTAAAGCATACAGGGATGGGTTATTTTTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35112	GGGATTCTGTTAGCATGAGGCTAAAGCATACAGGGATGGGTTATTTTTAA	35161

CR956366.24	501	AAACAAGTGAAAATGAGTTAGTTGATGTGGAGAGAAGCGTTGACCCAGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35162	AAACAAGTGAAAATGAGTTAGTTGATGTGGAGAGAAGCGTTGACCCAGTT	35211

CR956366.24	551	AGAGGAGAGTAGCAATCAGATGTGGCCAAATCGCTGTTGGTGGGACACGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35212	AGAGGAGAGTAGCAATCAGATGTGGCCAAATCGCTGTTGGTGGGACACGG	35261

CR956366.24	601	TGACAGGCGGTCGGGGACCACGGCGCCAAGGCCCTGCTGGCTTGTGCTAA	650
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35262	TGACAGGCGGTCGGGGGCCACGGCGCCAAGGCCCTGCTGGCTTGTGCTAA	35311

CR956366.24	651	CGATGATCTTGTGGGGGTGGGGTGGGAGCTCACGGCGACCCGGGAGACCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35312	CGATGATCTTGTGGGGGTGGGGTGGGAGCTCACGGCGACCCGGGAGACCA	35361

CR956366.24	701	CCTGAGATCCGGGCGTGGAGGCCAGGCTGGGGCAGCGGGGCGCTGGAGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35362	CCTGAGATCCGGGCGTGGAGGCCAGGCTGGGGCAGCGGGGCGCTGGAGTT	35411

CR956366.24	751	GGCAAAGGCGCCCCGGCTGCTGGGATGTCGGGGAAAGGTGGGGCGGGGGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35412	GGCAAAGGCGCCCCGGCTGCTGGGATGTCGGGGAAAGGTGGGGCGGGGGG	35461

CR956366.24	801	GGCGGCGTGGCTGGGCCGGTCTCTGCTGGGAGACTGGGGGGCTGGTGGTG	850
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35462	GGCGGCATGGCTGGGCCGGTCTCTGCTGGGAGACTGGGGGGCTGGTGGTG	35511

CR956366.24	851	CCGCCCCTGAGATGAGACCTGGGGAGAGTTACTCTCGGGGCGGGGCGGAG	900
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35512	CCGCCCCTGAGATGGGACCTGGGGAGAGTTACTCTCGGGGCGGGGCGGAG	35561

CR956366.24	901	GGGGGTTGTCTGCAATTTGAGGACATCCAGCAAGAGCCAGTGGTGAGGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35562	GGGGGTTGTCTGCAATTTGAGGACATCCAGCAAGAGCCAGTGGTGAGGAG	35611

CR956366.24	951	CTGGCTGGGGCCCCATGTCCGTCCACACTGCACCCCAGGGGCAAGGACTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35612	CTGGCTGGGGCCCCATGTCCGTCCACACTGCACCCCAGGGGCAAGGACTG	35661

CR956366.24	1001	AGGGTGAAGTTAGCCAGAGGCAGAACTCTGAGGAAGCAGCCCTGGGAAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35662	AGGGTGAAGTTAGCCAGAGGCAGAACTCTGAGGAAGCAGCCCTGGGAAGG	35711

CR956366.24	1051	GCCAGCCAGAGGCCAGGGGGACCTCAGGAAGCCGCAGAAGTGCTGGGGGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35712	GCCAGCCAGAGGCCAGGGGGACCTCAGGAAGCCGCAGAAGTGCTGGGGGC	35761

CR956366.24	1101	AGGTTGTACCCAAGCAGGGCTGCAGAAGCCGCCTGAGACGCCCACTGACG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35762	AGGTTGTACCCAAGCAGGGCTGCAGAAGCCGCCTGAGACGCCCACTGACG	35811

CR956366.24	1151	CTGGATACCCAGGTACAGAGCGAAGGATGTTTTAGCATCAGTGTCTGTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35812	CTGGATACCCAGGTACAGAGCGAAGGATGTTTTAGCATCAGTGTCTGTTT	35861

CR956366.24	1201	CAGTATCAGTGTCTCAACTATTGCACGGAGCAGCGTAGGAGTTGGGGAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35862	CAGTATCAGTGTCTCAACTATTGCACGGAGCAGCGTAGGAGTTGGGGAAG	35911

CR956366.24	1251	GCAGACAAAACCGGAGGGCTAGAGAGAGTATGTTTTATAGCTTAATTATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35912	GCAGACAAAACCGGAGGGCTAGAGAGAGTATGTTTTATAGCTTAATTATT	35961

CR956366.24	1301	ATTTTTATGTAAGTTCTTTCATGCCGTACACAGAGGGAAAAAAATGAATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35962	ATTTTTATGTAAGTTCTTTCATGCCGTACACAGAGGGAAAAAAATGAATC	36011

CR956366.24	1351	AGAAGACAGAGGAAAGCACAACGATGCTATCAGGCGCACCCACATCGCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36012	AGAAGACAGAGGAAAGCACAACGATGCTATCAGGCGCACCCACATCGCCT	36061

CR956366.24	1401	CACCCAAGAGTGCATGCCATTAACCTGCTGGCCCCCCTGCCCTCTGGATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36062	CACCCAAGAGTGCATGCCATTAACCTGCTGGCCCCCCTGCCCTCTGGATG	36111

CR956366.24	1451	CCGGAGGCTGGCTTGCCAGGAGGGGGCCCTTTGAACTGCCATCTCCACGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36112	CCGGAGGCTGGCTTGCCAGGAGGGGGCCCTTTGAACTGCCATCTCCACGA	36161

CR956366.24	1501	CAATATCTGGCCTGTGGCAGGCGCACCATACATTTTTGGCGAAAGAATGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CU207400.5	36162	CAATATCTGGCCTGTGGCAGGCGCACCATACATTTTTGGCGAATGAATGA	36211

CR956366.24	1551	GTAAATCTTTGCAGACTTTTTTTTTTCTTTTCACACATACATACGTGCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36212	GTAAATCTTTGCAGACTTTTTTTTTTCTTTTCACACATACATACGTGCAT	36261

CR956366.24	1601	TGATTCAATTATTATTATTATTATTTTTTTTTTTTTTTAGAAAAATGGGG	1650
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
CU207400.5	36262	TGATTCAATTATTATTATTATTATTTTTTTTTTTT---AGAAAAATGGGG	36308

CR956366.24	1651	TCACCTTATGCACATGACTTGAAATCTGTTTTAAGTTAACAATGGATTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36309	TCACCTTATGCACATGACTTGAAATCTGTTTTAAGTTAACAATGGATTTT	36358

CR956366.24	1701	GGAAATCCTTGAGGAAGGTTGGCTTTTTAGGACTGGAGGGACCGGGCATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36359	GGAAATCCTTGAGGAAGGTTGGCTTTTTAGGACTGGAGGGACCGGGCATG	36408

CR956366.24	1751	TTCAGGGTCTTTGAAGGAAGCACCAGAGGGAAAATGATGAAGTGGCAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36409	TTCAGGGTCTTTGAAGGAAGCACCAGAGGGAAAATGATGAAGTGGCAGAA	36458

CR956366.24	1801	ACAGGAGCTGTAATCACGAGGGTAAGCAGGTGCCCTCATCAAAAAGAGTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36459	ACAGGAGCTGTAATCACGAGGGTAAGCAGGTGCCCTCATCAAAAAGAGTC	36508

CR956366.24	1851	CCATAAAAACACGCTGAACTCATCAAACAAAAGCAATATGTGGCTTGCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36509	CCATAAAAACACGCTGAACTCATCAAACAAAAGCAATATGTGGCTTGCAG	36558

CR956366.24	1901	TGGAATGTTCAAAATGTATAAAAAAGGTGTAAAATGAAAAGTGAAAGTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36559	TGGAATGTTCAAAATGTATAAAAAAGGTGTAAAATGAAAAGTGAAAGTTG	36608

CR956366.24	1951	CTTTCTACCCTCGAGCCTTAGTTGCTCCTCCAGAGTGAATCATTTTCACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	36609	CTTTCTACCCTCGAGCCTTAGTTGCTCCTCCAGAGTGAATCATTTTCACA	36658

CR956366.24	2001	GTT	2003
			|||
CU207400.5	36659	GTT	36661

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

CR956366.24	251	CTGTTAGTGGGTGTGCCGAGTGTGCTTCAGGCCACGGGTGAGAACTGGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CU207400.5	34912	CTGTTAGTGGGTGTGCCGAGTGTGCTTCAGGCCACGGGTGAGAGCTGGGG	34961

skip 300 bps 100% identity alignment

CR956366.24	601	TGACAGGCGGTCGGGGACCACGGCGCCAAGGCCCTGCTGGCTTGTGCTAA	650
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35262	TGACAGGCGGTCGGGGGCCACGGCGCCAAGGCCCTGCTGGCTTGTGCTAA	35311

skip 150 bps 100% identity alignment

CR956366.24	801	GGCGGCGTGGCTGGGCCGGTCTCTGCTGGGAGACTGGGGGGCTGGTGGTG	850
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35462	GGCGGCATGGCTGGGCCGGTCTCTGCTGGGAGACTGGGGGGCTGGTGGTG	35511

CR956366.24	851	CCGCCCCTGAGATGAGACCTGGGGAGAGTTACTCTCGGGGCGGGGCGGAG	900
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207400.5	35512	CCGCCCCTGAGATGGGACCTGGGGAGAGTTACTCTCGGGGCGGGGCGGAG	35561

skip 600 bps 100% identity alignment

CR956366.24	1501	CAATATCTGGCCTGTGGCAGGCGCACCATACATTTTTGGCGAAAGAATGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CU207400.5	36162	CAATATCTGGCCTGTGGCAGGCGCACCATACATTTTTGGCGAATGAATGA	36211

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956366.24	1601	TGATTCAATTATTATTATTATTATTTTTTTTTTTTTTTAGAAAAATGGGG	1650
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
CU207400.5	36262	TGATTCAATTATTATTATTATTATTTTTTTTTTTT---AGAAAAATGGGG	36308

skip 353 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956366.24 - 153357 bps
Hit
CU207400.5 - 36661 bps
Total alignments
11
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2003 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.61949200312003134662366611
283.3912426191645919051336836261
386.4213724095659958981338636281
481.04441148358183694115826159411
581.64681873501435200115861160561
678.77812366375763992125389256141
782.861012189566495881-125412256211
884.82821584400144158125462256191
980.7233834462644708125482255641
1085.5746922397924070125526256221
119049708359983668-125552256211
Short-link