<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU207342.6	1	GAATTCTCATGAAGGCAAAGGTGGAGAGAATGTGGTGAAGTCATCTTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98036	GAATTCTCATGAAGGCAAAGGTGGAGAGAATGTGGTGAAGTCATCTTTTT	98085

CU207342.6	51	GAACGTTCTCCCATTTGGGCTGTAGTGTTGCAGGATATTTGATCACACTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98086	GAACGTTCTCCCATTTGGGCTGTAGTGTTGCAGGATATTTGATCACACTG	98135

CU207342.6	101	TGAACCCAGAGATTGTGTTATTTACTGGAAAAACCTGTTTTTAGTTGTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98136	TGAACCCAGAGATTGTGTTATTTACTGGAAAAACCTGTTTTTAGTTGTGG	98185

CU207342.6	151	TGTGGCTCAGCCTTAGCACACACACCTTTAATCCAAGAGCTTGAATATTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98186	TGTGGCTCAGCCTTAGCACACACACCTTTAATCCAAGAGCTTGAATATTG	98235

CU207342.6	201	TAAACAGGATTAAATAAAGTCAACCATAGGTCAAGAGACCAAGCAAGCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98236	TAAACAGGATTAAATAAAGTCAACCATAGGTCAAGAGACCAAGCAAGCAA	98285

CU207342.6	251	CCAGCTGACAGGAAGGGAACCTAGGGTTGTTAAGAAATAAAACAATAAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98286	CCAGCTGACAGGAAGGGAACCTAGGGTTGTTAAGAAATAAAACAATAAAG	98335

CU207342.6	301	TGGAGGCTGTGAACACTCCTTCCTGTCCTGTACAGACCTTACAATCAGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98336	TGGAGGCTGTGAACACTCCTTCCTGTCCTGTACAGACCTTACAATCAGGG	98385

CU207342.6	351	AGAGCACCTCCCTCAGATATTAGACCTGCCAGGGGACTGTGAGCTCTGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98386	AGAGCACCTCCCTCAGATATTAGACCTGCCAGGGGACTGTGAGCTCTGAC	98435

CU207342.6	401	ATGCTGGATGGAGAGGGGAGGGGCTTTTCCCTGTAAGAGGATGGAGACAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98436	ATGCTGGATGGAGAGGGGAGGGGCTTTTCCCTGTAAGAGGATGGAGACAT	98485

CU207342.6	451	GTATGGGGTGTGGGGGGAATAGTGGGTTAGCATCTAATTTTAAAAGGCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98486	GTATGGGGTGTGGGGGGAATAGTGGGTTAGCATCTAATTTTAAAAGGCTC	98535

CU207342.6	501	TTGAGAACCATGGAAGCAAATTAACAGCAGCATATACACTGAGAAAAGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98536	TTGAGAACCATGGAAGCAAATTAACAGCAGCATATACACTGAGAAAAGAT	98585

CU207342.6	551	TAAAGAGCCCATTGACGTCTTTGAGAGCTAAAGAAATTGTGTATGGTTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98586	TAAAGAGCCCATTGACGTCTTTGAGAGCTAAAGAAATTGTGTATGGTTCC	98635

CU207342.6	601	TTTCATTGGGGGAGTGGTGGGACAGCTCTCTGGAATGGAATAATGTGGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98636	TTTCATTGGGGGAGTGGTGGGACAGCTCTCTGGAATGGAATAATGTGGGC	98685

CU207342.6	651	TCATCCCTGGGAGAGCAGTACATTATTGCTGTGGCTCCCCTCCTTCCTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98686	TCATCCCTGGGAGAGCAGTACATTATTGCTGTGGCTCCCCTCCTTCCTCT	98735

CU207342.6	701	GTCAGTAAATACTGAGGGGGCCTTGGTGATGGGTTTTCCCAAAAGCTTTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98736	GTCAGTAAATACTGAGGGGGCCTTGGTGATGGGTTTTCCCAAAAGCTTTG	98785

CU207342.6	751	GAGGGGGGTGAGAGTTAAGGTTTGAGGGAAGGAAACGGTGGGTTTGAGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98786	GAGGGGGGTGAGAGTTAAGGTTTGAGGGAAGGAAACGGTGGGTTTGAGAA	98835

CU207342.6	801	GGCATATTGAAGTGAGGGAAATTTCTGTTCCCAAGAATGTGATGGGTGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98836	GGCATATTGAAGTGAGGGAAATTTCTGTTCCCAAGAATGTGATGGGTGGA	98885

CU207342.6	851	CTAAGCTGGATTTTGGGAGGAGACATTTTGAATCCTAGGGAAGACAAGGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98886	CTAAGCTGGATTTTGGGAGGAGACATTTTGAATCCTAGGGAAGACAAGGT	98935

CU207342.6	901	ATTAATGATCGGGACAGGGAGGGGGATGAGTGTCCCCACACAAGGATATC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98936	ATTAATGATCGGGACAGGGAGGGGGATGAGTGTCCCCACACAAGGATATC	98985

CU207342.6	951	GTCCATATAGTGAATGACTAATACCGTTGGAAATCTAAACAGCATTGGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	98986	GTCCATATAGTGAATGACTAATACCGTTGGAAATCTAAACAGCATTGGCT	99035

CU207342.6	1001	TAGTACTTTATGCTCTGATTGTGTTTGGTTTTCTATTAGAAGTTTTTAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99036	TAGTACTTTATGCTCTGATTGTGTTTGGTTTTCTATTAGAAGTTTTTAGT	99085

CU207342.6	1051	TCCCCCCAATTTTTCCCCCACAAAGGGACCATTAATAATTAGTTACTTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99086	TCCCCCCAATTTTTCCCCCACAAAGGGACCATTAATAATTAGTTACTTCT	99135

CU207342.6	1101	GCTACTGGACAAAAGCCAATCAAAGAAGAAAAGTCATAAGTTCTGGGCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99136	GCTACTGGACAAAAGCCAATCAAAGAAGAAAAGTCATAAGTTCTGGGCCA	99185

CU207342.6	1151	GGCTGTGACACTGCAGCAGCAAAACCCCGCCCACCGGCCCGCCCATCCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99186	GGCTGTGACACTGCAGCAGCAAAACCCCGCCCACCGGCCCGCCCATCCTT	99235

CU207342.6	1201	CCTGAAATTCAGGTGCTGCAGGCAGCCCTCAGCACAGAGAGCTGACAGGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99236	CCTGAAATTCAGGTGCTGCAGGCAGCCCTCAGCACAGAGAGCTGACAGGG	99285

CU207342.6	1251	ACCCTGGGTCAGGGGTTCTGAGTTCCAGCTGCCACTATTCTTCTTCACCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99286	ACCCTGGGTCAGGGGTTCTGAGTTCCAGCTGCCACTATTCTTCTTCACCT	99335

CU207342.6	1301	TTGGGTAAGTTTTGTGCCTTTGGTCTTGAGGGCTCTTAGCCCTCTGATTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99336	TTGGGTAAGTTTTGTGCCTTTGGTCTTGAGGGCTCTTAGCCCTCTGATTT	99385

CU207342.6	1351	GGGACTCCTTTTGATGAGATGAGGTATTTCCCGTGATAGGAAAGGTTTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99386	GGGACTCCTTTTGATGAGATGAGGTATTTCCCGTGATAGGAAAGGTTTGG	99435

CU207342.6	1401	AATTGCCCAGGTCAAAGAGAATCTTTCCTGTGCAGCCAGGACTTGAGCCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99436	AATTGCCCAGGTCAAAGAGAATCTTTCCTGTGCAGCCAGGACTTGAGCCT	99485

CU207342.6	1451	GCCTGCAAATTTCAGAGAAACCAATGACCATCCTGAGGATGCATAAGTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99486	GCCTGCAAATTTCAGAGAAACCAATGACCATCCTGAGGATGCATAAGTGG	99535

CU207342.6	1501	TCACTGTGTAACTGTGTTTTGTTTTGTTTTTCAAGGAGCGATAAAGATAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99536	TCACTGTGTAACTGTGTTTTGTTTTGTTTTTCAAGGAGCGATAAAGATAC	99585

CU207342.6	1551	CGGCTTTGGCTGACATGTGGGCAGGGGGCTGGGAACCTTCTACCAATGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99586	CGGCTTTGGCTGACATGTGGGCAGGGGGCTGGGAACCTTCTACCAATGCC	99635

CU207342.6	1601	AAGGAGTAACCATAGCCAGAAGGTGACATAATAAAAAGAAAATACAAGAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99636	AAGGAGTAACCATAGCCAGAAGGTGACATAATAAAAAGAAAATACAAGAT	99685

CU207342.6	1651	GGTAGGCAAAACCAGACTGCCAGTCCTCATGAGGAGGAGGCAGGATCTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99686	GGTAGGCAAAACCAGACTGCCAGTCCTCATGAGGAGGAGGCAGGATCTGG	99735

CU207342.6	1701	TGGGGCTGATGGATGCCCCCTGGTATGTGTGGGTACTCACCTTCTTCTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99736	TGGGGCTGATGGATGCCCCCTGGTATGTGTGGGTACTCACCTTCTTCTCA	99785

CU207342.6	1751	GATGTCCTGGTTGTGTCCGTGTCCCACATTGAGGTGCCAGCTGTCCTTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99786	GATGTCCTGGTTGTGTCCGTGTCCCACATTGAGGTGCCAGCTGTCCTTCA	99835

CU207342.6	1801	GGCCCCACTTCTTTGCCCATAGCAGCACAGTCAGCCTCCGACCACAACCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99836	GGCCCCACTTCTTTGCCCATAGCAGCACAGTCAGCCTCCGACCACAACCT	99885

CU207342.6	1851	GTGGATCCTAAGGGGGAGGTGAAGCAGGAACAGTTGAGAGTAAAGAGACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99886	GTGGATCCTAAGGGGGAGGTGAAGCAGGAACAGTTGAGAGTAAAGAGACC	99935

CU207342.6	1901	AGAGGCGGCGAGCTCTGGGAGTAAAGAGACCAGAGGCGGCGAGCTCTGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99936	AGAGGCGGCGAGCTCTGGGAGTAAAGAGACCAGAGGCGGCGAGCTCTGGG	99985

CU207342.6	1951	AGTAAAGAGACCAGAGGCGGCGAGCTCTGGGAGAACAGAGTCTCAGGAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207371.8	99986	AGTAAAGAGACCAGAGGCGGCGAGCTCTGGGAGAACAGAGTCTCAGGAGA	100035

Overview

Query
CU207342.6 - 187422 bps
Hit
CU207371.8 - 100035 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link