<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU207317.13	1	GAATTCTGTAGACACAGAGAGCTGTGATTTACATAACAGTCCGCGCCTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	75605	GAATTCTGTAGACACAGAGAGCTGTGATTTACATAACAGTCCGCGCCTGC	75654

CU207317.13	51	AGAGTTTATGGCCTTGATTTTGTTGCTGTAACAGAACTCAAGGTTCCTAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	75655	AGAGTTTATGGCCTTGATTTTGTTGCTGTAACAGAACTCAAGGTTCCTAC	75704

CU207317.13	101	TGGAGCCCAACTGACATCCCTAGGCTTCCAGTTCACCCCTGGTTCTCTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	75705	TGGAGCCCAACTGACATCCCTAGGCTTCCAGTTCACCCCTGGTTCTCTGT	75754

CU207317.13	151	GATTTCACTGCAATTGGCTGGTCTTGCAGCCACGGCTACACTTTTAAGGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	75755	GATTTCACTGCAATTGGCTGGTCTTGCAGCCACGGCTACACTTTTAAGGC	75804

CU207317.13	201	AAATGATACTGCAGTTCTGAAAATCCAGACCAGACTAGTAAGGAAAAAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	75805	AAATGATACTGCAGTTCTGAAAATCCAGACCAGACTAGTAAGGAAAAAAT	75854

CU207317.13	251	AAACCAGGCCTGTGCGCTCTGGGCCTGTCATCCCAGCTTTGCAGGGAGGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	75855	AAACCAGGCCTGTGCGCTCTGGGCCTGTCATCCCAGCTTTGCAGGGAGGC	75904

CU207317.13	301	TGAGGCAGGAGGACAGCAACTTCAAGGACAGCCTGGGCTACAAAGCTAGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	75905	TGAGGCAGGAGGACAGCAACTTCAAGGACAGCCTGGGCTACAAAGCTAGT	75954

CU207317.13	351	TCAGGAACAGCCTGGGCTACAAATGTAGTGAGACTCCCAGTCTCAAAGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	75955	TCAGGAACAGCCTGGGCTACAAATGTAGTGAGACTCCCAGTCTCAAAGTT	76004

CU207317.13	401	TAAAAGTAAAAAGTGGGCTGGGGATATGTTTCAATATGTATTGAGGTTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76005	TAAAAGTAAAAAGTGGGCTGGGGATATGTTTCAATATGTATTGAGGTTCA	76054

CU207317.13	451	ATCCCCAATACAGGAAGAAAGAAAAGAGGGGAGGGAGGGAGAAAGGGGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76055	ATCCCCAATACAGGAAGAAAGAAAAGAGGGGAGGGAGGGAGAAAGGGGAG	76104

CU207317.13	501	GGAAGCAATGGAGGGAGGGCAAGAAGGGAGAGACCGAGGGGAGGTGAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76105	GGAAGCAATGGAGGGAGGGCAAGAAGGGAGAGACCGAGGGGAGGTGAGAA	76154

CU207317.13	551	GGAAAGAGCCACGTGCTTCTTAAAGCAAACCCCATTTTGCTCACATCTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76155	GGAAAGAGCCACGTGCTTCTTAAAGCAAACCCCATTTTGCTCACATCTTT	76204

CU207317.13	601	CGAGGGTCGTCTCAGCACATCCCCAACTCCGCCGCCATTCCTGAGGCCCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76205	CGAGGGTCGTCTCAGCACATCCCCAACTCCGCCGCCATTCCTGAGGCCCT	76254

CU207317.13	651	GGTTCAGCACGGTGACAATGCACATGAGCAGGGTATCACATGTCCTTTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76255	GGTTCAGCACGGTGACAATGCACATGAGCAGGGTATCACATGTCCTTTCT	76304

CU207317.13	701	ATGCCATCCTCACCTTCCTCGCCGGCTGCAGAAACACAACCATGAAAGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76305	ATGCCATCCTCACCTTCCTCGCCGGCTGCAGAAACACAACCATGAAAGAG	76354

CU207317.13	751	TTTTGAAAACGCACCATTGTGAACATCGGAGAATCTGCTTCTGATGTGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76355	TTTTGAAAACGCACCATTGTGAACATCGGAGAATCTGCTTCTGATGTGTT	76404

CU207317.13	801	ACAGCACAGTTTCCTAAGTCACGTGACATCCGTAGCACATGCATGTGGCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76405	ACAGCACAGTTTCCTAAGTCACGTGACATCCGTAGCACATGCATGTGGCC	76454

CU207317.13	851	ACGCATGACTGACATGGGTACCACCATGCATATAATATCTTGAGATTTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76455	ACGCATGACTGACATGGGTACCACCATGCATATAATATCTTGAGATTTCA	76504

CU207317.13	901	TTCTTCTTGGCTTGGTGGAAAATGACAGGGTTAAAACTCATACGCCCAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76505	TTCTTCTTGGCTTGGTGGAAAATGACAGGGTTAAAACTCATACGCCCAAC	76554

CU207317.13	951	TGTAGTGGAGGAGACTGTGGTCACCATAGCTCTCTGCCCAGCATGTAAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76555	TGTAGTGGAGGAGACTGTGGTCACCATAGCTCTCTGCCCAGCATGTAAAG	76604

CU207317.13	1001	TCATGCAGACGGATGAATCCGCAAGTCACTGAGCTCAGCAGCCTCATATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76605	TCATGCAGACGGATGAATCCGCAAGTCACTGAGCTCAGCAGCCTCATATA	76654

CU207317.13	1051	CAAAATGAGGAAAATGTTGTGGATTTGAGGGTTAGCCAAGAACCACGTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76655	CAAAATGAGGAAAATGTTGTGGATTTGAGGGTTAGCCAAGAACCACGTGA	76704

CU207317.13	1101	GGAATGTTAAAACGCCAGTAGTAGGATCTTATGATGGGGGCCGCCATGGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76705	GGAATGTTAAAACGCCAGTAGTAGGATCTTATGATGGGGGCCGCCATGGT	76754

CU207317.13	1151	TCTGTCATTATTTGAAGTGAGTTTCAAGATTTTTTTGTGGGACCACCTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76755	TCTGTCATTATTTGAAGTGAGTTTCAAGATTTTTTTGTGGGACCACCTGG	76804

CU207317.13	1201	GGCTAGAGATGAAATCCTGTTTAGGAATTAGAAGAGAGAAAAGATATAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76805	GGCTAGAGATGAAATCCTGTTTAGGAATTAGAAGAGAGAAAAGATATAAT	76854

CU207317.13	1251	GTATCGGAAAAGTCCTGAGACTTGACCCAATACTAAAAGATTTTGCTAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76855	GTATCGGAAAAGTCCTGAGACTTGACCCAATACTAAAAGATTTTGCTAGA	76904

CU207317.13	1301	AAACAAAACAACAACAACAAAGAAAACCTGTTTGAAACAGGGATTGTTGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76905	AAACAAAACAACAACAACAAAGAAAACCTGTTTGAAACAGGGATTGTTGC	76954

CU207317.13	1351	TCAGCTGGGCATGAGAGCCCAGCGTCTCTCCTTTAGAACTGAGTAGAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	76955	TCAGCTGGGCATGAGAGCCCAGCGTCTCTCCTTTAGAACTGAGTAGAAAG	77004

CU207317.13	1401	ACAGAGGCTTATTTTGTTACAATGTTAAAGAGCCTCCCCTCAGGGGTACG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77005	ACAGAGGCTTATTTTGTTACAATGTTAAAGAGCCTCCCCTCAGGGGTACG	77054

CU207317.13	1451	CATCTAGGGACCCTAGGCTATGGATCCCGGGGCTACAGTCTGCATGTCAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77055	CATCTAGGGACCCTAGGCTATGGATCCCGGGGCTACAGTCTGCATGTCAA	77104

CU207317.13	1501	GGCAAGAATATTATAGAACCTGCTGACACTGGGGAAGGAACTGTTATCTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77105	GGCAAGAATATTATAGAACCTGCTGACACTGGGGAAGGAACTGTTATCTC	77154

CU207317.13	1551	ACTGCATGGCCCATTGCCAACGCCTGTGGAACACATTGTTAGAAGGCTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77155	ACTGCATGGCCCATTGCCAACGCCTGTGGAACACATTGTTAGAAGGCTGA	77204

CU207317.13	1601	CATCTCTCTTCTGAACAGATTCTATTTTATATGGAAGAGGGGCCCTGATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77205	CATCTCTCTTCTGAACAGATTCTATTTTATATGGAAGAGGGGCCCTGATA	77254

CU207317.13	1651	TTTTTATATGAGTCCAAGTTACATATTTTAAAATATGCTGGAAAACCCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77255	TTTTTATATGAGTCCAAGTTACATATTTTAAAATATGCTGGAAAACCCCT	77304

CU207317.13	1701	GGCCAGGAGGGCTGCATGCAGGAACAGGCAGGCTTACACAAAGCACAGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77305	GGCCAGGAGGGCTGCATGCAGGAACAGGCAGGCTTACACAAAGCACAGCA	77354

CU207317.13	1751	TAGGAGACAGGCAAGACAGTGTGTAGGCACTCACCTTCAAGCTGATTCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77355	TAGGAGACAGGCAAGACAGTGTGTAGGCACTCACCTTCAAGCTGATTCTG	77404

CU207317.13	1801	ATTTAGAAATGTGAAGGAATTTGGGGAGGAAGGAGCAACGGGTACTGGGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77405	ATTTAGAAATGTGAAGGAATTTGGGGAGGAAGGAGCAACGGGTACTGGGG	77454

CU207317.13	1851	CAGTCTTGTGGTGGTGACAGATCAACAGGACAGAAACAAGAGAGAAATAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77455	CAGTCTTGTGGTGGTGACAGATCAACAGGACAGAAACAAGAGAGAAATAA	77504

CU207317.13	1901	GAATGAAAGCCACTGTTAAATTGTTACTGGGCTCCAGGAAGGAGGTCATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77505	GAATGAAAGCCACTGTTAAATTGTTACTGGGCTCCAGGAAGGAGGTCATG	77554

CU207317.13	1951	AAATATAGCTACTGCTGCCTTGTAGAAGATGGACTGTCAATCAAAGCAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207333.11	77555	AAATATAGCTACTGCTGCCTTGTAGAAGATGGACTGTCAATCAAAGCAAA	77604

Overview

Query
CU207317.13 - 146619 bps
Hit
CU207333.11 - 77604 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link