<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573038.4	1	AAGCTTCTTAAAGAGAGGGACGGTCTGTCTTTTTCCTGTTTGTATCCCCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	134907	AAGCTTCTTAAAGAGAGGGACGGTCTGTCTTTTTCCTGTTTGTATCCCCA	134956

CT573038.4	51	GAACTTAGTACAAAGTCTTGTACATAATAAGTGCTTAATACATGTTTATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	134957	GAACTTAGTACAAAGTCTTGTACATAATAAGTGCTTAATACATGTTTATT	135006

CT573038.4	101	GAATTGCTTTGTTTTTCAGTTTTATTTTCATGAGAAATCAAAGGTCAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135007	GAATTGCTTTGTTTTTCAGTTTTATTTTCATGAGAAATCAAAGGTCAAAA	135056

CT573038.4	151	TCCTGAACCAATCAGACTGGATAATTACAAAGTAACCTAATCTACAGCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135057	TCCTGAACCAATCAGACTGGATAATTACAAAGTAACCTAATCTACAGCAA	135106

CT573038.4	201	AGTATTGCAGAGCTTCAAAAATGAGCAAGCATGACAGAATACAACAATCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135107	AGTATTGCAGAGCTTCAAAAATGAGCAAGCATGACAGAATACAACAATCC	135156

CT573038.4	251	ATCTTCCGCATAGTTGCCAAAGTAAGTTTCTTTAAAAACAGATCATTCCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135157	ATCTTCCGCATAGTTGCCAAAGTAAGTTTCTTTAAAAACAGATCATTCCC	135206

CT573038.4	301	CTACTCAACAAACTCCAGCTGCCTCCACTGGAGCCCTTAATAATCTGGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135207	CTACTCAACAAACTCCAGCTGCCTCCACTGGAGCCCTTAATAATCTGGCT	135256

CT573038.4	351	CCACCCTATCTTTCCAGCCTCATTTTTATTATTTTCCTGAGCCATACTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135257	CCACCCTATCTTTCCAGCCTCATTTTTATTATTTTCCTGAGCCATACTTT	135306

CT573038.4	401	ATGATCCAGGCAGTCTGGCTTTCTCTCTGGTCCTTATATAAGGCATGCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135307	ATGATCCAGGCAGTCTGGCTTTCTCTCTGGTCCTTATATAAGGCATGCCA	135356

CT573038.4	451	TCTCCTATCTTTTTACCTTTGAACTGTAATCCCCCATGTTGGTGTAATGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135357	TCTCCTATCTTTTTACCTTTGAACTGTAATCCCCCATGTTGGTGTAATGA	135406

CT573038.4	501	GGAGACTGACTACTGAAGGCTTCATTCTTAGAGCATTTTTTGCTTGCTGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135407	GGAGACTGACTACTGAAGGCTTCATTCTTAGAGCATTTTTTGCTTGCTGC	135456

CT573038.4	551	CAAACTACTTATTGAAAATGCATGAAGGAAAGGCTCTTTTCCTCTCAGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135457	CAAACTACTTATTGAAAATGCATGAAGGAAAGGCTCTTTTCCTCTCAGCT	135506

CT573038.4	601	TCAGAGTATGTGCAGGAAACAGAGTATGACTGTTTCCTGTTTGTTTTAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135507	TCAGAGTATGTGCAGGAAACAGAGTATGACTGTTTCCTGTTTGTTTTAAT	135556

CT573038.4	651	AGTAAAGTCTTTAAAGTGGTTTCTATGGGTGTGCATACAAAAAAAAAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135557	AGTAAAGTCTTTAAAGTGGTTTCTATGGGTGTGCATACAAAAAAAAAAAT	135606

CT573038.4	701	CCAACAGATGAACTCTCTTTGGCTCTTTCCTTGAGGCAAGTTAGAGAAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135607	CCAACAGATGAACTCTCTTTGGCTCTTTCCTTGAGGCAAGTTAGAGAAGA	135656

CT573038.4	751	ATTGCTGTAGGCCTCCAGTTTGAATATTAGATCTCTCCCATCCTGTACCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135657	ATTGCTGTAGGCCTCCAGTTTGAATATTAGATCTCTCCCATCCTGTACCC	135706

CT573038.4	801	ATGTGTCTGATCACATTGTTCTACTCTTTATTCTATCTCTTTGTGGCTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135707	ATGTGTCTGATCACATTGTTCTACTCTTTATTCTATCTCTTTGTGGCTCT	135756

CT573038.4	851	TCTTTCCTGTTGTTAAGTGAATGAGTATGGGGGTAGGGAATGAACCACGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135757	TCTTTCCTGTTGTTAAGTGAATGAGTATGGGGGTAGGGAATGAACCACGT	135806

CT573038.4	901	TATGACCTTAAGACTTCCAAAGGCTGAAAAGGCTAGCAAAAGTCCCCTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135807	TATGACCTTAAGACTTCCAAAGGCTGAAAAGGCTAGCAAAAGTCCCCTCA	135856

CT573038.4	951	GTCACAGGAGCTGTGAACAGTAGTAGCCAAGTTTTGTGAAGAATCAACCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135857	GTCACAGGAGCTGTGAACAGTAGTAGCCAAGTTTTGTGAAGAATCAACCC	135906

CT573038.4	1001	TATATAGTAACCTGCTTGATCAACCCAACAGCGAATTGACCTGGAAACTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135907	TATATAGTAACCTGCTTGATCAACCCAACAGCGAATTGACCTGGAAACTA	135956

CT573038.4	1051	AGACCAGTATAGCCACCAGAAATGGAGCATCCATCAGCTACACCACACCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	135957	AGACCAGTATAGCCACCAGAAATGGAGCATCCATCAGCTACACCACACCT	136006

CT573038.4	1101	AGAAATAACCTTGTTCAGATGGAATGTTTTATAACAACCCCCTTTAAGTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136007	AGAAATAACCTTGTTCAGATGGAATGTTTTATAACAACCCCCTTTAAGTT	136056

CT573038.4	1151	TGATCCCAATCTCCCCAGGGCCAGAAGTGTATAAAAGGGAGAGAATAAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136057	TGATCCCAATCTCCCCAGGGCCAGAAGTGTATAAAAGGGAGAGAATAAAC	136106

CT573038.4	1201	CTAGTTTGTGGATATTTTTTTTTACTTTATCCTGATTATACCTTCTCAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136107	CTAGTTTGTGGATATTTTTTTTTACTTTATCCTGATTATACCTTCTCAGT	136156

CT573038.4	1251	AAAAAGTCTTTTGGAAAAAAATTAATTGATATTAACTGGTCAGCTGATAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136157	AAAAAGTCTTTTGGAAAAAAATTAATTGATATTAACTGGTCAGCTGATAT	136206

CT573038.4	1301	TGTGGAAAACACACTAAATGGGAATTTGTGAGTAATACCATTAAGCAACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136207	TGTGGAAAACACACTAAATGGGAATTTGTGAGTAATACCATTAAGCAACT	136256

CT573038.4	1351	TCAGTTCCTCAGAATTACCCATAGCATCCAGAGCCTTACTCTGGGGACCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136257	TCAGTTCCTCAGAATTACCCATAGCATCCAGAGCCTTACTCTGGGGACCC	136306

CT573038.4	1401	AATCTGGCAGTATCAGTGTGAAATAAAAGAATGAGCACAGATAAGACAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136307	AATCTGGCAGTATCAGTGTGAAATAAAAGAATGAGCACAGATAAGACAAA	136356

CT573038.4	1451	GCATGATTACTGACTACACTTGAAATACGTTCCCTTTTCCCACCTCATAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136357	GCATGATTACTGACTACACTTGAAATACGTTCCCTTTTCCCACCTCATAG	136406

CT573038.4	1501	AATACTTCTCTTCCTTCAAAAGGCAAACAAGTATTATTTCTATAGCTATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136407	AATACTTCTCTTCCTTCAAAAGGCAAACAAGTATTATTTCTATAGCTATC	136456

CT573038.4	1551	AGTGCCTTCCTCCCATGCCACCATATATTTAACTACATTCTATGCATTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136457	AGTGCCTTCCTCCCATGCCACCATATATTTAACTACATTCTATGCATTTA	136506

CT573038.4	1601	CATTATCTTCTTTATTTTAATTCTGTATATACATATATGTACATATGTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136507	CATTATCTTCTTTATTTTAATTCTGTATATACATATATGTACATATGTAT	136556

CT573038.4	1651	TTATATGTATGTATACATATGTGCATAGGCTTGCTGCTTTCAGTGCTCTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136557	TTATATGTATGTATACATATGTGCATAGGCTTGCTGCTTTCAGTGCTCTC	136606

CT573038.4	1701	TGAAACTATCTAATACTCTAAGTTACAGAAAAGATATCCACCTACTTACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136607	TGAAACTATCTAATACTCTAAGTTACAGAAAAGATATCCACCTACTTACA	136656

CT573038.4	1751	AAGGGAGTCTCCTCACTTGAGGGTTCCCTATACCAATGAAGTCACCAGGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136657	AAGGGAGTCTCCTCACTTGAGGGTTCCCTATACCAATGAAGTCACCAGGG	136706

CT573038.4	1801	CAATCCCTAATTCTATCTATATACACTGATATATGTACTTGTCTCTTCCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136707	CAATCCCTAATTCTATCTATATACACTGATATATGTACTTGTCTCTTCCA	136756

CT573038.4	1851	TTAGAATATAGGTTTCTTGCATGTAGAAAATGTTTCATTCACATATTTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136757	TTAGAATATAGGTTTCTTGCATGTAGAAAATGTTTCATTCACATATTTGT	136806

CT573038.4	1901	ATCCCTAGTGTCCAGTCCATTTAATAGGTTACTTGCTGATTGATAATTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136807	ATCCCTAGTGTCCAGTCCATTTAATAGGTTACTTGCTGATTGATAATTGA	136856

CT573038.4	1951	ATCACTCAAATAAGGGAATGTTCATGTTTTAAATAAACAAATAAAGTAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207325.6	136857	ATCACTCAAATAAGGGAATGTTCATGTTTTAAATAAACAAATAAAGTAGA	136906

Overview

Query
CT573038.4 - 142635 bps
Hit
CU207325.6 - 136906 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194820001200011349071369061
277.43185743127209127951-111077118251
380.171794973162432120-111295117881
481.151383853790138285126464268451
587.46210373138621138993-126469268431
686.85199362131109131470126479268431
781.611964913224632736142416429101
888.0716262759137618140376-144099468561
982.4740410479322294268144916459651
1083.644441020130624131643145010460241
1178.732108308731288141-145116459381
1283.121423128186782178-152414527271
1383.4152011147056671679152426535701
1488.52119186108417108602161957621391
1580.073771206131288132493-176788779961
1680.831263599397194329-177639779981
1789.06202338138460138797177653779901
1877.243521569411104267811095961111681
1986.9413452435137701140135-11190941215051
2074.0784584130883131466-11239511245361
2177.911405829637496955-11265731271651
Short-link